“헷갈리는 게 많아요” 국세청, 연구개발 세액공제 사전심사팀 신설
세금 감면 효과는 매우 높지만, 공제대상 범위 등을 놓고 국세청과 이견이 매우 큰 연구개발 세액공제에 대해 국세청이 사전심사 전담팀을 만들었다. 

 

 국세청은 “각 지방국세청 법인세과에 연구개발(R＆D) 세액공제 사전심사 전담팀을 신설했다”며 연구개발비 세액공제에 대한 상담 등 자문서비스를 제공해 성실신고를 최대한 지원하겠다”고 18일 밝혔다. 

 

 국세청은 “다른 세액공제·감면제도가 대부분 기업 규모, 업종, 수입금액 등 형식적 요건만 규정하고 있지만 연구·인력개발비 세액공제는 실질적 요건까지 부합해야 한다”며 “세금 절감 효과는 탁월하지만 공제대상 비용 범위, 연구·인력개발 활동 여부 등에 대해 사업자와 과세관청 간 견해 차이가 상당히 크다”고 말했다. 

 

 만약 나중에 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우, 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징된다. 

 

 예를 들어 A사는 검사용 부품을 개발 중이지만 이미 이 내용은 국가 연구개발 과제로 B사가 개발을 마친 사항이다. B사의 최종보고서는 공개돼 있는데 A사가 이 내용을 복제해 연구개발 보고서로 제출했다. 이에 대해 국세청은 “국가 연구개발 과제로 이미 다른 회사가 진행해 결과까지 공개됐는데 이를 베낀 것은 과학기술적 진전을 위한 자체 연구개발 활동으로 인정하지 않는다”고 말했다. 

 

 또 C사는 D사로부터 부품 개발을 위탁받아 연구 활동을 수행했으며 해당 연구의 결과물은 모두 D사에 귀속되게 된다. 그런데 C사는 연구개발전담부서 연구원의 인건비 및 시제품 제작비 수억 원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 이에 대해 국세청은 “위탁업무를 수행하는 활동은 실패의 위험과 결과물의 소유권이 모두 위탁업체에 있으므로, 수탁업체에 대해선 연구개발 활동으로 인정하지 않는다”고 말했다. 

 

 지난 2019년 연구인력개발비 세액공제는 모두 4만 2134개의 업체가 2조 3207억원을 받았다. 

 

 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 회사는 법인세(소득세) 과세표준 신고기한 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청하면 된다. 각 지방청 법인세과에 법인4팀이 연구개발 세액공제를 전담하게 된다. 

 

어떤 걸 국세청이 지방국세청 법인세과에 새롭게 조직했어
연구개발(R＆D) 세액공제 사전심사 전담팀