그럼에도 한국 측은 김 총리가 당시 다나카 일본 수상에게 친서를 보내 "한일관계에 손상이 가지 않도록 해야 한다"고 으름장을 놓는 가 하면 김동조외무부 장관과 국회까지 나서 한일 관계를 우려했다. 이례적으로 박 대통령까지 나선다. 그 해 8월30일 박 대통령이 우시로쿠 대사를 불러 사실상 `단교 위협'에 가까운대일 강경조치를 전했다. 그 내용에는 이른바 문세광 사건을 대하는 일본측의 태도로 우방국 여하를 판단하겠으며 일본 측이 성실한 자세를 보이지 않는다면 한일간기본조약도 재고할 수 있다는 의지가 담겨 있었다. 일국의 대통령이 일개 대사를 부른 것은 극히 드문 일로 통상적인 외교경로의차원을 넘어선 것이다. 이런 상황에서 일본 측은 양국관계를 우려, 한국 측 요구대로 자국내에서 문세광 사건 수사에 착수하게 된다. 그리고 수사결과, 그 내용이 한국 측과 상당한 거리가 있었음에도 불구하고 문세광에 대한 사형 집행을 이유로 수사를 영구미제로 남겨둔 채 서둘러 종결한다. 김대중 납치사건의 범인으로 지목한 주일 한국대사관의 김동운 1등서기관에 대한 수사도 벌이지 않았음은 물론이다. 이외에 박 대통령 저격사건은 국내 정치적인 역학구도에도 `큰 영향'을 끼쳤다는 지적이다. 김대중 납치사건으로 이후락 중앙정보부장이 물러난 자리에 임명된 신직수씨가박정희 대통령 저격사건으로 옷을 벗게 되며 그 몇년후 역사의 한 페이지를 장식하게 될 김재규씨가 그 자리에 오르게 되며, 대통령 경호실도 일명 `피스톨 박'으로통하던 박종규씨가 사건의 책임을 지고 물러나고 차지철 시대가 열리게 된 것이다. 특히 차지철 경호실장은 별도의 정보라인을 운영하면서 중앙정보부의 보고를 가로채는 `월권'을 하게 되고, 이런 과정을 통해 중앙정보부장의 위상은 쪼그라들고경호실장은 팽창하는 권력중심 이동이 생기게 됐다는 게 당시 정부 관계자들의 설명이다. 이러한 왜곡된 권력구조가 1979년 10월26일 김재규 당시 중앙정보부장의 박정희대통령 시해사건의 토양이 됐다는 시각도 있다. =
일본 측은 왜 한국 측 요구 대로 자국 내에서 문세광 사건 수사에 착수하게 되는가?
양국관계를 우려