Two queries run much longer when combined into one
You better combine those queries using Derived Tables;

select sigla_partido, receita_valor, despesa_valor
from
 (
     SELECT sigla_partido, SUM(receita_valor) as receita_valor
     FROM prestacao_conta_eleicao_candidato_2014
     NATURAL JOIN prestacao_conta_eleicao_candidato_2014_receita
     GROUP BY sigla_partido
  ) as receita
natural join 
 (
     SELECT sigla_partido, SUM(despesa_valor) as despesa_valor
     FROM prestacao_conta_eleicao_candidato_2014
     NATURAL JOIN prestacao_conta_eleicao_candidato_2014_despesas
     GROUP BY sigla_partido
 ) as despesas


Btw, check if the slow query actually returned the correct result.