What are the most common Mandarin words for each pinyin syllable?
After a bit of searching I could not find a proper resource to answer this question, so I started compiling compiled a comprehensive list by hand.
Since you say that the most common character for each initial+final+tone combination is enough for you, the answer is rather easy: we can cross-reference the pinyin and tone combinations with a list of character frequency in Chinese.
Character frequency source: hanzicraft.com
How to read this table:

Each row comes in the form &lt;pinyin syllable&gt; &lt;1st tone char&gt; &lt;2nd tone char&gt; &lt;3rd tone char&gt; &lt;4th tone char&gt; &lt;neuter tone char, if applicable&gt;

If a particular pinyin syllable and tone combination has no corresponding character, I add a note in place of the character. Other bracketed comments refer to the preceding character.

note that some of these characters are not common relative to the others, but are the most common for a particular pinyin+tone combination. Again, the source is the character frequency table. For example, the most common character for weng3 appears to be 蓊 but I bet you're not going to find it any time soon in your studies. Nevertheless, it's the most common one for that pronunciation, so I still list it for completeness.

some characters have alternate pronunciations, e.g. 差别的「差」and 差评的「差」. The frequency list is based on the total frequency of the character, regardless of the pronunciation. So the most common character for cha1 is 差别的「差」 or something else (插、叉、etc.)? I try to disambiguate based on my personal knowledge of the language. Feel free to correct me.

an argument can be made that a character's frequency is absolute, therefore a character like「差」should appear both for cha1 and cha4.

in the title of your question, you ask for words. A word is a single distinct meaningful element of speech or writing. Since Chinese is an isolating language, words often overlap with characters. Furthermore, a combination of pinyin+tone applies to a character. So this is a list of characters. Some of them may also be words, some may be not.






Pinyin
阴平
阳平
上声
去声
轻声




a
阿
啊
啊
啊



ba
八
拔
把
爸
吧


pa
趴
爬
(no pa3)
怕



ma
妈
麻
马
骂
吗


fa
发
罚
法
发 (hair)



da
答
达
打
大



ta
他
(no ta2)
塔
踏



na
那 (surname)
拿
哪
那



la
拉
旯
喇
辣



ga
旮
嘎
尕
尬



ka
咖
(no ka2)
卡
(no ka4)



ha
哈
蛤
哈 (same as 1)
(no ha4)



zha
扎
炸 (to fry)
眨
炸 (to explode)



cha
插
查
叉
差



sha
杀
啥
傻
厦



za
匝
杂
咋
(no za4)



ca
擦
(no ca2)
礤
(no ca4)



sa
撒
(no sa2)
撒 (same as 1)
萨



ai
埃
癌
矮
爱



bai
掰
白
百
败



pai
拍
排
(no pai3)
派



mai
(no mai1)
埋
买
卖



dai
呆
(no dai2)
逮
代



tai
胎
台
(no tai3)
太



nai
(no nai1)
(no nai2)
乃
耐



lai
(no lai1)
来
(no lai3)
赖



gai
该
(no gai2)
改
概



kai
开
(no kai2)
凯
忾



hai
咳
还
海
害



zhai
摘
宅
窄
债



chai
差
柴
茝
虿



shai
筛
(no shai2)
色
晒



zai
灾
(no zai2)
宰
在  (to stay)



cai
猜
才
采
菜



sai
塞
(no sai2)
(no sai3)
赛



an
安
啽
俺 (topolect)
案



ban
般
(no ban2)
版
办



pan
番
盘
(no pan3)
判



man
颟
蛮
满
慢



fan
翻
凡
反
范



dan
单
(no dan2)
胆
但



tan
贪
谈
坦
探



nan
囡
难
腩
难 (disaster)



lan
(no lan1)
兰
览
烂



gan
干 (dry)
(no gan2)
感
干 (to do)



kan
刊
(no kan2)
砍
看



han
酣
含
喊
汉



zhan
粘
(no zhan2)
展
战



chan
搀
缠
产
颤



shan
山
(no shan2)
闪
善



ran
(no ran1)
然
染
(no ran4)



zan
簪
咱
攒
暂



can
参
残
惨
灿



san
三
(no san2)
散
散



ang
肮
昂
(no ang3)
盎



bang
帮
(no bang2)
膀
棒



pang
膀 (or 乓)
旁
耪
胖



mang
牤
忙
莽
(no mang4)



fang
方
房
访
放



dang
当
(no dang2)
党
当



tang
汤
唐
躺
趟



nang
囔
囊
馕
齉



lang
啷
郎
朗
浪



gang
刚
(no gang2)
港
杠



kang
康
扛
(no kang3)
抗



hang
夯
行
(no hang3)
沆



zhang
张
(no zhang2)
长
帐



chang
昌
长
场
唱



shang
商
(no shang2)
赏
上



rang
(no rang1)
瓤
嚷
让



zang
脏
(no zang2)
驵
藏



cang
苍
藏
(no cang3)
(no cang4)



sang
桑
(no sang2)
嗓
丧



ao
凹
熬
袄
奥



bao
包
薄
保
报



pao
抛
袍
跑
炮



mao
猫
毛
卯
冒



dao
刀
(no dao2)
导
到



tao
涛
逃
讨
套



nao
孬
挠
脑
闹



lao
捞
劳
老
酪



gao
高
(no gao2)
搞
告



kao
尻
(no kao2)
考
靠



hao
蒿
毫
好
号



zhao
招
着
找
照



chao
超
朝
吵
(no chao4)



shao
烧
勺
少 (few)
少 (young)



rao
(no rao1)
饶
扰
绕



zao
遭
凿
早
造



cao
操
曹
草
操



sao
骚
(no sao2)
扫 (to sweep)
扫 (broom)



e
婀
额
恶
饿



me
(no me1)
(no me2)
(no me3)
(no me4)
么


de
嘚
德
(no de3)
(no de4)
的


te
(no te1)
(no te2)
(no te3)
特



ne
(no ne1)
(no ne2)
(no ne3)
讷
呢


le
(no le1)
(no le2)
(no le3)
乐
了 (particle)


ge
哥
革
葛
个



ke
科
咳
可
克



he
喝
和
(no he3)
赫



zhe
遮
哲
者
这




che
车
(no che2)
扯
彻



she
奢
蛇
舍
社



re
(no re1)
(no re2)
惹
热



ze
(no ze1)
则
(no ze3)
仄



ce
(no ce1)
(no ce2)
(no ce3)
策



se
(no se1)
(no se2)
(no se3)
色



ei
诶
诶
诶
诶



bei
悲
(no bei2)
北
被



pei
胚
培
(no pei3)
配



mei
(no mei1）
没
美
妹



fei
非
肥
菲
费



dei
(no dei1)
(no dei2)
得
(no dei4)



nei
(no nei1)
(no nei2)
(nei3 dubious)
内



lei
勒
雷
累
类



gei
(gei1 dubious)
(no gei2)
给
(no gei4)



kei
剋
(no kei2)
(no kei3)
(no kei4)



hei
黑
(no hei2)
(no hei3)
(no hei4)



shei
(no shei1)
谁
(no shei3)
(no shei4)



zei
(no zei1)
贼
(no zei3)
(no zei4)



en
恩
(no en2)
(no en3)
嗯



ben
奔
(no ben2)
本
笨



pen
喷
盆
(no pen3)
喷



men
闷 (stuffy)
门
(no men3)
闷 (depressed)
们


fen
分 (divide)
坟
粉
分 (part)



den
(no den1)
(no den2)
(no den3)
扽



nen
(no nen1)
(no nen2)
(no nen3)
嫩



gen
根
哏
艮
亘



ken
(no ken1)
(no ken2)
肯
裉



hen
(no hen1)
痕
很
恨



zhen
真
(no zhen2)
诊
阵



chen
琛
陈
碜
趁



shen
身
什
审
慎



ren
(no ren1)
人
忍
任



zen
(no zen1)
(no zen2)
怎
谮



cen
㟥
岑
(no cen3)
(no cen4)



sen
森
(no sen2)
(no sen3)
(no sen4)



eng
鞥
(no eng2)
(no eng3)
(no eng4)



beng
崩
甭
(not in the first 9000)
蹦



peng
烹
朋
捧
碰



meng
蒙
蒙
猛
梦



feng
风
冯
讽
奉



deng
登
(no deng2)
等
邓



teng
(no teng1)
腾
(no teng3)
(no teng4)



neng
(no neng1)
能
(no neng3)
(no neng4)



leng
(no leng1)
棱
冷
愣



geng
更 (to change)
(no geng2)
耿
更 (more)



keng
坑
(no keng2)
(no keng3)
(no keng4)



heng
哼
横 (across)
(no heng3)
横 (perverse)



zheng
争
(no zheng2)
整
正



cheng
称
成
逞
秤



sheng
生
绳
省
胜



reng
扔
仍
(no reng3)
芿



zeng
增
鄫
(no zeng3)
赠



ceng
噌
曾
(no ceng3)
蹭



seng
僧
(no seng2)
(no seng3)
(no seng4)



er
(no er1)
而
尔
二



yi
一 (one)
疑
以
意



bi
逼
鼻
比
必



pi
批
皮
匹
辟



mi
眯
迷
米
密



di
低
敌
底
第



ti
梯
提
体
替



ni
妮
尼
你
逆



li
(no li1)
离
里
力



ji
机
及
己
计



qi
期
其
起
气



xi
西
习
喜
系



zhi
之
直
指
制



chi
吃
持
尺
赤



shi
师
时
使
是 (to be)



ri
(no ri1)
(no ri2)
(no ri3)
日



zi
资
（zi2 not in first 9000)
子
自



ci
疵
词
此
次



si
斯
(no si2)
死
四



ya
压
牙
雅
亚



bia
吧 (dubious)
(no bia2)
(no bia3)
(no bia4)



dia
(no dia1)
(no dia2)
嗲
(no dia4)



lia
(no lia1)
(no lia2)
俩
(no lia4)



jia
家
夹
假
价



qia
掐
(no qia2)
卡
恰



xia
瞎
侠
(no xia3)
下



yan
烟
言
眼
验



bian
边
(no bian2)
扁
变



pian
片 (sheet)
便 (cheap)
谝
片 (slice)



mian
(no mian1)
棉
免
面



dian
颠
(no dian2)
点
电



tian
天
田
舔
瑱



nian
拈
年
捻
念



lian
(no lian1)
联
脸
练



jian
间
(no jian2)
简
见



qian
千
前
浅
欠



xian
先
闲
显
现



yang
央
阳
养
样



niang
(no niang1)
娘
(no niang3)
酿



liang
(no liang1)
良
两
量



jiang
将
(no jiang2)
讲
降



qiang
枪
强
抢
呛



xiang
相
详
想
向



yao
要 (require)
摇
咬
要 (want)



biao
标
嫑
表
鳔



piao
飘
朴
漂
票



miao
喵
描
秒
妙



diao
雕
(no diao2)
(diao3 dubious)
掉



tiao
挑 (choose)
条
挑 (provoke)
跳



niao
(no niao1)
(no niao2)
鸟
尿



liao
撩
疗
了
料



jiao
教
矫 (jiao2)
角
叫



qiao
悄
桥
巧
翘



xiao
消
淆
小
笑



ye
耶
爷
也
业



bie
憋
别 (other)
瘪
别 (as in 别扭)



pie
瞥
(no pie2)
撇
(no pie4)



mie
咩
(no mie2)
(no mie3)
灭



die
跌
叠
(no die3)
(no die4)



tie
贴
(no tie2)
铁
餮



nie
捏
苶
(no nie3)
涅



lie
咧
(no lie2)
咧
列



jie
接
结
解
界



qie
切
茄
且
切



xie
些
协
写
谢



yin
因
银
引
印



bin
宾
(no bin2)
(no bin3)
鬓



pin
拼
贫
品
聘



min
(no min1)
民
敏
(no min4)



nin
(no nin1)
您
(no nin3)
(no nin4)



lin
拎
林
凛
赁



jin
金
(no jin2)
尽
进



qin
亲
秦
寝
沁



xin
心
镡
伈
信



ying
应
营
影
应



bing
兵
(no bing2)
饼
并



ping
乒
平
(no ping3)
(no ping4)



ming
(no ming1)
明
酩
命



ding
丁
(no ding2)
顶
定



ting
听
停
艇
听(tw.)



ning
(no ning1)
宁
拧
宁



ling
昤
灵
领
令



jing
经
(no jing2)
警
境



qing
清
情
请
庆



xing
兴
行
醒
性



yo
哟
(no yo2)
(no yo3)
(no yo4)



yong
拥
喁
永
用



jiong
扃
(no jiong2)
炯
(no jiong4)



qiong
銎
穷
(no qiong3)
(no qiong4)



xiong
兄
雄
(no xiong3)
诇



you
优
由
有
又



miu
(no miu1)
(no miu2)
(no miu3)
谬



diu
丢
(no diu2)
(no diu3)
(no diu4)



niu
妞
牛
纽
拗



liu
溜
流
柳
六



jiu
究
(no jiu2)
九
就



qiu
秋
求
糗
(no qiu4)



xiu
修
(no xiu2)
朽
秀



o
噢
哦
嚄
哦 (same as 2)



bo
波
伯
簸
(bo4 dubious)



po
坡
婆
叵
破



mo
摸
模
抹
莫



fo
(no fo1)
佛
(no fo3)
(no fo4)



lo
(no lo1)
(no lo2)
(no lo3)
(no lo4)
咯


weng
翁
(no weng2)
蓊
瓮



dong
东
(no dong2)
懂
动



tong
通
同
统
痛



nong
(no nong1)
农
(no nong3)
弄



long
隆 (sound of drums)
龙
笼
弄 (alley)



gong
公
(no gong2)
巩
共



kong
空
(no kong2)
恐
控



hong
轰
红
哄
哄



zhong
中
(no zhong2)
种
重



chong
充
重
宠
冲



rong
(no rong1)
容
冗
(no rong4)



zong
宗
(no zong2)
总
纵



cong
匆
从
(no cong3)
(no cong4)



song
松
怂 (colloq.)
耸
送



ou
欧
(no ou2)
偶
沤



pou
剖
掊
掊
(no pou4)



mou
哞
谋
某
(no mou4)



fou
(no fou1)
(no fou2)
否
(no fou4)



dou
都
(no dou2)
斗
豆



tou
偷
头
钭
透



nou
(no nou1)
(no nou2)
(no nou3)
耨



lou
搂
楼
搂
漏



gou
沟
(no gou2)
狗
构



kou
抠
(no kou2)
口
扣



hou
齁
侯
吼
后



zhou
周
轴
肘
宙



chou
抽
仇
丑
臭



shou
收
熟
手
受



rou
(no rou1)
柔
(no rou3)
肉



zou
邹
(no zou2)
走
奏



cou
(no cou1)
(no cou2)
(no cou3)
凑



sou
艘
(no sou2)
叟
嗽



wu
屋
无
五
物



bu
哺
醭
补
不 (no)



pu
扑
葡
普
铺



mu
(no mu1)
模
母
目



fu
夫
服
府
复



du
都
独
赌
度



tu
突
图
土
吐



nu
(no nu1)
奴
努
怒



lu
撸
卢
鲁
路



gu
姑
(no gu2)
古
故



ku
哭
(no ku2)
苦
库



hu
乎
胡
虎
护



zhu
朱
逐
主
住



chu
出
除
处
处



shu
书
熟
属
数



ru
(no ru1)
如
乳
入



zu
租
足
组
(no zu4)



cu
粗
徂
皻
促



su
苏
俗
(no su3)
诉



wa
挖
娃
瓦
袜



gua
瓜
(no gua2)
寡
挂



kua
夸
(no kua2)
垮
跨



hua
花
华
(no hua3)
话



zhua
抓
(no zhua2)
爪
(no zhua4)



chua
欻
(no chua2)
(no chua3)
(no chua4)



shua
刷
(no shua2)
耍
刷



wai
歪
(no wai2)
歪
外



guai
乖
(no guai2)
拐
怪



kuai
(no kuai1)
(no kuai2)
蒯
快



huai
(no huai1)
怀
(no huai3)
坏



zhuai
拽
(no zhuai2)
跩
拽



chuai
揣
膗
揣 (same as 1)
踹



shuai
衰
(no shuai2)
甩
帅



wan
湾
完
晚
万



duan
端
(no duan2)
短
断



tuan
湍
团
疃
彖



nuan
(no nuan1)
(no nuan2)
暖
(no nuan4)



luan
(no luan1)
峦
卵
乱



guan
关
(no guan2)
管
惯



kuan
宽
(no kuan2)
款
(no kuan4)



huan
欢
环
缓
换



zhuan
专
(no zhuan2)
转
赚



chuan
穿
传
喘
串



shuan
栓
(no shuan2)
(no shuan3)
涮



ruan
(no ruan1)
(not in first 9000)
软
(no ruan4)



zuan
钻
(no zuan2)
纂
钻



cuan
蹿
攒
(no cuan3)
窜



suan
酸
(no suan2)
(not in first 9000)
算



wang
汪
王
往
望



guang
光
(no guang2)
广
逛



kuang
匡
狂
夼
况



huang
荒
黄
晃
晃



zhuang
装
(no zhuang2)
奘
状



chuang
窗
床
闯
创



shuang
双
(no shuang2)
爽
(no shuang4)



yue
约
(no yue2)
哕
月



nüe
(no nüe1)
(no nüe2)
(no nüe3)
虐



lüe
(no lüe1)
(no lüe2)
(no lüe3)
略



jue
撅
决
蹶
(no jue4)



que
缺
瘸
(no que3)
却



xue
薛
学
雪
血



wei
威
为
委
位



dui
堆
(no dui2)
㨃
对



tui
推
颓
腿
退



gui
规
(no gui2)
鬼
贵



kui
亏
魁
傀
愧



hui
挥
回
毁
会



zhui
追
(no zhui2)
(no zhui3)
坠



chui
吹
垂
(no chui3)
(no chui4)



shui
(no shui1)
谁
水
税



rui
(no rui1)
蕤
蕊
瑞



zui
(not in the first 9000)
(no zui2)
嘴
最



cui
催
(no cui2)
璀
粹



sui
虽
随
髓
岁



wen
温
文
稳
问



dun
吨
(no dun2)
盹
顿



tun
吞
囤
氽
褪



nun
(no nun1)
黁
(no nun3)
(no nun4)



lun
抡
伦
(no lun3)
论



gun
(no gun1)
(no gun2)
滚
棍



kun
昆
(no kun2)
捆
困



hun
婚
混
(no hun3)
混



zhun
屯
(no zhun2)
准
(no zhun4)



chun
春
纯
蠢
(no chun4)



shun
(no shun1)
(no shun2)
吮
顺



run
(no run1)
犉
(no run3)
润



zun
尊
(no zun2)
噂
(zun4 dubious)



cun
村
存
忖
寸



sun
孙
(no sun2)
损
(no sun4)



wo
窝
(no wo2)
我
握



duo
多
夺
朵
堕



tuo
托
驼
妥
拓



nuo
(no nuo1)
挪
㛂
诺



luo
啰
罗
裸
落



guo
郭
国
果
过



kuo
(no kuo1)
(no kuo2)
(no kuo3)
扩



huo
豁
活
火
或



zhuo
桌
着
(no zhuo3)
(no zhuo4)



chuo
戳
（no chuo2)
(no chuo3)
绰



shuo
说
（no shuo2)
(no shuo3)
硕



ruo
(no ruo1)
挼
(no ruo3)
若



zuo
作 (troublesome)
昨
左
作



cuo
搓
痤
脞
错



suo
缩
(no suo2)
所
(no suo4)



yu
迂
于
与
育



nü
(no nü1)
(no nü2)
女
衄



lü
(no lü1)
驴
旅
律



ju
居
局
举
据



qu
区
渠
取
去



xu
需
徐
许
续



yuan
渊
原
远
院



juan
捐
(no juan2)
卷
卷



quan
圈
全
犬
券



xuan
宣
玄
选
炫



yun
晕
云
允
运



jun
军
(no jun2)
(no jun3)
俊



qun
逡
群
(no qun3)
(no qun4)



xun
勋
寻
(no xun3)
训