낚시용 아이스박스와 파카 잠바가 구조에 도움이 되었고, 그래서 연호 침몰 사고, 남영호 침몰 사고에 비해 생존자가 많았다는 주장이 있었다. 

기상 여건이 좋지 않은데도 무리하게 운항한 것이 사고의 직접적인 원인으로 지적되었다. 악천후였지만 예보 내용을 따른다면 규정상 출항이 가능한 여건이었고, 승무원들은 출항을 꺼렸으나 일부 승객들이 출항을 요구했다는 것이다. 

선박의 운용에도 문제점이 지적되었다. 승객은 정원을 초과하였고, 승무원은 규정된 인원보다 부족했다. 사고 직전 배가 흔들린 후에 승객들에 안전하게 선실에 있으라는 안내 방송이 있었고, 그래서 피해가 커졌다는 일부 생존자들의 주장, 선박 회사가 연료를 줄이기 위해 위험한 항로를 운항했다는 현지 주민의 주장도 있었다. 배가 급회전한 것은 조종 미숙에 의한 것이라는 추측도 있었다. 

보다 근본적인 이유로, 열악한 운용 환경이 지적되었다. 승객에 비해 운항 횟수는 적고, 선박 회사가 크게 의존하던 국가 보조금도 중단되었다는 것이다. 업체가 영세하고, 선장이 업자의 눈치를 보는 환경도 문제점으로 지적되었다. 

선박 자체에 문제가 있었다는 주장도 있었다. 배의 구조가 불안정했지만, 1990년에 선박기술업체의 복원력 시험에 통과했었다고 보도하였다. 

12월 1일, 해양 전문가로 구성된 합동조사반의 발표에서, 선박의 구조에는 문제가 없고, 정원 초과와 과적이 사고의 원인이라고 결론을 내렸다. 

12월 13일, 사건을 수사한 전주지검에서는 초과 승선과 과적, 운항부주의, 방수구(放水口) 부족 등이 사고의 원인이었다고 발표하였다.
합동조사반에 의하면 사고의 원인에는 과적 외에 어떤 것이 있는가?
정원 초과