1998년 11월 한일 양국 외무부장관이 서명하고 국회의 동의 절차를 거쳐 비준된 한일어업협정은 울릉도 독도가 전혀 다르게 취급되었다. 즉, 울릉도와 별개로 독도는 중간수역에 포함되었으며, 이러한 관계는 협정만으로 보자면 독도가 울릉도의 부속도서로 취급된 것이 아니고 울릉도와 분리되었다. 독도는 아직 국제법상 섬으로 인정받지 못하였기 때문에, 유인도만이 EEZ의 기점이 될 수 있는 사정상 양자간 논란의 여지가 있었다. 결국 협상의 장기화를 막고자 현상태를 준용하여 어업에만 협정의 효력을 한정하기로 하였으며, 협정의 만료일을 3년으로 정하고, 그 이후에는 한쪽이 일방적으로 파기할 수 있도록 하는 조항을 넣었다. 따라서 현재의 어업협정은 2001년 이후 일방의 의지만으로 파기가 가능하다.

2005년 문화일보의 이병선 기자는 칼럼을 통해 1965년 한일어업협정에서도 군사정부에서 중간수역 지위에 해당하는 공동규제수역으로 설정했고 신 한·일 어업협정은 김대중 정권에서 최종 타결됐지만 문제의 조항을 수용한 것은 김영삼 정권이었다고 밝혔다.

2006년 노무현 정부는 독도를 강제관할권 배제선언을 한다. 유엔해양법 287조에 따른 것으로 이 선언으로 일본은 독도 문제를 국제해양법재판소로 가져갈 수 없게 되었다.

2001년과 2009년 두 차례에 걸쳐서 헌법재판소는 한일어업협정에 대하여 영토조항 위반을 이유로 제기된 헌법소원에 대하여 어업협정은 영토나 독도 영유권 문제와 관련이 없다는 이유로 기각 판결을 내렸다.
일본이 국제해양법재판소에서 독도 문제를 제기할 수 없도록 규제한 법은?
유엔해양법 287조