초기 윌슨의 성원자로서 모건소는 자신이 내각 수준의 직위로 임명될 것을 취하였으나 새 대통령은 다른 계획들을 가졌고, 자신 전에 다른 현저한 유대계 미국인들 오스카 스트라우스와 솔로몬 허시 같이 오스만 제국 주재 대사로서 직을 얻었다. 무슬림 터키인들과 기독교인 미국인들 사이에 다리를 대표했던 유대인들에 관한 윌슨의 가설이 모건소를 괴롭히고, 응답에서 윌슨은 "이스탄불에 있는 터키 정부는 팔레스타인의 유대인의 복지에 유대계 미국인들의 이익이 전념된 요점이었고, 그 직위에 내가 유대인을 가진 거의 없어서는 안 되는 것이다."라며 그를 보증하였다. 자신이 시온주의가 아니었어도 그는 자신의 같은 종교의 신자의 상태에 관하여 열렬히 관심을 가졌다. 모건소는 시초적으로 직위를 거절하였으나 유럽과 성지로 여행에 이어, 그리고 자신의 친시온주의자 친구 랍비 스티븐 와이즈의 격려와 함께 자신의 결정을 재숙고하고 윌슨의 제공을 받아들였다. 그는 1913년 오스만 주재 대사로서 임명되어 1916년까지 이 직위를 지냈다.

대부분 기독교 선교사들과 유대인들이었던 미국 시민들의 안전이 그의 일찍이 대사직에 오스만 제국에서 주요 근심거리였어도 모건소는 자신이 가장 선취된 하나의 논점이 아르메니아에 관한 의문이었다고 진술하였다. 전쟁이 터진 후에 미국은 적대 행위들의 이유로 자신들이 외교적 파견들을 철수시킨 이래 콘스탄티노폴리스에서 미국 대사관과 연장에 의하여 모건소가 추가적으로 연합국의 이익들을 대표할 수 있도록 중립을 지켰다. 오스만 제국의 권리들이 1914년 ~ 15년의 아르메니아인 집단학살 절멸 운동을 시작하면서 제국의 다른 부분들에서 거주한 영사들이 학살을 상세히 보도하였다. 축척된 증거들과 향한 모건소는 공식적으로 오스만 제국 정부의 활동들을 미국 정부에 알렸고, 그 일에 중재하는 데 의문하였다.

끄집어지는 것을 원하지 않은 미국 정부는 당시 분쟁에 중립을 지키고 약간의 공식적 반응을 발언하였다. 모건소는 아르메니아인들의 처지를 완화하는 도움을 주는 데 오스만 제국의 지도자들과 높은 수준의 회담들을 개최하였으나 그의 항의는 포기되고 무시를 당하였다. 그는 유명하게 오스만 제국의 내무장관 탈라트 파샤를 설유하여 "우리의 국민들은 이 학살을 전혀 잊지 않을 것입니다."라고 진술하였다. 학살이 지속되면서 모건소와 다른 미국인들은 아르메니아인들을 보조할 "아르메니아 잔학 위원회" (후에 근동 구제)를 형성하기로 결정하여 오늘날 1 조 달러에 동등한 원조에 1억 1천만 달러를 모금하였다. 뉴욕 타임스의 발행인 아돌프 오크스와 자신의 우정을 통하여 그는 또한 1915년 홀로 145개의 기사들과 함께 현저한 취재 범위를 받는 데 학살이 지속되어야 한다고 보증하였다. 그의 저서 〈국가의 살인〉에서 결정으로 돌아가보면 모건소는 자신이 "터키를 공포의 장소로서 보는 데 왔다. 난 나의 수단들의 끝에 도달하였다. 난 남성들과 나의 더욱 나가서 하루의 협력을 참을 수 없는 것으로 찾았지만 100만 명에 가까운 인간들의 피를 뿜는 아직도 품위있고 융통성있는 이들이다."라고 썼다. 오스만 제국의 지도자들과 자신의 대화들과 아르메니아인 집단학살의 자신의 보고는 후에 1918년 〈모건소 대사의 이야기〉의 타이틀 아래 출판되었다.

2백만 명의 아시리아인, 그리스인과 아르메니아인들이 이미 멸망하면서 아시리아인들은 국외 추방과 대량 학살의 같은 방법들로 복종되었다. 1917년 6월 펠릭스 프랭크퍼터는 전쟁의 수고에서 동맹국을 포기하는 데 터키를 설득시키는 비밀적 임무에 그를 동행하였고, 임무가 "팔레스타인에서 유대인 공동체들의 상태를 개선하는 데 목적이었다"고 진술하였다.
헨리 모건소가 오스카 스트라우스와 같은 직위를 받은 것은 몇 년인가?
1913