1796년 1월 조지 워싱턴 대통령은 독립 전쟁 시의 맥헨리의 공헌을 평가하고 육군 장관에 임명했다. 맥헨리는 워싱턴 대통령과 그 후임 존 애덤스 대통령의 밑에 미국 육군의 총괄을 맡게되었다. 맥헨리는 육군 장관에 취임 직후 서부에 격리된 주둔지의 부대 개편에 착수했다. 맥헨리는 주둔 부대의 자유도를 높여 효율적으로 활동할 수 있도록 하고, 국경에서 인디언의 공격을 방어하는 전투 부대로서의 역할을 하도록 했다. 1797년에서 군사적 절차 규칙화에 착수, 혼돈스러웠던 군수품 공급 제도를 약 2년에 걸쳐 제도화했다. 맥헨리는 문민장관이었지만, 군사 체제를 자신의 권위에 종속시키는 것에 성공했다.

미국 의회는 영구적인 군대의 존재가 많은 논란을 일으키는 있었지만, 1798년에 프랑스와의 전쟁의 가능성이 높아지자 맥헨리는 “절박한 위협에 대항하기 위해 2만명의 군대를 설립한다”는 주장을 지지했다. 상비군 반대파의 사람들은 임시군이 자유민의 이익을 침해하는 주둔군과 다름없다고 비판했다. 한편 맥헨리와 정치적 또는 군사적으로 관련된 사람들이 임시 군대가 어디까지나 적절한 수단이라고 옹호했다. 맥헨리는 상비군 설치를 내켜하지 않는 미국 의회에 “여러분은 미국을 프랑스 미끼로 바칠 생각입니까?”라고 경고하고 논의를 전개시켰다. 의회는 결국 새로 정규군으로 12연대를 창설하는 것을 승인했다. 맥헨리는 대규모 군대 조직 관리는 미숙했지만, 통제된 직업군의 과감하게 구축했다. 군사의 문민 통제에 관해서는 다양한 논란을 촉발시켰다.
맥헨리가 육군 장관 자리에 오른 해는?
1796