엘니뇨가 발생할 때에는 동태평양 해류가 따뜻해져서 증발량이 많아지며, 이로 인해 태평양 동부 쪽에는 강수량이 증가한다.

엘니뇨는 북아메리카에 비해 남아메리카에 보다 강하게 영향을 미친다. 엘니뇨는 따뜻하고 매우 습한 여름(12월-3월)에 남아메리카 북쪽의 페루나 에콰도르와 같은 해안선을 따라 찾아오게 되며, 엘니뇨가 강할 경우 대규모의 홍수가 발생하게 된다. 2월-4월 동안의 피해 역시 심각하다. 남부 브라질 및 북부 아르헨티나에는 봄이나 초여름 동안 평상시에 비해 습한 기후를 겪게 된다. 중부 칠레는 다량의 비가 내리는 온난한 겨울이 찾아오게 되고, 페루-볼리비아의 고원지대(Altiplano)는 때로는 비정상적인 강설현상도 겪는다. 아마존 강 유역, 콜롬비아, 중앙아메리카에는 평상시보다 건조하고 온도가 높아지는 현상이 나타난다.

엘니뇨로 인해 보다 건조한 상태가 되는 인도네시아, 필리핀, 북부 오스트레일리아 등지에는 산불 빈도가 증가한다. 퀸즐랜드주, 빅토리아주, 뉴사우스웨일스주, 태즈메이니아주 등지에서도 역시 6월-8월 사이에 평상보다 건조한 상황을 겪는다.
엘리뇨가 발생함으로 인해 강수량이 감소하는 지역은?
태평양 동부