1664년과 1665년에 두 차례의 비가 많이 오는 여름을 지내고, 런던은 1665년 11월부터 예외적인 가뭄에 시달리게 됐다. 대화재까지 약 10개월 가량 지속되었던 가뭄으로 목조건물의 나무는 바싹 말라 있었다. 결국 9월 2일 일요일 자정이 조금 지난 시각에 푸딩 레인에 있는 토마스 패리너라는 사람의 제과점에서 화재가 일어나게 된다. 토마스 패리너와 그의 가족들은 위층에 갇혔으나, 런던 대화재의 첫 번째 희생자인 화재로 겁을 먹었던 여직원 한 명을 제외하고는, 간신히 위층 창문으로 하여금 옆집까지 기어올라갔다. 이웃들은 토마스 패리너의 제과점의 불을 끄는데 도움을 주려고 애썼다. 화재 한 시간 후에 교구의 순경들이 도착해 이웃집들에 더 이상 화재가 번지지 않도록 철거를 하는 것이 낫다고 판단했고, 토마스 패리너의 가족들은 이에 항의했다. 순경은 당시 시장경이었던 토마스 블러드워스 경을 불렀는데, 오직 시장만이 무력으로 토마스 패리너의 항의를 무효화할 수 있는 권한을 가지고 있었다.
 블러드워스가 제과점에 도착했을 때, 불은 이웃들의 집을 이미 집어삼키고 강변에 위치해 있던 종이 창고와 가연성 물품을 저장한 저장고로 가고 있었다. 경험이 많은 소방관들은 집을 철거해 불을 막자고 말하였으나, 블러드워스는 대부분의 시설이 임대한 건물이고, 건물의 소유주를 찾을 수 없다는 이유로 이를 거절했다. 블러드워스는 원래 자신이 시장경의 일을 충실히 해낼 수 있어 시장경이 된 것이 아니라, 아첨꾼으로 고위 간부에게 아첨을 해 시장경 직에 임명이 된 것으로 여겨진다. 블러드워스는 갑작스러운 위기 상황에 당황했고, "흥! 이 불은 여자 오줌으로도 끌 수 있어"라고 말하고는 떠났다. 불이 점점 커져 도시가 파괴된 후, 피프스는 1666년 9월 7일 자신의 일기에 이렇게 기록하였다. "사람들은 전부 바보같은 시장경의 단순함에 큰 소리로 항의했고, 특히 이 화재에 대한 모든 잘못을 그의 책임으로 물었다."

피프스는 런던 대화재 당시에 해군 관련해 고위직에 있었다. 피프스는 화재가 났을 당시에 런던탑에 올라가 첨탑에서 화재를 처음 보았는데, 그는 일기장에 동풍이 화재를 대화재로 바꾸어 놓았다고 기록했다. 당시에 화재는 이미 몇 개의 교회를 불태웠고, 300채 정도의 가옥이 있는 강변에 도달했다고 추정했다. 런던 교의 집들은 이미 불타고 있었다.

그는 가까운 거리에 있는 푸딩 레인 주변의 파괴의 정도를 조사하기 위해 보트를 탔고, 사람들에 대해 "모든 사람들은 물건을 치우려 노력하고, 강으로 뛰어들거나, 사공을 부르기도 했다. 가난한 사람들은 자신의 집 앞까지 불이 탈 때까지 기다렸다가, 자신의 집에 불이 붙으면 강가로 뛰어들거나, 다른 곳으로 자리를 옮겼다"라고 묘사했다. 피프스는 불이 동풍을 타고 서쪽으로 오면서 화이트홀까지 갔다고 하며, 그가 도착하자 사람들이 이에 관한 이야기를 설명했고, 그 설명이 모두를 놀라게 했으며, 이 이 모든 것들이 왕에게 전해졌다고 일기에 기록했다. 그래서 그는 호출을 받았고, 요크 공작들과 왕에게 자신이 본 것을 말했고, 찰스가 집들을 철거하라고 말하지 않는 한, 그 어떤 방법도 소방은 불가능하다고 했다, 이윽고 그는 피프스에게 명령해 시장경에게 가서, 그에게 집을 아끼지 말고 철거하라고 명령한 것을 전해달라고 부탁했다. 요크 공작 제임스는 왕실 생활 경비대를 화재 진압에 돕기 위해 사용을 해도 된다고 말했다. 

화재가 났을 때 어린 학생이었던 윌리엄 태즈웰은 웨스터민스터 대수도원에서 아침 예배를 마치고 나왔을 때, 일부 난민이 푸딩 레인에서 서쪽으로 1마일 정도 떨어진 웨스터민스터 계단 근처에서 아무것도 입지 않고 담요만 걸치고 있는 난민들을 보았다. 거룻배의 사공은 갑자기 뱃삯을 비싸게 받기 시작했고, 운이 좋은 몇몇 난민들만이 보트에 자리를 잡았다.
푸딩 레인의 한 제과점에 불을 지른 사람은 누구인가?
토마스 패리너