영국과 북미 식민지 간의 관계가 악화되어 1775년 4월에 뉴잉글랜드에서 렉싱턴 콩코드 전투가 시작되자 맥헨리는 반 영국 입장을 표명했다. 맥헨리는 보스턴 공성전에서 대륙군에 자원하여 참여하고 매사추세츠 만 식민지 케임브리지 군 병원에서 군의관 보조로 일했다.

1775년 12월, 리처드 몽고메리 장군이 이끄는 대륙군이 캐나다의 퀘벡 전투에서 대패하면서 맥헨리는 부상자의 치료를 위해 설치된 뉴욕 식민지 북부군 병원 중 하나로 가도록 요청받았다. 하지만 맥헨리는 부임하기 직전에 추가로 필요한 의약품을 모아야 한다는 이유로 필라델피아에 돌아왔다.

1776년 필라델피아로 돌아온 맥헨리는 벤자민 러쉬의 추천에 의해 로버트 메가우 대령의 연대에 군의관에 기용되었다. 1776년 8월 10일, 맥헨리는 22살의 나이로 펜실베이니아 제5 대대의 정규 대원으로 다시 필라델피아를 떠나 전선으로 향했다. 펜실베이니아 제5 대대는 대륙군의 정규 부대로 뉴저지 식민지 북부에 배치되어 뉴욕과 직접 연락을 끊었다. 펜실베이니아 제5 대대는 맨해턴 섬 북서쪽 끝에 대륙군 전초 기지로서의 워싱턴 요새를 건설하는 임무를 할당했다. 당초 대륙군은 워싱턴 요새를 거점으로 뉴욕을 방어, 허드슨 강에 영국군의 침입을 막아낼 계획이었다. 따라서 펜실베이니아 제5 연대는 워싱턴 요새 완성 후에도 그 방위를 맡았지만, 1776년 8월에 영국군 사령관 윌리엄 하우에게 급습을 받아 같은 해 11월 16일에 워싱턴 요새를 함락 당했다. 맥헨리는 2000여명의 대륙군 병사와 함께 영국군의 포로가 되었다. 맥헨리는 전쟁 포로의 질병을 관리하고 몇 달을 보낸 후 1777년에 당시 전쟁의 관례에 따라 석방되었다.

1778년 3월, 맥헨리는 다시 대륙군에 참가하여 대륙군 야영지 밸리 포지에서 1개월 정도 군의관을 맡았다. 1778년 5월, 대륙군 총사령관 조지 워싱턴은 맥헨리를 참모부 서기로 임명했다. 맥헨리는 워싱턴과 함께 2년 반 정도를 보냈다. 그동안 맥헨리는 몬머스 전투, 스프링필드 전투, 뉴저지 전투에 참가했고, 헨리 녹스, 알렉산더 해밀턴, 라파예트 등과 함께 워싱턴에서 가장 친한 ‘군 패밀리’의 일원으로 손꼽혔다.

맥헨리는 라파예트와 뜨거운 평생 우정을 쌓았다. 1780년 가을, 맥헨리는 프랑스인 부대에 전속되어 소령으로 임무를 맡았다. 맥헨리는 라피예트의 측근으로 군사 작전에 참여했다. 1780년 겨울, 맥헨리는 경보병 부대와 함께 버지니아에 가서, 1781년 가을 전역할 때까지 라파예트의 강행군을 지원했다
멕헨리가 친 영국 입장을 표명한 해는?
1775