그러나 정미사화 이후 윤원형과 윤원로가 싸우게 되자 친정 동생들임에도 불구하고 문정왕후는 그 중 윤원형의 손을 들어주게 된다. 윤원형의 사촌인 윤춘년은 윤원형의 사주를 받고 다음과 같이 형 윤원로를 탄핵하는 상소를 올렸다 상소가 올려지자 문정왕후는 한참을 고민하다가 윤원형의 손을 들어준다.

신이 삼가 살피옵건대 위장 윤원로는 성품이 간사하고 기질이 방자하니, 이런 태도로 미루어 보건대 한 가지 착함도 기록할 것이 없고, 만 가지 악한 것만 갖추어서 부귀를 생각하는 마음만 품었고. 군신의 의리는 마음에 두지 않았습니다. ... 스승의 가산을 파산시키고 종친의 땅을 빼앗고 사람을 함부로 죽여 백성의 원성을 샀으며, 국모와 종사를 위태롭게 하였으니

결국 윤원형, 윤춘년, 윤원로 등의 싸움에 끼어 든 누이 문정왕후는 결국 오빠를 죽이고 남동생의 손을 들어 줌으로써 싸움판을 종결시켰다 이 일로 윤원로의 아들 윤백원은 숙부 윤원형과 당숙 윤춘년에게 원한을 품고 명종비 인순왕후의 외삼촌이자 효령대군 가문의 후손으로 새로운 권신이 된 이량 일파에게 붙었다. 그러나 문정왕후는 윤백원에게만큼은 동정, 호의를 베풀었다.
문정왕후가 친형제들의 싸움에서 편을 들어주지 않은 인물은?
윤원로