1995년 네팔 인민해방군을 조직했고, 네팔 공산당의 국방위원장(무장투쟁의 위원장)으로 선출되었다. 1996년 왕정에 대항하는 게릴라 전쟁인 '인민 전쟁'을 네팔 왕정에 선포하고 2월 13일에 경찰서를 습격하면서 봉기를 일으킨다. 

오랜 전쟁 끝에 비렌드라전 국왕이 2001년 사망하면서 전세(戰勢)가 네팔 공산당에게 유리하게 흘러갔고, 2001년 중기에 네팔 인민 정부가 수립되었다. 그는 인민 정부의 초대 임시주석이 되었다.

네팔의 정권을 좌익 및 반세계화주의자들이 잡을 것을 염려한 미국과 영국은 2003년 왕당파의 군대를 지원했고, 왕당파는 규모가 커져서, 공산당의 군대가 큰 피해를 받았다. 왕정파가 다시 네팔의 전권을 장악하고, 네팔 공산당은 지하 단체화 되는데, 프라찬다는 이 당시에 일어난 수많은 민주화운동을 지원해주는 방식으로 왕정에 대항했다.

2006년 그가 지원하던 민주화운동 세력이 가넨도라 왕정을 끌어내리면서, 인민전쟁이 종전되었다. 2008년 제헌 의회를 소집하여 왕정 체제를 폐지하고 네팔 공산당은 총 299석의 의석을 얻었다. 프라찬다 자신도 총리에 당선되면서 네팔의 초대 총리가 되었다. 그러나 야당에 마찰을 수시로 빚던 그는, 후에 자진 사퇴를 하게 된다. 그 후, 그는 신분제 유지에 반대한다는 점에서 다른 공산당원들과 뜻이 같았지만, '부르주아 민주제'로 전환하자고 주장했다는 점에서 급진파들은 '프롤레타리아 독재 체제' 구축이 답이라고 반발했다. 이 의견이 크게 먹히지 않으면서, 프라찬다 지지파는 공산당 내에서 그 힘을 잃어갔다. 그러나 아직은 네팔 내에서는 주도적 인물의 자리를 크게 확보하고 있다.
왕정이 끝난 뒤 네팔 공산당이 국회에서 차지한 자리의 개수는?
299석