1946년 4월 12일 국내 좌파세력들이 주도한 루스벨트 미국 대통령 1주기 추모식에 참가하였다. 여기서 조선공산당 당수 박헌영도 참가하였다. 이는 공산당이 남한에서 엄연한 현실 권력인 미군정을 인정하고 협조하겠다는 자세이자, 여운형이 노력한 결과물이기도 했다. 본격적으로 추진될 좌우합작과정에서 한 사람이라도 더 많은 이들이 참여해야 한다는 것이 여운형의 생각이었다. 박헌영은 여운형 환갑잔치에도 참석해 '당신은 조선민족해방운동의 과정에서 위대한 지도자였습니다. 당신은 일본제국주의의 압력에도 불구하고 조선독립을 위해 싸워왔고 조선 노동계급을 위해 용감히 투쟁해 왔습니다.'라고 극찬하기도 했다. 그러나 한달 뒤 5월 정판사 위조지폐 사건이 터져 미군정이 조선공산당을 탄압하자, 조선공산당은 급진화되었다.

문제는 미군정의 태도였다. 좌우합작세력을 밀어 대중들의 지지를 확보하되, 공산당이 대열에 이탈하면 곧바로 파괴한다는 것이 미군정의 목표였고, 그 열쇠를 쥔 것이 여운형이었다. 미군정 비밀보고서에는 노골적으로 여운형을 회유와 압박을 했다고 기록되어 있다. 미군정이 원하던 것은 여운형과 공산당의 단절이었다. 조선공산당 또한 여운형의 좌우합작노선을 어렵게 만들었다. 박헌영이 1946년 6월 23일에 합작 5원칙을 발표했는데, 토지의 무상몰수, 무상분배와 정부기능을 미군정에서 인민위원회로 즉각 이양할 것 등을 주장했다. 사실상 좌우합작 원칙을 전면 거부한 내용들이었다

이는 여운형도 받아들일 수 없는 원칙이었다. 여운형은 명백한 반대의사를 밝히고, 박헌영을 설득하였다. 그러나, 그가 공산당과 손을 놓는 순간이 공산당과 미군정의 전면전을 의미했다. 여운형과 미군정은 서로 다른 속셈이었다. 여운형에게 미군정은 좌우합작을 위해 피할 수 없는 현실이었고, 미군정에 여운형은 상황에 따라 이용할 수 있는 수단이었다

1946년 7월 17일 버취 중위 집에서 좌우합작 요인들과 회담을 하였는데, 그 날 밤에 김두한이 대한민청에 야산으로 납치되어 협박을 당하던 중 벼랑에서 낙하했다. 

1946년 8월 27일, 여운형은 조선인민당 당수직에서 사임하기에 이른다. 인민당 내부에는 조선공산당 프락치들로 박헌영의 지시로 공산당으로의 흡수통합을 결의해 버린 것이다. 이에 여운형은 미군정청에 '박헌영을 제거해 달라.'는 요청을 하기도 하였다.. 한편, 박헌영도 김일성에게 서신을 보내 여운형을 비판하였는데 '김일성 동지는 여운형을 잘 모른다. 여운형은 대중선동을 좋아하는 야심가이고 철저한 친미주의자며 부르주아 민주주의자다. 여운형이 좌우합작운동을 끄집어내면서 3대 원칙을 제시했는데 첫 번째로 부르주아 민주주의 공화국을 세운다고 하지 않았느냐. 또 그는 출신 자체가 양반지주 출신이다.'라며 비판하였다 한편, 여운형은 '북의 김일성·김두봉이 민족주의자로서 박헌영의 반미적 노선에는 반대할 것.'이라고 판단하고 있었다 그러나, 1946년 5월에 김일성이 남한을 '미제국주의와 총독정치'라고 평가하며, 8월에는 '남한을 완전히 해방시켜야 한다.'는 연설을 했던 것을 여운형은 모르고 있었다

1946년 8월초, 조선인민당 당수 여운형은 조선공산당과 조선신민당 앞으로 3당합당을 제안하는 서한을 보내왔다. 발송하기 이틀 전에 평양의 김일성과 김두봉에게 편지 형식의 보고서를 먼저 올렸다. 박헌영은 조선공산당 책임비서로서 3당합당 요청을 수락하였다 9월 4일 3당합당 결과 남조선노동당 창당 중앙위원회가 결성되었다. 이 시기 미군정은 조선공산당 간부들에 대한 체포령을 내리고 조선공산당은 더욱 과격 성향을 보이며 9월 총파업으로 맞서며 미군정과 전면 충돌하게 되었다

조선공산당, 남조선신민당, 조선인민당 3당이 통합하여 남조선노동당이 결성되자, 초대 위원장에 선출되었다. 그러나 부위원장으로 선출된 박헌영과 당내 주도권을 놓고 갈등하다가 암투를 벌이게 되었다. 여운형은 좌익정당 합당보다는 우익세력과 연대해서 통일정부를 수립하는 좌우합작운동을 추진했고, 박헌영은 이를 반대했다.
남조선노동당의 초대 부위원장은 누구인가?
박헌영