1839년 7월에 유진길은 집에서 체포되었다. 그의 친척들 중 많은 사람들이 그에게 배교를 간청했지만, 그는 그러기를 거절했다. 그들은 그에게 그의 가족들이게 벌어질 일과 처지 그리고 재산의 손실을 일러주었지만, 그는 그들에게 그들에게 문제를 안긴 것은 미안하지만, 몸을 돌보는 것 보다는 영혼을 구원받는 것이 더 중요하다고 말했다.

포장은 그를 심문했다. "너는 관리로서 어떻게 조정에서 금하는 종교를 고수할 수 있느냐? 천주교 교인들과 서적들이 어디에 있는지 대거라." 유진길은 아무것도 누설하지 않았고, 따라서 다섯 차례 격심한 고문을 받아 그의 살가죽이 뜯겨 나갔다.

포장은 유진길에게 앵베르 주교와 두 명의 다른 선교사들에 대해서 물었다. 유진길은 그에게 그들은 조선의 백성들에게 하느님을 가르치고 그들의 영혼의 구원을 돕고자 조선에 왔다고 말했다. 그는 그 선교사들은 결코 자신들의 부와 명예 그리고 쾌락을 추구하지 않는다고 말했다. 포장은 그들을 조선으로 보낸 사람이 누구냐고 물었다. 유진길은 자신이 그랬다고 말했다. 그러자 포장은 앵베르 주교를 데러와서 그들에게 같이 물었다. 주교는 유진길에게 조정은 이미 모방 신부와 샤스탕 신부가 조선에 있는 것을 알고 있다고 말했다.

그러나, 유진길은 조선에 있는 교회 지도자들의 이름을 대기를 거부했다. 그의 다리는 주뢰형으로 뒤틀려 버렸고, 밧줄에 묶인 채 엄청난 양의 피를 흘리고 있었다. 포장은 심문을 계속했다. "이것은 너 같이 우둔하고 낮은 신분의 사람이 혼자서 저지를 수 있는 죄가 아니다. 천주교도들 중 누가 이 일을 지시했느냐? 네가 네 나라의 아름다운 전통과 의식을 버리고 외국인들의 불충한 풍습을 받아들였기 때문에, 네가 만 번을 사형에 처해진다 하여도, 그 형벌은 너무 가볍지 않겠느냐? 이것은 엄숙한 심문이다. 따라서 한 치의 거짓도 없이 신중히 답하거라." 그들은 천주교의 가르침이 그릇되며 불충하고 반사회적이기 때문에 외국인 신부들을 조선으로 보낸 사람들은 반역죄를 지었음을 강조했다.

그런, 유진길은 태연히 대답했다. "저는 이미 심문관님들께 제가 했던 모든 것을 말씀 드렸습니다. 십 년 전에 저는 천주교를 배우기 위하여 정하상 바오로 형제님을 만나 그의 모임에 들었습니다. 저는 제가 배운 것을 회고해 보니 교회에는 반드시 사제에 의해서 행해져야 할 여러 성사와 절차가 있다는 것을 알았습니다. 하느님께서 하늘과 땅의 최고 주님이시므로, 저희는 그분을 믿어야 하며 경배해야 합니다. 제가 저지른 유일한 죄는 저희 나라에서 이 가르침이 금지된 까닭에 임금님을 속인 것 뿐입니다. 저는 이미 감옥에서 석 달을 보냈습니다. 제가 아는 교우들 중에서 일부는 사형을 받았고, 몇 명은 투옥되어 있으며 나머지는 바람처럼 흩어졌습니다. 제가 도성에서 나고 자랐다고 하여 어떻게 이 나라 안의 백성들에 대하여 무엇이든지 다 알 수 있겠습니까? 만일 제가 어떤 대역죄를 지었다면, 그것은 저 혼자만의 책임입니다." 포장은 다시 물었다. "너는 어떻게 국법을 어기면서 까지 이런 반역행위를 하느냐?" 유진길은 대답했다. "어떻게 당신은 사형을 받는 것과 죽어서 지옥에 가는 것을 비교할 수 있겠습니까? 무엇이 더 나쁩니까?" 그리고 그는 다음의 말을 끝으로 더 이상 말을 하지 않았다. "저는 더 이상은 아무 말도 하지 않겠습니다. 저의 유일한 죄는 임금님을 속인 것뿐입니다."

그 후 유진길은 두 차례 더 고문을 받았다. 그의 살가죽이 더 찢겨나갔으며 뼈 여러 곳이 부러졌다. 그러나 그의 신념은 결코 흔들리지 않았으며 결국 사형 선고를 받았다.
모진 고문으로 손상된 유진길의 신체 부위는?
살가죽