교황 그레고리오 1세는 보니파시오를 투철한 신앙심과 고결한 인격을 두루 갖춘 인물로 평가하면서 그에게 깊은 인상을 받았다. 그리하여 그레고리오 1세는 603년에 그를 교황 사절로 임명하여 동로마 제국의 콘스탄티노폴리스 궁정에 파견하였다. 이 시기는 그의 일생에 있어서 매우 중요한 시기로서, 훗날 그가 교황의 자리에까지 오르는데 큰 도움이 되었다

보니파시오는 동로마 황제 포카스로부터 큰 신망을 받아 그의 눈과 귀가 되었다. 이러한 친밀한 관계는 그가 그레고리오 1세로부터 코르시카 섬의 주교 카시오페의 알키온을 위해 황제로부터 청원하라는 지시를 받았을 때 매우 유용하게 사용할 수 있었다. 알키온 주교는 슬라브족과 아바르족의 공격을 받고 휘하 성직자들과 함께 자신의 거처로 피했는데, 그 사이에 에피루스의 주교 에우리아의 요한이 자신의 주교좌를 강탈했다는 소식을 듣게 되었다. 평상시 알키온 주교 밑에 있는 것에 만족하지 않았던 요한은 자신의 신변에 이상이 없자 즉시 그를 대신해 주교좌를 차지한 것이다. 일반적으로 이러한 행동은 용인될 수 없는 행동이지만, 포카스 황제는 요한에게 우호적이라서 이 문제에 개입하지 않으려고 하였다. 이에 알키온 주교는 그레고리오 1세 교황에게 호소하였으며, 그레고리오 1세는 콘스탄티노폴리스에 주재하고 있는 보니파시오에게 이 문제를 해결할 것을 지시하였다. 보니파시오는 천재적인 외교술을 발휘하여 황제와의 관계를 돈독히 하면서, 문제가 된 당사자들을 서로 화해시키는데 성공하였다
알키온의 주교 자리를 빼앗은 사람은?
에우리아의 요한