1월 16일에는 사고 사실이 사고 후 10시간 늦게 발표되었고 사고 경위도 석연치 않으며, 대형 참사라 국민의 관심이 크다는 보도가 있었다. 해군당국에서 사고 경위를 설명하였으나, 군함측의 과실에 대해 해운업계와 의견이 엇갈렸다. 연안 여객선 선주들은 선체를 인양하여 감정해 줄 것을 관계당국에 요구하였다. 1월 18일 부산 지방해양심판위원회에서는 충남함이 30%, 한일호가 70%의 과실이 있으며, 선체 감정을 거쳐 최종 결론을 내리겠다고 발표하였다. 한일호의 승객들이 갑판에서 구조를 요청하는데도 10여 분동안 써치라이트만 비추고 구조를 하지 않은 점, 선박이 많은 곳을 빠른 속도로 항해한 점 등의 충남호의 과실이 지적되기도 했다. 

유족들은 1월 17일 정확한 침몰 경위를 밝힐 것을 포함한 6개항의 요구 조건을 제시하면서 합동위령제를 거부하였다. 

1월 19일 한일호가 인양되었고, 부산지검은 인양된 한일호를 압류하여 검증하였다. 침몰 시각을 알 수 있는 중요한 증거물인 시계가 인양 후 사라졌으나, 검찰은 이미 찍어 둔 사진을 토대로 사고의 원인이 충남호에 있다는 결론을 내렸다. 

구명 시설에 대한 점검에서 한일호는 176개의 구명대를 갖추어야 하나 실제로는 10개만 실었던 것이 드러났다. 

5월 14일, 부산지방해난심판위원회에서는 한일호가 해상충돌예방법을 위반하였다고 재결하였다.
해군당국과 항해업계가 서로 동의하는 것은 무엇인가?
군함측의 과실