산체스는 2006년 시즌을 벤치선수로서 시작하였다. 3루수 조 랜다가 5월 6일에 부상을 입을 때 산체스가 그 위치를 차지하였다.

그는 메이저 리그 베이스볼 선수들의 대부분인 2006년 올스타 경기를 위하여 850,000개 이상의 기명 투표를 받았다. 그는 내셔널 리그의 감독 필 가너에 의하여 선택된 예비 선수로서 내셔널 올스타 선수단에 이루었다. 산체스는 에드가르 렌테리아를 대체하는 데 유격에서 5회의 이닝에 게임으로 들어갔다. 그는 화려한 외야 포구를 만들었다. 그는 2루에서 경기를 끝내고 2개의 땅볼로 아웃이 되면서 본루에서 2루를 위한 0루로 갔다.

시즌의 마지막 날에 산체스는 플로리다 말린스의 3루수 미겔 카브레라를 꺾고 그해의 내셔널 리그 타구 타이틀을 우승하였다. 산체스는 1983년 빌 매들록 이래 타구 타이틀을 우승하는 데 첫 파이리츠 선수가 되었다. 산체스는 처음으로 200개의 타구 마크를 도달하였다. 그는 또한 85개의 타점을 가짐은 물론 53개와 함께 2루타를 아웃시키면서 내셔널 리그를 이끌기도 하였다. 그는 27.5%의 직구 퍼센티지에서 메이저 리그를 이끌었다. 그해의 시즌 이후에 산체스는 자신의 육체적 역경을 정복한 공로로 토니 코니글리아로 상을 받았다.

그해의 1월 초순에 그의 버뱅크 고등학교 불독 야구복의 "21번"은 학교와 도시 공무우너에 의하여 주최된 식전에서 영구결번 되었다. 그날은 "프레디 산체스의 날"로 선언되었다. 2007년 1월 산체스는 피츠버그 매거진에 의하여 피츠버그의 가장 아름다운 25명의 사람들 중의 하나로 뽑혔다.
산체스가 피츠버그의 가장 아름다운 25인에 선정된 해는?
2007년