'미생물학과 면역학의 아버지'로 여겨지는 루이 파스퇴르(1822-1895)는 19세기의 프랑스 생물학자이다. 그는 실험을 통해 병원체가 자연 발생하지 않으며, 생존과 증식을 위해 적절한 환경이 필요한 생물체임을 보였다. 이 발견으로부터, 그는 치킨 콜레라, 탄저병, 광견병의 백신 개발을 위해 실험하였다. 또한 음식에 들어 있는 박테리아를 죽이는 방법(저온 살균법)을 개발하였다. 그의 연구 성과는 또한 그를 외과 수술에 있어서 소독 처리의 대변자(영국의 외과 의사 조셉 리스터와 함께)로 만들었다. 그 당시까지만 해도 대부분의 과학자들은 미생물들이 무생물로부터 저절로 생겨난다는 자연 발생설을 따르고 있었다.

파스퇴르가 미생물들을 현미경으로 직접 관찰한 결과는 그로 하여금 자연 발생설을 의심하게 하였다. 그는 이를 시험하기 위해 실험을 하나 설계하였다. 그의 가설은 생명이 없는 곳에서 저절로 생명이 생겨날 수는 없다는 것이었다. 그는 실험을 교란시킬 수 있는 요인들을 가능한 한 배제하고자 하였다. 예를 들자면, 그는 실험을 위해 고기 국물을 담은 플라스크에 어떤 종류의 생명, 심지어는 단 하나의 미생물조차 없다는 확신을 구하고자 했다. 그래서 그는 그가 플라스크 안에 들어 있었을 지 모르는 미생물들이 모두 박멸되었다는 확신을 얻을 때까지 고기 국물을 가열했다. 파스퇴르는 또한 실험을 위해 플라스크 내부의 공기가 외부의 공기와 계속 접촉하면서도 외부의 미생물들이 내부로 들어갈 가능성은 차단하고자 했다. 그의 실험 동료가 플라스크의 목을 S자로 꺾을 것을 제안했는데, 이를 통해 먼지(파스퇴르가 미생물들이 포함되어 있을 것이라고 추측한)는 첫 번째 커브의 바닥에 가라앉으면서도, 공기는 자유롭게 드나들 수 있게 하였다. 

그러므로, 만약 박테리아가 정말로 자연 발생이 가능하다면, 며칠이 지난 후에 플라스크에서 박테리아가 관찰되어야 했다. 자연 발생이 일어나지 않는다면, 실험 플라스크의 내부는 생명이 발견되지 않는 상태 그대로일 것이었다. 마침내, 그 실험은 완벽하게 성공적으로 끝났다. 플라스크의 고기 국물 안에서는 단 하나의 미생물도 발견되지 않았다. 그리고 나서 파스퇴르는 실험에 쓰인 고기 국물이 공기 중의 (미생물을 포함한) 먼지와 접촉하게 하였다. 며칠 만에 고기 국물은 안에서 자라난 수백만에 달하는 미생물들로 빽빽하게 들어찼다. 그 후 2년 동안, 그는 이 실험 결과가 옳다는 확신을 얻기 위해 실험 조건과 장소를 변경해 감가면서 실험을 반복하였다. 이 과정을 통해 파스퇴르는 자연 발생은 일어나지 않는다는 자신의 가설을 더욱 강하게 뒷받침할 수 있었다. 그의 가설을 증명하는 이러한 실험 결과와 다양한 종류의 질병 치료와 예방에 있어서 그가 일구어낸 성과에도 불구하고, 자연 발생에 관한 대중적인 오인을 수정하는 작업은 느리고 힘들게 이루어졌다.

파스퇴르 자신이 특정한 문제들을 해결하고자 하면서, 파스퇴르의 일부 개념은 그가 한 실험의 결과에 의해 수정되었는데, 그 예로 1865년에 프랑스 누에 산업에 파괴적인 영향을 미친 질병의 원인을 찾도록 부탁받은 일을 들 수 있다. 약 1년 간 부지런히 연구한 끝에, 그는 문제를 일으키는 미생물을 찾아 낼 수 있었고, 이를 바탕으로 누에 사육에 관해 조언하였다. 하지만 그가 그 자신의 충고를 직접 시험하여 보았을 때, 그는 질병이 여전히 사라지지 않는다는 것을 발견했다. 후에 그는 그 자신의 판단은 옳았지만 불완전하다는 것을 알아냈다 - 문제를 일으키는 미생물이 두 종류였던 것이다. 그가 완벽한 해결책을 찾아내기까지 2년의 시간이 추가로 소요되었다.
파스퇴르가 1년간의 연구 끝에 질병을 퇴치한 동물은 무엇인가?
누에