브루클린은 롱아일랜드의 가장 서부에 자리잡고, 북동부로 퀸스와 유일하게 대지 경계선을 나눈다. 이 경계선의 가장 서부 구역은 이스트 강으로 흘러가는 뉴타운 지류에 의하여 규정지어졌다.

브루클린의 해안은 다른 수역들을 향한다. 중부 브루클린이 뉴욕만에 인접하는 동안 북부 브루클린의 해안은 이스트 강에 의하여 경계를 규정짓는 편이다. 이 해안 지역은 레드후크 반도와 이리 분지를 나타낸다. 버터밀크 해협은 거버너스섬으로부터 해안의 이 부문을 가르는 편이다. 남서부는 고와너스 운하로 연결된 고와너스 만이다. 그 남부의 가장 서부 구역에서 브루클린은 뉴욕만의 상부와 하부가 만나는 베라자노 내로스 교에 의하여 스태튼아일랜드로부터 갈라졌다.

브루클린의 남부 해안은 코니아일랜드, 브라이튼비치와 맨해튼비치로 뻗어있는 반도를 포함한다. 남동부 해안은 섬에 점이 찍힌 자메이카만에 놓여있다.

브루클린의 가장 높은 장소는 프로스펙트 공원과 그린우드 묘지를 둘러싼 지역으로 바다 높이의 위로 대략 200 피트 (60m) 솟아있다. 거기에는 브루클린하이츠로 알려진 다운타운 브루클린에서 소수의 고지가 있기도 하다.
브루클린과 스태튼 아일랜드를 나누어지도록 한 다리가 있는 해안은?
뉴욕만