항상 야망적이었던 헨드릭스는 정치에 뛰어들었다. 그는 1848년 인디애나주 연방 하원으로 선출되어 1849년 주의 헌법 집회에서 대표단으로 지냈고, 1850년 연방 상원에서 의석을 이겼다. 하원의 인기있던 의원이었던 그는 일리노이주 민주당 상원 스티븐 A. 더글러스의 신봉자가 되어 더글러스의 논쟁적 캔자스-네브래스카 법령을 지지하였다. 그 법령은 미주리 타협을 무효로 하였고, "국민 주권"으로 알려진 개념으로 노예제 허용 여부를 결심하는 데 영토들의 주민들을 허락하였다. 북부에서 대중의 분노는 옛 휘그당의 해산과 결국적으로 새로운 공화당의 출현에 결과를 가져온 정치적 불안정의 시기를 일으켰다. 헨드릭스는 캔자스-네브래스카 법령을 위한 자신의 투표가 그것이 후에 1854년 재선을 위한 자신의 패배의 원인으로서 인용되었어도 자신의 구성 요소의 감정을 반영하였다고 믿었다. 그는 자유 군인, 노예제 폐지론자, 절제 옹호자, 노우 나씽과 휘그당원들의 연립을 대표한 전 민주당원에 의하여 반대되었다. 헨드릭스는 노우 나씽 운동의 출생주의를 비난하였고 이민자들과 종교적 소수 민족들의 권리들을 방어하였다. 소수 민족의 권리들을 위하여 이 훌륭한 입장들에 불구하고, 그는 인종 문제에 맹목적이었다. 1849년 인디애나주 헌법 집회의 대표단으로서 그는 인종적 분리를 흥행하고 자유 흑인들의 주에 들어오는 이동을 제한시킨 "흑인법"을 제정하는 데 운동을 이끌었다.

의회에서 자신의 의석을 패한 후, 헨드릭스는 1855년 자신이 1859년를 통하여 보유한 직위로 내무부의 일반 토지국의 위원이 되는 데 프랭클린 피어스 대통령으로부터 임명을 받아들였다. 더글러스파의 민주당원으로서 그는 반더글러스파의 제임스 뷰캐넌 행정부와 점점 벗어나는 느낌이 들었고, 자신의 직무로부터 사임하여 인디애나주로 돌아와 1860년 주지사를 위하여 비성공적으로 출마하였다. 그는 그러고나서 인디애나폴리스로 이주하여 법률을 실행하였다.
미주리 타협을 무효로 하는 법은?
캔자스-네브래스카 법령