과학적 방법
 
과학적 방법은 연역과 귀납에 의해 사실을 밝히는 방법론이다. 연역은 사실로 여겨지는 기존의 전제에서 새로운 결론을 논리적으로 유도하고 귀납은 관찰되는 현상에서 일반화된 결론을 이끌어낸다. 이 두 방법은 모두 완전하지 않다. 연역은 전제가 사실이 아니었을 때 필연적으로 결론 역시 잘못되게 되며, 귀납은 새로운 사실이 관찰되었을 때 결론이 붕괴될 수 있다. "백조는 모두 희다"는 주장은 검은 백조의 발견으로 붕괴된다. 새로운 사실에 의해 기존의 귀납적 추론이 붕괴되는 것은 흑고니 이론으로 알려져 있으며 과학뿐만아니라 경제, 사회, 철학 등 여러 학문 분야에서 쓰이고 있다.

과학의 역사에서 많은 과학자들은 흑고니와 같이 기존의 설명에 반하는 것을 발견하였을 때 이를 무시하는 경향을 보였다192–94 기존의 과학적 설명은 확증 편향으로서 작용한다. 새로운 발견이 기존의 설명에 들어맞으면 보다 쉽게 수용되지만 그렇지 않은 것은 무시되거나 잘못된 관찰이라는 평가를 받기 쉽다 20세기 초 하버드 대학교의 세실리아 페인은 태양의 스펙트럼을 분석하여 태양을 이루는 물질의 대다수가 수소와 헬륨이라는 사실을 관찰하였다. 그러나 당시 보수적이며 남성중심적이었던 천문학계는 페인의 관찰을 받아드리지 못했다. 페인은 이와 관련한 논문을 발표하면서 지도교수 헨리 노리스 러셀의 강권에 못이겨 논문 말미에 "이는 사실이 아닐 것"이라고 써 넣을 수 밖에 없었다. 당시 천문학계는 태양이 대부분 철로 이루어져 있다고 믿고 있었다. 과학자들이 기존의 이론을 고수하려는 확증 편향을 보이기 쉽다고 하더라도 새로운 결과를 지지하는 관찰과 실험이 계속되면 결국 기존의 이론은 폐기되고 새로운 이론이 세워지게 된다 그러나 이러한 변환은 그리 순탄하지 많은 않다. 토머스 쿤은 《과학혁명의 구조》에서 과학 이론의 변화를 대립, 경쟁하는 패러다임의 변환으로 파악한 바 있다. 

과학적 발견은 때로 사회가 갖는 확증 편향과 대립하기도 한다. 찰스 다윈의 《종의 기원》은 당시 영국 사회의 일반적 신념인 기독교의 창조론에 반한다는 이유로 큰 논란을 일으켰다. 과학은 종교와 전혀 다른 범주이지만 오늘날에도 일부 근본주의 기독교 신자들은 창조론을 옹호하기 위해 진화 이론을 거부한다.
창조론과 모순되어 출판 당시 큰 논란이 발생한 찰스 다윈의 저서는?
《종의 기원》