2001년 조지 W. 부시 대통령은 국방부를 위한 부시-체니 이행 팀을 지휘하는 데 할릴자드에게 의문하였고, 할릴자드는 잠시 도널드 럼즈펠드 국방부 장관에 상담 고문을 지냈다. 그해 5월 국가 안보 보좌관 콘돌리자 라이스는 대통령에 특별 보조인과 미국 국가안전보장회의에서 동남아시아, 근동과 북아프리카 정세의 상급 국장으로서 할릴자드의 임명을 선언하였다. 2002년 12월 부시는 사담 후세인 후의 이라크를 위한 준비들을 통합하는 임무와 함께 "Large for Free Iraqis"의 대사의 지위로 할릴자드를 임명하였다.

911 테러 공격이 일어난 후 부시는 할릴자드의 아프가니스탄 전문적 기술에 의지하러 왔다. 할릴자드는 탈리반을 타도하는 계획의 초기 단계들에 연루되었고, 그해 12월 31일 그는 아프가니스탄을 위한 부시 행정부의 특별 교섭인으로 선발되었다. 그는 자신이 아프가니스탄 주재 미국 대사로 지내는 데 임명되었을 때 2003년 11월까지 그 지위에 지냈다. 할릴자드는 2005년 6월까지 아프가니스탄 주재 대사 직을 보유하였다.

그 시기 동안 그는 아프가니스탄의 헌법의 도안을 지켜보고, 국가의 첫 선거와 연루되어 아프가니스탄의 로야 지르가(전통적 대집회)의 첫 회합을 결성하는 도움을 주었다. 2002년 6월 로야 지르 사절단들의 다수가 그를 성원하였어도 로야 지르가가 국가 원수를 선발하고, 미국의 대표들은 전 아프가니스탄의 국왕 87세의 자히르 샤가 숙고로부터 물러나는 데 확신시켰다. 그 운동은 카르자이 정부에서 북부동맹의 불균형한 권력과 함께 근심을 가진 파슈툰인들을 화나게 하였다. 대사로서 할릴자드의 재직 기간 동안 아프가니스탄의 새 대통령 하미드 카르자이는 정치적 결정들에 관하여 정규적인 근거에 그와 함께 가까이 상담하였고, 둘은 정규적으로 함께 식사를 하였다. 2004년과 2005년 그는 또한 아프가니스탄에서 첫 미국 스타일의 고등 교육 학회인 아프가니스탄 아메리칸 대학교의 설립과 도움을 주는 데 연루되기도 하였다. 2016년 아프가니스탄 아메리칸 대학교 친구 협회는 그에게 국제 공공 봉사 상을 수여하였다.
할릴자드를 국방부 상담 고문에 임명한 사람은?
도널드 럼즈펠드 국방부 장관