일리리아어군은 인도유럽어족으로 여겨지는 언어 집단이지만, 다른 인도유럽어족 언어나, (일리리아어군에서 분화된 것일 수도 있는) 다른 고대 발칸 언어들과의 관계는 자료 부족으로 알기가 어렵다. 일리리아어군 언어들은 종종 켄툼어로 취급되지만날짜=2020-08-16 사템화의 단서도 보이기 때문에 확실한 것은 아니다. 오늘날 남아 있는 일리리아어에 관한 정보의 출처는 고전 문헌에 언급된 일리리아어 단어 몇 개와 여러 인명, 민족명, 지명, 수명(水名) 등이다. 

일리리아어와 메사피아어를 하나로 묶는 가설이 거의 백 년 전에 제기되었지만 증명되지 않은 채로 남아 있다. 이 가설은 고전 문헌과 고고학 및 고유명사학적 증거에 바탕을 두고 있다. 메사피아인의 물질문화는 일리리아인의 물질문화와 몇 가지 비슷한 점이 있다. 어떤 메사피아어 인명들은 그에 가깝게 대응하는 일리리아어 인명이 있다.

이탈리아 동북부에서 쓰였던 베네티어와 리부르니아에서 쓰였던 리부르니어를 일리리아어와 묶는 가설도 제안된 바 있다. 현재 학계는 일리리아어가 베네티어나 리부르니어와 상당히 달랐다는 데 의견이 일치하지만 언어학적으로 가까운 관계였다는 가설은 아직 기각되지 않았으며 여전히 연구되고 있다.

또다른 가설에 따르면 일리리아어는 다키아어 및 트라키아어와 함께 트라키아일리리아어파를 이루며, 그와 대립하는 가설은 일리리아어를 다키아트라키아어파에서 배제하고 대신 미시아어를 포함시킨다. 트라키아어의 분류 자체도 논란과 불확실성이 큰 문제이다.

파이오니아어의 위치도 분명하지 않다. 파이오니아어 연구로 밝혀진 것은 많지 않으며, 어떤 언어학자들은 일리리아어나 트라키아어 지역과 구분되는 파이오니아어 지역을 인정하지 않는다. 한편 프리기아어는 그리스어와 가까운 친척이었을 가능성이 가장 유력해 보인다. 

고대 마케도니아어의 분류와 그리스어와의 관계도 연구가 계속되고 있다. 고대 마케도니아어는 도리스 그리스어의 한 변이형이었을 가능성도 있지만, 두 언어가 지역적 언어동조대를 통해서만 서로 연관되어 있을 가능성도 있다.
한 가설에 따르면 리부르니아의 언어 일리리아어는 어디에서 사용되었던 베네티어와 유사한가?
이탈리아 동북부