《포켓몬스터 금·은》의 배경은 전작의 시간으로부터 3년 후의 성도 지방이다. 성도 지방은 일본 간사이 지방과 도카이 지방에서 유래한 가상의 지역으로, 다양한 포켓몬스터 게임에 등장하는 별개의 지역 중 하나이다. 이 지방에는 모두 일곱 도시와 세 마을이 있으며, 여러 지리적 지형들과 각 지역을 연결하는 도로가 존재하며, 특별한 기술을 배우거나 특별한 아이템을 얻어야만 들어갈 수 있는 지역도 존재한다. 예를 들어서 플레이어가 진청시티에 가기 위해서는 특정 포켓몬이 바다를 이동할 수 있게 해주는 HM 파도타기가 필요하다. 

이 게임의 주인공은 연두마을에 사는 소년이다. 플레이어는 게임을 시작하면서 공박사로부터 시작 포켓몬으로 치코리타, 브케인, 리아코 중 하나를 선택하여 포켓몬 마스터가 되기 위한 모험을 떠난다 여기에 또 다른 소년이 공박사에게서 포켓몬을 훔쳐 주인공의 라이벌이 되며, 특정한 순간에 나타나 플레이어의 포켓몬을 시험하기 위해 대결을 펼친다. 

게임의 기본 목적은 성도와 관동 지방을 통틀어 최고의 포켓몬 트레이너가 되는 것이다. 이를 위해서 포켓몬을 성장시키고, 포켓몬 도감을 채워나가며, 성도의 여덟 체육관장에게서 승리하여 체육관 배지를 모으고, 사천왕과 챔피언에게 도전해야 하며, 그 뒤에 관동 지방의 여덟 체육관장에게 승리하여야 한다. 마지막에 플레이어는 은빛산 정상에서 전작의 주인공인 레드와 상대하게 된다. 또한 모험 도중에 포켓몬을 이용해 나쁜 짓을 일삼는 범죄 조직 로켓단과도 맞서 싸우게 된다.
플레이어가 모든 일곱 도시에 가기 위해선 무엇이 필요한가?
HM 파도타기