러시아 제국 시기 동안, 크렘린 궁은 대관식과 같은 중대한 행사를 하는데에 쓰이기는 했으나, 그 외의 거의 대부분의 기간 동안에는 1773년동안 거의 버려져 있었다. 하지만 예카테리나 대제가 건축가들을 시켜 그녀의 새 궁전을 크렘린 궁에 지으라고 명령하며 이 상황이 달라지게 된다. 건축가들은 신고전주의 양식의 궁전을 엄청나게 큰 규모로 지었고, 이 규모로 인하여 크렘린 궁전의 성벽을 포함, 원래 지어져 있던 상당수의 궁전 건물들이 부지 확보를 위하여 철거될 수 밖에 없었다. 이 궁전 공사는 예산 문제로 인하여 잠시 차일피일 미루어지다가, 이후 본격적으로 공사를 시작하여 의회 건물들이 지어지며 전형적인 관청의 형식을 띠게 되었다. 제정 시기 동안, 크렘린 궁의 성벽은 전통을 따라 흰색으로 칠해져 있었다.

나폴레옹의 프랑스 군대와의 전쟁을 겪을 동안, 크렘린 궁은 1812년 9월부터 10월까지 약 1달 정도 프랑스 군의 지배 하에 있었다. 나중에 나폴레옹이 퇴각할 적에, 그는 크렘린 궁에 있는 모든 건물들을 불사를 것을 명했고, 이로 인하여 크렘린 성벽을 포함하여 무기고, 궁정과 같은 건물들 거의 대부분이 거의 반파되었다. 폭발과 함께 발생한 화재는 거의 3일 가까이 지속되었으나, 이후 비가 내리면서 점차 꺼져갔다. 1816년에서 1819년까지 복원공사가 진행되었고, 알렉산드르 1세의 재위기간 하에 크렘린 성내에 있었던 구 건물들 절대다수가 신고딕 양식의 건물들로 새롭게 세워졌다. 하지만 알렉산드르 1세가 원래 세워져있던 건물들 거의 대부분을 '미사용' 혹은 '불필요한' 건축물로 판단하여, 현재 크렘린 궁전에서 이 이전의 건물들을 쉽게 찾아보기는 어렵다. 이후 크렘린 궁전은 상트페테르부르크에 있는 겨울 궁전과 쌍벽을 이루는 러시아의 대표적인 궁전들 중 하나로 급격히 그 위세가 성장하였고, 특히 바로크 양식의 겨울 궁전에 염증을 느낀 니콜라이 1세가 크렘린 궁전을 대대적으로 보수하면서 그 내관이 훨씬 더 화려해졌다.

1851년 이후에는 크렘린 궁전에 특별한 공사가 더해지지 않았다. 다만 알렉산드르 2세의 기념비와 1905년에 암살당한 세르게이 알렉산드로비치가 죽은 자리를 표시하는 석판이 깔린 것을 제외하면 크렘린 궁전은 거의 아무 변화가 없었다. 참고로 이 기념비석들은 볼셰비키가 크렘린궁을 점령한 이후 모두 파괴되었다.
크렘린 궁과 함께 러시아를 대표하는 겨울 궁전이 위치해 있는 지역은 어디인가?
상트페테르부르크