크노소스는 신석기 시대(기원전 7000년경)부터 사람이 거주해왔다. 크레타에는 동굴, 바위 주거지, 가옥, 취락 등에서 신석기 시대의 흔적이 많이 남아 있다. 크노소스에는 신석기 시대의 지층이 두껍게 남이 있는데, 이것은 궁전 시대 이전부터 일련의 취락이 있었음을 보여준다. 최초의 지층은 기반암 위에 있다.

근대에 들어 크노소스 궁전을 발굴한 아서 에반스는 기원전 8000년경에 신석기인이 아마 해외에서 배를 타고 이곳 언덕에 도착했으며 줄지어 붙어 있는 초벽집을 처음으로 세웠다고 추정했다. 현대 방사성 연대측정법에 따르면 이 시점은 기원전 7000년~6500년경으로 더 거슬러 올라간다. 이곳에서는 진흙이나 돌에 새겨진 실감개나 소용돌이 무늬가 많이 출토되어 옷을 지어 입었음을 알 수 있다. 녹색암, 사문석, 섬록암, 비취 등 색상이 있는 돌을 정교하게 갈아서 만든 도끼나 곤봉 머리도 있으며, 흑요석을 쪼개서 만드는 칼이나 화살촉도 나왔다. 그밖에 주목할만한 유물로는 다수의 동물 및 사람 모양 조각상을 들 수 있는데 가슴과 엉덩이가 과장되게 표현되어 있으며 앉거나 서 있는 여자 나신상도 있다. 에반스는 이런 조각상이 신석기 시대 대지모신 숭배라는 속성을 갖고 있다고 보았다.

크노소스에서 발견된 유물 중에서 두 사자가 옆에 있는 여신의 이미지는 다른 유물에서도 자주 나타난다.

존 데이비스 에반스는 신석기 시대에 초점을 두고 크노소스 궁전 터의 도랑과 구덩이에서 추가 발굴을 했다. 선토기 신석기 시대인 기원전 7000년~6000년경에 궁전 중정이 있는 자리에는 25명~50명 규모의 마을이 있었다. 이들은 초가집을 짓고 가축을 키우고 작물을 재배했으며 불상사가 닥치면 유아를 바닥에 묻었다. 오늘날에도 볼 수 있듯 한 마을은 여러 가족으로 이뤄졌으며 서로 관계를 맺었고 일종의 족외혼 관습을 가졌다. 이들은 폐쇄된 공간에서 살았는데 그 안에서 사생활은 거의 없으며 매우 가깝게 생활했다. 대부분의 시간에는 바깥에서 보냈으며 밤이나 혹한기 때나 실내에서 지냈고 상당 부분 유목 혹은 반유목 생활을 했다.

신석기 초기(기원전 6000년~5000년)에는 200명~600명 규모의 마을이 크노소스 궁전 터와 북쪽 및 서쪽 언덕 비탈 대부분을 점유했다. 이들은 방이 한두 개인 집에서 살았는데, 진흙 벽돌로 벽을 쌓고 자연석을 쓰거나 돌로 된 유물을 재활용하여 주춧돌을 놓았다. 내부 벽은 흙을 발라서 구획했다. 지붕은 납작한 형태로, 나뭇가지 위에 진흙을 발랐다. 큰 방 한가운데 여러 곳에 땅바닥을 파서 화로를 만들었다. 이 마을에는 한 가지 독특한 점이 있는데, 서쪽 정원 아래에 있던 한 집은 방이 8개이고 넓이가 50제곱미터이다. 벽은 직각으로 세워져 있고, 문은 가운데에 있으며, 하중을 많이 받는 지점 아래에 큰 돌을 지지대로 놓았다. 개인마다 서로 구분된 침실 공간이 없다는 점에서 특정한 종류의 저장 단위가 있었음을 암시한다.

신석기 중기(기원전 5000년~4000년)의 취락에는 500명~1000명 정도의 인구가 더 크고 가족 단위로 더욱 구분된 집에서 살았다. 건축 방식은 동일했으나 창호를 목재로 만들었으며 큰 방 한가운데에 높은 위치에 고정된 화로를 두었다. 건물 가장자리에는 벽기둥과 그 외 옷장이나 침대처럼 높은 가구가 배치되었다. 궁전 터 밑으로 100평방미터 넓이의 돌로 된 큰 집이 있었는데, 5개의 방을 나누는 벽의 두께가 1미터에 이르는 것으로 보아 2층 건물이 있었던 것으로 보인다. 다른 살림집처럼 보이지 않는 이 집의 존재는 공동체 혹은 공공의 용도가 있었음을 암시하는데 '궁전'의 전신일 수도 있다. 신석기 후기(기원전 4000년~3000년)에 인구는 비약적으로 증가했다.
궁전 아래에 위치하던 집에는 몇 칸의 방이 있었는가?
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