1942년, 제2차 세계대전 당시 인도를 통치하던 영국은 일본 제국 공군이 타지마할이 공습하는 것을 막기 위해 타지마할 영묘 본관에 가림막을 쳤다. 또한 1965년과 1971년 사이에 있었던 인도-파키스탄 전쟁 당시에도 파키스탄 공군 비행사들의 주의를 분산시키기 위해 타지마할에 또다시 가림막을 쳤다. 

타지마할은 현재 야무나 강에서 발생하는 환경 오염과 주변 석유 정제 시설로 인해 발생하는 산성비로 인해 다시 한번 수난을 겪고 있다. 이 환경오염으로 인해 타지마할의 백색 대리석이 점차 황갈색으로 변해가고 있는 것이다. 결국 인도 정부 측에서도 TTZ, 즉 보호 구역을 설정하여 타지마할 주변 10,400제곱 킬로미터에서 발생하는 오염물질들을 점차 통제하는 정책을 펼치고 있다. 

타지마할은 환경 오염뿐만 아니라 야무나 강의 수위 하강으로 인해 위험한 상태이기도 하다. 야무나 강의 수면은 매년 약 1.5m씩 낮아지고 있는데, 이로 인해 2010년에 타지마할의 기초부 일부분에 균열이 생겼고, 타지마할 주변의 미나레트들이 점차 기울어가는 징후를 보이고 있다. 또한 본디 무덤을 지탱하고 있던 목조 골재들이 물이 빠져나가고 공기와 접촉함에 따라 썩기 시작하면서 이와 같은 무덤의 침하 현상이 더더욱 심해지고 있다. 2011년에는, 타지마할 자체가 5년 내에 무너질 수도 있다는 연구 결과가 나왔을 정도로 타지마할의 위험도가 점점 높아지고 있는 상태이다.

2018년 4월 11일, 부속 건물들에 서있는 2개의 소규모 미나레트가 태풍으로 인해 훼손되었다고 밝혀졌다.
타지마할은 산성비로 어떤 피해를 입었는가?
백색 대리석이 점차 황갈색으로 변해가고 있는 것