두 NSA 요원은 기본 훈련을 시작한다. 훈련이 끝나고, 요원들은 샘 피셔가 휴고 라세르다로부터 취한 단서들을 확실히 확인하기 위해 파나마로 보내진다. 요원들은 부은행장에게서 정보를 얻은 뒤 휴고 이외의 조력자들을 찾기 위해 기록을 뒤진다. 북한의 간첩이자 과학자인 정범주라는 이름을 기록에서 찾고, 임무를 완수하자 램버트는 요원들을 ‘훈련중인 스프린터 셀’로 승격시킨다.


이서 요원들은 전운이 감도는 한국의 서울로 가 은거하고 있는 정범주의 행방을 찾아내는 임무를 맡는다. 그러나 요원들이 찾아낸 이는 미끼였고, 미끼를 심문하여 정범주가 숨은 곳을 알아낸다. 그리고 정범주를 찾아 그가 김 대령에게 화학 무기를 주었다는 것을 알게 된다.

요원들은 싱글플레이의 이야기가 끝난 이후의 시점에 북한의 화학 미사일 벙커로 보내진다. 요원들의 일은 정범주가 어떤 종류의 무기를 개발했는지 알아보는 것이었고, 원숭이들을 실험용으로 쓰며 바이러스 무기를 개발했다는 사실을 알아낸다. 요원들은 램버트의 지시대로 백신을 만들기 위해 탄투로부터 바이러스 샘플을 채취하고 보트로 탈출한다.

요원들은 이제 뉴욕으로 자리를 옮겨, 정범주의 도움으로 김 대령 일당이 기차역에 설치한 폭탄을 제거한다. 그리고 북한으로 다시 돌아와 이번엔 핵 발전소를 조사하게 된다. 요원들은 김 대령을 도운 자를 찾고, 그가 마지막 공격을 유엔 본부에서 마지막 공격을 자행할 것이란 걸 알게 된다.

요원들의 마지막 임무는 뉴욕에 있는 유엔 본부에서 중요한 회의가 열리기 전에 자포자기하듯이 건물을 폭파시키려는 김 대령을 막는다. 요원들은 김 대령을 사살하고 북한 요원이 설치한 폭탄을 해체한다.
요원들의 마지막 임무 대상은 누구인가?
김 대령