시즌 후에 타이거스는 투수 월트 테렐을 위하여 존슨을 뉴욕 메츠로 이적시켰다. 이동은 메츠를 위하여 3루에 3명의 선수들을 놓았으나 3일 후에 그들은 포수 게리 카터를 위한 이적의 일부로서 휴비 브룩스를 몬트리올 엑스포스로 보냈다.

오른쪽으로부터 잘 치는 데 존슨의 무능은 1985년 메츠에 의하여 그를 이때 레이 나이트와 함께 한 포지션에 교체를 하는 결과를 가져왔다. 양선수는 무섭게 시작하여 둘다 아무도 7월 초순까지 .200에 도달하지 않았다. 존슨은 나이트가 더욱 악화된 동안에 전부의 시즌에 평균 아래로 안타하였다. 1984년처럼 메츠는 1985년의 공식 이후의 시즌을 좁게 놓쳤다.

1986년은 메츠의 해였고 존슨과 나이트가 둘다 매우 잘 시작하였다. 메츠의 문제들은 라파엘 산타나가 시즌의 대부분에 .150 위로 자신의 평균을 간직하는 데 분투하면서 3루에서 유격수로 옮겨졌다. 존슨은 방어적으로 유능한 유격수였고, 유격수와 3루 사이에 이동한 여분의 활약 시간을 채집하였으나 그의 타구는 5월 쇠퇴하기 시작하였다. 그의 2류의 타구, 지속된 힘의 부족과 6월에 3주 동안 지워진 부상 사이에 존슨은 정규 시증에서 88개 만의 경기들에서 활약하였다. 그가 6월의 부상으로부터 복귀할 때 존슨은 자신의 첫 복귀 경기에서 2개를 포함한 홈런을 찢고, 6주 안으로 그의 장타율은 .376에서 .510으로 뛰어올랐다. 존슨의 홈런들 중의 하나는 1986년 7월 22일 신시내티 레즈를 상대로 전설적 경기에 일어났다. 10번째 이닝의 벤치 제거 싸움이 끝날 때 3명의 메츠 선수들은 경기의 외부에 있었고 그들은 1명의 투수가 외야에, 그리고 2명의 투수들이 타구 정렬에 있으면서 경기의 나머지를 보내는 데 강요되었다. 투수들 중의 1명인 제시 오로스코가 14번째 이닝에서 4구에 의한 출루를 끌어올릴 때 존슨은 메츠가 우승하는 데 이끈 3개의 홈런과 함께 따라갔다. 존슨은 긴장을 노쇠케하고 사실상 공식 이후의 시즌의 완봉되어 중대한 메츠의 패배에서 0 루 4 타로 갔다. 시리즈에서 그의 단 하나의 다른 타수는 그가 9번째 이닝에서 스트라이크아웃 시킬 때 6번째 경기에서 있었다. 그럼에 불구하고 25세의 나이로 존슨은 자신의 2번째 월드 시리즈 타이틀을 얻었다.
존슨이 부상 이후 다시 경기에 참가할 때의 장타율은?
.376