그는 곧 밴더빌트 대학교 신학부에 입학하였다. 밴더빌트 대학교 재학 중에 그는 감옥의 수인선교를 위해 1년 6개월간 매주일 오후에 형무소를 방문하여, 미국인 죄인들에게 기독교 강론이나 성경을 가르쳤다 조지아주에 가서는 가난한 흑인들에 비참한 생활에 관심을 가지며 그들에게 개신교를 전도하기도 했다

한편으로 그는 학비걱정이나 일본 학생친구들과의 대화, 교수들의 초청과 교제, 자신의 이성이나 성적인 혹은 음주문제의 고민, 그 절제를 위한 노력과 실패 등도 언급하며 자신의 수련의 결의를 때로 ‘머리를 깎는 삭발’로 표하기도 했다. 그러나 윤치호의 떠나지 않는 고뇌는 역시 약소하고 미개하며 썩은 관료들로 인해 피폐한 조선을 구할 수 있을가 하는 것이었다.그의 밴더빌트와 에모리대학의 여러 미국스승들중에 조직신학 교수 틸레트와 성경사 교수 호스, 워런 A. 캔들러(Warren A. Candler) 총장 등은 특별한 영향을 윤치호에게 주었다. 특히 캔들러는 윤치호의 정치 사회 역사의식이나 기독교적 원숙한 인격형성에 지대한 영향을 주었다

1888년 테네시주 하니발에서 그리고 에모리 대학 재학 중인 1892년 옥스퍼드에서 두 차례에 걸쳐 미국 대통령의 민선 광경을 목격하고, 미국인들의 고도의 정치의식과 자유로운 정치토론 , 그리고 국민의 여론과 다수결에 의해 통치자가 선출되는 민주주의의 진면목을 목격하였다. 그리고 그는 조지아 주의회 및 미연방 상, 하원을 견학하여 국민의 대표자들이 제정한 법률에 의하여 통치되고, 민의가 반영되는 합의의 정치 곧 의회민주정치의 일단을 주시하기도 했다. 또한 그는 흑인 강도에 대한 재판을 방청하고, 방대한 인원구성과 피의자의 충분한 변호 그리고 증거에 의한 판결과 공개재판 등 인권보장의 장치가 잘 갖추어진 미국의 사법 제도에 큰 감명을 받기도 했다

이때 그는 선거로 대통령을 뽑는 미국의 ‘위대함’을 목격하고는 미국은 일본보다도 한 수 위의 나라라고 생각하였다. 그러나 이 같은 생각은 미국사회의 ‘인종차별’로 깨지고 말았다 내심 미국의 민주주의와 청교도적 합리주의 사상과 일한만큼 받는다는 사상에는 경의를 표하면서도 흑인을 비롯한 유색인종들에 대한 백인종의 차별대우를 보고 그는 분개했다.

 
밴더빌트 대학교에서 그는 주로 신학과 영어등을 베웠으며 1891년 밴더빌트 대학교 신학과를 졸업했다. 밴더빌트 대학교 졸업 직후 윤치호는 조지아주로 건너가 조지아주 카빙턴(Covington)에 있는 에모리 대학(Oxford College of Emory University)에 입학한다. 밴더빌트 유학중에는 조직신학교수 틸레트, 호스박사 와 에비호스부인의 보살핌을 받았으며, 에모리유학중에는 캔들러총장부부에게 도움을 받았으나, 학비와 생활비는 스스로 순회강연을 하면서 조달한다. 낮선 환경에서 넉넉치 않은 환경은 그의 체력과 학업에 어느정도 지장을 가져다 주었다.
윤치호가 조지아주에서 재입학한 학교는?
에모리 대학(Oxford College of Emory University)