1993년 나카우치 이사오에게 초빙되어 세이부를 퇴단하고 후쿠오카 다이에 호크스의 대표 이사, 전무 겸 감독으로 취임했다. 팀은 전신이었던 1978년부터 계속 B클래스를 전전했고 네모토는 세이부와 비슷한 방법으로 팀 재건에 나섰다. 현장 복귀한 1993년에는 최하위에 머물렀으나 시즌 종료 후 아키야마, 와타나베 도미오, 우치야마 도모유키와 사사키 마코토, 무라타 가쓰요시, 하시모토 다케히로의 맞 트레이드로 '세기의 트레이드'를 감행했다. 또한 같은 해부터 실시된 프리 에이전트 제도로 한신에서 마쓰나가 히로미를, 드래프트에서 고쿠보 히로키와 와타나베 히데카즈를 획득했다.

1994년 감독을 퇴임하고 전무에 전념했다. 후임 감독으로는 오 사다하루를 초빙했다. 드래프트에서는 고마자와 대학 진학이 예정되어 있던 조지마 겐지를 얻었고 세이부의 주력이었던 구도를 FA로 획득했다. 또한 세이부의 감독으로 취임이 확실시 되고 있던 이시게를 초빙하는 등 다이에에서도 '책략가'의 모습을 마음껏 발휘했다.

12년만의 현장 복귀가 된 다이에 감독 시절에는 왕년의 젊은 두목이라고 하는 열혈적인 모습은 자취를 감췄고 풍모도 책략가의 이명에 맞지 않게 마운드로 가는 길에 다리가 엉키는 장면이 진 플레이 특집으로 방영되기도 했으나 간혹 거센 항의로 인해 퇴장을 당하는 일이 있었다. 또한 세이부 시절에는 히로오카와 모리로 대표되는 관리 야구의 신봉자로서 감독으로 자리잡고 있었음에도 불구하고 다이에에서는 2번에 야마모토 가즈나리를 기용하는 등 대담한 지휘를 때때로 선보였고 모리와 히로오카 같이 전략 면에서 세세한 지시를 하는 일도 없었다고 한다.

다이에 재임 기간 동안 요시타케 신타로·고쿠보·와타나베·조지마·후지이 마사오·사이토 가즈미·사쿠모토 마사히로·이구치 다다히토·마쓰나카 노부히코·시바하라 히로시·구라노 신지·나가이 도모히로·시노하라 다카유키·호시노 준지 등을 드래프트에서 획득해 다이에 첫 우승과 현재에 이르기까지 지역 인기의 토대를 마련했다. 또한 마쓰나가·히로타 히로아키·다케다 가즈히로·다무라 후지오·나가도미 히로시·니시무라 다쓰지·야마사키 신타로 등 다른 구단에서 활약한 베테랑 선수들로 팀을 보강했다. 또한 세이부 시절부터 케빈 라이머, 케빈 미첼 등 현역 메이저 리그 선수의 획득에 노력했다.

1999년 1월 구단 사장으로 취임했으나 3개월 후인 4월 30일에 급성 심근 경색으로 사망했다. 향년 72세. 그 해에 호크스가 오사카에서 후쿠오카로 연고를 옮긴지 11년만에 첫 우승을 차지했다. 동년 시즌 동안 원정 경기에서 영정 사진이 벤치에 함께 있었으며 우승 헹가래에서는 선수들이 번갈아가며 영정을 내걸었다. 네모토는 일본 하리스토스 정교회의 신자였기 때문에 유골은 교회 본부가 있는 도쿄 칸다의 니콜라이 성당에 안치되었다.

2001년 야구 명예의 전당에 입성했다.
네모토 리쿠오는 누구 후임으로 취임했나?
오 사다하루