동남아시아에서 미국이 그 관여를 늘이면서 맥거번은 회의론을 표현하였다. 그는 베트남에서 충돌은 미국이 직접 관여해서는 안 될 것에 본질적으로 내란이었다고 느꼈으며 미군들이 성원하고 있던 남베트남 정부는 절망적으로 부패하였다고 믿었다.

1963년 후순에 맥거번은 공개적으로 자신의 견해를 표현하였다. 1965년 1월 맥거번은 자신이 베트남에서 미군들이 군사 승리에 도달할 수 있었다는 것을 믿지 않았다고 말한 것에서 상원에 연설하면서 관심을 끌었다. 그는 북베트남과 정치적 해결을 요구하였다.

맥거번의 지위는 특히 자신의 당 소속의 대통령 린든 B. 존슨에게 반대에 자신을 놓으면서 논쟁적이었다. 하지만 몇몇의 다른 민주당 상원들이 미국의 정책에 관하여 불안을 표현하면서 전쟁에 그의 반대는 독특하지 않았다.

전쟁에 반대가 늘어나면서 맥거번의 자세는 다수의 미국인들, 특히 젊은이들에게 그를 인기있게 만들었다. 전쟁의 반대자들이 1968년 민주당 예비 선거들에서 존슨에 대항하는 데 나가는 후보를 추구하였을 때 맥거번이 노골적인 선택이었다.

1968년에 성원을 위하여 재선을 위하여 나가는 데 계획한 맥거번은 그해 이른 실행에 들어가지 않도록 선택하였다. 하지만 그해 6월 로버트 케네디 상원의 암살 사건 이후, 맥거번은 시카고에서 열린 민주당 전당 대회에 들어가는 시도를 하였다. 휴버트 호레이쇼 험프리가 지명 후보가 되어 1968년 미국 대통령 선거에서 공화당의 리처드 닉슨에게 패하였다.

1968년의 가을에 맥거번은 상원으로 쉽게 재선되었다. 대통령을 위하여 나가는 데 생각한 그는 자신의 이전의 결성하는 실력들을 이용하기 시작하여 전국을 다니고, 공공 광장들에서 열설하고 베트남에서 전쟁에 종말을 주장하였다.
맥거번이 시카고에서 개최된 민주당 전당 대회에 참여하려 하기 전에 살해당한 인물은?
로버트 케네디 상원