1977년 오프 시즌 철강 산업을 친구와 영위하는 한편 아사히 방송에서 야구 해설자로 활동하고 있었는데 안도에게 전화가 왔다. "크라운라이터의 일을 도와달라"는 내용이었지만 구단의 본론이 아닌 안도에게서 나온 말이기 때문에 네모토는 당황했다. 구단에서 정식으로 요청이 오면 수락해 달라고 크라운라이터 간부와 친한 안도가 교섭을 해왔다고 네모토는 이해를 하여 1978년 구단 사장 사카이 야스유키에게 초빙되어 크라운라이터 라이온스의 감독으로 취임했다. 이곳에서도 취임 직후부터 선수들에게 맹연습을 부과해 침체된 팀의 구조 조정을 도모하려고 했다. 같은 해 시즌 종료 후 국토 계획의 쓰쓰미 요시아키 사장이 구단을 인수해 구단명이 세이부 라이온스로 변경되었다. 네모토는 그대로 감독에 잔류, 세이부 라이온스의 첫 감독이 되었다.

세이부 감독 시절에는 관리 부장도 겸임했고 전면 책임직에 부임해 사카이 구단 대표, 우라타 나오지 스카우트 부장과 함께 팀 만들기를 급속하게 진행해 나갔다. 신생 세이부 라이온스의 1978년 드래프트 회의에서 모리 시게카즈를 1순위 지명했고 요미우리와 드래프트 외에서 마쓰누마 히로히사, 마쓰누마 마사유키의 마쓰누마 형제의 입단을 두고 경쟁해 획득에 성공했다. 그리고 한신 타이거스에서 다부치 고이치·후루사와 겐지를, 롯데에서 야마자키 히로유키를 트레이드로 획득했다. 또한 롯데에서 자유 계약으로 노무라 가쓰야도 획득했다. 1979년의 스프링 캠프는 미국 플로리다에서 2개월 가까이에 걸쳐 실시했다. 위의 전력 보강으로 개막 이전의 세이부의 평가는 그럭저럭이었으나 개막부터 12연패를 기록하며 1979년에는 최하위에 머물렀다.

그러나 강화의 성과는 꾸준히 나타나기 시작해 1980년의 후반기 페넌트레이스에서는 긴테쓰, 롯데 오리온스, 닛폰햄 파이터스와 우승 경쟁을 벌여 화제를 일으켰다. 1980년 드래프트 회의에서 이시게 히로미치, 오카무라 다카노리, 스기모토 다다시, 아베 오사무의 4명을 지명으로 획득했고 드래프트 외로 아키야마 고지를 요미우리와의 쟁탈전 끝에 획득했다. 그리고 당시 구마모토 공업고등학교의 정시제에 통학하고 있던 이토 쓰토무를 도코로자와 고등학교로 전학시켜 세이부 연습생으로 삼았다. 이듬해의 드래프트 회의에서 세이부는 이토를 1순위로 지명했고 이외에도 프로 진출을 거부하고 사회인 야구의 구마가이구미 입사가 내정되어 있던 나고야 전기고등학교의 구도 기미야스를 6순위로 지명해 설득 끝에 입단시켰다.

네모토는 1981년 감독을 퇴임하고 관리 부장으로 전임해 후임 감독으로 히로시마 시절 동료였던 히로오카를 초빙했다. 또한 코치로 모리 마사아키도 초빙했다. 이렇게 네모토는 본부장에 선임되었고 오너의 복종하며 "나는 현장의 일은 아무것도 모르니 전부 네모토 씨에게 맡기고 있다"라고 말할 정도로 실질적인 GM이었다.

히로오카는 1982년부터 2년 연속 일본 시리즈 우승을 차지했다. 특히 요미우리와의 1983년 일본 시리즈는 '야구계의 맹주 자리를 건 결전'이라고 선전해 요미우리를 4승 3패로 격파했다. 이렇게 세이부는 전국적으로 유명해지게 되었다. 그러나 네모토는 히로오카와 팀 강화 정책을 둘러싸고 대립하게 되었다. 그리고 석간지 등에 히로오카의 팀 비판의 코멘트가 게재되며 양자의 홈이 깊어져 갔다. 1984년에는 3위에 머물렀으나 1985년 다시 리그 우승을 했다. 하지만 일본 시리즈에서는 한신에 2승 4패로 무릎을 꿇었다. 시리즈 종료 후 히로오카는 건강면에서의 불안을 이유로 사임했다.

히로오카 감독의 후임으로 1984년 팀을 떠난 모리를 초빙했다. 1985년 드래프트 회의에서는 최대어였던 기요하라 가즈히로를 네모토 자신이 직접 뽑아 1순위 지명에 성공했다. 기요하라는 이후 4번 타자로 대활약했고 모리는 1986년부터 1994년까지 리그 우승을 놓친 것이 1989년 뿐이고 일본 시리즈 6회 우승에 빛나는 등 세이부의 황금 시대를 구가했다. 1989년 시즌 도중에 코치인 도이가 마작 도박으로 체포되어 구단 대표 사카이가 해임되었다. 사카이는 이듬해 다이에의 구단 대표로 취임했다.
세이부 라이온스라는 구단명이 정해진 연도는?
1978년