일본 육군은 민다나오 섬과 레이테 섬을 스즈키 소사쿠 중장이 사령관으로 있었던 제35군이 담당하고 있었다. 레이테 섬의 제35군 사령부를 빼내어 민다나오 섬에 배치하여 ‘영구 항전 태세’를 구축하려고 생각하고 있었다. 민다나오 섬에는 제30사단(사단장 : 스즈키 소사쿠 중장)과 제100사단 (사단장 : 하라다 지로 중장) 독립 혼성 제54여단 (여단장 : 키타후지 요시 소장) 등이 주둔하고 있었다. 이것은 루손 섬을 제외하고, 필리핀에 잔존한 일본군 중 가장 큰 병력이었다. 다만, 제30사단은 예하 3개 보병 연대 중 2개를 레이테 섬에 증원군으로 보내버렸기 때문에 전력은 반감되어 있었다. 다른 두 부대도 치안 유지 임무를 맡았던 경갑 부대로 원래부터 큰 전력은 되지 못했다. 삼보앙가에 독립혼성 제54여단, 다바오에 제100사단이 배치되었고, 제30사단은 북쪽의 카가얀데오로에서 중부 일대에 걸쳐 넓게 분산 배치되어 있었다. 섬은 필리핀 게릴라 활동이 매우 활발했고, 넓은 지역에 분산된 일본군의 제대로 된 연락을 유지하지 못했으며, 결과적으로 각개 격파를 당하게 되었다. 이밖에 제32특근부대와 육군 제2비행사단이 있었지만, 함정과 항공기는 대부분 손실되어 있었다. 제32 특근군단 예하의 제33 경비대에 삼보앙가를 지키게 했고, 그 외에 공병대 등을 개편한 해병대 4개 대대를 다바오 부근에 배치하여 지상전에 대비했다.

넓은 민다나오 섬의 방위에 관하여 일본군은 지휘계통이 확립되지 못했다. 본래는 제35군 사령부가 총괄해야 했었지만, 제35군 사령부는 레이테 섬에서 이동을 할 수 없는 사정에 빠져 있었다. 민다나오 섬에 미군이 상륙한 후 3월 24일에야 세부에 도착했고, 카누에 나눠타고 네그로스 섬을 통해 민다나오 해 횡단을 시도했지만 연합군의 항공기와 무장 주정의 공격을 받아 4월 19일 군사령관 스즈키 중장은 전사했다. 군 참모장인 토모치카 미하루 소장만 민다나오 섬에 합류할 수 있었다. 토모치카 소장은 섬을 장악하기 위해 노력했지만 성공하지 못했다.

또한 육군 항공 부대는 지상의 제35군과는 다른 계통에서 항공 부대만을 지휘하고 있었다. 네그로스 섬 북부에서 전진해 온 제2비행사단장 테라다 즈미이치 중장의 지휘 하에 민다나오 섬에는 약 8,000명의 인원과 전투기 1대를 가지고 있었다. 5월 14일에 제2비행사단 사령부가 97식 중폭격기에 수용된 17일 사단이 해체될 때까지 이 복잡한 지휘 계통이 남았다.

결국 제30사단 사령부와 제100사단 사령부가 각 담당 지역 내에 있는 항공대와 해군 부대를 함께 지휘하게 되었지만, 섬 전체에 통일적인 작전을 펼칠 수 없는 결과를 가져왔다. 이것은 일본인 민간인의 보호에 대해서도 충분한 조치를 할 수 없는 결과를 초래했다. 당시 민다나오 섬에는 많은 일본인 민간인이 거주하고 있었다. 그 중 다수가 다바오에 살고 있었으며, 민다나오 전투가 시작된 시점에도 적어도 5000명 이상이 있었다.
민다나오 섬에 있던 사단 중 치안유지 임무를 맡았던 곳은?
제100사단