잉글랜드 내전이 진행되는 동안 의회파는 공동의 적인 찰스 1세와 왕당파에 대항하기 위해 동맹을 맺는다. 둘 사이에 맺어진 솔렘 리그와 서약에 따라 스코틀랜드 군대는 마스턴 무어 전투에서 찰스 1세의 군대를 격파한다.

한편, 스코틀랜드의 고원지역에서는 여전히 국왕의 지지 세력이 강성하였다. 1645년 몬트로스 후작 제임스 그래험은 국왕을 위한 군대를 일으켰다. 그의 군대에 동참한 스코틀랜드인은 그리 많지 않았으나 1천여명의 아일랜드인이 합세하였다. 아일랜드 동맹이라 불린 이들은 알레스데어 맥콜라의 지휘를 받았다. 1644년부터 이어진 스코틀랜드 내전에서 맥콜라는 탁월한 병기 운용으로 기습 공격을 성공시키곤 하였으며 티페무어 전투에서 승리하였다. 그러나 계속되는 전투에서 왕당파의 군대는 점차 수가 줄었으며 필퍼프 전투에서 패배하게 된다. 북부로 도망친 몬트로스 후작은 서약파에 대항하여 항전을 계속하였다. 1646년 찰스 1세의 항복으로 전쟁은 종결되었다.

전쟁의 종결되자 스코틀랜드의 서약파는 찰스 1세로부터 장로교의 인정을 서약받고 찰스 1세를 지지한다. 그러나 올리버 크롬웰과 그를 추종하는 독립파는 찰스 1세의 폐위를 주장하여 장로교와 대립하게 되었다. 1648년 찰스 1세는 장로파와 연합하여 다시 내전을 벌였으나 올리버 크롬웰에게 패배하여 처형되었다. 1649년 올리버 크롬웰은 공화정을 선포하여 잉글랜드 연방이 출범하였다. 크롬웰과 청교도의 잉글랜드 연방 건국은 '청교도 혁명'이라 불린다.
전쟁이 끝난 후 스코틀랜드 서약파가 찰스 1세를 지지하는 조건으로 인정받은 것은?
장로교