요안니스 6세는 매튜 칸타쿠지노스라는 아들을 두었고, 두 사람이 나이가 들고 독립적이게 될수록 요안니스 5세와 매튜 칸타쿠지노스 사이의 평화를 유지하려는 희망은 더욱 멀어지게 되었다. 요안니스 5세는 요안니스 6세의 딸과 혼인하여, 두 가문을 묶기 위한 움직임으 그의 사위가 되었지만, 그것은 실패할 운명이였다.

1353년, 요안니스 6세는 여전히 평화가 유지되기를 희망하고 있었으나, 그 해에 요안니스 5세가 매튜 칸타쿠지노스에 대한 군사 공격을 감행하여 내전을 재점화시켰다. 요안니스 5세는 강등되어 아직 비잔티움 지배하에 있는 에게해의 몇 안되는 섬 중 하나인 테네도스 섬으로 유배되었고, 요안니스 6세는 그의 아들 매튜 칸타쿠지노스를 공동 황제로 만들었다. 그러나 요안니스 5세는 그렇게 쉽게 포기하지 않았고, 1354년 오스만 튀르크군은 그의 지지로 트라키아로 건너가기 시작했다. 콘스탄티노폴리스의 시민들은 두려움에 사로잡혔고, 같은 해 11월 요안니스 5세는 제노바 공화국의 원조로 성공적인 쿠데타를 일으켰다. 요안니스 6세는 이제 퇴위하고 수도원으로 은퇴했는데, 그곳에서 그는 1383년 죽을 때까지 회고록과 생각을 쓰곤 했다. 

매튜 칸타쿠지노스는 아버지의 실패에 실망한 나머지 요안니스 5세에게 계속 저항했다. 오스만 베이국의 술탄 오스한 1세가 그의 처남이였기 때문에 그는 그에게서 군대를 얻을 수 있었으나 1356년 여름에 체포되었을 때 간신이 켐페인을 벌였다. 그는 1357년에 자신의 주장을 포기하도록 강요당했고 1361년에서 1383년 사이 모레아로 추방당했다. 25세가 됐을 때, 요안니스 5세는 제국의 모든 자원을 써버리는 대가를 치르면서, 제국의 통치자로써 확고한 입니를 굽힐 수 있었다.
요안니스 5세의 쿠테타를 지원한 것은 어느 나라인가?
제노바 공화국