제라르 드 부르고뉴는 990년과 995년 사이에 부르고뉴에서 사보이 귀족 집안에서 태어났다. 1045년에 그는 피렌체의 주교로 서임되어 착좌하였다.
1059년 교황 스테파노 9세가 선종하자 투스쿨룸 백작의 주도로 로마의 일부 귀족들이 1058년 벨레트리의 주교 요한을 교황으로 선출하였다. 요한 주교는 스스로 교황 베네딕토 10세라고 지칭하였다. 그러나 대다수 추기경들은 그의 교황 선출을 인정하지 않았다. 그에게 던져진 표가 뇌물로 매수당한 것으로 보았기 때문이다. 결국 이들 추기경들은 강제로 로마에서 추방당하고 말았다. 훗날 교황 그레고리오 7세가 되는 일데브란도는 베네딕토 10세의 선출 소식을 듣고 반발하여, 제라르 드 부르고뉴가 새 교황으로 선출되는 것을 지지하였다. 1058년 12월 추기경들은 시에나에 모여 베네딕토 10세의 선출을 불인정하기로 의견을 모으고, 제라르를 새 교황으로 선출하였다. 교황으로 선출된 제라르는 니콜라오 2세로 명명되었다. 교황은 삼층관인 티아라의 전신인 카멜라우쿰을 쓰고 교황좌에 등극하였다. 이는 역사 이래 처음 있는 일이었다.

니콜라오 2세는 로마로 가던 길에 수트리에서 시노드를 소집하여, 베네딕토 10세를 대립교황으로 선언하는 동시에 파문한다고 발표하였다. 그러자 니콜라오 2세의 지지자들이 순식간에 로마를 장악하였다. 대립교황 베네딕토 10세는 황급히 로마를 떠나 갈레리아의 제라르드가 있는 성으로 달아났다. 로마에 당도한 니콜라오 2세는 노르만족의 지원을 받아 대립교황 베네딕토 10세과 그를 지지하는 세력과 전투를 벌였다. 첫 번째 전투는 1059년 초 캄파냐에 일어났는데, 이 전투에서 니콜라오 2세는 온전한 승리를 거두지는 못하였다. 하지만 같은 해 하반기에 니콜라오 2세의 군대는 프라에네스테와 투스쿨룸, 누멘타눔을 정복했다. 이후 갈레리아 공략에 나서, 베네딕토 10세에게 항복하고 교황좌에 대한 권리 주장을 철회할 것을 강요하였다.
교황 스테파노 9세가 사망한 년도는?
1059년