1946년 케냐타는 크와메 은크루마와 함께 범아프리카주의 연합을 창립하였다. 동년에 케냐타는 케냐로 귀국하여 그레이스 완지쿠에게 3번째로 결혼하였다. 그는 케냐 티처스 칼리지의 교장이 되었다. 1947년 그는 캐냐 아프리카 동맹의 회장이 되었다. 그는 자신의 선거 후에 백인 정착자들로부터 죽음의 위협들을 받기 시작하였다.

영국 정부의 그의 평판은 마우 마우 폭동과 그의 꾸며낸 연루에 의하여 훼손되었다. 1952년 10월 그는 체포되었고, 폭동을 결성한 문책들에 기소되었다. 재판은 몇달을 끌었다. 피고측은 백인 정착자들이 케냐타에게 죄를 전가하려고 시도하고 있었고, 마우 마우 폭동에 그를 묶어두는 증거가 없었다고 주장하였다. 루이스 리키는 통역으로 데려와졌고, 그에게 불합리적으로 보인 편견 때문에 오역으로 고발되었다. 그의 문서들에 몇몇의 편파적인 진술들의 근거에 케냐타는 1953년 4월 8일 유죄 판결을 받고 7년 강제 노동으로 선고를 받아 케냐로부터 추방되었다. 마우 마우 폭동과 함께 같은 시대의 의견이 그를 연결하였으나 후의 연구는 다른 방법으로 주장한다. 케냐타는 1959년까지 교도소에 있었다. 그는 그러고나서 케냐의 멀리 떨어진 로드와에서 견습 기간에 망명으로 보내졌다.
케냐타가 3번째 혼인을 치른 것은 몇년도인가?
1946년