비오 11세는 이리 오랫동안 질병을 앓았으며, 1938년 11월 25일 몇 시간에 걸친 심장마비를 두 번이나 겪었다. 그는 숨을 쉬는 것을 상당히 힘들어했기 때문에 교황궁 안에만 머물러 있어야만 했다. 비오 11세는 자신이 아끼는 최고급 포도주병 두 개에 ‘2000년이 되는 해에 짐의 후임자에게’라는 라벨을 붙이는 아이디어를 생각해 냈다 나중에 교황 요한 바오로 2세가 실제로 그 포도주병을 받았는지의 여부는 알려지지 않았다. 비오 11세는 자신이 설립한 교황청 과학원에서 마지막 강론을 하였다. 그는 준비된 문서 없이 과학과 종교, 특히 가톨릭교회의 관계에 대해 강론하였다. 이것이 비오 11세가 임종하기 전에 마지막으로 한 강론인 것으로 알려져 있다. 한 젊은 사제는 교황에게 ‘Principiis obsta(애초에 막아라)’라는 고대 로마인의 속담을 인용하면서 약을 먹을 것을 중용하였으나, 교황은 웃으면서 “신부님은 다음 구절을 빠뜨리셨습니다. 애초에 막지 못하여 병이 깊어지면 어떠한 처방을 해도 이미 소용 없습니다. 저는 약을 먹고 낫기에는 이미 늦었습니다.”라고 말했다.

1939년 1월 교황의 상태는 눈에 띄게 악화되었다. 비오 11세는 극심한 통증에 시달렸으며 걷는 것도 어려워했다. 그리고 호흡장애가 증가하면서 그는 잠자리에서 일어나려고 해도 일어날 수가 없게 되었다. 1939년 1월 7일 교황의 주치의들은 교황청 관료들에게 교황의 죽음이 머지않았다고 일러주었다. 교황청은 밀라니, 로치, 보나모네, 제멜리, 비안 등 이탈리아 전국에서 내로라하는 전문의들과 교수들로 팀을 구성해 교황의 진단을 맡겼다. 그들은 에우제니오 파첼리 추기경과 조반니 바티스타 몬티니 몬시뇰에게 기관지발작과 결합된 심부전증으로 인해 교황은 이미 절망적인 상태에 빠졌다는 안 좋은 소식을 전해주었다. 비오 11세는 마치 조만간 다시 건강을 되찾을 수 있기라도 하듯이 도메니코 타르디니와 함께 일반 알현 계획을 세웠지만, 이미 그는 정상적으로 숨을 쉴 수 없었으며 따라서 몸을 제대로 움직이거나 심지어 잠결에 돌아누울 힘도 잃어버렸다. 그가 주위 사람들에게 남긴 마지막 말은 “내 영혼은 평온하게 여러분 곁을 떠납니다.”이다. 그의 말은 명료하고 확고부동하게 전달되었다. 교황 비오 11세는 1939년 1월 10일 로마 시각으로 오전 5시 31분에 세 차례의 심장 발작으로 선종하였다. 향년 81세였다. 그의 유해는 성 베드로 대성전의 지하 묘소에 안장되었다.
비오 11세가 라벨링해둔 포도주를 받은 것으로 확인된 사람은?
교황 요한 바오로 2세