제로니모는 1884년 멕시코군과 마지막 큰 전투를 벌인다. 위에서 미군들이 인디언들을 소탕하고 있을 때 제로니모는 멕시코로 남하한다. 그는 야영지를 자주 바꾸어 위치를 들키지 않게 했고 잠자기 전에는 정찰병을 세워 대비했다. 제로니모는 항상 부족민들을 설득하여 스스로 나서서 싸우기를 독려하여 수많은 아파치 전사들이 목숨을 걸고 그를 따랐다. 그를 뒤쫓는 미군들을 그의 지략으로 항상 따돌렸지만 시간이 지날수록 그의 전사는 죽어갔고 수는 줄어들었다. 결국 그에게 한계가 왔고 5000명의 토벌대에 맞서는 그는 여성과 아이들을 포함해 36명에 불과했다.

1886년 9월 3일 제로니모에게 토벌대의 사령관 넬슨 마일스는 플로리다에서 잠시 생활한 뒤 반드시 애리조나로 되돌아가게 해준다고 약속하면서 항복을 권유했다. 이튿날 항복한 제로니모는 이후 다시는 전사의 길을 걸을 수 없었다.
1909년 2월 17일 제로니모는 여전히 포로인 몸으로 죽었다. 죽기 직전, 그는 자신의 애마에 안장을 얹어서 한 나무에 묶어 놓으라고 유언했다. 3일 후 그말을 데리러 오겠다고 말했지만 사람들은 따르지 않았다. 1906년 자서전을 낸 후 3년 뒤인 1909년 2월, 말을 타고 집으로 오던 중 말등에서 떨어졌고 친구가 발견할 때까지 밤새 추위 속에 방치되었다. 오클라호마주 실 요새(Fort Sill)에서 폐렴으로 사망했다. 그의 죽음의 침대에서, 그는 조카에게 항복하기로 한 결정을 후회했다고 고백했다. 그의 마지막 말은 그의 조카에게 말했다. "나는 항복하지 말았어야했다. 내가 마지막 사람이 될 때까지 싸워야했었다." 그는 아파치 인디언 포로 묘지의 오클라호마 포트 실에 묻혔다. 그가 죽을 때는 네드니 아파치족 추장 후의 아들인 아사 다크루지가 곁에 있었다. 아파치족의 전사 제로니모는 이름만 들어도 엄청난 위압감을 주었던 전사였지만 초라하게 세상을 떠났다.
제로니모를 살해한 사람은?
사령관 넬슨 마일스