1980년대 7광구가 발견된 시점에서 차해준(하지원 분)의 아버지는 해저에서 파이프를 보고 있는 중 어떤 괴생명체를 발견한다. 그 때 해준의 아버지가 그 작은 괴생명체를 만지려다 공격당함으로써 영화가 시작된다.

이후에도 제주도 남단에 위치한 7광구의 석유 시추선 '이클립스 호'에서는 매일 시추 작업을 시도한다. 그러나 석유 시추 작업이 별 진전이 없자 본부는 철수 명령을 내린다. 이에 강력하게 반발하는 해준은 철수 책임자로 이클립스 호에 도착한 캡틴 정만(안성기 분)에게 시간을 더 달라고 호소해 철수가 연기된다. 그런데 괴물이 시추선으로 연결된 케이블을 건드려 해준과 해저 파이프를 수리하던 막내 대원이 사고로 죽고, 갑자기 해저 생태 연구원 현정(차예련 분)이 해준 앞에서 추락하고 만다.

해준이 시추선 이곳 저곳을 돌아다니던 도중, 의무실에 있던 문형(이한위 분)이 살해당하는 참혹한 일이 벌어진다. 그리고 얼마 안 가 괴물이 발견되고, 괴물이 본격적으로 모습을 드러낸다.

괴물이 시추선을 돌아다니게 된 이유는 과거 해저에서 발견한 괴생명체에 불을 붙이면 오랫동안 꺼지지 않는다는 것을 알게 된 정만의 욕심으로 그것을 사육하다 성장한 괴생명체가 탈출했기 때문이다. 결국 현정이 이 사실을 다른 사람들에게 알리겠다고 하자 정만이 말리다가 현정이 추락하게 되었다는 사실을 모두가 알게된다.

이후 몇 명이 잠수정으로 탈출을 시도하다 종윤(송새벽 분)와 상구(박철민 분)는 희생당하고 혼자 잠수정에 탄 인혁(박정학 분)도 쫓아온 괴물에 의해 살해당한다.

정만은 결국 15분 후 시추선을 폭파하는 자폭장치를 작동하고 괴물과 사투를 벌이고 불에 타 죽고, 동수 역시 괴물에 물리면서 바다에 빠져 사망한다. 이후 해준이 시추선 드릴로 괴물을 죽이고, 폭발하는 시추선을 피해 바다로 뛰어들어 시추선과 떨어진 부표 위에서 구조된다.
해준의 아버지가 탔던 배의 이름은?
이클립스 호