아카키우스 분열
젤라시오 1세는 492년 3월 1일 교황으로 선출되어 즉위하였다. 그는 전임 교황 펠릭스 3세와 마찬가지로 동로마 제국 황제 및 콘스탄티노폴리스 총대주교와의 싸움을 이어갔다. 게다가 그는 주위의 반대를 무릅쓰고 콘스탄티노폴리스 총대주교였던 아카키우스의 이름을 디프티카에서 제거할 것을 촉구하는 강경한 입장을 밝히면서 상황은 더 악화일로를 걷게 되었다. 콘스탄티노폴리스 총대주교이자 정통 신앙을 가졌던 에페미우스는 교황과의 관계를 회복하려고 했지만, 이와 같은 교황의 요구를 받아들이지 않아 교섭은 깨지고 말았다.

로마의 관점에서 볼 때, 콘스탄티노폴리스와의 분열은 불가피한 것이었다. 왜냐하면 예수 그리스도에게는 오직 신성(神性)만이 있었을 뿐, 인성(人性)은 없었다는 주장(단성설)은 이단적인 주장으로서 도저히 받아들일 수가 없었기 때문이었다. 젤라시오 1세는 자신의 저서 《그리스도 안의 두 가지 본성》(De duabus in Christo naturis)에서 이 점을 분명하게 밝혔다.

아카키우스 분열 기간 동안에 젤라시오 1세는 교황의 수위권을 강조하기 위해 교황은 사도 베드로를 계승했다는 주장을 근거 삼아 서방 교회와 동방 교회를 통틀어 교회 전체가 교황의 통치를 받는다는 교황 지상권을 주장함으로써 후임 교황들에게 모범이 되었다.

한편 동로마 제국에서는 제논 황제에 이어 아나스타시우스 1세가 등극하여 테오도릭 대왕과의 관계를 정상화시키면서 로마 교회와 좋은 관계를 맺는 것이 이익이 된다는 판단하에 이탈리아에서 온 사신들을 통하여 등극 이후 로마 교회로부터 아무런 예우도 받지 못했다고 간접적으로 로마 교회에 전하게 했다.

494년 젤라시오 1세는 아나스타시우스 1세 황제에게 교회와 국가 사이의 관계를 주제로 《두 권력》(Duo sunt)이라고 알려진 서한을 써서 보냈다. 젤라시오 1세는 정중하고도 강경한 문구로 두 권력(교권과 속권)의 존재를 분명히 하였다. 이 서한은 교권과 속권의 속성을 규정한 것으로 해석되고 있다. 그의 주장에 따르면, 세상의 통치에 있어서 두 가지 구별되는 권력인 교권과 속권이 존재한다는 것이며, 이 두 권력 모두 그 기원에 있어서는 신성한 원천, 즉 하느님으로부터 기인한다는 것이다. 더불어 두 권력은 각기 고유한 영역에 있어서 서로 독립적이라는 것이고 서로에게 종속되지 않는다. 즉 “영적 권력은 세상의 권력으로부터 완벽하게 독립적이다.”라는 국가사회 권력에 대한 교회의 입장을 선언한 것이다.

따라서 교회의 권력을 지닌 자들은 시민의 한 사람으로서 국가법에 종속되는 동시에, 영적 생활은 교회의 권력에 의하여 지도되고 이 세상의 통치자들은 영적 생활에 관련된 것들에 있어서는 평신도로서 교회의 가르침에 순명해야 한다는 입장을 밝힌 것이다. 이는 영적 생활이 교회의 권력에 의하여 지도되고 이 권력은 이 세상을 다스리는 세속의 권력보다 상위의 것이며, 국가 권력이 영적 생활까지 간섭하며 침해하는 행위를 중지하라는 묵시적 시사로 중세기의 종교적·정치적 이상을 위한 의미 있는 출발이었다.

아울러 로마 시노드를 소집하여 교회 재산의 수입이 네 가지 목적(주교, 사제, 극빈자, 교회 유지)을 위하여 분배되어야 한다고 결정했다. 로마 교구의 사목권 아래 있는 모든 주교는 주교 성성일에 이를 의무조항으로 서약하기로 하였고, 다른 교회들도 이와 비슷한 규정을 도입하였다.
젤라시오 1세가 교황의 권한을 부각하기 위해 주장한 권리는?
교황 지상권