이이가 죽자 이이에 대한 동인들의 공격이 집중되었다. 그러자 이이에 대한 선조의 믿음도 점차 변하여 이른바 삼찬 사건(1583년 이이를 탄핵한 송응개, 박근원, 허봉을 유배시킨 사건으로 이들 셋을 삼찬이라 했다. 계미변란이라고도 한다) 관련자들을 용서한 일이 일어났다. 이때 정여립은 이러한 선조의 마음을 헤아려 경연에서 이이를 공격하는데 앞장 선 적이 있었는데, 이 일은 궁지에 몰린 서인들에게 절호의 빌미를 제공하였다

경연 활동 때는 임금의 뜻에 따라 탄핵의 수위를 조절하는 것이지만, 경솔하고 과격했던 정여립은 임금의 뜻을 정확히 확인하지 않고 서둘렀던 것이며, 서인들은 그러한 허점을 백분 이용하여 임금에게 상소를 올려 정여립을 탄핵했다 선조는 마음이 여리고 온유한 임금으로 문약한 이이와 서로 통하는 점이 많았으며, 그런 탓에 과격한 주장을 싫어했다. 이런 때에 정여립을 제거하는 일은 서인에게 있어 동인 세력의 상승세를 꺾는 중요한 계기가 되었다. 의리를 중시하는 유교 사회에서 "배신자! 변절자! 은혜를 망각하는 배은망덕한 자!"라는 점은 충분히 분노를 사고도 남았다 서인들은 선조의 이 같은 분노를 자극하여 드디어 정여립을 그 도마 위에 올리는 데 성공하였다 정여립은 스승인 이이를 배반한 변절자, 배신자로 몰려 서인들의 집중적인 공격을 받았고, 권세의 부침에 따라 태도를 바꾸는 치사한 인물로 낙인 찍히고 말았다 그러나 이러한 주장들은 모두가 구체적 근거가 없는 것들이었다

그가 이이를 비난한 것을 두고 배신자라 하는 것에 대해서는 '정여립이 이이를 배신했다는 주장은 당시 이이를 절대자요 성인으로 숭배하던 사람들, 특히 서인들의 입장에서 제기되었던 다소 과장된 이야기라고 볼 수 있겠다'는 반론도 있다. 어쨌든 그가 이이를 공격한 이유로 서인의 미움이 그에게 집중되었고, 그래서 그는 동인의 후원에도 불구하고 중앙에서 관직을 내놓고 고향으로 내려가야 했다. 그는 낙향한 몸이었는데도 동인들 사이에서는 명망이 높았다

정여립은 관직을 사퇴하고 전주에 내려와서 산천을 벗삼아 유유자적하고 있는 동안에도 조정에 있는 친척 의정부우의정 정언신, 이발 등과 서신 교환을 게을리 하지 않았다 조정의 많은 인사들은 그의 재주를 아깝게 여겨 관직에 계속 추천하였으나, 선조는 이를 받아들이지 않았다 그가 벼슬길을 그만두고 낙향하자, 주변 사람들이 그에 관한 소식을 듣고 구름처럼 모여들었고, 심지어 감사와 수령들까지 찾아와 인사를 드렸다는 기록도 있다. 그러나 그의 주변에는 이러한 인사들뿐 아니라, 무사, 무뢰한, 노비 등에서부터 승려나 산적, 도사들에 이르기까지 다양한 부류의 사람들이 모여들었다
정여립을 공격하여 서인의 비난을 받은 사람은?
이이