네 살이던 2011년 3월 19일 크누트는 우리 안에서 쓰러져 숨을 거두었다. 목격자들은 크누트가 왼쪽 뒷다리를 떨며 동요된 상태로 경련하다가 연못에 떨어졌다고 하였다. 당시 약 600~700명 가량의 관객들이 크누트의 죽음을 목격하였다. 3월 22일 성명에서 크누트의 뇌에 이상이 생겨 죽음에 이르게 되었을 수 있다는 내용이 발표되었다. 독일내 동물 보호 단체들은 크누트의 죽음을 베를린 동물원 탓으로 돌리며 동물원이 암곰들과 크누트를 합사해 스트레스를 유발하였다고 주장하였다 베를린 동물원 측은 이를 부정하였고, 곰 전문가 하이너 클뢰스(Heiner Klös)는 "동물원 측이 크누트를 위해 할 수 있는 최선을 다하였으며, 동물원에서 북극곰을 합사하는 것은 자연스러운 일로, 크누트의 사회성 및 기술 교육을 위해서도 나이 많은 곰과 합사하는 것은 불가피한 일"이라 밝혔다. 

4월 1일 병리학 전문가는 크누트의 돌연사는 익사라고 밝혔으며, 크누트가 평소 뇌염을 앓고 있어서 뇌가 부어있었고, 뇌염의 원인은 바이러스성이라고 하였다. 크누트는 평소 뇌염 증상을 보이지 않았지만 병리학자들은 이미 크누트가 오래전부터, 짧게는 수주에서 수개월까지 뇌염을 앓아왔을 것이라 주장하였다 이들은 만약 크누트가 익사하지 않았더라도 뇌염으로 인해 오래 살지 못하였을 것이라고 밝혔다. 

크누트의 돌연사로 전 세계 팬들은 슬픔에 잠겼다. 곰의 사후에도 수백명의 팬들이 동물원을 찾아 우리 앞에 꽃과 기념물을 남겼다. 베를린 시장 클라우스 보베라이트 또한 '크누트가 베를린 동물원의 스타였다'며 추모의 말을 남겼다. 베를린 동물원은 크누트를 추모하기 위한 기념비를 기획하였으며, 팬들의 성금으로 비용을 충당하였다. 베를린 동물원 친우회의 회장 토마스 치올코는 "크누트가 비록 모두의 가슴속에 살고있지만 다음 세대를 위하여 크누트의 추억을 보존하기 위한 기념비를 세우는 것은 중요하다"고 하였다 일부 팬들의 이를 반대에도 불구하고, 크누트의 유해는 박제로 제작되어 베를린 자연사 박물관에 전시되어 있다.
박제된 북극곰이 사망한 날짜는?
2011년 3월 19일