마라톤 전투
기원전 490년 페르시아는 다시 한번 원정군을 조직하여 이오니아 반란을 지원한 아테나이와 에레트리아를 정벌하기 위해 떠났다. 정확한 원정군의 규모는 알려져 있지 않다. 헤로도토스는 600척의 겔리선이라고만 밝혔을 뿐이고 후대의 사가들의 기록은 200,000에서 500,000만까지 다양하게 기록하고 있다. 페르시아 원정군은 낙소스로 상륙하여 별다른 저항없이 에레트리아까지 진군하여 6일만에 에레트리아를 함락시켰다. 도시는 폐허가 되었고 신전들은 파괴당했다. 헤로도토스에 따르면 대부분의 에레트리아 주민이 소개되어 끌려갔다고 하는데 10년후 벌어진 살라미스 해전에 에레트리아에서 7척의 전함은 지원한 것을 보면 상당수 주민이 살아남아 도시를 재건한 것으로 보인다.

이후 페르시아군은 아테나이 공략에 나섰다. 아티카 지방 동쪽의 마라톤 평야에 상륙한 페르시아군은 아테나이를 향해 진군했다. 페르시아군의 침략에 아테나이는 스파르타에 전령을 보내어 지원군을 파견해 달라고 했으나 스파르타는 종교적인 이유로 지원군을 보내지 않았다고 한다. 아테나이는 자력으로 방위에 나섰다. 수적으로 우세한 페르시아군은 바다와 육지 양쪽에서 아테나이를 공략했는데 당시 아테나이의 병력은 약 10,000명정도로 추산된다. 육지에서 두 세력은 마라톤 평야에서 싸웠는데 아테나이군은 길게 보병을 배치하고 좌우 양날개에 최정예군을 배치했다. 전투가 시작되자 아테나이군의 중앙이 밀렸으나 좌우의 부대가 페르시아군을 협공하는 데 성공했다. 아테나이군의 전사자는 200명 남짓, 페르시아군은 6,400이 전사했다고 한다. 아테나이군은 수적인 열세에도 불구하고 이 전투에서 승리하고 바다쪽에서 아테나이 해군도 페르시아의 함대를 막는 데 성공하여 페르시아는 후퇴했다. 이 전투의 승전보를 가지고 아테나이로 달려온 한 병사에 대한 전설이 있는데 이것이 현대 올림픽의 마라톤의 유래가 된다.

마라톤 전투의 승리로 페르시아군이 더이상 무적이 아니고 그리스 국가들도 연합하여 싸우면 승리한다는 것을 알게 되었다. 페르시아에 굴복했던 많은 그리스 도시국가들이 아테나이와 스파르타의 편으로 돌아섰다. 키루스 2세 이래로 정규군의 육전에서 한번도 패한적 없는 페르시아 육군은 마라톤 전투에서 유일하게 패배함으로 자존심의 상처를 입었고 이오니아의 그리스계 국가들에 대한 영향력의 약화를 우려할 처지가 되었다.
페르시아 원정군이 에레트리아를 무찌를 때 가장 먼저 전쟁을 시작한 지역은?
낙소스