2013년 초 소위 '일반고 슬럼화' 현상이 사회 문제가 되었다. 자율형 사립고 출범 이후 우수 학생을 자율형 사립고가 확보함에 따라 이들이 일반고에 진학하지 않고, 학업성취가 낮은 학생이 일반고에 다수 진학함으로 인하여 일반고의 수준이 크게 낮아져서 수업 진행이 힘들 정도까지 된 것이다. 일반고 슬럼화 문제가 심각해지자, 교육부와 서울특별시교육청 등은 대책을 발표하였다. 교육부는 자사고의 신입생 선발권한을 제한하는 정책을 추진하였다. 서남수 교육부 장관은 자사고 신입생 지원에 있어서 중학교 내신 성적 50% 이내 조건을 폐지함으로써 일반고등학교의 슬럼화 현상을 막을 수 있다고 말하였다. 그러나 교육부의 자사고 학생선발권 폐지 추진정책은 자사고 학부모와 자사고의 반발로 인하여 추진되지는 않았다. 한편 서울특별시교육청은 '일반고 점프업' 정책을 추진하며 일반고의 교과교육 강화를 추진하였다.

2014년 6월 동시지방선거에서 소위 진보 교육감들이 다수 당선되었고, 이들은 자사고 폐지를 주요 공약으로 내세웠다. 특히 서울특별시교육감 조희연은 자사고 폐지를 핵심 공약으로 내세워서 강하게 추진하였다. 그는 '자사고가 우수 학생을 독식하고 있어서 자사고를 폐지해야 일반고가 살아날 수 있다'고 밝히며, 자사고 폐지를 추진하였는데 이에 대하여 자사고 학부모와 자사고의 반발이 강하게 일어났다. 조희연은 자사고 교장들과의 간담회를 가지는 등 설득을 위하여 노력하는 제스쳐를 취하며 자사고가 일반고로 전환할 시 1억원의 지원금을 교부하겠다는 계획을 밝히기도 했다. 설득 노력에도 불구하고 대부분의 자사고는 반발하였고, 조희연 교육감은 2014년 10월 전임 문용린 교육감이 실시한 자사고 평가를 재실시하여서 기준점수에 미달된 서울 경희고등학교, 세화고등학교, 중앙고등학교 등 8개 학교를 자사고 지정에서 해제하였다.

이에 대하여 교육부는 초중등교육법 시행령의 '자사고 지정 취소 시 교육부장관과 협의하여야 한다'는 규정을 들어서 자사고 지정의 최종 권한은 교육부 장관에게 있다고 밝혔고, 조희연 교육감이 시행한 자사고 지정 취소를 무효화했다. 따라서 경희고등학교 등의 8개 학교는 일단 자사고 지위를 유지하게 되었다. 조희연 교육감은 이에 대하여 '자사고 지정권은 교육감의 권한이고, 교육부장관은 '협의'의 대상이므로 자사고 지정권은 교육부장관에 있지 않다'며 대법원에 소송을 제기하였다.

교육부는 2014년 11월 말 초중등교육법 시행령을 개정하여서 '자사고 지정권한은 교육부 장관에게 있음'을 규정하였다.
자사고 신입생 지원 조건을 엄격하게 바꾸면서 일반고등학교 슬럼화 현상을 막을 수 있다고 말했던 인물은?
서남수