2003년 8월 29일, 알하킴은 나자프의 이맘 알리 모스크를 나서는 순간에 폭발한 강력한 차량 폭탄으로 암살당했다. 이 폭발로 최소 85명이 사망했으며, 일부는 최대 125명이 사망했다고 추정하기도 한다.

누가 그를 살해한 이 강력한 폭탄 공격의 배후에 있는지는 명확하지 않으며 런던의 한 SCIRI 대변인은 사담 후세인의 지지자들이 이 공격의 배후에 있을 것이라고 추정하였다. 다른 이들은 반드시 후세인과 연계되어 있을 필요는 없으며 이라크에서 시아파의 영향력이 확대되는 데 반대하는 수니파가 저지른 사건이라고 생각하였다. 또 다른 사람들은 다른 시아파 집단이 저질렀을 수도 있다고 본다. 내부 권력 투쟁의 일부 혹은 더 유화적으로 변해가는 대미노선에 대한 강경파의 반격이라는 것이다.

그의 암살이 나자프에서 시아파 성직자들에 대한 공격이 몇 주일간 계속되어 오던 중에 일어났다는 사실(알하킴은 네 번째로 암살된 사람이었다) 때문에, 몇몇 사람들은 반 시아파 감정이 이 공격의 동기일 가능성이 매우 높다고 판단했다.
반면 시아 파벌들 간의 유혈 항쟁의 역사와 이들 공격이 설명되지 않은 사실들은, 다른 이들로 하여금 경쟁 시아파 지도자 -아마도 강경파인 무크타다 알사드르- 의 지지자들에 의해 저질러졌을 가능성이 제일 높다고 생각했다.

2003년 8월 30일, 이라크 정부기관은 폭탄 공격과 관련되어 네 명 -바스라로부터 전 바트당 정권 인사 두 명, 그리고 금욕적 와하비파(수니 이슬람 분파)의 비 이라크 아랍인 두 명- 을 잘못 체포했다. 무슬림 세계의 많은 이들이 내부 항쟁으로부터 시아파를 보호하려는 목적으로 그들에게 누명을 씌웠다고 생각했다.

미국과 이라크 관리들에 따르면 하킴의 암살은 아부 무사부 알자르카위의 소행이라고 한다. 2005년 1월 체포된 자르카위의 수석 폭탄제조기술자 아부 오마르 알쿠르디가 이 폭파를 실행했다고 자백했으며, 또한 여러 오디오 테이프를 통해 자르카위가 이 암살을 찬양한 바 있다는 것이다.
미국과 이라크 관리들은 하킴을 누가 죽였다고 보나?
아부 무사부 알자르카위