태평양 전쟁 중 뉴기니 방면에서 진공 작전을 실시해 온 더글러스 맥아더 장군을 사령관으로 하는 미 육군 주체의 연합군 남서 태평양 방면군은 1944년 후반 마침내 필리핀을 진공하기로 결정했다. 그 첫 단계로 필리핀 방면의 전략 거점의 확보가 필요하였으며, 뉴기니 서쪽에 위치한 말루쿠 제도의 모로타이 섬을 공격 목표로 정했다. 또한 동시에 팔라우 제도의 펠렐리우 섬과 앙가우르 섬에도 미국 해군 주도의 연합국 중부 태평양 방면군이 공략을 맡았다.(이때의 전략 결정의 경위에 대해서는 필리핀 전투 (1944 - 1945)#미국을 참조.)

한편, 1942년에 네덜란드령 동인도의 일부였던 모로타이 섬을 점령한 일본군은 이후 수비 부대를 증강배치하지 않았다. 1944년 말루쿠 제도 방면의 방비 강화를 도모하고자 파견된 제32사단은 평야가 많은 비행장 건설에 적합한 주변의 할마헤라 섬을 방어의 중심으로 여겼다. 따라서 모로타이 섬에는 제32사단의 2개 대대가 비행장 건설을 추진했지만, 배수가 좋지 않아 건설을 포기했다. 이 2개 대대가 할마헤라 섬으로 철수한 이후에는 카와시마 타케노부(川島威伸) 중위를 지휘관으로 하는 제2유격대 소속의 2개 중대(주로 다카사고의용대)만 배치되어 있었다.

연합군이 상륙했을 때, 섬에는 9000명의 현지인이 살고 있었다. 도민에 대한 선무공작을 수행하기 위해 연합군의 상륙 부대에는 네덜란드 군 민정반이 추가 되었다.
태평양 전쟁 당시 필리핀에 진격하기로 한 사람은?
맥아더 장군