펠라지오는 부제로 서품되어 교황 아가피토 1세가 콘스탄티노폴리스로 갈 때 동행하였으며, 그곳에서 콘스탄티노폴리스 주재 교황 대사로 임명되었다. 아가피토 1세는 펠라지오를 교황 대사로 임명한 뒤, 곧 콘스탄티노폴리스에서 선종하였다. 537년 3월 펠라지오는 로마로 돌아왔다. 그사이 아가피토 1세의 뒤를 이은 교황 실베리오가 물러나고 부제였던 비질리오가 교황이 되었다.

교황 비질리오가 유스티니아누스 1세 황제의 요청으로 콘스탄티노폴리스로 갔을 때에는 펠라지오가 로마에 남아서 교회를 돌보는 등 교황의 대리인 역할을 수행하였다. 이 때, 고트족의 왕 토틸라가 군대를 이끌고 로마를 봉쇄하였다. 펠라지오 1세는 기근에 시달리는 시민들을 위해 자신의 재산을 내놓았으며, 토틸라와 담판을 지어 공격을 멈추려고 하였다. 비록 그의 시도는 실패로 돌아갔지만, 546년 12월 토틸라가 로마를 수중에 넣었을 때 로마 시민들의 생명에는 지장이 없게 하였다. 토틸라는 유스티니아누스 1세와 평화 협상을 맺기 위해 펠라지오를 콘스탄티노폴리스로 파견하였다. 그러나 유스티니아누스 1세는 토틸라의 제안을 거부하고, 벨리사리우스 장군에게 이탈리아를 재정복하라는 명령을 내렸다. 펠라지오는 콘스탄티노폴리스에서 교황 비질리오와 합류하여 그를 보좌하였다.

전해지는 이야기에 따르면, 로마의 산티 아포스톨리 성당은 동고트 왕국을 무너뜨린 동로마 제국의 장군 나르세스의 승리를 기념하기 위해 펠라지오에 의해 세워져 축성되었다고 한다.
유스티니아누스 1세가 콘스탄티노폴리스로 갔을때 누가 남아서 대리인의 역할을 했나요?
비질리오