새만금 방조제의 물막이 공사가 진행된 이후, 이로 인한 생태계 파괴의 우려는 현재까지 계속 제기되고 있다. 새만금 방조제 물막이 공사 후 이로 인해 형성된 인공호수인 새만금호의 연간 종다양성지수는 1.11로, 물막이 공사 중의 2.47에서 낮아져 새만금호의 어류 서식처의 변화가 종조성(種造成)의 변화에 상당한 영향을 미쳤음이 확인되었다. 물막이 공사 후 새만금호의 종다양성지수가 낮아진 것은 내만성 어류인 전어의 양이 크게 증가한 이유가 크고, 그 밖에 일시적으로 새만금호에 몰려온 멸치나 삼치와 같은 특정 부어류들이 조사 때 기선저인망(otter trawl)에 대량 채집되어 소수종의 우점도가 높아진 것으로 분석되고 있지만, 물막이공사가 종다양성을 해쳤음을 부인하기는 어렵다. 

일반적으로 예견된 바 대로, 물막이 공사 이후 염도 변화 등으로 인해 해산어(바다물고기)의 비율이 줄고, 점차 소하어 및 강하어를 포함한 주연성 어류가 증가하였고, 담수어(민물고기)도 꽤 늘어 새만금호가 해수 생태계에서 담수 생태계로 변화 중임이 확인되었다. '금강 및 새만금지역 조류변화상 연구'에 따르면 채집된 어류 총 14과35종 중 1차 담수어가 10종, 소하어 및 강하어를 포함하는 주연성 어류가 23종인데 반해, 해산어는 2종에 불과했으며, 새만금 방조제 건설 전과 상대적인 어종의 구성을 비교해 볼 때 해산어의 비율이 크게 줄고 주연성 어류의 비중이 대폭 늘어났다. 해당 보고서는 향후 담수화가 진행될수록 서식어종의 분포는 해산어류에서 주연성 어류, 주연성 어류에서 순수 담수어류로 수중 생태환경이 변화되어 갈 것으로 예측했다.
새만금호에서 서식하는 어류의 종이 줄어든 가장 큰 이유는 무엇인가?
내만성 어류인 전어의 양이 크게 증가한 이유