1960년 12월 긴급 상태가 향상되었다. 1961년 전 케냐 아프리카 동맹당의 후임 케냐 아프리카 민족 동맹 (KANU)과 케냐 아프리카 민주 동맹 (KADU)이 둘다 그의 석방을 요구하였다. 5월 14일 케냐타는 케냐 아프리카 민족 동맹의 의장이 되었다. 그는 1961년 8월 21일 완전히 석방되었다. 한 의원이 그의 의석을 넘길 때 이듬해 그는 입법 회의로 수용되었고, "노인"을 의미하는 음제 (mzee)로 알려졌다. 이 단계에서 그는 백인 정착자들에게 케냐를 떠나지 말라고 의문하고 화해를 성원하였다. 1963년 12월 12일 독립이 선언된 후 총리직을 유지하였다. 1964년 12월 12일 케냐타가 대통령으로서 함께 케냐는 공화국이 되었다.

케냐타의 정책은 연속성의 쪽에 있었고, 그는 많은 식민지 시절의 공무원들을 그들의 이전 직업들에 간직하였다. 그는 북동부에서 소말리인 반란자들에 대항하는 데 영국군의 도움을 요청하였고, 1971년 이어서 일어난 나이로비에서 육군 반란은 당시 법무 장관 키틸리 음웬다와 육군 사령관 은돌로 소령이 사임하는 데 강요되면서 좌절되었다. 어떤 영국군들은 국가에 남아있었다. 11월 10일 케냐 아프리카 민주 동맹의 대표들은 케냐 아프리카 민족 동맹의 계급들에 가입하여 일당을 형성하였다.

케냐타는 상대적으로 평화적 대지 개혁을 세웠으며 나쁜 쪽에서 그의 대지 정책들은 그의 친척들과 친구들에게 주어진 대지의 구획 선택권과 함께 케냐 안에서 깊게 부패를 참호로 에워싸졌고, 케냐타는 국가의 가장 큰 대지주가 되었다. 그는 자신의 종족 키쿠유 족을 다른 전부의 종족들의 손실로 호의를 보였다.

 자신의 명성으로 그는 케냐의 유엔 가입을 감시하고, 밀턴 오보테의 우간다와 줄리어스 니에레레의 탄자니아와의 무역 협정들을 체결하였다. 그는 친서방적 반공주의 외교를 속행하였다. 안정은 해외 투자를 끌어들였고, 그는 아프리카 여러 곳에서 영향적 인물이 되었다. 하지만 그의 독재주의적 정책들은 비판을 끌어내고 의견 차이를 일으켰다.

케냐타는 1966년 재선되었고, 다음해 연장한 권력들을 얻는 데 헌법을 바꾸었다. 이 기간은 소말리아와 국경 분쟁과 더많은 정치적 반대를 가져왔다. 그는 키쿠유 족이 이끄는 케냐 아프리카 민족 동맹을 실지로 케냐의 단 하나의 정당으로 만들었다. 그의 비밀 경찰들은 반체제자들을 괴롭혔고, 피오 가마 핀토, 톰 음보야와 J. M. 카리우키 같은 야당 인물들의 살인 사건들로 이어지는 데 의심을 두었다. 어떤이들은 또한 그를 C. M. G. 아르그윙스 - 코드헥과 로널드 응갈라의 사망들로 그를 이어지는 시도를 하였으나 그들이 둘다 자동차 사고에서 사망하면서 이 일은 해명을 필요하는 편이다. 그는 1974년 재선되었는 데 자신이 혼자 나간 자유적도, 공명하지도 않은 선거였다.

케냐타는 논쟁의 인물이었다. 그는 자신의 지배적 키쿠유 족의 남성들이 다른 종족으로부터 대통령을 가지는 아이디어를 좋아하지 않은 것으로 주어진 종족 경쟁드로부터 위험에서 케냐 공화국을 남긴 것으로 그의 비평가들에 의하여 고발되었다. 그는 대니얼 아랍 모이에 의하여 이어졌다.

나이로비의 조모 케냐타 국제공항은 그의 이름을 땄다. 케냐타는 전혀 나이로비에서 밤을 보내지 않았다. 대신 그는 항상 가툰두에 있는 자신의 마을 집으로 몰아졌다.
KANU의 의장이었던 사람이 케냐 대통령이 된 날짜는?
1964년 12월 12일