반면에 김일성에 의해 암살당했다는 주장도 있다. 남로당의 '마지막 지하총책'이었다고 주장하는 박갑동의 증언에 의하면 여운형과 김일성은 공산당의 주도권 확보를 위해 공동의 적인 박헌영을 타도할 목적으로 손을 잡았는데, 기대와는 달리 여운형의 역량이 박헌영의 절반에도 미치지 못하자 이에 실망한 김일성이 여운형에게 자금지원을 중단했다 한다. 이에 여운형이 김일성을 비난하자 모의내용이 탄로날 것을 우려한 김일성이 여운형을 제거했다 한다. 

박갑동에 의하면 신문 보도와는 달리, 미국의 자료에 의하면 여운형의 암살자는 김일성이라는 것을 암시하는 대목 이 있다고 한다. 또한 여운형이 좌익에서 몰락해 가자 김일성에게는 이용 가치가 없어졌다 여운형은 이에 대해 불만을 품고 '김일성이 싫다'는 발언을 했는, 박갑동에 의하면 '이 말이 김일성의 귀에 들 간 것'이 원인이라는 것이다.

박갑동에 의하면, '이러한 근거자료들은 미국측의 자료에 있으며, 미국측 자료에 여운형의 진짜 암살자는 김일성이라는 것을 암시하는 부분이 있다.'고 주장하고 있다 그러나 그는 자신이 말한 "미국 자료"를 구체적으로 밝히지 않았으며, 어떤 연구자도 이 자료를 찾아내지 못했다. 국사편찬위원회로 활동하고 있는 정병준 교수는 "어떤 자료에도 미군정이 여운형 암살에 조직적으로 개입했었다는 정후는 보이지 않는다."라고 반박했다. 동아일보 사장인 김학준 역시 '여운형과 김일성의 관계에 미뤄, 김일성이 여운형을 암살했다는 박갑동의 주장은 설득력이 떨어지고 받아들이기 어렵다."고 반박했다. 

박갑동에 의하면 김일성은 월남한 반공청년으로 위장한 한지근을 남파시켜 자연스럽게 우익청년조직인 백의사에 접근토록 하여 여운형을 암살하였다는 것이다. 체포된 한지근은 개성형무소에서 복역하던 중 한국전쟁 때 남하한 인민군에 의해 사살되었다고 한다

실제로, 한지근(이필형)은 개성형무소에서 복역 중 행방불명되었다. 소문으로 '한지근이 일본에 살아있다.'는 증언이 있어 예전에 한겨레신문 기자가 취재한 적이 있는데, 알고보니 고하 송진우를 암살한 한현우였다고 한다.
김일성이 여운형의 암살을 지시했다고 주장한 사람은?
박갑동