1856년 9월, 윌리엄 S. 하니 준장이 연방군의 지휘관으로 플로리다에 돌아왔다. 그는 제2차 세미놀 전쟁에서 교훈을 기억하고 있었기 때문에, 플로리다 전체에 거려 일렬로 요새 체계를 갖추고, 순찰은 세미놀 영토 깊숙이 이뤄졌다. 그는 세미놀을 빅 싸이프레스 스웜프와 에버글레이즈로 몰아넣을 계획을 세웠는데, 우기에는 그곳에 살 수 없다고 믿었기 때문이다. 그들은 농작물을 재배할 수 있는 마른 땅을 찾아 인디언들이 홍수진 곳을 피해 갈 때 그들을 잡을 수 있을 것이라고 예상했다. 하니 계획 중 일부는 습지에서 홍수진 섬과 마른 섬 간의 이동을 위해 배를 사용하는 것이었다. 그는 먼저 세미놀과 협상을 시도를 했지만, 그들과 접촉할 수 없었다. 1857년 1월 초순, 하니는 인디언을 적극적으로 추적하라고 군에 명령했다. 그러나 하니 계획은 캔자스 주에서 일어난 유혈 사태를 지원하기 위해 자신과 제5보병 부대가 캔자스로 이동했기 때문에 성과를 제대로 보지 못했다. 

가스타우스 루미스 대령은 플로리다에서 하니 장군의 후임 사령관이 되었지만, 제5보병대가 철수하고, 제4포병대와 10개의 중대만을 남았다. (제4포병대는 이후 4개의 중대로 줄어들었다.) 루미스는 보트 중대에 지원병을 편성하고, 특히 빅 사이프레스 스웜프와 에버글레이즈에서 사용하기 위해 건조한 금속제 "앨리게이터 보트"를 이 중대에 지급했다. 이 보트는 길이 9m로 최대 16명의 병력을 습지로 실어나르는 것이 가능했다. 이 보트 중대는 주로 여성과 아이들과 같은 많은 인디언을 사로잡을 수 있었다. 상비군은 제대로 운영되지 못했다. 애버너 더블데이 대위를 포함한 일부 장교들은 세미놀이 육군 정찰을 쉽게 피한다는 것을 관측했다. 더블데이는 입대한 사병의 대부분이 숲 정찰에 대해 무지하다는 사실의 결과라고 생각했다. 

1857년, 플로리다 민병대 10개 중대가 연방군에 편입되어, 9월까지 총 800명의 병력이 되었다. 11월, 이 부대는 빌리 보우렉스 무리에 있던 18명의 여성과 아이들을 사로잡았다. 또한 부대는 여러 마을과 경작지를 발견하여 파괴했다. 1858년 설날에 빅 싸이프레스 스웜프로 이동하여, 그곳에 발견한 마을과 경작지를 파괴했다. 인디언 준주에서 온 다른 대표단이 1월 플로리다에 도착하여 보우렉스에게 연락을 시도했다. 그 동안 군대는 철수했다. 전년에 결국 세미놀들은 인디언 준주에서 크리크 족과 별도의 자신만의 보호구역을 받을 수 있었다. 각 전사에게 $500를 지급하고(추장은 그 이상), 여자들에게는 $100 현금 지급을 약속했다. 3월 15일, 보우렉스과 아신워의 무리는 제안을 받아들여 서부로 가기로 동의했다. 5월 4일 총 163명의 세미놀(이전에 잡힌 포로들을 포함하여)은 배를 타고 뉴올리언스로 보내졌다. 1858년 5월 8일, 루미스 대령은 종전을 선언했다.
세미놀과 협상을 시도했던 인물은?
윌리엄 S. 하니