코페르니쿠스가 1543년 세상을 떠난 이후 고고학자들은 수 세기에 걸쳐 그의 유해를 찾으려 노력해 왔다. 1807년 나폴레옹은 그의 무덤을 찾다가 실패하였고, 폴란드 공산 정권은 정부와 교회의 관계가 껄끄러워 유해 찾기 작업이 순조롭지 않았다. 2005년 8월 14세기에 건축된 플라우엔부르크 대성당 제단 아래를 파고 들어가자 여러 구의 유골이 발견되었다. 그중에 코페르니쿠스의 것으로 보이는 아래턱이 없는 두개골과 다리뼈 등이 나왔다. 유골은 사망 당시 연령이 60 ~ 70세로 추정되었다. 부러진 코, 왼쪽 눈 위 흉터 등 두개골의 특징이 현존하는 코페르니쿠스 초상화에 나타난 모습과 일치하였다. 2008년 11월 20일 스웨덴 웁살라 대학교의 유전학 전문가 마리 알렌은 기자회견을 통해 '코페르니쿠스의 책에서 나온 두 가닥 머리카락의 DNA가, 그의 유해로 추정되는 뼈의 DNA와 일치한다'라고 밝혔다. 유해의 보존 상태는 좋지 않아 아래턱 부분은 소실된 상태였다. 뼈의 상태를 조사한 결과 약 70세 가량 노인의 것으로 확인되었고 이는 코페르니쿠스가 죽었을 때의 나이와 일치한다. 

2010년 5월에 그의 장례식이 사후 거의 500년만에 폴란드에서 다시 치려졌다. 폴란드 국민과 고위성직자들은 그를 국민적 영웅으로 기리며, 최고의 예우를 하였다.
코페르니쿠스 유해의 진위여부를 밝힌 사람은?
유전학 전문가 마리 알렌