사막에서 길을 잃고 헤메던 지우 일행은 우연히 수중 포켓몬 쇼로 유명한 '마리나 서커스단'의 이자벨과 그들과 함께 여행을 다니는 포켓몬 레인저 잭 워커를 만나게 된다. 그들과 함께 여행을 하던 도중 지우 일행은 이자벨의 가족으로부터 자신들이 '물의 일족'의 후손이며, 바다의 신전 '아크셔'에 '바다의 왕관'이라는 보물이 숨겨져 있다는 전설을 듣는다. 그 때 해적두목 팬텀 톨프가 세계 정복의 야망을 이루기 위해 바다의 왕관을 손에 넣고자 잭과 이자벨이 보호하고 있던 '바다의 왕자'라 불리는 포켓몬 알을 손에 넣기 위해 습격해 온다. 격렬한 싸움 도중에 알이 강렬한 빛을 내뿜으며 환상의 포켓몬이라 불리는 마나피가 봄이의 품에서 탄생한다. 태어나서 처음으로 본 봄이를 자신의 엄마라 생각하고 따르는 마나피.
팬텀으로부터 무사히 도망친 일행들은 아크셔 신전을 찾아 배를 타고 바다를 항해하게 된다. 그러던 중 마나피가 갑자기 바람에 날아간 봄이의 두건을 찾아 바닷속으로 사라지고, 마나피를 찾아 바닷속으로 잠수함을 타고 가게 된 지우 일행과 이자벨은은 아크셔 신전 안으로 들어가게 된다. 그런데 일행 뒤를 쫓아온 팬텀이 신전 중앙부에 있는 보석을 빼는 바람에 신전은 바닷속으로 가라앉게 되는데...
바다의 왕관을 빼앗으러 아크셔를 습격한 인물은?
팬텀 톨프