알하킴은 가장 강경한 이슬람주의자는 아니었지만 집권 바트당 정권에게 위험인물로 지목되었다. 이는 주로 바트당 정권이 대부분 수니파로 구성되어 있었는 데 반해, 그의 운동은 주로 이라크의 다수 시아파 주민을 대변하고 있었기 때문이었다.
이는 결국 1972년 "무타"(시아파의 일시적 혼인 관계의 법적 형태)를 조장했다는 명목으로 그의 체포를 불러왔지만, 결국 얼마 지나지 않아 석방되었다.

그는 1977년 2월에 일어난 나자프 봉기 때문에 부분적으로 비난받았고 다시 체포되었다. 이번에는 종신형이었다. 그러나 그는 결국 감형되어 1979년 7월에 석방되었다.
이어서 발발한 이라크와 (시아파가 주류인) 이란 간의 전쟁(이란-이라크 전쟁)은 집권 바트당으로 하여금 이라크의 시아파 주민들을 점점 더 불신하게 만들었다.
이는 그의 지난번 체포, 바키르 알사드르의 처형과 맞물려서 알하킴으로 하여금 이라크에서 그의 시아파 옹호 운동을 계속하는 것은 불가능하다고 확신하게 하였고, 결국 1980년, 그는 이란으로 망명했다.

이란에서 안전을 확보한 알하킴은 바트당에 대한 공개적인 적대자가 되었고, 사담 후세인 정권을 무너트리는 것을 목표로 한 혁명 그룹, 이라크 이슬람혁명최고위원회(SCIRI)를 결성했다.
1983년, 후세인은 이라크에 남아 있던 알하킴의 가족 125명을 체포하고 그중 18명을 처형하는 것으로 응수했다. 이는 알하킴으로 하여금 한층 더 바트당, 특히 후세인 개인에 대한 적개심을 품게 만들었다.
SCIRI는 이란의 원조를 받아 무장 저항활동을 개시하였다. 주기적으로 국경을 넘어 이라크 시설에 공격을 가하고, 이라크 내의 저항세력들과 비밀 접선을 유지하면서 후세인에게 있어 빠지지 않는 가시와도 같은 존재가 되어 갔다.
알하킴이 후세인의 정치 권력을 없애기 위해 만든 조직의 이름은?
(SCIRI)