다낭 포위전|사이공 포위전
 연합군은 손쉬운 승리를 기대했지만, 처음에는 계획대로 흘러가지 못했다. (선교사들이 장담한대로) 베트남의 기독교도들이 프랑스를 지원하여 봉기하지 않았고, 베트남의 저항은 예상했던 것보다 훨씬 더 견고했다. 게다가 프랑스와 스페인 동맹군은 응우옌 찌 프엉이 지휘하는 베트남 군대에 포위마저 당했다. 다낭 포위전은 거의 3년을 끌었고, 교전은 거의 없었지만, 연합군 측은 질병으로 많은 사상자를 냈다. 투론 요새는 종종 증원되었고, 가끔은 베트남 요새를 기습했지만, 포위를 분쇄하지는 못했다. 1858년 10월, 투론 함락 직후, 리고 드 주누이 제독은 베트남 모처를 공격하면서 주사위를 던졌다. 그들이 점령한 투론 요새가 쓸모가 별로 없다는 것을 깨달은 그는 통킹이나 코친차이나에 대한 작전 가능성에 무게를 두었다. 성공 확률을 높이기 위해 기독교인들의 대규모 봉기가 필요한 통킹 원정은 위험의 클 것이라고 생각하고 거부했다. 1859년 1월, 해군 장관에게 베트남 군의 식량 보급처로 전략적 중요성을 가지고 있는 코친차이나의 사이공에 대한 원정을 제안했다. 원정이 승인되었고, 2월 초, 리고 드 주누이는 소규모 프랑스 수비대와 2문의 함포를 싣고, 다낭을 떠나 남쪽 사이공으로 뱃머리를 돌렸다. 1859년 2월 17일, 강을 거슬러 방어망을 뚫고, 요새와 방책들을 파괴한 후, 프랑스와 스페인군은 사이공을 점령했다. 프랑스 해병대는 사이공의 거대한 요새를 습격했다. 스페인 군대의 필리핀인 부대는 베트남의 반격을 저지했다. 연합군은 성을 점령하고 있을만큼 강하지 못했고, 1859년 3월 8일에 성을 폭파하고, 식량고에 불을 질렀다. 4월, 리고 드 주누이는 심하게 압박받는 투론의 요새를 보강하기 위해 그의 군대와 함께 투론으로 돌아왔다. 그는 사이공에 약 1,000명의 프랑스-스페인 병력을 남겨두고, 미래에 프랑스 해군장관이 되는 베르나르 주헤기베리에게 지휘를 맡겼다.
 사이공 함락은 초기의 투론 함락처럼 프랑스와 스페인에게 실속없는 승리라는 것이 입증되었다. 1859년 4월 21일 사이공 서쪽의 베트남 요새에서 기습 공격으로 상당한 피해를 입은 베르나르의 소규모 군대는 이후에 방어에만 급급했다. 한편 프랑스 정부는 이탈리아에서 다수의 프랑스 군대의 발을 묶은 오스트리아 - 사르디니아 전쟁(제2차 이탈리아 독립전쟁)의 발발로 극동의 야심에서 멀어졌다. 1859년 11월, 리고 드 주누이는 프랑스와 파즈 제독으로 교체되었다. 파즈 제독은 베트남에서 영토 획득이 아니라 종교를 보호하라는 조약을 맺으라고 지시를 받았다. 파즈는 11월 초에 협상을 시작했지만, 결과를 얻지 못했다. 프랑스가 이탈리아에 관심이 쏠린 것을 알게 된 베트남인들은 이 같은 온건한 조건을 거부하고, 협상을 끌었다. 프랑스-스페인 연합군이 손실을 줄이기 위해 원정을 포기하기를 기대했던 것이다. 1859년 11월 18일에 투론에서 끼엔짠 요새를 포격하고 함락시켰다. 그러나 연합군의 이 전술적 승리만으로는 베트남의 협상 자세를 변화시키지 못했다. 전쟁은 1860년까지 지속되었다. 

1859년 후반과 1860년 내내, 투론과 사이공 요새를 견고하게 보강하지 못했다. 비록 오스트리아 - 사르디니아 전쟁은 이내 끝이 났지만, 1860년 초 프랑스는 또 다시 중국과 전쟁을 수행해야 했고, 파즈 제독은 레오나르 샤르네르 제독의 중국 원정을 지원하기 위해 대부분의 병력을 돌릴 수밖에 없었다. 1860년 4월, 파즈는 코친차이나를 떠나 광저우에서 샤르네르에 합류하게 되었다. 그러는 동안 1860년 3월 약 4,000명의 베트남 군대가 사이공을 포위하기 시작했다. 사이공 방어는 다리에스 선장에게 맡겨졌다. 1860년 3월부터 1861년 2월까지 사이공에 있는 1,000명에 불과한 프랑스 - 스페인 군대는 압도적인 숫자에 의해 포위를 당해야 했다. 그들은 사이공과 투론을 둘 다 유지할 수 없다는 것을 깨닫고, 1860년 3월 불명예스런 결과로 끝난 투론 공성전의 역사를 남기고 투론 요새를 떠났다.
1859년 2월에 코친차이나의 사이공에 원정간 인물은?
리고 드 주누이