그의 죽음으로 좌우합작위원회는 구심점을 잃게 된다. 제2차 미소공위는 추진하던 중 이후 중재자가 없어지자 극좌,극우 양극단 세력의 갈등이 표출하였고, 끝내 미국-소련의 입장만 확인한 채 1947년 10월에 제2차 미소공위는 완전히 결렬되어 미국이 한반도 문제를 UN으로 이관함으로써 좌우합작위원회는 1947년 12월에 공식 해체된다. 결국, '통일임시정부' 수립을 위한 좌우합작운동은 좌절되어 실패로 끝났고 한반도는 '남한 내 단독정부 수립'안이 확정되기에 이르렀다.

1947년 7월 19일 여운형이 피습,절명하여 암살되었을 당시 갑작스런 그의 죽음은 많은 사람들에게 커다란 충격을 주었다. 1947년 8월 3일 광화문 인민당사 앞에서 발인식이 거행되었다. 그의 영결식은 인민장으로 치러졌다. 

영결식에 약 60여만명의 수많은 추모인파가 몰렸다고 한다. 이는 광복 이후 최다 인파가 모인 것인데, 민중들이 슬픔에 동참하기 위해 자발적으로 흰 옷을 입어서 서울시내가 하얗게 뒤덮였다고 한다. 영구는 결식장인 서울운동장(동대문운동장)으로 향해 서서히 갔고, 장례 행렬은 11시 40분에 서울운동장에 도착하여 영결식이 치러졌다. 서울 운동장에서 베를린 올림픽 마라톤 금메달리스트 손기정과 역도선수 김성집 등 체육인들이 그의 관을 운구하였다. 

그의 시신은 포르말린으로 방부처리되어 쇠로 만들어진 관에 안치되었다. 통일이 되는 날에 다시 장사를 지내기 위함이었다. 그가 죽자 미 군정장관 하지가 육각수은관을 미국에서 특별 주문해 가져왔다고 한다.

 여운형의 묘소는 서울시 강북구 우이동에 안치되었으며 강북구 수유동에서 멀지 않은 솔밭공원 근처에 있다. 한 때 1961년 5.16 군사정변 직후 우이동 묘소 땅이 채윤혁 개인에게 불하받게 되어 여운형 시신이 오갈 데 없는 딱한 처지에 놓인 적이 있었다. 당시 국회의원이던 여운형의 동생 여운홍이 법적으로 어떻게 해볼 길이 없으니 대통령 박정희한테 직접 문제를 해결해달라고 부탁했다. 이에 대해 박정희는 "그 분 사상이 어떤지는 모르겠지만 독립운동을 했다는 것 자체만으로도 높이 평가할 만 하다."면서 좋게 해결해주었다고 한다. 그리고, 1965년 7월 19일에 공식적인 추모식이 열렸다
1990년 조선민주주의인민공화국으로부터 조국통일상이 추서되었다.

2007년 항일독립운동가단체 협의회로부터 신간회창립80주년을 기념하는 민족공동체 상이 추서되었다. 양평군에서는 생가 복원사업을 진행하고 있다.

2005년 서울특별시 종로구 계동에 여운형집 터 표석이 설치되었다.
여운형의 산소는 어디에 있는가?
서울시 강북구 우이동