네네는 정실부인이었지만 자식을 갖지 못했기 때문에 히데요시는 한때 네네를 가혹하게 대했으며, 네네와 히데요시의 측실인 요도도노와는 심한 대립관계에 있었다는 설이 있다. 다만 최근의 다바타 야스코 등의 역사학자의 연구에 의하면, 둘은 오히려 협조・연대관계였지 않았을까 하는 점이 지적되고 있다.

세키가하라 전투에서도 요도도노와 대립관계였던 동군(도쿠가와 이에야스가 이끈 후쿠시마 마사노리 등 소위 무단파)을 위해 네네가 움직였다고 하는 것이 통설이지만, 최근의 연구에서는 요도도노와 연대하여 오쓰성 전투에서의 강화교섭과 전후처리에 힘썼다는 것이 확인되었다. 또한, 반대로 이시다 미쓰나리들과 친했으며, 세키가하라 전투시에도 서군측의 자세를 취했을 가능성을 지적하는 시라카와 도루 등의 연구도 있다. 그 설의 논거로서 시라카와가 들고있는 것이 다음과 같은 사항이다.

* 기타노만도코로 주변에 서군관계자가 많다.
** 미쓰나리의 딸 다쓰히메를 양녀로 키우고 있었다.
** 측근인 히가시도노(東殿)는 오타니 요시쓰구(大谷吉継)의 어머니였다.
** 일설에는 고니시 유키나가의 어머니 막달레나도 측근이었다 한다.
* 서군측이라 여겨지는 행동을 취했다.
** 측근 고조스가 오쓰 성 개성 교섭을 했다.
** 네네의 조카에 해당하는 기노시타 가문 형제들(고바야카와 히데아키의 형제들)의 다수가 서군으로 참가해 영지를 몰수당했다.
** 세키가하라 전투 이후 급히 궁중으로 몸을 피했다. ('도키쓰네쿄키]]') 이때, 맨발이었다고 《본슌닛키》에는 적혀져 있다. 매우 낭패한듯한 정황이 확인된다.
* 동군의 여러 장수들과의 관계가 옅다.
** 측근에 동군 관계자가 전혀 없다.
** 《본슌닛키》에 따르면, 고다이인이 오사카 성을 떠난 후 세키가하라 전투가 일어나기까지 수년간 그녀와 무단파 장수들(후쿠시마 마사노리 등)이 만났다는 기록이 없다.

이와 같이 여러 설이 있으며, 지금으로서는 동군측이냐 서군측이냐 어느쪽으로 확정할 수 없지만, 당시의 기타노만도코로의 관심사는 정권의 귀추가 아니라, 히데요시가 실현한 천하평안을 지키는 것과 도요토미 가문의 안태를 바라는 것이었다고 한다면, 전투 전후로 그녀가 취한 여러 행동을 해석할수 있다.
세키가하라 전투에서 요도도노의 라이벌은?
동군(도쿠가와 이에야스가 이끈 후쿠시마 마사노리 등 소위 무단파)