시리아 내전이 발발한 직후, 자유 팔레스타인 운동은 친정부 무장단체를 모집해 2012년 알아크사 방위대라는 무장단체 조직을 수립했다. 알아크사 방위대는 다마스쿠스에서 주로 활동하고 있으며 2016년 또다른 친정부 무장단체인 파타 인티파다와 비공식적인 권력분배 합의를 맺기도 했다. 이 합의에 따르면, 야세르 카쉬라크는 자유 팔레스타인 운동의 야르무크 수용소에 있는 최전선의 일부에 파타 인티파다를 투입하는 대가로 파타 인티파다의 부차적인 돈을 대 주는 것이 포함되어 있었다. 이 결과 야세르와 자유 팔레스타인 운동은 팔레스타인 디아스포라에서 큰 상징적 중요성을 가지는 야르무크의 방어자라는 가치있는 정치적 자본을 얻을 수 있었으며, 파타 인티파다는 더 많은 자금을 획득할 수 있었다 이후 자유 팔레스타인 운동은 야르무크 수용소에 주둔한 이라크 레반트 이슬람 국가 전투원들과 싸우기 시작했다. 대표적인 전투에는 다마스쿠스 남부 공세가 포함된다. 리프디슈마크 공세 당시 자유 팔레스타인 운동의 전투원들은 하라스타와 알샤구르 같은 다마스쿠스 교외 지역에서도 ISIL과 접전을 벌였다. 

자유 팔레스타인 운동의 활동이 다마스쿠스에 집중되어 있지만, 조직은 시리아의 다른 지역에도 병력을 파견 중이다. 2013년 5월 당시 자유 팔레스타인 운동과 연계되어 있는 아브드 알카디르 알후사이니 대대는 헤론 산의 이스라엘 방위군의 거점에 박격포 2발을 발사하기도 했다. 이러한 교전활동은 나크바의 날에도 발생했다. 자유 팔레스타인 운동의 병력은 2017년 말 하마 주에서도 활동했고, 데이르에조르 전투에도 참여했다.
2016년에 활동한 반정부 무장단체는?
파타 인티파다