요한 베르크만스는 1615년 예수회가 메헬렌에 세운 대학교에 처음으로 입학한 학생들 가운데 하나였다. 메헬렌의 예수회 대학교에 들어간 그는 곧 성모회에 등록하였다. 요한이 부모에게 예수회에 입회하고 싶다는 의사를 전하자, 부모는 그를 단념시키고자 하였다. 그의 부모는 메헬렌에 있는 한 프란치스코회 수도원에 아들을 보냈다. 그곳에서 요한의 친척인 프란치스코회 수사가 요한에게 마음을 바꾸라고 설득하였으나, 무위로 그쳤다. 결국 요한의 아버지는 마지막 수단으로 모든 재정적 지원을 끊겠다고 선언하였다. 

그럼에도 불구하고, 1616년 9월 24일 요한 베르크만스는 예수회의 수련생이 되었다. 사귐섬이 있고, 항상 친절하고, 외향적인 성격이었던 그는 곧 모든 사람에게 사랑을 받게 되었다. 1618년 철학을 공부하기 위해 로마로 유학을 간 그는 뛰어난 학업 실력으로 인정을 받았다. 요한은 장차 사제 서품을 받은 후에는 군대에서 군종 사제가 되어 전장에서 죽기를 희망하였다

1618년 9월 25일 요한 베르크만스는 첫 서원을 하였다. 그는 철학 공부를 위해 안트바르펜으로 유학을 갔다가 몇주 후에 다시 로마로 돌아왔다. 로마로 돌아온 후에도 그는 학업을 계속 이어나갈 수 있었다. 자기 소지품을 등에 지고 도보로 로마 대학교에 돌아온 그는 그곳에서 2년간 수학하였다. 1621년에 그는 철학과 3학년을 졸업하였다.

 
같은 해 8월 초엽에 요한 베르크만스는 도미니코회 산하에 있는 그리스 대학교에서 철악 토론 모임에 참여하여 그 모임의 반장으로 선출되었다. 요한은 토론을 명료하고 심도있게 마쳤지만, 로마 대학교로 돌아오는 길에 ‘로마 열병’에 걸리고 말았다 그의 폐에 염증이 생겨났고 체력은 급격하게 떨어졌다 결국 8월 13일에 요한 베르크만스는 이질과 열병에 굴복하여 선종하고 말았다. 그때 그의 나이는 채 23세도 되지 않았다. 그가 선종했을 때, 많은 추모객이 그의 시신이 안치된 산티냐시오 성당을 찾아와 그를 위해 기도하였다. 같은 해 아르스코트 공작 필리포는 교황 그레고리오 15세에게 요한 베르크만스의 시복을 요청하였다. 그리하여 교회는 요한 베르크만스의 시복을 위한 조사위원회를 구성하였다.
예수회가 메헬렌에 대학교를 세운 년도는?
1615