공화국은 후기로 갈수록 그 고질적인 부패가 심해져 갔다. 팰퍼틴은 전임 의장 발로럼이 불신임당한 이후 곧바로 출마, 당선되었고 전쟁 중이라는 특수한 상황을 고려하여 정상적인 임기보다 훨씬 더 오랜 시간 동안 공화국의 최고 지배자의 자리에 머물 수 있었다. 

나부의 의원 자자 빙크스는 팰퍼틴에게 비상 권한을 위임할 것을 건의했고, 팰퍼틴은 곧바로 새로운 군대를 만들기 위한 계획에 착수했다. 그 후 몇년 동안 의회는 팰퍼틴에게 점점 더 많은 권력을 몰아주었다. 이런 상황이 몇년 째 지속되자 제다이 평의회는 점점 그의 권력욕에 의구심을 품게 되었고, 그가 그의 권력을 내려놓지 않을 것이라 생각하기 시작했다. 

전쟁이 끝나갈 무렵, 제다이 기사단은 팰퍼틴이 사실은 제다이들의 오랜 숙적인 시스의 일원, 즉 다스 시디어스 임을 깨닫게 되고, 반역죄를 물어 그를 체포하려 했으나 아나킨 스카이워커의 배신으로 인해 실패한다. 곧 팰퍼틴은 오더 66, 즉 클론 병사들에게 반역죄를 일으킨 제다이 기사를 척살하라는 명령을 내려 은하계 전역에 흩어져 있던 제다이 기사들 거의 대부분을 몰살시켜 버린다. 

특히 코러산트의 제다이 사원에 남아있던 제다이 기사들은, 아나킨 스카이워커가 직접 이끄는 501군단의 병사들에 인해 철저하게 진압당하고 죽임을 당한다. 

클론 전쟁이 끝나갈 무렵, 팰퍼틴은 자신을 향한 제다이 기사단의 실패한 암살 기도를 밝혔고, 그에게 반대하는 자들은 모두 국가의 적임을 선포한다. 그는 또한 의회의 압도적인 지지와 함께 스스로 황제의 자리에 올랐으며, 은하 공화국을 새로운 은하 제국으로 개편, 새로운 질서를 창출하였다. 

"이렇게 자유가 죽어간다.... 우레같은 박수소리와 함께"
팰퍼틴과 함께 의장 자리에 오른 인물은?
발로럼