بنى هذا المسجد عام 1830 فى عهد محمد على باشا، و يقع على مساحة 5000 متر،و استغرق بناؤه أكثر من 18 عاما.و تم بناؤه داخل قلعة صلاح الدين الأيوبى. و لقد بنى على الطراز العثمانى مثل مسجد إسطنبول بتركيا.
يتميز بقبابه المرمرية العملاقة ،و يبلغ طول القبة الضخمة فى المنتصف حوالى 52 متر. والمئذنتين التى يصل طولهما الى 82 متر.و القباب مزينة ومزخرفة بالزخارف العثمانية من الداخل بالألوان البديعة و منقوش عليها أسماء الله الحسنى و اسم النبى محمد صلى الله عليه و سلم و أسماء الخلفاء الراشدين. و يتدلى من السقف المصابيح المضاءة بشكل بديع.
و توجد فى ساحة المسجد من الخارج بعض الأروقة ذات الأعمدة تعلوها القباب الصغيرة، كما يوجد بمنتصف الساحة نافورة للوضوء.و يوجد فى الجزء الخلفى من المسجد سور مطل على منظر بانورامى رائع للقاهرة القديمة، والجدير بالذكر أن معظم المماليك لقوا حتفهم من فوق السور فى عهد محمد على فيما يعرف باسم (مذبحة القلعة).و تم دفن محمد على باشا بهذا المسجد فى الضريح الذى خصصه لنفسه.و تم تجديده فى عهد الخديوى عباس الأول والخديوى سعيد و الخديوى توفيق و أيضا الملك فاروق، فكل منهم أضاف لمسته فى إضافة الجديد للمسجد.
مسجد محمد علي هو اية فى الجمال و مكان رائع و ملهم و احد افضل و اهم الاماكن السياحية في القاهرة .