* قام ببناء كنائس جديدة، وإهتم بسيامة عدد كبير من الكهنة في مناطق متفرقة.
* استعاد من الملكيين ما كانوا قد إغتصبوه لأنه كان محبوبًا منهم لعلمه وفضله وتقواه وأرجع الكثيرين منهم إلى الإيمان الإرثوذكسى.
* من كثرة علمه وفصاحته كان يكتب كتابًا روحيًا كل سنة، وقد ظل على الكرسي المرقسى اثنتى عشرة سنة وستة أشهر وعشرة أيام كتب أثناءها اثني عشر كتابًا ثم تنيَّح بسلام.
* تمتعت الكنيسة في بدء سيامته بالسلام حتى استولى كسرى ملك الفرس على مصر عام 620م في نهاية حياته، فرأى البابا ما حلَ بالمصريين من ضيق بيد الفرس، فكان يئن مع أنات شعبه، ينتقل بينهم يواسي الحزين، يضمد جراح المكلوم.
* لما اختير للبطريركية حلت عليه شدائد كثيرة وكان ملاك الرب قد كشف له عما سيلحق بالكنيسة من شدائد وأمره بالهرب هو وأساقفته ففعل ذلك... ومضى هو إلى برية القديس مقاريوس ثم إلى الصعيد.
* وبعد خروجه بقليل وصل الإسكندرية المقوقس الخلقيدوني متقلدًا زمام الولاية والبطريركية من قبل هرقل الملك واضطهد المؤمنين كثيرًا.
* وبعد قليل وصل عمرو بن العاص وغزا البلاد واستولى على مدينة الإسكندرية... ولما علم باختفاء البابا بنيامين طلب حضوره معطيًا إياه العهد والأمان والسلام فحضر الأنبا بنيامين بعد أن قضى ثلاثة عشرة سنة هاربًا.
* وكان هذا الأب كثير الإجتهاد في رد غير المؤمنين إلى الإيمان
* ونالته شدائد كثيرة ومنها أن والي الإسكندرية والبحيرة ومريوط وكان ملكي المذهب أمر بأن أي إنسان يجد البطريرك في الطريق فليقتله فظل البابا حبيس قلايته ولكنه كان مهتمًا برسامة الكهنة الخائفين من الله،وإهتم برعاية الشعب إلى أن أهلك الله هذا الوالي الشرير.
* في زمان هذا الأب كملت عمارة كنيسة القديس مقاريوس بديره بوادي النطرون
* وفي إحدى الليالي ظهر له ملاك الرب وأعلمه عن راهب قديس من دير القديس مقاريوس اسمه يوحنا موجود بالفيوم، وأمره أن يستحضره ليساعده في وعظ الشعب وتعليمه، وأخبره بأنه سيصير بطريركا بعده، فأرسل واستحضره وسلم إليه أمور الكنائس وترتيبها وتعليم المؤمنين ووعظهم،
* قضى البابا اغاثون بقية أيامه مهتمًا برسامة الكهنة المستحقين للشرطونية الخائفين من الله والناس.
* إهتم بتجديد كنيسة مار مرقس وزخرفتها، كما بنى عددًا من المنازل وقفها على الكنيسة ثم ابتاع طاحونة للقمح ومعصرة للزيت.
* أصيبت البلاد بالقحط لمدة ثلاث سنوات، فأمر البابا بأن تدار الطاحونة ليل نهار كما أمر بطحن كل ما في مخازن البطريركية من غلال وكان يوزع الدقيق على المحتاجين من قبط ومسلمين مرتين في كل أسبوع، فخفف بذلك العمل من حدة المجاعة إلى أن انتهت.
* عُرف بدموعه التي لا تجف أثناء خدمة الإفخارستيا (القداس الإلهي)، كما ردّ كثير من الهراطقة إلى الإيمان.
* إهتم أيضًا بعمارة الكنائس والأديرة، إعتنى بالبيعة الكبيرة للقديس مرقس حيث رمَّم جدرانها، وجدد مقر البطريركية بالإسكندرية وجدد كنائس كثيرة، وإذ كان بينه وبين الوالي عبد العزيز صداقة قوية أقيمت كنيسة في حلوان، التي أنشأها الوالي، وقد ساعده الوالي في إقامة الكنائس والأديرة.