1526 में हुए पानीपत के युद्ध के बाद शायद ही किसी ने दूसरे युद्ध की कल्पना की थी। पानीपत की दूसरी लड़ाई में भारत में अकबर के शासन की शुरुआत की, क्योंकि यह उनके पहले वर्ष था जब उन्होंने सिंहासन की गद्दी संभाली। लड़ाई अकबर (मुगल वंश के शासक) और मुहम्मद आदिल शाह (पश्तून सूरी राजवंश के शासक) के बीच उनके प्रधान मंत्री हेमू के साथ लड़ाई लड़ी गई। 1556 में, अकबर ने अपने पिता का सिंहासन सफलतापूर्वक संभाला, उस समय मुगल काबुल, कंधार और दिल्ली और पंजाब के कुछ हिस्सों में फैले थे। हेमू (सम्राट हेम चंद्र विक्रमादित्य) उस समय अफगान सुल्तान मोहम्मद आदिल शाह के सेना प्रमुख थे, जो चुनार के शासक थे।
आदिल शाह भारत से मुगलों का शासन ख़त्म करना चाहता था। पानीपत का दूसरा युद्ध 5 नवम्बर 1556 को उत्तर भारत के हिंदू शासक सम्राट हेमचंद्र विक्रमादित्य (लोकप्रिय नाम- हेमू ) और अकबर की सेना के बीच पानीपत के मैदान में लड़ा गया था। अकबर के सेनापति खान जमान और बैरम खान के लिए यह एक निर्णायक जीत थी। इस युद्ध के फलस्वरूप दिल्ली पर वर्चस्व के लिए मुगलों और अफगानों के बीच चलने वाला संघर्ष अन्तिम रूप से मुगलों के पक्ष में निर्णीत हो गया और अगले तीन सौ वर्षों तक मुगलों के पास ही रहा।
हुमायूं की मौत का फायदा उठाने से वह बिना किसी कठिनाई के आगरा और दिल्ली के शासन पर कब्जा करने में सफल रहे पर यह लड़ाई का अंत नहीं था। बैरम शाह, जो मुख्यमंत्री और अकबर के संरक्षक थे, दिल्ली के समक्ष एक बड़ी सेना के साथ खड़े थे। युद्ध दोनों पक्षों के मजबूत प्रतिद्वंद्वियों के साथ पानीपत में लड़ा गया था। हेमू की 1500 युद्ध हाथियों के साथ एक बड़ी सेना थी, हेमू की आंख में एक तीर से मारा गया जिससे वे बेहोश हो गए, सेना अपने बेहोश नेता को देखकर डर गई। मुगलों ने युद्ध में जीत के साथ मुकुट पहना और युद्ध की समाप्ति हुई। हेमू का सिर काट दिया गया और मुगल जीत के शानदार जश्न मनाने के लिए दिल्ली जाने के लिए धड़ बनाया गया था। इस प्रकार, यह क्रूर युद्ध था जिसने मजबूत मुगल साम्राज्य का पुनर्स्थापित किया जिसमें इतिहास बनाने के लिए अकबर का एक शक्तिशाली शासन था।