I pranishëm natyrshëm në ujërat sipërfaqësore dhe të zeza, amoniaku kryesisht rezulton nga deaminimi i përbërjeve organike që përmbajnë azot dhe hidroliza e uresë.
Amoniaku mund të jetë gjithashtu i pranishëm në proceset e trajtimit të ujit që përdorin kloraminat për dezinfektim, ku amoniaku shtohet në ujë për të reaguar me klorin. Amoniaku ka më pak gjasa të shfaqet në ujërat nëntokësore për shkak të absorbimit në grimcat e tokës.
Por, ujërat nëntokësore zakonisht përmbajnë amoniak për shkak të zbërthimeve bakteriale të bimëve dhe kafshëve. Megjithatë, përqendrimet e amoniakut në lumenj dhe rezervuarët e ujit të pijshëm mund të tregojnë praninë e rrjedhjeve bujqësore ose ndotjes urbane. Kur përqendrimi i amoniakut është mjaft i lartë, ai mund të ndryshojë erën dhe shijen e ujit, mund të jetë toksik për jetën ujore, duke ndikuar në mbijetesën, rritjen dhe shkallën e riprodhimit të specieve të ndryshme detare. Zbulimi i amoniakut në sistemet e trajtimit të ujit është veçanërisht i rëndësishëm për pronarët e akuariumeve dhe operatorët e fermave të peshkut pasi amoniaku është shumë i tretshëm në ujë dhe jashtëzakonisht toksik për peshqit.
Në aplikimet industriale, përqendrimet e larta të amoniakut mund të shkaktojnë korrozion në tubacione. Amoniaku monitorohet gjithashtu në akuariumet e ujit të ëmbël dhe aplikimet për kultivimin e peshkut për shkak të toksicitetit të tij ndaj peshqve.