section_heading: Bioraznolikost
paragraph_text: Iako se smatralo da se životinje iz kratera ne mogu seliti i da je ekosustav Ngorongoroa zatvoren zidinama kaldere, svake godine u svibnju i lipnju velika krda gnuova i zebra iz Ngorongoroa (oko 20% ukupnog broja životinja) se uputi prema zapadnim velikim trajnim lokvama vode Serengetija. Nakon suša 1961. i 1962. godine, zbog nedostatka vode rojevi muha pecara (Stomoxys calcitrans) su se pojili krvlju lavova čija se populacija zbog rana i bolesti smanjila sa 70 na desetak. Njihov broj je godinama bio ugrožen zbog međusobnog parenja bliskih srodnika, i oporavio se tek 2001. godine, kada ih je bilo 62. No, iste godine nastupila je suša koja se ponovila 2002. i ponovio se isti problem s mušicama.<ref>Deadly insects plagued Crater, Arusha Times Reporters 10. ožujka 2001. Preuzeto 7. studenog 2011. Nakon suše, znanstvenici su predložili program kontroliranih požara, do 20% pašnjaka, kako bi se kontrolirao broj pojedinih vrsta u krateru.<ref>R.D. Estes, J.L. Atwood i A.B. Estes, Downward trends in Ngorongoro Crater ungulate populations 1986–2005 : Conservation concerns and the need for ecological research, Biological Conservation (Elsevier), 2006. Preuzeto 7. studenog 2011. Također je Masajima dozvoljena ispaša stoke unutar kratera, ali moraju ući i izaći u istom danu.