section_heading: Povratak u drugu ligu
paragraph_text: Nakon završetka sezone, Istrin najbolji strijelac Saša Šest prelazi u Croatiju Sesvete, Zoran Zekić u Segestu, a Darko Raić-Sudar završava karijeru. Uz njih, klub su još napustili Kurilić, Žiković, Dobrić, Grabovac i Stambolija. S druge strane, u klub su pristigli mladi igrači iz istarskih klubova, Prelčec, Okić, i Kepčija, te Dragan Tadić, Dalibor Božac, Marijan Nikolić i mladi Malijac Mohamed Kalilou Traore, kojeg je Elvisu Scoriji preporučio poznati španjolski trener Juande Ramos.<ref>Ramos preporučio Traorea Iako je Rijeka, nakon što je smijenila Zlatka Dalića, mjesto trenera ponudila Scoriji, on je to odbio, uz obrazloženje da je odlučio završiti "pulski projekt", te uvesti Istru u prvu ligu.<ref>[http://www.glasistre.hr/?de3b7febe97a6056997b5f97b18e7aac,TS,3836,,18927,,236124,,. Scoria odbio Rijeku] Zeleno-žuti su solidno otvorili prvenstvo, te se klub najvećim djelom prvenstva nalazio pri vrhu tablice, tako da ni poraz nakon izvođenje jedanaesteraca u šesnaestini kupa od Karlovca, kojeg je vodio bivši Istrin trener Igor Pamić nije shvaćeno kao razočaranje.<ref> Poraz u kupu Nakon pobjede u pretposljednjem kolu protiv istog suparnika, te remija u posljednjem kolu u gostima kod vodećeg Slavonca, Istra polusezonu završava na drugom mjestu s četiri boda zaostatka za liderom prvenstva. Od igrača svojom atraktivnom igrom posebno se isticao Traore, te mladi Labinjan Ševko Okić koji je u polusezoni u 14 nastupa postigao 6 pogodaka. Nakon završetka polusezone, klub je zbog igranja na malonogometnim turnirima bez dopuštenja, raskinuo ugovor s napadačem Natkom Račkijem,<ref>Natko rački napustio klub Admir Malkić je poslan na posudbu u Žminj, a među zeleno-žute vratio se miljenik navijača, napadač Asim Šehić. Također, momčadi se priključio i Anton Dedaj. Istra je u proljetnom djelu prvenstva nastavila s dobrim igrama, te je 9. svibnja 2009. pobjedom protiv Solina tri utakmice prije kraja prvenstva osigurala nastup u Prvoj HNL iduće sezone. Već u idućem kolu se pobjedom protiv Pomorca po prvi put u sezoni našla na vrhu tablice. No, u idućem kolu je, uz veliku pomoć sudaca<ref> poražena na gostovanju protiv Karlovca, međutim pobjedom u zadnjem kolu nad Slavoncem, te uz poraz Karlovca, Istra je osvojila naslov prvaka Druge HNL.