section_heading: Bakterije (mikroorganizmi)
paragraph_text: Bakterije se nalaze na anodi. Ovisno o vrsti korištenih bakterija moguće je utjecati na krajnji produkt stanične mikrobne elektrolize. Nije još u potpunosti jasno u kojoj mjeri bakterije utječu na količinu stvorenog vodika. Kako se stanična mikrobna elektroliza odvija u anaerobnim uvjetima, najvažniju ulogu imaju eksoelektrogeni mikroorganizmi, koji se odlikuju mogućnošću da prenose elektrone izvanstanično. Problem u staničnoj mikrobnoj elektrolizi može biti pojava metanogeneze. To je proces formiranja metana koji nastaje kao posljedica anaerobnog disanja mikroba.Zbog toga može doći do smanjenja količine proizvedenog ugljika te onečišćenja istog metanom. Kao jedno od rješenja ovog problema koristi se izlaganje sustava stanične mikrobne analize, između radnih ciklusa, kisiku. Ovim načinom smanjuje se koncentracija metana na vrijednosti manje od 1%. Ovakvo rješenje zahtijeva veliku opreznost jer može doći do niza neželjenih efekata poput stvaranja eksplozivne smjese kisika i vodika.