section_heading: In Search of..., Clipse i Fly or Die (2001. – 2004.)
paragraph_text: Godine 2001. The Neptunes rade na singlu "I'm a Slave 4 U", američke pjevačice Britney Spears. I tim singlom The Neptunes prvi put osvajaju broj jedan u svijetu. Iste godine N.E.R.D objavljuje prvi album In Search of.... Williams je 1993. godine počeo surađivati s rep duom Clipse. Godine 2002. The Neptunes dosežu prvo mjesto u SAD-u s Nellyjevim singlom "Hot in Herre". U ožujku iste godine The Neptunes su bili imenovani za producente godine. The Neptunes objavljuju svoj album The Neptunes Present... Clones 2003. godine. N.E.R.D-ov drugi funk-rock album, Fly or Die objavljen je u ožujku 2004. godine. Na dodjelama Grammy nagrada 2004. godine Williams je otišao s dvije nagrade: producent godine i najbolji pop vokal. Od 2001. godine gostuje na svakom albumu rap izvođača Snoop Dogga.