section_heading: Era Joea Montane
paragraph_text: Nakon trećeg naslova, trener Bill Walsh odlazi u mirovinu, a nasljeđuje ga dotadašnji koordinator obrane George Seifert. 49ersi 1989. završavaju sezonu s 14 pobjeda i Montana postaje MVP lige. Dominacijom koja podsjeća na onu iz 1984. dolaze do svog četvrtog Super Bowla u 9 godina pobjedama u doigravanju nad Vikingsima i Los Angeles Ramsima. U finalnoj utakmici pobjeđuju i ovaj put, i to Denver Broncose Johna Elwaya, s čak 55:10, što je najveća pobjeda u povijesti Super Bowla. To je bio četvrti naslov prvaka za 49erse i Montanu u 80-ima. 49ersi u 1990. ulaze kao glavni favorit što opet potvrđuju s 14 pobjeda, a Montana je ponovno MVP lige. Unatoč tome, dolaze samo do konferencijskog finala gdje gube od New York Giantsa. Iduće dvije sezone Montana propušta gotovo u cijelosti zbog ozljede, a mijenja ga Young, koji i sam ima problema s ozljedama. Međutim, Young 1992. predvodi momčad ponovno do 14 pobjeda i biva proglašen MVP-em lige i u doigravanju dovodi momčad do konferencijskog finala gdje gube od Dallas Cowboysa predvođenih Troyem Aikmanom i Emmittom Smithom.