section_heading: Od kraja 90-ih do danas
paragraph_text: Novi uzlet 49ersi doživljavaju od 2011. kada momčad preuzima trener Jim Harbaugh.<ref> Već u svojoj prvoj sezoni dovodi momčad do osvajanja divizije i konferencijskog finala te biva izabran za trenera godine. Sredinom sezone 2012. za prvog quarterbacka postavlja Colina Kaepernicka koji nakon pobjeda u doigravanju nad Green Bay Packersima i Atlanta Falconsima vodi momčad do Super Bowla. U utakmici koja se igrala u New Orleansu, 49ersi gube od Baltimore Ravensa (koje predvodi trener Jon Harbaugh, Jimov brat) rezultatom 34:31. I 2013. 49ersi su pri vrhu i dolaze do konferencijskog finala gdje gube od divizijskih rivala Seattle Seahawksa 23:17.