section_heading: Trenerska karijera
paragraph_text: Godine 1994. je preuzeo Estrela da Amadoru dok 1998. prelazi u Porto gdje u svojoj prvoj sezoni osvaja domaće prvenstvo i Superkup. Time je postao posljednji trener s kojim je Porto uspio osvojiti pet uzastopnih naslova prvaka države što je najduži niz i rekord u portugalskoj klupskoj nogometnoj povijesti. Sljedeće sezone (1999./00.) Santos je s Portom u posljednjem kolu propustio osvojiti šesti uzastopni naslov prvaka. Ostvareni uspjesi te sezone bili su osvajanje portugalskog kupa i Superkupa te plasman kluba u četvrtfinale Lige prvaka. Prema rangiranju kojeg je 2000. objavila FIFA, Fernando Santos je stavljen na deveto mjesto najboljeg trenera na svijetu.