section_heading: RB Leipzig
paragraph_text: Dana 11. lipnja 2016. godine, Werner je potpisao četverogodišnji ugovor s RB Leipzigom. Transfer je iznosio 10 miljuna eura te je Werner postao najskuplje pojačanje u povijesti RB Leipziga. Dana 26. rujna 2016., na utakmici protiv Kölna, kada je bio star 20 godina i 203 dana, postao je najmlađi igrač u povijesti Bundeslige sa 100 nastupa u toj ligi. Werner je završio sezonu 2016./17. s 21 golom, čime je postao najbolji njemački strijelac te sezone Bundeslige te je također pomogao Leipzigu da prvi put u klupskoj povijesti ostvari plasman u UEFA Ligu prvaka.<ref><ref>