section_heading: Stuttgart
paragraph_text: Za Stuttgart je nastupao 95 puta te je pritom zabio 13 golova. Tijekom tog vremena postao je najmlađi igrač u povijesti Bundeslige s 50 nastupa u tom natjecanju. Taj je rekord 2018. godine oborio Kai Havertz, njegovi budući suigrač u Chelseaju.<ref> Stuttgart je u svibnju 2016. relegiran u 2. Bundesligu što je potaknulo Wernerov transfer u novopromovirani klub RB Leipzig koji se dogodio u idućem mjesecu.<ref>