section_heading: Bayern München
paragraph_text: Godine 2004. Lucio se pridružio Bayern Münchenu gdje će ostati šest godina i postati važnim dijelom momčadi. Nakon odlaska Olivera Kahna u mirovinu 2008. godine, Nizozemac Mark van Bommel proglašen je kapetanom, a Lúcio prvom zamjenom kapetana. U utakmici osmine finala Lige prvaka u sezoni 2006./07. protiv Real Madrida, Lucio je postigao jedini pogodak u 66. minuti pa je Bayern pobijedio rezultatom 1:0. Taj ih je gol, pokazat će se, doveo i do četvrt-finala (uzvrat u Madridu završio je rezultatom 0:0) gdje su izbačeni od kasnijih prvaka Milana. U njemačkom kupu, u sezoni 2008-09, zabio je pogodak u četvrt-finalu protiv svog bivšeg kluba Bayer Leverkusena. Međutim, taj gol nije ništa značio budući je Bayern izgubio utakmicu rezultatom 4:2.