section_heading: Pobjede i dominacija (2003. – 2006.)
paragraph_text: U 2006. godini Federer je, kao i prethodne sezone, osvojio tri Grand Slam naslova i završio kao prvi igrač svijeta, s nekoliko tisuća bodova ispred drugoplasiranog, Nadala. Prvi Grand Slam sezone, Federer je osvojio u Australian Openu pobjedom u finalu nad Cipraninom Marcosom Baghdatisom u četiri seta. To je ujedno bilo i Federerovo sedmo uzastopno Grand Slam finale (2003. Wimbledon - 2006. Australian Open) u karijeri. I ove sezone osvojio je Indian Wells i Key Biscayne, te tako postao prvi igrač u povijesti koji je uspio osvojiti ova dva turnira dvije godine zaredom. U finalu turnira iz Masters serije u Monte Carlu, Federer je izgubio od Nadala u četiri seta. Nakon Monte Carla, Federer dolazi do finala Rima, ali opet gubi od Nadala, ovaj put u pet setova, rezultatom 6:7(0), 7:6(5), 6:4, 2:6, 7:6(5). Na Roland Garrosu, Federer je odigrao sjajno, te je po prvi puta u karijeri ostvario nastup u finalu tog turnira. Međutim, u finalu se susreće s Nadalom koji ga pobjeđuje u četiri seta. Iako nije osvojio Roland Garros, Federer je bio jedan od dvojice aktivnih (uz Agassija) koji su ostvarili sva četiri Grand Slam finala. Na putu do finala Wimbledona Federer nije izgubio niti jedan set, a u finalu s lakoćom, u četiri seta pobjeđuje Nadala i osvaja svoj četvrti uzastopni naslov u All England Clubu.<ref><ref>Četvrti uzastopni naslov Federera u All England Clubu Na Rogers Cupu u Torontu, Federer ponovno osvaja naslov pobjednika, u finalu svladavši Richarda Gasqueta. U finalu US Opena Federer se susreće s Andyem Roddickom i, u četiri seta, osvaja svoj treći uzastopni naslov na turniru. Na turniru Masters Cupa, u Šangaju, Federer je igrao sjajno. U trećem kolu, pobijedio je Nalbandiana, a u polufinalu Nadala. U finalu turnira susreo se s Jamesom Blakeom i rezultatom 6:0, 6:3, 6:4 odnio treći naslov pobjednika Masters Cupa. Te godine su Federer i Justine Henin bili jedini igrači koji su ostvarili sva Grand Slam finala, a do kraja sezone Federer je osvojio 12 turnira, uključujući 3 Grand Slama i 4 turnira iz ATP Masters serije. Također te godine, Federer je izgubio mečeve od samo dvojice igrača, Nadala (Roland Garros, Rim, Monte Carlo i Dubai) i Murraya (Cincinnati). Taj poraz u Cincinnatiju bio je jedini Federerov poraz u tri seta i jedini, od 17 turnira te sezone, u kojemu Federer nije ostvario finale.