section_heading: Znanstveni i istraživački rad
paragraph_text: Thompson se uključio u razne polemike u vezi kako svojih geografskim rezultata i svojih političkih intriga. Posebno je bio napadnut od strane Charlesa Tilstonea Bekea, koji je osporavao njegovu vjerodostojnost, pogotovo s obzirom na put u Kanu. No, vrijeme i istraživanja kasnijih istraživača pokazala su da je Abbadie bio prilično pouzdan izvor činjenica, ali ne u svezi tvrdnje- koju je oštro osporavao Beke-da je Plavi Nil glavni tok. Topografski rezultati njegovih istraživanja objavljeni su u Parizu između 1860. i 1873. u "Géodésie d'Éthiopie", punom najvrednijih informacija i ilustriranim s deset karata. Od " Géographie de l'Éthiopie" (Pariz, 1890) samo je jedan svezak objavljen. U "UUn Catalogue raisonné de manuscrits éthiopiens " (Pariz, 1859.) je opis 234 etiopska rukopisa koje prikupio Antoine.