section_heading: 2000-e
paragraph_text: mini|250px|desno|[[F-14 Tomcat iznad Carla Vinsona]] 23. srpnja 2001. Carl Vinson je s 11. zračnim krilom otplovio ponovo u Perzijski zaljev kao potpora operaciji Southern Watch. To se iznenada promijenilo 11. rujna 2001. godine tokom terorističkog napada na zgrade WTC-a, kada je brod plovio oko Indije. Kao odgovor na teroristički napad na američkom tlu, Carl Vinson je promijenio smjer te otplovio prema sjeveru Arapskog mora gdje je 7. listopada 2001. godine započeo s prvim nizom zračnih napada kao podrška operaciji Enduring Freedom.<ref>USS Carl Vinson Kroz 72 dana, 11. borbeno krilo na nosaču aviona je izvršilo 4.000 borbenih letova u ratu protiv terorizma zbog čega je nosač aviona dobio ekspedicijsko odličje zbog sudjelovanju u globalnom anti-terorističkom ratu (Battle Efficiency Award). Sredinom prosinca, Carl Vinson je započeo s povratkom u matičnu luku. U međuvremenu je za Božić stao u singapurskoj mornaričkoj bazi Changi, a u SAD je stigao 23. siječnja 2002. godine. U travnju iste godine brod je bio na remontu te je isplovio u rujnu s ciljem testiranja. Za to vrijeme je na nosaču instalirano nekoliko novih operativnih sustava dok su letna paluba i katapultovi u potpunosti obnovljeni. Renovirane su i brojne prostorije te su drastično poboljšani radni i životni uvjeti posade. Dovršetak održavanja / remonta obavljen je u rekordnom razdoblju.<ref>