section_heading: Izbori 1796. godine i Potpredsjednik
paragraph_text: Dok je trajao Kvazi-rat, Federalisti su pod vodstvom Johna Adamsa započeli novačenje, uvodili nove poreze i donijeli Zakon o strancima i pobuni (Alien and Sedition Acts). Jefferson je vjerovao kako je glavna namjera tih zakona suzbijanje Demokrata-Republikanaca prije nego što opasnih stranaca premda su svi zakoni imali rok trajanja. Jefferson i Madison potajno su pisali Rezolucije Kentuckyja i Virginije koje su bile temeljem prava država, a u kojima je istaknuto da federalna vlast nema prava upotrijebiti svoju moć na ostale države. Utjecaj Jeffersonove doktrine o pravima država odjeknuo je tijekom Američkog građanskog rata, a i kasnije. U jednom trenutku Jefferson je napisao verziju prijetnje države Kentucky za odcjepljenje. Jeffersonov biograf Dumas Malone tvrdi da, u slučaju da su ostali znali u to vrijeme što radi, Jefferson bi bio optužen za izdaju.