section_heading: 1998.–2012.: Novi međunarodni uspjesi
paragraph_text: Dana 11. siječnja 2008. godine, bivši je njemački izbornik sa SP-a 2006. Jürgen Klinsmann najavljen kao Hitzfeldov nasljednik. Klinsmann je vodstvo momčadi preuzeo 1. srpnja iste godine, potpisavši dvogodišnji ugovor. Prvu je polovicu sezone 2008./09. Bayern započeo loše, sa samo dvije pobjede u šest utakmica, ali je kasnije stizao razliku. U kupu je eliminiran od Bayera iz Leverkusena u četvrtfinalu, dok je u Ligi prvaka također ispao u četvrtfinalu, izgubivši od budućeg osvajača Barcelone. Prije toga je u Ligi prvaka momčad osvojila prvo mjesto u skupini F te je u osmini finala deklasirala portugalski Sporting CP ukupnim rezultatom 12:1. Dana 27. travnja 2009., dva dana nakon poraza od Schalkea kod kuće, što je Bayern "spustilo" na treće mjesto, Klinsmann je otpušten. Otkaz je uslijedio i zbog velikog ukupnog poraza od kasnijeg europskog prvaka Barcelone (5:1), kao i zbog poraza od 5:1 od VfL Wolfsburga, također kasnijeg prvaka Bundeslige. Bivši trener Jupp Heynckes imenovan je trenerom do kraja sezone. Bayern je ligu završio kao drugoplasirani, čime se izravno kvalificirao za UEFA Ligu prvaka 2009./10.