section_heading: Scenes from a Memory i Metropolis 2000 (1999. – 2001.)
paragraph_text: mini|120px|lijevo|Jordan Rudess 1999. godine Petrucci i Portnoy uspjevaju nagovoriti Jordana Rudessa da se pridruži Dream Theateru. Rudess je tako postao treći klavijaturist Dream Theater, zamijenivši Dereka Sheriniana. Istovremeno je Mike Poartnoy uputio ultimatum izdavačkoj kući East West u namjeri da Dream Theater dobije potpunu kreativnu slobodu pri stvaranju glazbenog materijala. Ultimatum je bio uspješan te su članovi napokon bili u mogućnosti potpuno se posvetiti stvaranju novog, petog studijskog albuma. Odlučili su iskoristiti neobjavljeni materijal 20-minutnog nastavka pjesme "Metropolis Pt. 1: The Miracle and the Sleeper" u pravljenju konceptualnog albuma. Kako bi smanjili pritisak obožavatelja, Dream Theater počinje snimati novi album u potpunoj tajnosti. Ipak, protiv želja članova sastava, prijevremeno su procurile informacije o točnom datumu izdavanja albuma i popis pjesama.