section_heading: Vitesse i Benfica
paragraph_text: Nakon jedne sezone u klubu igrač odlazi u Benficu gdje ostaje isto toliko vremena a tamo je igrao s bivšim suigračem iz Celtica, Jorgeom Cadeteom. Igrač se u klubu susreo s istim strukturalnim problemima kao i u Nottinghamu dok je Benfica te sezone promijenila čak tri trenera. Novi predsjednik kluba nije imao povjerenja u Van Hooijdonka te je stavljen u B momčad. Klub ga je namjeravao prodati ali igrač je htio povratak u domovinu. Završtekom sezone 2000:/01. Van Hooijdonk je potpisao za Feyenoord Rotterdam.