section_heading: Twin Towers (od 1997. do 2003.)
paragraph_text: mini|desno|150px|Duncan izvodi slobodna bacanja U sezoni 1999./00. Duncan je i dalje poboljšavao svoje igre i sezonu je završio s prosjekom od 23.2 poena, 12.4 skokova, 3.2 asistencije i 2.2 blokade po utakmici. Time je izabran u All-NBA i All-Defensive prvu petorku i bio je najkorisniji igrač All-Star utakmice (nagradu dijeli sa Shaquilleom O'Nealom). Unatoč sjajnim igrama Spursi nisu ostvarili dobre rezultate u doigravanju. Nekoliko utakmica prije kraja regularnog dijela Duncan je ozlijedio ligamente i nije mogao nastupiti ni u jednoj utakmici doigravanja. Spursi su ispali u prvom krugu od Phoenix Sunsa rezultatom 3-1.