section_heading: Građanski rat
paragraph_text: Dok je Cezar još uvijek bio u Galiji, Pompej je u Rimu zadobio većinu u senatu. Kada je Cezaru istekao petogodišnji rok prokonzula, 50. pr. Kr., Senat je pozvao Cezara da se pojavi sam u Rimu, te da prije toga raspusti svoju vojsku. Cezar je znao da će u Rimu biti bespomoćan bez imuniteta kao konzul, ili ako nema zaleđe koje mu donosi zapovjedništvo nad legijama. Cezar je odbio naredbu senata i 10. siječnja 49. pr. Kr. prešao s vojskom rijeku Rubikon. Rubikon je bila granica s Italijom i to je označilo početak građanskog rata. Predaja tvrdi da je prilikom prelaska Rubikona Cezar izrekao Alea iacta est! („Kocka je bačena!”). Mnogi senatori su pobjegli iz Rima jer nisu znali da Cezar ima svega jednu legiju sa sobom. Pompej je imao mnogo veću vojsku i Cezar mu je nudio pregovore i mogućnost da obnove savezništvo, što je Pompej odbio. Osiguravši zaleđe u Italiji, Africi i Španjolskoj, Cezar je krenuo u potjeru za Pompejom. Prekretnicu u građanskom ratu donosi bitka kod Farsala u Tesaliji, 48. pr. Kr. Cezar je tu pobijedio dvostruko veću vojsku, a Pompej je pobjegao u Egipat. Cezar je nastavio potjeru prema Egiptu. Dok se tamo nalazio, protiv njega su se pobunili stanovnici Aleksandrije, koji su ga 5 mjeseci držali blokiranog, i u nekoliko trenutaka doveli na rub propasti. No, sa svega 3200 pješaka i 800 konjanika Cezar se ipak održao vještom pripremom utvrđenja i smjelim manevrima kojima je sačuvao vezu s morem. Ovladao je ponovo Aleksandrijom tek kada mu je u pomoć, s pojačanjima, stigao Mitridat iz Pergama (Μιθρδατοης ό Περγαμηνός). Kasnije je u bitci kod Nila pobijedili Ptolemeja XIII. u i prepustio upravu Egipta svojoj saveznici Kleopatri VII. Zatim je sredio prilike u Judeji i Siriji i munjevito pobijedio i pontskog kralja Farnaka II. u bitci kod Zele, 47. pr. Kr. Nakon te bitke poslao je senatu čuvenu poruku Veni, vidi, vici („Dođoh, vidjeh, pobijedih”). U međuvremenu Pompej je ubijen kraj Peluzija. Cezar je pobijedio protivnike i u bitci kod Thapsusa, 46. pr. Kr. i Gnej Pompeja, sina Pompeja Velikog, u bitci kod Munde, 45. pr. Kr. mini|300px|<center>Rimska Republika uoči Cezarova ubojstva 44. pr. Kr. Vrativši se u Rim, 46. pr. Kr., Cezar je po treći put postao konzul zajedno s Markom Emilijem Lepidom, a kao namjesnik Ilirika stišao je (46. pr. Kr.) ilirski ustanak. God. 45. pr. Kr. postaje jedini konzul, čime postaje apsolutni diktator i sva vlast u Rimskom Carstvu je u njegovim rukama. Kao „apsolutni monarh” proglasio je opću amnestiju, provodio državne reforme, sređivao sudstvo, povećavao broj senatora i spremao mjere za osiguranje granica. Cezar i Kleopatra su održavali svoju vezu koja je započela u Egiptu i ona mu je rodila sina, Cezariona. Nisu se nikada vjenčali, ali u Rimu se ova veza nije smatrala preljubom, te je Kleopatra nekoliko puta odsjela u njegovoj vili u Rimu, s druge strane Tibera.<ref>Joyce E. Salisbury, Cleopatra VII, Women in the ancient world, Santa Barbara, CA: ABC-CLIO, 2001., str. 52. ISBN 1-57607-092-1 God. 44. pr. Kr. Cezar postaje konzul po peti put, ovaj put zajedno s Markom Antonijem.