Variantes et mutations du coronavirus : ce qu'en dit la science
La propagation rapide des variantes du coronavirus a mis le monde en alerte et a déclenché un nouveau confinement au Royaume-Uni. Quelles sont ces variantes et pourquoi suscitent-elles des inquiétudes?
Modèle de Sars-Co-V2 Tous les virus mutent naturellement au fil du temps, et le Sars-CoV-2 ne fait pas exception. Depuis que le virus a été identifié pour la première fois il y a un an, des milliers de mutations sont apparues. La grande majorité des mutations sont des "passagers" et n'auront que peu d'impact, explique le Dr Lucy van Dorp, experte en évolution des agents pathogènes à l'University College London. "Elles ne changent pas le comportement du virus, elles sont juste transportées". Mais de temps en temps, un virus a de la chance en mutant de manière à survivre et à se reproduire. "Les virus porteurs de ces mutations peuvent alors augmenter en fréquence en raison de la sélection naturelle, dans un contexte épidémiologique approprié", explique le Dr van Dorp. C'est ce qui semble se produire avec la variante qui s'est répandue au Royaume-Uni, connue sous le nom de 202012/01, et une variante similaire, mais différente, récemment identifiée en Afrique du Sud (501.V2). A lire aussi Variante du coronavirus en Afrique du Sud: quels sont les risques? "Si le virus continue à circuler librement, le risque qu'il s'adapte mieux augmente" Des centaines de milliers de génomes viraux ont été analysés à travers le monde Jusqu'à présent, rien ne prouve que l'une ou l'autre cause de maladie plus grave, mais on craint que les systèmes de santé soient débordés par une augmentation rapide du nombre de cas. Dans une évaluation rapide des risques de ces "variantes préoccupantes", le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies révèle qu'elles exercent une pression accrue sur les systèmes de santé. "Bien qu'il n'y ait aucune information indiquant que les infections par ces souches sont plus graves, en raison d'une transmissibilité accrue, l'impact de la maladie Covid-19 en termes d'hospitalisations et de décès est jugé élevé, en particulier pour les personnes âgées ou souffrant de co-morbidités", a déclaré l'agence européenne. Les variantes ont des origines différentes mais partagent une mutation dans un gène qui code la protéine de pointe, que le virus utilise pour s'accrocher aux cellules humaines et y pénétrer. A lire aussi Des scientifiques d'Afrique du Sud cherchent à comprendre une nouvelle variante du Covid-19 Comment la nouvelle souche de coronavirus détectée au Royaume-Uni pourrait affecter les vaccins? Les scientifiques pensent que cela pourrait expliquer pourquoi ces variantes semblent plus infectieuses. "Les variantes de virus britanniques et sud-africaines présentent des modifications du gène de l'épi, ce qui laisse supposer qu'elles sont plus infectieuses", explique le professeur Lawrence Young de l'université de Warwick. Mais comme le souligne le Dr Jeff Barrett, directeur de l'initiative de génomique Covid-19 au Welcome Sanger Institute de Hinxton, au Royaume-Uni, c'est la combinaison de ce que fait le virus et de ce que nous faisons qui détermine sa vitesse de propagation. "Avec la nouvelle variante, la situation change plus rapidement car les restrictions sont assouplies et renforcées, et il y a moins de place pour l'erreur dans le contrôle de la propagation", dit-il. "Nous n'avons cependant aucune preuve que la nouvelle variante peut fondamentalement échapper aux masques, à la distanciation sociale ou aux autres interventions - nous devons simplement les appliquer plus strictement". La protéine de pointe (au premier plan) permet au virus de pénétrer et d'infecter les cellules humaines Avec le déploiement des vaccins en cours, les scientifiques s'efforcent de comprendre les répercussions sur les vaccins, qui sont basés sur la séquence de la protéine de pointe. La variante sud-africaine, qui présente plusieurs modifications de la protéine de pointe (S), est particulièrement préoccupante. La plupart des experts pensent que les vaccins seront toujours efficaces, du moins à court terme. Le Dr Julian W Tang, virologiste à l'université de Leicester, affirme que les vaccins peuvent être modifiés pour être "plus proches et plus efficaces contre cette variante en quelques mois". "En attendant, la plupart d'entre nous pensent que les vaccins existants sont susceptibles de fonctionner dans une certaine mesure pour réduire les taux d'infection/de transmission et les maladies graves contre les variantes britannique et sud-africaine - les diverses mutations n'ayant pas modifié la forme de la protéine S que les anticorps actuels induits par le vaccin ne fixeront pas du tout". Les épidémies de visons sont une "retombée" de la pandémie humaine Les scientifiques mènent des études en laboratoire pour en savoir plus sur les variantes. Et ils suivent chaque mouvement du virus dans le monde entier. En prélevant un échantillon sur un patient infecté, le code génétique du virus peut être extrait et amplifié avant d'être "lu" à l'aide d'un séquenceur. La chaîne de lettres, ou nucléotides, permet de comparer les génomes et les mutations. "C'est grâce à ces efforts, et aux laboratoires d'essai britanniques, que la variante britannique a été si rapidement signalée comme une cause potentielle de préoccupation", explique le Dr van Dorp. Le professeur Julian Hiscox, titulaire de la chaire d'infection et de santé mondiale à l'université de Liverpool, affirme que, grâce aux efforts des scientifiques pour séquencer le virus, "nous avons une très bonne maîtrise des variantes qui apparaissent". À court terme, seules les mesures de confinement les plus sévères permettront de réduire le nombre de cas, dit-il. "Ce que fait le confinement, c'est réduire le nombre de personnes atteintes du virus et la quantité de virus en circulation, et c'est une bonne chose". Mais à long terme, le professeur Hiscox pense que nous pourrions être confrontés à un scénario comme celui de la grippe, où de nouveaux vaccins sont développés et administrés chaque année. "Le problème est que plus nous aurons de variantes, plus le virus aura de chances d'échapper à une partie du vaccin - et cela pourrait réduire son efficacité", dit le professeur Hiscox.