Anche se il libro aveva appena accennato all' evoluzione umana, divenne rapidamente centrale nel dibattito perché le qualità mentali e morali erano viste come aspetti spirituali dell' anima immateriale, e si credeva che gli animali non avessero qualità spirituali. Questo conflitto potrebbe essere riconciliato supponendo che ci sia stato un intervento soprannaturale sul cammino che conduce all' uomo, o considerando l' evoluzione come un' ascesa intenzionale e progressiva verso la posizione dell' uomo alla testa della natura. Mentre molti teologi conservatori accettarono l' evoluzione, Charles Hodge sostenne nella sua critica del 1874 "Cos' è il darwinismo"? che il "darwinismo", definito in senso stretto come comprendente il rifiuto del design, era ateismo anche se accettava che Asa Gray non rifiutasse il design. Asa Gray ha risposto che questa carica ha travisato il testo di Darwin. All' inizio del XX secolo, quattro noti autori di The Fundamentals erano esplicitamente aperti alla possibilità che Dio creò attraverso l' evoluzione, ma il fondamentalismo ispirò la polemica americana sulla creazione-evoluzione iniziata negli anni Venti. Alcuni scrittori cattolici romani conservatori e influenti gesuiti si sono opposti all' evoluzione alla fine del XIX e all' inizio del XX secolo, ma altri scrittori cattolici, a cominciare da Mivart, hanno sottolineato che i Padri primitivi della Chiesa non avevano interpretato letteralmente la Genesi in questo campo. Il Vaticano dichiarò la sua posizione ufficiale in un' enciclica papale del 1950, che riteneva che l' evoluzione non fosse in contrasto con la dottrina cattolica.
Quale scienziato ha sostenuto che il darwinismo era ateismo?
Charles Hodge