Prima Zelda giochi hanno impiegato un tema di due mondi separati, ma collegati tra loro. In A Link to the Past, Link viaggia tra un "Light World" e un "Dark World"; in Ocarina of Time, così come in Oracle of Ages, Link viaggia tra due diversi periodi temporali. Il team Zelda ha cercato di riutilizzare questo motivo nell' ultima puntata della serie. È stato suggerito che Link si trasformi in un lupo, proprio come metamorfosi in un coniglio nel mondo oscuro di un legame al passato. m] La storia del gioco è stata creata da Aonuma, e in seguito ha subito diversi cambiamenti da parte degli scrittori di scenario Mitsuhiro Takano e Aya Kyogoku. Takano ha creato la sceneggiatura per le scene di storia, mentre Kyogoku e Takayuki Ikkkaku hanno gestito la sceneggiatura vera e propria all' interno del gioco. Aonuma ha lasciato il suo team lavorando sulla nuova idea mentre dirigeva The Minish Cap for the Game Boy Advance. Quando tornò, trovò che il team di Twilight Princess stava lottando. L' enfasi posta sui mondi paralleli e la trasformazione del lupo avevano reso incredibile il carattere di Link. Aonuma ha anche sentito che il gameplay mancava del calibro di innovazione trovato in Phantom Hourglass, che è stato sviluppato con controlli touch per il Nintendo DS. Allo stesso tempo, il Wii era in fase di sviluppo con il nome in codice "Revolution".
Aonuma ha lasciato il team di sviluppo della Twilight Princess per lavorare su quale altro gioco?
The Minish Cap