Militarizzazione era un altro aspetto dello Stato sovietico. Gran parte del paese, soprattutto le zone costiere, erano chiuse a tutti tranne l' esercito sovietico. La maggior parte della costa marittima e tutte le isole marittime (incluse Saaremaa e Hiiumaa) sono state dichiarate "zone di frontiera". Le persone che non vi risiedevano erano escluse dal viaggio senza permesso. Una notevole installazione militare chiuso chiuso era la città di Paldiski, che era completamente chiuso a tutti gli accessi pubblici. La città aveva una base di appoggio per i sottomarini della flotta sovietica del Baltico e diverse grandi basi militari, tra cui un centro di addestramento per sottomarini nucleari completo di un modello a scala reale di sottomarino nucleare con reattori nucleari funzionanti. L' edificio dei reattori di Paldiski è passato al controllo estone nel 1994, dopo che le ultime truppe russe hanno lasciato il paese. L' immigrazione è stato un altro effetto dell' occupazione sovietica. Centinaia di migliaia di migranti sono stati trasferiti in Estonia da altre parti dell' Unione Sovietica per sostenere l' industrializzazione e la militarizzazione, contribuendo ad un aumento di circa mezzo milione di persone in 45 anni.
Quali isole marittime sono state dichiarate zone di confine?
Saaremaa e Hiiumaa