Alcuni illustri studenti di teologia e religione, particolarmente nel New England, consideravano la lingua ebraica una lingua classica al pari del greco e del latino, ed essenziale per lo studio dell'Antico Testamento in lingua originale. Il reverendo Ezra Stiles, presidente del college dal 1778 al 1795, portò con sé l'interesse per l'ebraico, presentandolo come un modo per imparare i testi biblici antichi e rendendolo obbligatorio per tutti gli studenti (al contrario di Harvard, che invece prevedeva lo studio obbligatorio solo per gli studi più avanzati). Stiles fu il responsabile del motto dell'università, "Urim ve Tummim", inciso sulla bandiera ufficiale. Una sfida difficile arrivò nel 1779, quando forze inglesi ostili occuparono New Haven e tentarono di razziare il college. Fortunatamente, il laureato Edmund Fanning, segretario del comando generale inglese, intervenne e Yale fu salvata. A Fanning fu conferita anche una laurea honoris causa per i suoi sforzi.
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