A partire dagli anni' 40 e proseguendo fino agli anni' 70, l' ufficio di presidenza ha indagato sui casi di spionaggio contro gli Stati Uniti e i loro alleati. Otto agenti nazisti che avevano pianificato operazioni di sabotaggio contro gli obiettivi americani sono stati arrestati e sei sono stati giustiziati (Ex parte Quirin) con le loro condanne. Anche durante questo periodo, uno sforzo congiunto USA-Regno Unito di rottura del codice (progetto Venona) con il quale l' FBI è stato fortemente coinvolto, ha rotto i codici diplomatici e di intelligence sovietici per le comunicazioni, permettendo ai governi statunitense e britannico di leggere le comunicazioni sovietiche. Questo sforzo ha confermato l' esistenza di americani che lavorano negli Stati Uniti per l' intelligence sovietica. Hoover amministrava questo progetto, ma non ne ha informato l' Agenzia centrale di intelligence (CIA) fino al 1952. Un altro caso degno di nota è l' arresto della spia sovietica Rudolf Abel nel 1957. La scoperta delle spie sovietiche che operano negli Stati Uniti ha permesso a Hoover di perseguire la sua ossessione di lunga data con la minaccia percepita dalla sinistra americana, che va dagli organizzatori sindacali del Partito comunista degli Stati Uniti d' America (CPUSA) ai liberali americani.
Quale agenzia Hoover non ha raccontato la rottura del codice e le scoperte che ne sono derivate?
CIA