Questa situazione ha prevalso fino al 1639, quando la maggior parte dell' Alsazia fu conquistata dalla Francia per tenerla fuori dalle mani degli Asburgo spagnoli, che volevano una strada chiara per i loro preziosi e ribelli possedimenti nei Paesi Bassi spagnoli. Gli Asburgo vendettero il loro territorio di Sundgau (soprattutto nell' Alsazia superiore) alla Francia nel 1646, che lo aveva occupato, per la somma di 1,2 milioni di Thalers. Quando le ostilità furono concluse nel 1648 con il trattato di Westfalia, la maggior parte dell' Alsazia fu riconosciuta come parte della Francia, anche se alcune città rimasero indipendenti. Le disposizioni del trattato riguardanti l' Alsazia erano complesse; sebbene il re francese ottenesse la sovranità, i diritti e le consuetudini esistenti degli abitanti furono in gran parte preservati. La Francia ha continuato a mantenere il suo confine doganale lungo i monti Vosgi dove era stata, lasciando l' Alsazia più orientata economicamente alle vicine terre di lingua tedesca. La lingua tedesca è rimasta in uso nell' amministrazione locale, nelle scuole e presso l' Università (Luterana) di Strasburgo, che ha continuato ad attrarre studenti da altre terre di lingua tedesca. L' editto del 1685 di Fontainebleau, con il quale il re francese ordinò la soppressione del protestantesimo francese, non fu applicato in Alsazia. La Francia si sforzò di promuovere il cattolicesimo; la Cattedrale di Strasburgo, ad esempio, che era stata luterana dal 1524 al 1681, fu restituita alla Chiesa cattolica. Tuttavia, rispetto al resto della Francia, l' Alsazia godeva di un clima di tolleranza religiosa.
Nel 1685 l' editto Fontainebleau ordinò al re francese di fare?
la soppressione del protestantesimo francese