Dopo aver ottenuto la Spada Maestro, Link viene purificato dalla magia che lo tenne in forma di lupo, ottenendo il Cristallo Ombra. Ora in grado di utilizzarlo per passare da una forma all' altra a piacimento, Link è condotto da Midna allo specchio di Twilight situato in profondità nel deserto del Gerudo, l' unica porta conosciuta tra il regno di Twilight e Hyrule. Tuttavia, scoprono che lo specchio è rotto. I Saggi là spiegano che Zant cercò di distruggerlo, ma fu solo in grado di frantumarlo in frammenti; solo il vero sovrano dei Twili può distruggere completamente lo specchio di Twilight. Essi rivelano anche che lo hanno usato un secolo fa per bandire Ganondorf, il leader Gerudo che ha tentato di rubare il Triforce, al regno di Twilight quando lo eseguì fallito. Assistiti da un gruppo di resistenza sotterraneo che si incontrano a Castle Town, Link e Midna hanno cercato di recuperare i frammenti mancanti dello specchio, sconfiggendo quelli infettati. Una volta che il portale è stato restaurato, Midna si rivela essere la vera regina del regno di Twilight, usurpato da Zant quando l' ha maledetto nella sua forma attuale. Di fronte a Zant, Link e Midna scoprono che il colpo di stato di Zant fu reso possibile quando strinse un patto con Ganondorf, che chiese l' aiuto di Zant per la conquista di Hyrule. Dopo che Link sconfigge Zant, Midna recupera le ombre fuse, ma distrugge Zant dopo aver appreso che solo la morte di Ganondorf può liberarla dalla sua maledizione. Tornando a Hyrule, Link e Midna trovano Ganondorf nel castello di Hyrule, con una Zelda senza vita sospesa sopra la testa. Ganondorf combatte Link possedendo il corpo di Zelda e alla fine trasformandosi in bestia, ma Link lo sconfigge e Midna è in grado di resuscitare Zelda.
Con chi Zant ha stipulato un patto?
Ganondorf