Karadzic, împreună cu comandantul său militar din timpul războiului, Ratko Mladic, a dispărut la câteva luni după ce, în 1995, Tribunalul Penal Internaţional pentru Fosta Iugoslavie (ICTY) a emis actele iniţiale de inculpare împotriva acestora.
Karadziç, savaş zamanındaki ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte, Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesinin (ICTY) haklarındaki ilk suçlamaları 1995 yılında yayınlamasından birkaç ay sonra ortadan kayboldu.