În 1996, în cadrul primelor alegeri ale ţării de după război, el a fost ales ca reprezentant al comunităţii musulmane în prima preşedinţie tripartită multietnică şi a devenit primul preşedinte al acesteia. Invocând probleme de sănătate, el a demisionat din funcţia sa şi a părăsit viaţa politică în 2000.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.