Kostunica a devenit apoi preşedintele Republicii Federale Iugoslavia şi, ulterior, între 2004 şi 2008, a ocupat postul de premier al Serbiei.
Kostunica ardından Yugoslavya Federal Cumhuriyeti'nin cumhurbaşkanı olmuş, daha sonra da 2004-2008 yılları arasında Sırbistan başbakanı olarak görev yapmıştı.