Gotovina s-a ascuns în iunie 2001, la câteva săptămâni după ce ICTY l-a inculpat în legătură cu presupusul rol jucat în crimele de război comise de soldaţii aflaţi sub comanda sa în 1995, inclusiv pentru uciderea a cel puţin 150 de sârbi din Krajina.
Gotovina, ICTY'nin kendisini 1995 yılında emrindeki askerler tarafından işlenen ve aralarında en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesinin de bulunduğu savaş suçlarında rol oynadığı iddiasıyla suçladığı Haziran 2001'den beri kayıplarda.