Ergenekon se presupune că avea legături şi cu alte grupări teroriste, cum ar fi gruparea marxist-leninistă PKK şi gruparea turco-islamistă Hezbollah.
Ergenekon grubunun Marksist-Leninist PKK ve İslamcı Hizbullah gibi diğer terör örgütleriyle temasları olduğu da iddia ediliyor.