Gotovina a fost unul dintre principalii trei fugari urmăriţi pentru crime de război după conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider sârb bosniac Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadzic ve askeri komutanı Ratko Mladic ile birlikte 1990'larda Balkanlar'da yaşanan çatışmalar nedeniyle aranan kaçak savaş suçu zanlıları listesinin en üst sıralarındaki üç kişiden biriydi.