Referindu-se la atrocităţile comise în perioada 1 iulie 1991 – 30 noiembrie 1995, acuzaţia modificată pretinde că Karadzic ar fi „plănuit, instigat, ordonat, comis sau altminteri a ajutat şi instigat la plănuirea, pregătirea sau înfăptuirea distrugerilor, completă sau parţiale, asupra grupurilor naţionale, etnice, rasiale sau religioase de musulmani bosniaci şi croaţi bosniaci”, dintr-o serie de oraşe.
İddianamenin değiştirilmiş halinde, 1 Temmuz 1991 ile 30 Kasım 1995 tarihleri arasında işlenen zulümlerle ilgili olarak, Karadziç'in bir çok belediyede yaşayan "Bosnalı Müslüman veya Bosnalı Hırvat uyruklu, etnik, ırksal veya dini grupların tümden veya kısmen imhasının planlanması, hazırlanması veya ifasını planladığı, kışkırttığı, emrini verdiği, işlediği veya başka bir şekilde yardım ve yataklık ettiği" iddia ediliyor.