Progresul reformelor politice şi economice a fost de asemenea încetinit de războiul din Kosovo din 1999, în timpul căruia Macedonia a acceptat sute de mii de refugiaţi albanezi kosovari.
Siyasi ve ekonomik reformlardaki ilerleme, Makedonya'nın yüz binlerce Kosovalı Arnavut mülteciyi kabul ettiği 1999 Kosova savaşı yüzünden de yavaşladı.