Controlul statului este asigurat printr-o singură ierarhie de comandă, de la Preşedinţia BH la Ministrul Apărării apoi la Şefii de Stat Major şi apoi mai jos, la comandanţii comandamentelor operaţionale. Bugetul unic de stat al apărării a intrat în vigoare la 1 ianuarie 2006. Până la 1 iulie 2007 noul sediu al brigăzii ar trebui să fie pus la punct şi reorganizarea ar trebui finalizată până la 31 decembrie 2007.
BH Cumhurbaşkanlığı makamından Savunma Bakanlığına, oradan da Ortak Genel Kurmay Başkanlıkları ile Harekat ve Destek Komutanlıklarına uzanan tek bir komuta zinciri oluşturulmuş ve bu zincirde devlet kontrolü esas alınmıştır. 1 ocak 2006’da tek bir devlet savunma bütçesi yürürlüğe koyulmuştur. 1 Temmuz 2007’ye kadar yeni Tugay Karargahı kurulmuş, 31 Aralık 2007’ye kadar ise yeniden yapılanma tamamlanmış olacaktır.