Noua funcţie a lui Lajcak este ultima într-o succesiune de misiuni care l-au adus în Balcani. Între 2001 şi 2005, acesta s-a stabilit la Belgrad ca ambasador al Slovaciei în Republica Federală Iugoslavia (devenită ulterior Serbia şi Montenegro), Albania şi Macedonia. Din 1998 şi până în 2001, acesta a fost chef de cabinet al ministrului de externe slovac, Eduard Kukan.
Lajcak’ın yeni görevi, kendisini Balkanlar’a getiren bir dizi görevin sonuncusu. 2001-2005 yılları arasında Slovakya’nın Federal Yugoslavya Cumhuriyeti (daha sonra Sırbistan ve Karadağ adını aldı), Arnavutluk ve Makedonya büyükelçisi olarak hizmet eden Lajcak, 1998-2001 döneminde Slovak Dışişleri Bakanı Eduard Kukan’ın özel kalem müdürü olarak çalıştı.