În septembrie 2005, Stankovic a devenit primul inculpat transferat de la tribunalul ONU pentru crime de război de la Haga spre a fi judecat în ţară.
Eylül 2005'te, Stankoviç Lahey'deki BM savaş suçları mahkemesinin kendi vatanında yargılanmak üzere sevk ettiği ilk zanlı oldu.