Gotovina a fost unul dintre cei mai căutaţi criminali de război, implicaţi în conflictele din Balcani din anii 1990, alături de fostul lider bosniaco-sârb Radovan Karadzic şi comandantul său militar, Ratko Mladic.
Gotovina, eski Bosnalı Sırp lider Radovan Karadziç ve ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte 1990'lardaki Balkan ihtilaflarından kaynaklanan en azılı üç savaş suçu zanlısından biriydi.