Unele voci consideră Ergenekon ca fiind un caz cu substrat politic, conceput de AKP pentru a slăbi seculariștii, asociindu-i cu mișcările extremiste.
Bazı kesimler Ergenekon'u, AKP'nin laikleri aşırılık yanlılığıyla ilişkilendirerek zayıflatmak amacıyla desteklediği siyasi güdümlü bir dava olarak görüyorlar.