Acesta s-a ascuns în iunie 2001, la câteva săptămâni după ce ICTY l-a inculpat în legătură cu operaţiunea condusă de forţele aflate sub comanda sa către sfârşitul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.
Gotovina Haziran 2001'de, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki kuvvetler tarafından yürütülen bir operasyonla ilgili olarak suçlamasından birkaç hafta sonra ortadan kayboldu.