În timpul războiului Karadzic era Preşedintele Republicii Sârbo-Bosniace şi al Consiliului Naţional de Securitate al acesteia, precum şi comandant suprem al forţelor armate sârbo-bosniace şi liderul Partidului Sârb Democrat.
Savaş sırasında Karadziç, Bosna Sırp cumhuriyetinin cumhurbaşkanı, Milli Güvenlik Konseyinin başkanı, Bosnalı Sırp silahlı kuvvetlerinin başkomutanı ve Sırbistan Demokrat Partisinin lideriydi.