Figură importantă în viaţa politică a Greciei, Bakoyannis a părăsit poziţia de vicepreşedinte al ND înaintea alegerilor locale din octombrie 2002 pentru a intra în cursa pentru postul de primar al Atenei.
Yunan siyasi yaşamının önde gelen isimlerinden olan Bakoyannis, Ekim 2002 yerel seçimlerinde Atina belediye başkanlığı yarışına katılmak için ND genel başkanlığı görevinden istifa etmişti.