În cursul mărturiei depuse în luna septembrie în procesul celor doi foşti comandaţi de armată ai săi, Vidoje Blagojevic şi Dragan Jokic, Nikolic a declarat că masacrul de la Srebrenica a fost ordonat de conducerea politică şi militară sârbo-bosniacă. El a pus aceste atrocităţi pe seama celor mai căutaţi acuzaţi ai ICTY, Radovan Karadzic şi Ratko Mladic.
Eylül ayında iki eski komutanı Vidoje Blagojeviç ve Dragan Jokiç'in duruşmasında verdiği ifadede Nikoliç, Srebrenica katliamı emrinin üst düzey Bosnalı Sırp siyasi ve askeri yönetimi tarafından verildiğini söylemiş, katliamların ICTY'nin aranan zanlılar listesinin başında yer alan Radovan Karadziç ve Ratko Mladiç'le bağlantılı olduğunu açıklamıştı.