Stankovic, în vârstă de 36 de ani, a fost inculpat iniţial în 1996, împreună cu alte şapte persoane, pentru presupusele crime de război comise împotriva croaţilor şi musulmanilor bosniaci arestaţi după ce forţele sârbeşti au cucerit oraşul Foca, în aprilie 1992. El a fost arestat de trupele SFOR în 9 iulie 2002 şi transferat la Haga în ziua următoare. În 2003, procurorii ONU l-au inculpat separat pe Stankovic. Actul de inculpare a fost amendat ulterior.
36 yaşındaki Stankoviç ilk olarak 1996 yılında, Sırp güçlerinin Nisan 1992'de Foca'yı işgal etmesinin ardından gözaltına alınan Bosnalı Müslüman ve Hırvatlara yönelik işlediği iddia edilen savaş suçlarından dolayı yedi başka şahısla birlikte suçlandı. 9 Temmuz 2002'de SFOR askerleri tarafından tutuklanarak ertesi günü Lahey'e gönderildi. 2003 yılında, BM savcıları Stankoviç aleyhinde ayrı bir iddianame yayınladılar ve bu belge daha sonra değiştirildi.