El se confruntă de asemenea cu două acuzaţii de genocid pentru presupusul rol jucat în masacrarea a peste 7 000 de bărbaţi şi băieţi musulmani bosniaci în 1995 la Srebrenica şi pentru asediul de 43 de luni al oraşului Saraievo.
Mladiç ayrıca, 7 binden fazla Bosnalı Müslüman erkek ve oğlan çocuğunun öldürüldüğü 1995 Srebrenitsa katliamı ve 43 ay süren Saraybosna kuşatmasında oynadığı iddia edilen rollerden ötürü iki adet de soykırım suçlamasıyla karşı karşıya bulunuyor.