Milutinovic, impreuna cu alti patru fosti oficiali iugoslavi de varf, inclusiv Slobodan Milosevic, au fost acuzati pentru atrocitati presupuse a fi fost comise in perioada conflictului din 1998-1999 din Kosovo.
Milutinoviç ile birlikte aralarında Slobodan Miloseviç'in de yeraldığı dört diğer önde gelen Yugoslav yetkiliye, 1998-99 Kosova çatışmalarında işlendiği iddia edilen suçlardan ötürü yargı yolu açılmıştı.