La momentul lansării Operaţiunii Furtuna, Gotovina era comandat al Zonei Operative Split din cadrul Armatei Croate şi exercita control deplin asupra tuturor forţelor croate care participau la ofensivă.
Fırtına Operasyonu sırasında Gotovina Hırvat Ordusu'nun Split Operasyon Bölgesinin komutanıydı ve saldırıda yer alan bütün Hırvat güçleri üzerinde tam bir komuta ve kontrol sahibiydi.