Acesta reuşise să fugă în iunie 2001, dispărând la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavia (TPII) l-a acuzat pentru implicarea în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina, spre sfârşitul conflictului din Croaţia, ce s-a derulat în perioada 1991-1995.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.