Gotovina, care atunci era comandant al Zonei Operative Split a Armatei Croate a fost acuzat de răspundere individuală şi de comandant pentru persecutarea, uciderea, maltratarea şi deportarea sârbilor, distrugerea satelor şi furt de bunuri.
O dönemde Hırvat Ordusuna bağlı Split Harekat Bölgesinin komutanı olan Gotovina, Sırplara yönelik işkence, öldürme, kötü muamele ve sınır dışı etme eylemlerinden, köylerin harap edilmesinden ve yağmalamalardan hem bireysel hem komutan olarak sorumlu olmakla suçlanıyor.