Gotovina, în vârstă de 49 de ani, a dispărut în iunie 2001, la scurt timp după ce ICTY l-a inculpat pentru presupusul rol jucat în crimele de război comise de trupele aflate sub comanda sa spre sfârşitul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.
49 yaşındaki Gotovina, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki askerlerin işlemiş olduğu savaş suçlarında rol oynadığı iddiasıyla suçlamasından kısa bir süre sonra, Haziran 2001'de ortadan kayboldu.