Stipe Mesic, care a câştigat alegerile prezidenţiale în februarie 2000, l-a destituit pe Gotovina din armată în data de 29 septembrie a acelui an.
Şubat 2000'de Hırvatistan cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Stipe Mesic, aynı yılın 29 Eylül günü Gotovina'yı ordudan ihraç etti.