În această calitate, el a comandat şi a controlat de jure şi de facto toate forţele croate desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în partea sudică a regiunii Krajina, potrivit declaraţiei procurorilor ONU din actul de inculpare amendat împotriva lui Gotovina, făcut public în martie 2004.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları iddianamede Gotovina'yı bu sıfatla Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney kısmına gönderilen tüm Hırvat kuvvetlerinin meşru ve fiili kumanda ve kontrolünü elinde tuttuğunu öne sürüyorlardı.