Gotovina a fost acuzat de crime împotriva umanităţii, responsabilitate ierarhică pentru faptul că nu a prevenit uciderea civililor, precum şi pentru utilizarea în exces a armelor împotriva ţintelor civile. El este singurul croat căutat de Tribunalul pentru crime de război care a decis să nu se predea.
Gotovina,İnsanlığa karşı suçlar, sivillerin öldürülmesine engel olamayan bir emir komuta zincirinden sorumlu olmak ve sivil hedeflere karşı aşırı silah kullanımıyla suçlaniyor.Gotovina, savaş suçları mahkemesince aranip teslim olmamaya karar veren tek Hırvat oldu.