În urma acordului cu procurorii, Nikolic a fost găsit vinovat de persecuţie pentru implicarea în crimele comise împotriva civililor musulmani bosniaci, şi anume pentru crimă, tratament crud şi inuman, terorizare, distrugerea proprietăţilor şi bunurilor personale şi transferul forţat.
İtiraf anlaşmasından sonra Nikoliç, Bosnalı Müslüman sivillere karşı işlenmiş cinayet ve insanlık dışı muamele, terör, kişisel mal ve mülklerin imhası ve kovulma suçlarındaki rolleri nedeniyle zulümden suçlu bulundu.