TPII l-a inculpat iniţial pe Zupljanin, în vârstă de 56 de ani, în decembrie 1999, învinuindu-l pe fostul comandant al Centrului Regional al Serviciilor de Securitate din Bania Luka pentru crime de război comise împotriva non-sârbilor în timpul conflictului din 1992-1995 din BiH.
ICTY, Banja Luka'daki Bölgesel Güvenlik Teşkilatı Merkezinin 56 yaşındaki eski komutanı Zupljanin'i BH'deki 1992-1995 ihtilafı sırasında Sırp harici insanları mağdur eden savaş suçlarından sorumlu tutan ilk iddianamesini Aralık 1999'da yayınladı.