CEI cooperează cu organizaţii şi instituţii internaţionale, precum Organizaţia pentru Cooperare şi Dezvoltare Economică, Consiliul Europei, OSCE, Banca Europeană pentru Reconstrucţie şi Dezvoltare şi Banca Mondială, şi cu diferite structuri regionale, precum Iniţiativa Adriatică-Ionică, Procesul de Cooperare Dunăreană şi Pactul de Stabilitate.
CEI Ekonomik İşbirliği ve Kalkınma Örgütü, Avrupa Konseyi, AGİT, Avrupa Yeniden Yapılanma ve Kalkınma Bankası ve Dünya Bankası gibi uluslararası örgüt ve kurumlar ve Adriyatik-İyon İnisiyatifi, Tuna İşbirliği Süreci ve İstikrar Paktı gibi farklı bölgesel yapılarla işbirliği yapıyor.