Din această poziţie, Gotovina a exercitat un control de facto şi de jure asupra tuturor forţelor desfăşurate în cadrul Operaţiunii Furtuna în zona sudică a regiunii Krajina, stipulau procurorii ONU într-o acuzaţie amendată adusă lui Gotovina şi făcută publică în martie 2004.
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları Gotovina aleyhindeki değiştirilmiş iddianamede, zanlının bu görevi süresince, Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney bölgesinde konuşlandırılan Hırvat güçlerinin tümü üzerinde fiili ve kanuni komuta ve kontrole sahip olduğunu iddia ettiler.