Fost aliat al lui Milosevic, Milutinovic a fost acuzat de ICTY pentru presupusul sau rol in crimele de razboi comise in timpul razboiului din 1998-1999 din Kosovo.
Miloşeviç'in eski destekçilerinden olan Milutinoviç, Kosova'da 1998 - 1999 yıllarında meydana gelen çatışmalarda sorumluluğu olduğu gerekçesi ile, YUSSM tarafından suçlanıyor.