În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.
1998 yılında Sırbistan ile silahlı çatışmalar patlak verdiğinde, isyancı Kosova Kurtuluş Ordusu Rugova'nın yanında yer alırken pek çok etnik Arnavut da onu fazla pasif buluyordu.