Împreună cu fostul preşedinte croat Franjo Tudjman, acesta a fost acuzat de coordonarea execuţiilor şi altor acţiuni din timpul ofensivei militare croate care purta numele de cod Operaţiunea Furtuna.
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.