Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.