S-a alăturat Gărzii Naţionale, în calitate de şef de operaţiuni şi ca instructor al Brigadei I. Din februarie până în aprilie 1992, Gotovina a fost comandant adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, după care a preluat o misiune de şase luni în cadrul Consiliului de Apărare Croat.
Tugay operasyon ve eğitim şefi olarak Ulusal Muhafız Kolordusu'na katıldı. 1992'nin Şubat ayından Nisan ayına kadar Gotovina, Hırvat Ordusu Genel Kurmayı Özel Birimi komutan yardımcısı olarak görev yaparak, altı ay sonra da altı ay süreyle Hırvat Savunma Konseyi'nde görevlendirildi.