Europa de Sud-est a fost de asemenea un loc pentru activităţile de recrutare ale al-Qaeda, grupul încercând să exploateze disensiunile religioase care au alimentat conflictele balcanice din anii 1990.
Güneydoğu Avrupa, 1990'larda yaşanan Balkan ihtilaflarını körükleyen dini bölünmeleri istismar etmek isteyen el Kaide'nin adam toplama faaliyetlerine de sahne oldu.