Procurorii l-au acuzat pe Beqaj că, în perioada iunie -octombrie 2004, a influenţat în şase ocazii un martor şi un potenţial martor, denumiţi B1 şi respectiv B2, în cazul intentat foştilor membri ai Armatei de Eliberare a Kosovo (KLA) Fatmir Limaj, Haradin Bala şi Isak Musliu.
Savcılar, Haziran ve Ekim 2004 arasında Bekaj'ın, eski Kosova Kurtuluş Ordusu (KLA) üyeleri Fatmir Limaj, Haradin Bala ve Isak Musliu aleyhindeki davalarda sırasıyla B1 ve B2 olarak anılan bir tanığa ve potansiyel tanığa altı kez müdahale ettiğini iddia ettiler.