Însă Gligorov a stârnit şi furie în ţara sa în 1994, când a declarat presei greceşti că macedonenii sunt un popor slav, ce a venit în Balcani în secolul al VI-lea şi nu a avut nicio legătură cu Alexandru cel Mare şi cu civilizaţia acestuia.
Fakat Gligorov, 1984 yılında Yunan medyasına verdiği bir demeçte Makedonların 6. yüzyılda Balkanlar'a gelmiş bir Slav halkı olduğunu ve Büyük İskender ve onun medeniyetiyle hiçbir bağlantısı olmadığını söyleyerek ülkesinde öfkeye de neden olmuştu.