Cea de-a treia acuzaţie amendată şi depusă în iunie 2003 a adus împotriva sa opt capete de acuzare pentru crime împotriva umanităţii.
Nikoliç aleyhine Haziran 2003'te yayınlanan 3. değiştirilmiş iddianamede, sanık sekiz adet insanlığa karşı suçla itham edildi.