Numit de Slobodan Milosevic, Pavkovic a condus fortele sarbe in campania din 1998-1999 din Kosovo si a detinut postul de sef al armatei pana la sfarsitul lui iunie 2002.
Slobodan Miloşeviç tarafından atanan Pavkoviç 1998 - 1999 yılları arasında Kosova'ya karşı yürütülen kampanya'da Sırbistan güçlerini yönetmiş, 2002 yılının Haziran ayına değin görevde kalmıştı.