Karadzic, care exercita atât o putere şi un control formal, cât şi de facto asupra forţelor sârbo-bosniace şi a întregului SDS, precum şi asupra autorităţilor guvernamentale, a fost de asemenea inculpat şi cu privire la uciderea în iulie 1995 a circa 18.000 de bărbaţi şi băieţi bosniaci musulmani, capturaţi din diferite locuri din sau din jurul „zonei sigure” desemnate de ONU la Srebrenica.
Bosnalı Sırp güçleri ve bütün SDS ve hükümet yetkilerinin hem resmi hem de fiili olarak güç ve kontrolünü elinde tutan Karaciç, Temmuz 1995'te BM "güvenli bölgesi" Srebrenitsa içinde ve civarındaki çok sayıda farklı noktada yakalanmış 8 bin kadar Bosnalı Müslüman erkek ve oğlan çocuğunun katledilmesiyle ilgili olarak da suçlanıyor.