Puternica armată a Turciei, care are o poziţie ferm secularistă şi a avut suspiciuni legate de AKP, despre care se ştie că are rădăcini islamice, încă de la urcarea la putere a AKP în 2003, a negat orice legătură cu cazul Ergenekon şi a cooperat cu investigaţia.
Türkiye'nin, İslamcı kökenli AKP'ye 2003 yılında iktidara gelmesinden bu yana şüpheyle yaklaşan güçlü ve laikliğe sadık ordusu Ergenekon ile herhangi bir şekilde bağlantısı olduğunu reddetti ve soruşturmada işbirliği gösterdi.