Acesta s-a numărat printre liderii religioşi care au reacţionat primii la discursul Papei din septembrie din Regensburg, Germania, în care pontiful a citat un împărat bizantin din secolul al XIV-lea care a caracterizat învăţăturile Profetului Mahomed drept "rele şi inumane".
Bardakoğlu, Papa'nın Eylül ayında Almanya'nın Rosenburg kentinde yaptığı ve bir 14. yüzyıl Bizans imparatorunun Hz. Muhammed'in öğretilerini "kötü ve insanlık dışı" olarak nitelendiren sözlerini aktardığı konuşmasına şiddetli tepki veren ilk dini liderlerden biriydi.