Între timp, SPC nu recunoaşte Biserica Ortodoxă Macedoneană (MPC), care şi-a proclamat autocefalia (independenţa) în 1967. În 2003, SPC a decis să-şi reinstaureze Arhidioceza autonomă de la Ohrid şi a invitat preoţimea macedoneană să se reîntoarcă sub aripa canonică a SPC.
Bu arada SPC de, 1967 yılında bağımsızlığını ilan eden Makedon Ortodoks Kilisesini (MPC) tanımıyor. 2003 yılında SPC, kendi özerk Ohri Başpiskoposluğunu yeniden kurmaya karar verdi ve Makedon papazlığını kanonik SPC kanadına dönmeye davet etti.