Zawahiri, a cărui grupare, EIJ, se pare că a fuzionat cu al-Qaeda în 1998, este suspectat de asemenea că ar fi fost unul din organizatorii atacului sinucigaş asupra USS Cole în largul coastei Yemenului, în 2000, şi unul din "creierele" din spatele atacurilor din 11 septembrie asupra Statelor Unite.
Lideri olduğu MİC'nin 1998 yılında El Kaide ile birleştiği söylenen Zevahiri'nin, 2000 yılında Yemen kıyısı açıklarındaki USS Cole'a düzenlenen bombalı intihar saldırısının planlayıcısı ve ABD'de meydana gelen 11 Eylül saldırılarının ardındaki "beyin" olduğuna da inanılıyor.