Gotovina a fost eliberat din funcţie de către Stipe Mesic pe 29 septembrie 2000, după ce acesta câştigase în luna februarie a aceluiaşi an, alegerile prezidenţiale din Croaţia.
Gotovina 29 Eylül 2000'de, aynı yılın Şubat ayında Hırvatistan cumhurbaşkanlığı seçimlerini kazanan Stipe Mesiç tarafından görevden alındı.