Ruptura a fost exacerbată atunci când NATO a bombardat fosta Iugoslavie ca o consecinţă a politicilor lui Milosevici în Kosovo. După 2000 Djukanovic a început în mod deschis să susţină independenţa Muntenegrului.
Miloseviç’in Kosova'ya ilişkin olarak izlediği siyaset nedeniyle eski Yugoslavya'nın NATO kuvvetleri tarafından bombalanması, Sırbistan ile Karadağ arasındaki ilişkileri daha da zora soktu. 2000 yılından itibaren Djukanoviç, Karadağ’ın bağımsızlığı fikrini açıkça savunmaya başladı.