Împotriva sa au fost prezentate cinci capete de acuzare pentru crime împotriva umanităţii şi trei capete de acuzare de încălcare a legilor şi principiilor de război pentru persecuţiile, uciderile, jefuirea proprietăţilor, deportările, distrugerea deliberată a oraşelor, localităţilor şi satelor şi alte acte inumane pe care el şi forţele aflate sub comanda şi controlul său le-au comis în timpul operaţiunii intitulate "Furtuna".
Gotovina, kendisi ile emir ve komutası altındaki kuvvetlerin "Fırtına" harekatı sırasında işlediği iddia edilen zulüm, cinayet, yağma, sınır dışı etme, il, ilçe ve kasabaların nedensizce yıkıma uğratılması ve diğer insanlık dışı eylemler nedeniyle beş adet insanlığa karşı suç ve üç adet savaş yasaları veya adetlerinin ihlaliyle itham ediliyor.