Milutinovic a fost acuzat impreuna cu Milosevic si alti trei fosti inalti oficiali sarbi ca fiind asociat la o actiune criminala menita a elimina o parte insemnata a populatiei albaneze din Kosovo, pentru a asigura controlul Serbiei asupra provinciei.
Milutinoviç, Miloşeviç ve üç eski üst düzey Sırp yetkili ile birlikte Kosova'daki Arnavut nüfusunun büyük bölümünü bu bölgeden uzaklaştırarak buradaki Sırbistan denetimini süreğen kılmaya çalışmak amacıyla bir suç örgütü oluşturmakla yargılanacak.