În timpul crizei din Kosovo din 1999, Macedonia a găzduit pe cheltuiala sa peste 300 000 de refugiaţi albanezi. În 2001, conflictul cu albanezii rebeli s-a încheiat prin semnarea Acordului Cadru de la Ohrid, acord care a impus schimbări majore în constituţie şi o reorganizare teritorială ulterioară.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.