Acuzarea susţine că Ergenekon a încercat să producă arme chimice şi biologice şi se află în spatele traficului de droguri din Turcia.
İddianamede, Ergenekon'un kimyasal ve biyolojik savaş başlatmaya çalıştığı ve Türkiye'deki uyuşturucu kaçakçılığının arkasındaki varlık olduğu da iddia ediliyor.