Unul din principalii inculpaţi urmăriţi de tribunal, acesta s-a ascuns la jumătatea anului 2001, la scurt timp după ce procurorii ONU l-au acuzat de crime de război pentru presupusul rol jucat în uciderea a 150 de sârbi din Krajina şi expulzarea altor 150 000 către sfârşitul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.
Mahkemenin en azılı üç zanlısından biri olan Gotovina, BM savcılarının kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesi ve 150 bin diğerinin sürülmesi olayındaki rol oynadığı iddiasıyla savaş suçu işlemekle suçlamasından kısa bir süre sonra, 2001 ortalarında ortadan kayboldu.