În perioada imediat următoare evenimentului, în urma informaţiilor care s-au scurs din raportul ONU legat de incidentul cu flotila, în septembrie, Turcia şi-a redus legăturile diplomatice, a încheiat orice acord militar, a făcut demersuri pentru a asigura navigare liberă prin Mediterana de Est şi a anunţat că va sprijini victimele incidentului să găsească dreptatea la instanţele judecătoreşti internaţionale.
Türkiye, Eylül ayında BM’nin olayla ilgili raporunda yer alan ayrıntıların basına sızmasının hemen ardından, İsrail ile olan diplomatik ilişkilerinin seviyesini düşürmüş ve tüm askeri anlaşmalara son vermiş, Doğu Akdeniz’de seyrüsefer özgürlüğünü güvence altına almak üzere tedbirler almış ve Mavi Marmara kurbanlarının uluslararası mahkemelerde haklarını aramasına destek olacağını duyurmuştu.