Ştirile anterioare privitoare la Ergenekon sugerau faptul că grupul a fost implicat în asasinarea jurnalistului turco-armean Hrant Dink, deşi acest lucru nu a apărut în inculpare.
Basında Ergenekon hakkında çıkan ilk haberlerde, oluşumun Türk-Ermeni gazeteci Hrant Dink cinayetiyle ilgisi olduğu da iddia edilse de, iddianamede böyle bir şeye yer verilmedi.