Gradul de independenţă neadecvat faţă de autorităţile legislative şi executive, proceduri judiciare ineficiente şi procese prelungite, cazuri vechi nerezolvate şi nevoia unui mai mare profesionalism în rândurile judecătorilor şi procurorilor sunt unele dintre provocările cu care se confruntă sistemul judiciar din Macedonia, care trebuie armonizat cu standardele UE, ca parte a eforturilor acestei ţări pe drumul către aderare.
Yasama ve yürütmeden yeterince bağımsız hareket edilememesi, yargılama usullerinin yetersizliği, uzun süren mahkemeler, birikmiş davalar, hakim ve savcıların yeterince profesyonel bir tutum sergilememesi Makedon yargı sisteminin karşı karşıya olduğu sorunlardan bazıları ve bu sorunlar, ülkenin AB'ye katılma çabalarının bir parçası olarak AB standartları ile uyumlu hale getirilmek zorunda.