Ca şi alte instituţii din BiH, MPI va avea o preşedinţie tripartită, reprezentanţii fiecărui grup etnic deţinând poziţii rotative.
BH'deki diğer kurumlar gibi MPI de, üç etnik grubun her birinden bir temsilcinin dönüşümlü olarak başkanlık yapacağı üçlü bir yönetime sahip olacak.