Potrivit procurilor ONU, Zupljanin a participat la o acţiune criminală comună al cărei obiectiv a fost "eliminarea şi mutarea permanentă a musulmanilor bosniaci şi a croaţilor bosniaci, cu forţa sau prin alte mijloace, de pe teritoriul" Regiunii Autonome autoproclamate Krajina.
BM savcılarının iddiasına göre Zupljanin, amacı "Bosnalı Müslümanlar ve Bosnalı Hırvatları ortadan kaldırmak veya zorla veya başka yollardan tek taraflı ilan edilmiş Özerk Krajina Bölgesinden kalıcı olarak uzaklaştırmak" olan bir suç iştirakinde yer aldı.