Zawahiri s-a născut într-o familie proeminentă de clasă medie-superioară din Cairo, unde a studiat pentru a deveni chirurg oftalmolog. La sfârşitul anilor 1970, el a devenit unul din fondatorii Jihadului Islamic Egiptean (EIJ), o organizaţie opusă regimului laic al ţării, care dorea răsturnarea acestuia prin mijloace violente.
Zevahiri, üst-orta sınıftan tanınmış bir ailenin oğlu olarak Kahire'de dünyaya geldi ve burada göz cerrahisi üzerinde eğitim gördü. 1970'lerin sonunda, ülkedeki laik rejime karşı çıkan ve bunu şiddet yoluyla devirmeye çalışan Mısırlı İslami Cihad (MİC) örgütünün kurucularından birisi oldu.