He joined the National Guard Corps as chief of operations and training of its 1st Brigade. From February to April 1992, Gotovina was deputy commander of the Special Unit of the Croatian Army Main Staff, afterwards taking on a six-month assignment with the Croatian Defence Council.
S-a alăturat Gărzii Naţionale, în calitate de şef de operaţiuni şi ca instructor al Brigadei I. Din februarie până în aprilie 1992, Gotovina a fost comandant adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, după care a preluat o misiune de şase luni în cadrul Consiliului de Apărare Croat.