He went into hiding in June 2001, shortly after the International Criminal Tribunal for the former Yugoslavia (ICTY) indicted him over his alleged involvement in atrocities committed against Krajina Serbs towards the end of the 1991-1995 conflict in Croatia.
Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.