Tužioci kažu da Ergenekon ima rasprostranjene ćelije, uključujući i medijske ličnosti i atentatore, ali da te ćelije nemaju međusobnog kontakta i da primaju instrukcije s vrha.
Εισαγγελείς αναφέρουν ότι η Εργκένεκον διαθέτει εκτεταμένο πυρήνα, ο οποίος περιλαμβάνει από προσωπικότητες των ΜΜΕ μέχρι δολοφόνους, ωστόσο δεν έχουν επαφή μεταξύ τους και λαμβάνουν οδηγίες από την ηγεσία.