U toj ulozi, on je vršio komandu i kontrolu i de fakto i de jure nad svim hrvatskim snagama raspoređenim u sklopu operacije Oluja na južnom dijelu regiona Krajina, naveli su tužioci UN-a u izmijenjenoj optužnici protiv Gotovine objavljenoj u martu 2004.
Υπό το ρόλο αυτό, ασκούσε τον ουσιαστικό ή άλλως έλεγχο και διοίκηση των κροατικών δυνάμεων που μετείχαν στην επιχείρηση Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής της Κράινα, ισχυρίστηκαν οι εισαγγελείς του δικαστηρίου στην τροποποιημένη κατηγορία κατά του Γκοτόβινα που δημοσιεύτηκε το Μάρτιο του 2004.