Prema zajedničkoj optužnici, Mrkšić je bio komandant 1. Gardijske motorizirane brigade JNA, koja je snosila osnovnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara, koja je dovela do njegovog konačnog pada u novembru 1991.
Σύμφωνα με κοινό κατηγορητήριο, ο Μρκσιτς ήταν διοικητής της 1ης Ταξιαρχίας Μηχανοκίνητων Φρουρών του JNA, η οποία φέρει τη βασική ευθύνη για την τριετή πολιορκία της Βούκοβαρ, η οποία οδήγησε στην παρεπόμενη πτώση το Νοέμβρη του 1991.