Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih bjegunaca za ratne zločine iz balkanskih sukoba iz perioda 1990-tih godina, zajedno s bivšim liderom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim komandantom Ratkom Mladićem.
Ο Γκοτόβινα ήταν ένας από τους τρεις πιο καταζητούμενους φυγόδικους εγκλημάτων πολέμου από την περίοδο των βαλκανικών συγκρούσεων της δεκαετίας του 1990, μαζί με τον πρώην βοσνιοσέρβο ηγέτη Ράντοβαν Κάρατζιτς και τον στρατιωτικό του διοικητή Ράτκο Μλάντιτς.