Tokom kosovske krize 1999, Makedonija je primila na svoj trošak preko 300.000 albanskih izbjeglica. 2001. godine je sukob s pobunjenim Albancima okončan potpisivanjem Ohridskog okvirnog sporazuma, kojim su uvedene velike promjene u ustav i naknadnu teritorijalnu reorganizaciju.
Το 2001, σύγκρουση με αντάρτες Αλβανούς έληξε με την υπογραφή της Συμφωνίας Πλαισίου της Οχρίδας, η οποία επέβαλε σημαντικές αλλαγές στο σύνταγμα και παρεπόμενη εδαφική αναδιάρθρωση.