Jedno od najproblematičnijih pitanja na dnevnom redu u Lisabonu je plan za razvoj sistema raketne odbrane za zaštitu svih zemalja Alijanse od potencijalnih prijetnji.
Ένα από τα πλέον ακανθώδη θέματα στην ατζέντα της Λισαβόνας είναι το σχέδιο ανάπτυξης συστήματος πυραυλικής προστασίας για την προστασία όλων των χωρών της Συμμαχίας από πιθανές απειλές.