Karadžić, koji je vršio i formalnu i stvarnu vlast i kontrolu nad snagama bosanskih Srba i nad svim organima SDS-a i vlade, optužen je i u vezi s ubistvom iz jula 1995. i do 8.000 muškaraca i dječaka, bosanskih Muslimana, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u i oko "bezbjedne zone" UN-a Srebrenice.
Ο Κάρατζιτς, ο οποίος ασκούσε τυπική και ουσιαστική εξουσία και έλεγχο στις δυνάμεις των βοσνιοσέρβων και το ΣΔΚ και τις κυβερνητικές αρχές, προσάγεται σε δίκη σε σχέση με το θάνατο, τον Ιούλιο 1995, μέχρι 8.000 βοσνιομουσουλμάνων ανδρών και αγοριών που συνελήφθησαν σε διαφορετικές τοποθεσίες εντός και γύρω από την χαρακτηρισθείσα από τα ΗΕ «ασφαλή περιοχή» της Σρεμπρένιτσα.