CEI sarađuje s međunarodnim organizacijama i institucijama, poput Organizacije za ekonomsku saradnju i razvoj, Vijeća Evrope, OSCE-a, Evropske banke za obnovu i razvoj i Svjetske banke, te s različitim regionalnim strukturama, poput Jadransko-jonske inicijative, Procesa dunavske saradnje i Pakta stabilnosti.
Η CEI συνεργάζεται με διεθνείς οργανισμούς και ιδρύματα όπως ο Οργανισμός Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης, του Συμβουλίου της Ευρώπης, ο ΟΑΣΕ, η Ευρωπαϊκή Τράπεζα Ανασυγκρότησης και Ανάπτυξης και η Παγκόσμια Τράπεζα, καθώς επίσης διάφορες περιφερειακές δομές, όπως η Πρωτοβουλία Αδριατικής-Ιονίου, η Διαδικασία Συνεργασίας Δούναβη και το Σύμφωνο Σταθερότητας.