Obalska garda radi u dva ogranka, civilnom dijelu koji kontrolira ministarstvo unutrašnjih poslova, te vojnom segmentu koji je u sklopu ministarstva odbrane -- od kojih će se oba spojiti.
Το λιμενικό σώμα είναι οργανωμένο σε δύο σκέλη, το πολιτικό σκέλος το οποίο ελέγχεται από τον υπουργό εσωτερικών και το στρατιωτικό σκέλος το οποίο αποτελεί τμήμα του υπουργείου άμυνας – αυτά τα δύο θα συγχωνευτούν.