Napredovanje političkih i ekonomskih reformi također je usporeno ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kog je Makedonija primila na stotine hiljada izbjeglica-kosovskih Albanaca.
Επιβραδύνθηκε επίσης η πρόοδος πολιτικών και οικονομικών μεταρρυθμίσεων λόγω του πολέμου του 1999 στο Κοσσυφοπέδιο, κατά τη διάρκεια του οποίου η πΓΔΜ περιμάζεψε εκατοντάδες χιλιάδες Αλβανούς πρόσφυγες του Κοσσυφοπεδίου.