Jugoistočna Evropa također je mjesto regrutacije za al-Kaidu, a grupa ide na to da iskoristi vjerske podjele koje su potpirile balkanske sukobe iz 1990-tih.
Επίσης, η νοτιοανατολική Ευρώπη έχει φιλοξενήσει δραστηριότητες στρατολόγησης της αλ-Κάιντα, με την οργάνωση να επιδιώκει εκμετάλλευση των θρησκευτικών διχασμών που προκάλεσαν τις συγκρούσεις των Βαλκανίων τη δεκαετία του 1990.