Za Zawahirija, za čiji se EIJ kaže da se s el-Kaidom udružio 1998, također se smatra da je jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na brod USS Cole u blizini obale Jemena 2000. godine, te "mozak" iza napada na Sjedinjene Države od 11. septembra.
Ο Ζαουαχίρι, του οποίου η οργάνωση EIJ λέγεται ότι έχει συγχωνευτεί με την αλ-Κάιντα, θεωρείται ότι είναι ένας από τους εγκεφάλους της βομβιστικής επίθεσης αυτοκτονίας του USS Cole στα ανοικτά της Υεμένης το 2000, και ο "εγκέφαλος" πίσω από την επίθεση στις 11 Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες.