Pozivajući se na zločine počinjene od 1. jula 1991. do 30. novembra 1995, u izmijenjenoj optužnici tvrdi se da je Karadžić "planirao, poticao, naređivao, počinio i na drugi način potpomagao i navodio na planiranje, pripremu ili vršenje uništenja, u cjelini ili djelimično, nacionalnih, etnički, rasnih ili vjerskih grupa bosanskih Muslimana i bosanskih Hrvata", u nizu općina. Među njima su bili Bijeljina, Bratunac, Bosanski Šamac, Brčko, Doboj, Foča, Ilijaš, Ključ, Kotor Varoš, Novi Grad, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Srebrenica, Višegrad, Vlasenica, Zavidovići i Zvornik.
Αναφερόμενες στις θηριωδίες που διαπράχθηκαν μεταξύ 1ης Ιουλίου 1991 και 30ης Νοεμβρίου 1995, οι τροποποιημένες κατηγορίες ισχυρίζονται ότι ο Κάρατζιτς «σχεδίασε, προκάλεσε, διέταξε, διέπραξε ή άλλως βοήθησε και ενθάρρυνε το σχεδιασμό, προετοιμασία ή εκτέλεση της καταστροφής, συνολικά ή έν μέρει, των εθνικών, φυλετικών ή θρησκευτικών ομάδων μουσουλμάνων και κροατών της Βοσνίας» σε πολλούς δήμους μεταξύ των οποίων οι δήμοι: Μπιγελίνα, Μπράτουνατς, Μποσάνσκι Σάματς, Μπίρκο, Ντομπόζ, Φότσα, Ιλίγιας, Κιλτσούκ, Κότορ Βάρος, Νόβι Γκράντ, Πρίγιεντορ, Ρογκατίτσα, Σάνσκι Μοστ, Σρεμπρενίτσα, Βίσεγκραντ, Βλασένιτσα, Ζαβιντόβιτσι και Ζβόρνικ.