Koštunica je zatim postao predsjednik Savezne Republike Jugoslavije, a kasnije, u periodu 2004-2008, zauzimao je mjesto srbijanskog premijera.
Κατόπιν, ο Κοστούνιτσα διετέλεσε πρόεδρος της Ομοσπονδιακής Δημοκρατίας της Γιουγκοσλαβίας και αργότερα, μεταξύ 2004 και 2008, κατέλαβε το αξίωμα του Σέρβου πρωθυπουργού.