Međutim, islamistički korijeni AKP-a potpiruju sumnju među moćnom vojskom u zemlji, koja sebe smatra garantom sekularnog poretka u Turskoj, iako su Erdogan i drugi stranački lideri opetovano tvrdili da nemaju nikakvog skrivenog vjerskog dnevnog reda.
Ωστόσο, οι Ισλαμικές ρίζες του ΑΚΡ έχουν πυροδοτήσει υποψίες στον ισχυρό στρατό της χώρας, ο οποίος θεωρεί πως ρόλος του είναι η εξασφάλιση της κοσμικής τάξης στην Τουρκία, αν και ο Ερντογάν, καθώς και άλλα κομματικά στελέχη, έχουν επανειλημμένως δηλώσει ότι δεν διαθέτουν μυστική θρησκευτική ατζέντα.