Завахири, чија ЕИЏ се вели дека се спои со Ал каеда во 1998 година, исто така се верува дека е еден од главните организатори на самоубиствениот бомбашки напад на УСС Кол покрај брегот на Јемен во 2000 година, и „мозокот“ на нападите во Соединетите Држави на 11-ти септември.
Zawahiri, a cărui grupare, EIJ, se pare că a fuzionat cu al-Qaeda în 1998, este suspectat de asemenea că ar fi fost unul din organizatorii atacului sinucigaş asupra USS Cole în largul coastei Yemenului, în 2000, şi unul din "creierele" din spatele atacurilor din 11 septembrie asupra Statelor Unite.