Тој беше во бегство од јуни 2001 година, набргу откако Меѓународниот кривичен трибунал за поранешна Југославија (МКТЈ) го обвини за наводна вмешаност во злосторствата против краинските Срби кон крајот на конфликтот во Хрватска во периодот 1991-1995 година.
Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.