Некои сметаат дека протоколот може да ги стави обвинителите на БиХ во подредена позиција, правејќи ги -- всушност -- огранок на српското обвинителство.
Unii simt că protocolul i-ar pune pe procurorii din BiH într-o poziţie inferioară, transformându-i -- în realitate -- într-o filială a procuraturii sârbe.