Спроведувањето на истрагата против Ергенекон, која вклучуваше и апсење на осомничени пред да се претстави каков било јасен доказ и нивно пролонгирано задржување во затвор пред судењето, беше критикувано од страна на секуларните и националистичките медиуми.
Modul în care s-a derulat ancheta privitoare la Ergenekon, în cadrul căreia suspecţii au fost reţinuţi înaintea prezentării unor dovezi clare şi au fost închişi în închisoare cu mult timp înainte de proces, a fost puternic criticată de presa seculară şi naţionalistă.