Кога изби вооружениот конфликт со Србија во 1998 година Ругова застана на страната на бунтовничката Ослободителна војска на Косово, бидејќи многумина етнички Албанци го сметаа за премногу пасивен.
În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.