Од февруари до април 1992 година Готовина беше заменик-командант на Специјалната единица на Главниот штаб на хрватската армија, по што следеше и шестмесечната функција во Хрватскиот совет за одбрана.
Între februarie şi aprilie 1992, Gotovina a fost comandantul adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, fiind ulterior membru al Consiliului Croat de Apărare timp de şase luni.