Mesićevi su odnosi s hijerarhijom katoličke crkve stalno su bili zategnuti, budući da je kritizirao njihovo uplitanje u politiku, a oni su njega kritizirali tvrdeći kako ne štiti nacionalne interese.
Marrëdhëniet e Mesiç me hierarkinë e Kishës Katolike ishin nën tension të vazhdueshëm, pasi ai kritikoi përzjerjen e tyre në politikë dhe ata e kritikuan atë duke pretenduar se nuk po mbron interesat kombëtarë.