CEI-a surađuje s međunarodnim organizacijama i institucijama kao što su Organizacija za gospodarsku suradnju i razvitak, Vijeće Europe, OESS, Europska banka za obnovu i razvitak i Svjetska banka, i različite regionalne strukture, kao što su Jadransko-jonska inicijativa, Proces dunavske suradnje i Pakt o stabilnosti.
CEI bashkëpunon me organizata dhe institucione ndërkombëtare të tilla si Organizata për Bashkëpunimin Ekonomik dhe Zhvillimin, Këshilli i Evropës, OSBE, Banka Evropiane për Rindërtimin e Zhvillimin dhe Banka Botërore si dhe me struktura të ndryshme rajonale si Nisma Adriatiko-Ioniane, Procesi i Bashkëpunimit i Danubit dhe Pakti i Stabilitetit.