Zajedno s potpukovnikom Draganom Jokićem, Blagojević se suočava s optužbama za sudionistvo u genocidu, zločine protiv čovječnosti i kršenje zakona i običaja rata.
Së bashku me lejtnant-kolonelin Dragan Jokiç, Blagojeviç akuzohet për pjesëmarrje në genocid, krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve e rregullave të luftës.