Jugoistočna Europa također je bila lokacija u kojoj je al-Qaeda obavljala aktivnosti vojačenja, jer je skupina pokušavala iskoristiti vjerske podjele koje su potaknule balkanske sukobe devedesetih godina.
Evropa Juglindore ka qenë gjithashtu një vend për veprimtaritë rekrutuese të al-Kaedës, me grupin që kërkonte të shfrytëzonte ndarjet fetare që ndezën konfliktet ballkanike të viteve 1990.