Protiv Gotovine, koji je zajedno s čelnicima bosanskih Srba iz razdoblja rata Radovanom Karadžićem i Ratkom Mladićem na vrhu popisa najtraženijih optuženika tribunala UN-а, podignuta je optužnica 2001. godine.
Gotovina, i cili së bashku me krerët serbë boshnjakë të luftës, Radovan Karaxhiç dhe Ratko Mlladiç, kryeson listën e më të kërkuarve të gjykatës së OKB-së, u padit në qershor 2001.