U ljeto 2004. godine MKSJ je optužio Hadžića za zločine protiv čovječnosti te kršenje zakona i običaja ratovanja zbog navodne umiješanosti u progon, istrebljenje, ubojstva, zarobljavanja, mučenja, nehumane postupke, deportacije, uništavanje i pljačke javne i privatne imovine.
Në verën e 2004-trës, ICTY e akuzoi Haxhiçin për krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve e zakoneve të luftës për përfshirjen e dyshuar të tij në persekutime, shfarosje, vrasje, burgosje, tortura, akte shnjerëzorë, dëbime, shkatërrimin me dashje dhe grabitjen e pronës publike apo private.