Provedba istrage Ergenekona, koja je uključivala i pritvaranje osumnjičenika prije predstavljanja bilo kakvih jasnih dokaza i dugo držanje u zatvoru prije suđenja, naišla je na velike kritike sekularnih i nacionalističkih medija.
Kryerja e hetimit të Ergenekon, që përfshiu paraburgimin e të dyshuarve para paraqitjes së ndonjë prove të qartë dhe burgosja e tyre e zgjatur përpara gjyqit, morën kritika të përhapura gjerësisht nga media sekulare e nacionaliste.