Kada je 1998.godine izbio oružani sukob sa Srbijom, Rugova je potisnut od strane pobunjenika iz Oslobodilačke vojske Kosova, dok su ga brojni etnički Albanci smatrali prepasivnim.
Kur filloi konfikti i armatosur me Serbinë në 1998, Rugova u mënjanua nga rebelët e Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, sepse shumë nga shqiptarët etnikë e quajtën qëndrimin e Rrugovës tepër pasiv.