Drugo područje na kojemu su već iskrsle poteškoće tijekom postupka screeninga harmonizacija je hrvatskog carinskog režima s acquis communitaireom.
Një tjetër fushë ku kanë dalë tashmë vështirësitë gjatë procesit të shqyrtimit është ajo e harmonizimit të regjimit doganor të Kroacisë me acquis communitaire.