Napredak političkih i gospodarskih reformi također je usporen ratom na Kosovu 1999. godine, tijekom kojeg je Makedonija prihvatila stotine tisuća izbjeglih kosovskih Albanaca.
Përparimi i reformave politike dhe ekonomike u ngadalësua gjithashtu nga lufta e Kosovës më 1999, gjatë të cilës Maqedonia pati qindra mijëra refugjatë shqiptarët të Kosovës.