Protiv Kovačevića i još trojice časnika -- generala Jugoslavenske armije Pavla Strugara, umirovljenog viceadmirala Miodraga Jokića i mornaričkog viceadmirala Miodraga Zeca -- je podignuta optužnica 2001. godine zbog ubojstva civila i štete nanesene povijesnom gradu.
Kovaçeviç u akuzua në vitin 2001 së bashku me tre oficerë të tjerë, gjeneralin e ushtrisë jugosllave Pavle Strugar, nën admiralin në pension Miodrag Jokiç dhe nën admiralin e marinës, Milan Zec, për vrasjen e civilëve dhe shkatërrimin e shkaktuar ndaj qytetit historik.