Karadžić, koji je obnašao i službenu i faktičku nadležnost i nadzor nad snagama bosanskih Srba i svim službama SDS-a i vlade, također je optužen u svezi s ubojstvom oko 8.000 muškaraca i dječaka bosanskih Muslimana u srpnju 1995. godine, zarobljenih na nekoliko različitih lokacija u "zaštićenoj zoni" UN Srebrenici i njezinoj okolici.
Karaxhiç i cili ushtroi si pushtetin dhe kontrollin zyrtar dhe atë de facto mbi forcat serbe boshnjake dhe të gjithë SDS dhe autoritetet qeverisëse, u padit gjithashtu në lidhje me vrasjet e korrikut 1995 të deri në 8,000 burrave e djemve muslimanë boshnjakë kapur në disa vende të ndryshme në dhe pranë "zonës së sigurtë" të Srebrenicës.