Protiv Limaja je 2003. godine Međunarodni kazneni sud za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) podignuo optužnicu za ratne zločine vezane za navodna zlostavljanja u drugom zatočeničkom logoru OVK-a, u Lapušniku.
Në vitin 2003, Limaj u padit nga Gjykata Ndërkombëtare për Krime në ish-Jugosllavi me akuza për krime lufte që rrjedhin nga abuzime të dyshuara në një kamp tjetër burgimi të UÇK-së, në Lapushnik.