Među spornim pitanjima su naziv "Makedonija", zvijezda Vergine -- otkrivena u Grčkoj, ali se još uvijek koristi u modificiranom obliku na službenoj zastavi Makedonije -- i sporno postojanje "makedonske manjine" u sjevernoj Grčkoj.
Pikat e kundërshtimit përfshinin emrin "Maqedoni", yllin e Verxhinës, zbuluar në Greqi por i përdorur ende në një formë të modifikuar si flamuri zyrtar i Maqedonisë, dhe praninë e diskutueshme të një "pakice maqedonase" në Greqinë e Veriut.