Nezadovoljavajući stupanj neovisnosti od zakonodavnih i izvršnih vlasti, neučinkoviti sudski procesi i otegnuta suđenja, zaostali predmeti i potreba za većim profesionalizmom sudaca i tužitelja neki su od izazova s kojima se suočava makedonsko pravosuđe, koje je nužno uskladiti sa standardima EU u sklopu nastojanja zemlje na akcesiji.
Pavarësia e papërshtatshme prej autoriteteve legjislative dhe ekezekutive, procedime gjyqësore jo të efektshme dhe gjyqe të zvarritur, një ngarkesë e tepërt e çështjeve dhe nevoja për më shumë profesionalizëm mes gjyqtarëve dhe prokurorëve janë disa prej sfidave me të cilat përballet gjyqësori maqedonas, të cilat duhet të harmonizohen me standartet e BE-së si pjesë e përpjekjeve të vendit drejt pranimit në të.