Od veljače do travnja 1992. godine, Gotovina je bio zamjenik zapovjednika Posebne postrojbe Glavnog stožera Hrvatske vojske, nakon čega je šest mjeseci obnašao dužnosti u Hrvatskom vijeću obrane.
Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.