Motiv za ubojstvo je navodno bio taj što je Đinđić htio poslati više članova elitne postrojbe Crvene beretke u Haag, nakon čega je planirao rasformirati postrojbu.
Motivi për vrasjen supozohet të ishte se Gjinxhiç donte të dërgonte disa anëtarë të njësisë elite Beretat e Kuqe në Hagë -- pas kësaj ai planifikonte t'a shpërbënte njësinë.