Neki smatraju kako bi protokol mogao staviti tužiteljstvo BiH u inferioran položaj, čineći ga -- u stvari -- ogrankom srpskog tužiteljstva.
Disa mendojnë se protokolli mund t'i vendosë prokurorët e BiH-së në një pozitë inferiore, duke i bërë ata -- efektivisht -- një degë të zyrës së prokurorisë serbe.