Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih odbjeglih optuženika za ratne zločine iz balkanskih sukoba devedesetih godine, zajedno s bivšim čelnikom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim zapovjednikom Ratkom Mladićem.
Gotovina ishte një nga tre më të kërkuarit të arratisur për krime lufte nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.