Prema zajedničkoj optužnici Mrkšić je bio zapovjednik 1. Gardijske motorizirane brigade JNA koja je snosila glavnu odgovornost za tromjesečnu opsadu Vukovara koja je dovela do konačnog pada grada u studenom 1991. godine.
Sipas padisë së përbashkët, Mrksiç ishte komandant i brigadës së parë të motorizuar të JNA, e cila mbajti përgjegjësinë për rrethimin tre-mujor të Vukovarit që shpuri përfundimisht në rënien e tij në nëntor 1991.