Gotovina je bio jedan od trojice najtraženijih bjegunaca optuženika za ratne zločine počinjene tijekom sukoba na Balkanu devedesetih godina, zajedno s bivšim čelnikom bosanskih Srba Radovanom Karadžićem i njegovim vojnim zapovjednikom Ratkom Mladićem.
Gotovina ishte një nga tre të fshehurit më të kërkuar nga konfliktet e Ballkanit në vitet 1990, së bashku me ish kreun serb boshnjak Radovan Karaxhiç dhe komandantin e tij ushtarak Ratko Mlladiç.