Zawahiri, čiji se EIJ navodno spojio s al-Qaedom 1998. godine, također je, kako se vjeruje, jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na američki razarač USS Cole kod obale Jemena 2000. godine i "mozak" iza napada 11. rujna na Sjedinjene Američke Države.
Zavahiri, EIJ e të cilit thuhet se është shkrirë me al-Kaedën më 1998, besohet gjithashtu të ketë qenë një nga organizatorët e bombës vetë-vrasëse në USS Cole pranë brigjeve të Jemenit më 2000 dhe "truri" pas sulmeve të 11 shtatorit në Shtetet e Bashkuara.