Vođenje istrage o Ergenekonu, koje je uključilo pritvaranje osumnjičenih pred dostavljanje bilo kakvih jasnih dokaza i njihovo zatvaranje na duži rok prije suđenja, bilo je pod udarom širih kritika od strane sekularnih i nacionalističkih medija.
Kryerja e hetimit të Ergenekon, që përfshiu paraburgimin e të dyshuarve para paraqitjes së ndonjë prove të qartë dhe burgosja e tyre e zgjatur përpara gjyqit, morën kritika të përhapura gjerësisht nga media sekulare e nacionaliste.