CEI sarađuje s međunarodnim organizacijama i institucijama, poput Organizacije za ekonomsku saradnju i razvoj, Vijeća Evrope, OSCE-a, Evropske banke za obnovu i razvoj i Svjetske banke, te s različitim regionalnim strukturama, poput Jadransko-jonske inicijative, Procesa dunavske saradnje i Pakta stabilnosti.
CEI bashkëpunon me organizata dhe institucione ndërkombëtare të tilla si Organizata për Bashkëpunimin Ekonomik dhe Zhvillimin, Këshilli i Evropës, OSBE, Banka Evropiane për Rindërtimin e Zhvillimin dhe Banka Botërore si dhe me struktura të ndryshme rajonale si Nisma Adriatiko-Ioniane, Procesi i Bashkëpunimit i Danubit dhe Pakti i Stabilitetit.