Tokom kosovske krize 1999, Makedonija je primila na svoj trošak preko 300.000 albanskih izbjeglica. 2001. godine je sukob s pobunjenim Albancima okončan potpisivanjem Ohridskog okvirnog sporazuma, kojim su uvedene velike promjene u ustav i naknadnu teritorijalnu reorganizaciju.
Gjatë krizës në Kosovë më 1999, Maqedonia strehoi mbi 300 000 refugjatë shqiptarë me shpenzimet e saj. Më 2001, një konflikt me shqiptarët rebelë përfundoi duke nënshkruar Marrëveshjen Kuadër të Ohrit, e cila vendosi ndryshime të mëdha në kushtetutë dhe një riorganizim territorial të mëvonshëm.