U ljeto 2004. godine, ICTY je protiv Hadžića podigao optužnicu za zločine protiv čovječnosti i kršenja zakona i običaja ratovanja, zbog njegovog navodnog učešća u progonu, istrebljivanju, ubijanju, zarobljavanju, mučenju, nehumanom postupanju, surovom tretmanu, deportaciji, neselektivnom uništavanju i pljačkanju javne i privatne imovine.
Në verën e 2004-trës, ICTY e akuzoi Haxhiçin për krime kundër njerëzimit dhe shkelje të ligjeve e zakoneve të luftës për përfshirjen e dyshuar të tij në persekutime, shfarosje, vrasje, burgosje, tortura, akte shnjerëzorë, dëbime, shkatërrimin me dashje dhe grabitjen e pronës publike apo private.