Mesićevi odnosi s hijerarhijom Katoličke crkve bili su pod stalnim tenzijama, jer je on kritizirao njihovo miješanje u politiku, a oni su kritizirali njega tvrdeći da on ne štiti nacionalne interese.
Marrëdhëniet e Mesiç me hierarkinë e Kishës Katolike ishin nën tension të vazhdueshëm, pasi ai kritikoi përzjerjen e tyre në politikë dhe ata e kritikuan atë duke pretenduar se nuk po mbron interesat kombëtarë.