Napredovanje političkih i ekonomskih reformi također je usporeno ratom na Kosovu 1999. godine, tokom kog je Makedonija primila na stotine hiljada izbjeglica-kosovskih Albanaca.
Përparimi i reformave politike dhe ekonomike u ngadalësua gjithashtu nga lufta e Kosovës më 1999, gjatë të cilës Maqedonia pati qindra mijëra refugjatë shqiptarët të Kosovës.