Misiji su dodatne kritike donijeli spor prijenos nadležnosti na kosovske institucije, navodi o korupciji i kršenjima ljudskih prava.
Transferimi i ngadaltë i përgjegjësive tek institucionet e Kosovës, pretendimet për korrupsion dhe shkeljet e të drejtave të njeriut çuan në më shumë kritika për misionin.