Od februara do aprila 1992, Gotovina je bio zamjenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon toga preuzevši šestomjesečni zadatak u Hrvatskom vijeću odbrane.
Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.