Za Zawahirija, za čiji se EIJ kaže da se s el-Kaidom udružio 1998, također se smatra da je jedan od glavnih planera samoubilačkog bombaškog napada na brod USS Cole u blizini obale Jemena 2000. godine, te "mozak" iza napada na Sjedinjene Države od 11. septembra.
Zavahiri, EIJ e të cilit thuhet se është shkrirë me al-Kaedën më 1998, besohet gjithashtu të ketë qenë një nga organizatorët e bombës vetë-vrasëse në USS Cole pranë brigjeve të Jemenit më 2000 dhe "truri" pas sulmeve të 11 shtatorit në Shtetet e Bashkuara.