ISAF vrši patroliranje po različitim policijskim okruzima i grupiran je u tri komande: sjeverni štab u Mazar-e-Sharifu, zapadni štab u Heratu i južni štab u Kandaharu.
ISAF vrši ophodnje diljem različitih policijskih okruga i grupiran je u trima zapovjedništvima: sjeverni stožer u Mazar-e-Sharifu, zapadni stožer u Heratu i južni stožer u Kandaharu.