On je bio među prvim vjerskim liderima koji su energično reagirali na septembarski papin govor u Regensburgu u Njemačkoja, u kojem je pontifik naveo riječi jednog bizantskog cara iz 14. stoljeća koji je okarakterizirao učenja proroka Muhammeda kao "zla i nehumana".
Bardakoglu je jedan prvih vjerskih čelnika koji su oštro reagirali na Papin rujanski govor u Regensburgu, u Njemačkoj, u kojem je pontifik citirao bizantskog vladara iz 14. stoljeća koji je učenja proroka Muhameda opisao kao "zla i nečovječna".