Od februara do aprila 1992, Gotovina je bio zamjenik komandanta Specijalne jedinice Glavnog štaba Hrvatske vojske, nakon toga preuzevši šestomjesečni zadatak u Hrvatskom vijeću odbrane.
Od veljače do travnja 1992. godine, Gotovina je bio zamjenik zapovjednika Posebne postrojbe Glavnog stožera Hrvatske vojske, nakon čega je šest mjeseci obnašao dužnosti u Hrvatskom vijeću obrane.