Jugoistočna Evropa također je mjesto regrutacije za al-Kaidu, a grupa ide na to da iskoristi vjerske podjele koje su potpirile balkanske sukobe iz 1990-tih.
Jugoistočna Europa također je bila lokacija u kojoj je al-Qaeda obavljala aktivnosti vojačenja, jer je skupina pokušavala iskoristiti vjerske podjele koje su potaknule balkanske sukobe devedesetih godina.