По време на кризата в Косово през 1999 г. Македония подслони повече от 300 000 албански бежанци за своя сметка. През 2001 г. конфликтът с албанските бунтовници приключи с подписването на Охридското рамково споразумение, което наложи големи промени в конституцията и последващо територирално реорганизиране.
1999 yılındaki Kosova krizi sırasında, Makedonya 300 binden fazla Arnavut mülteciyi kendi imkanlarıyla barındırdı. 2001 yılında, isyancı Arnavutlarla yaşanan bir ihtilaf, önemli anayasa değişikliklerini ve buna müteakip toprak yeniden düzenlemesini dayatan Ohrid Çerçeve Anlaşması'nın imzalanmasıyla sona erdi.