На първите следвоенни избори в страната през 1996 г. той бе избран за представител на мюсюлманската общност в първото тричленно многоетническо президентство и стана първият негов председател.
Ülkenin 1996 yılında savaş sonrası ilk seçimlerinde İzetbegoviç, ilk üç üyeli çok ırklı cumhurbaşkanlığında Müslüman toplumunu temsil etmek üzere seçilmiş ve bu makamın ilk başkanı olmuş, ancak sağlık sorunları nedeniyle 2000 yılında görevinden ayrılarak, aktif siyasete veda etmişti.