Той се укрива от юни 2001 г., малко след като Международния наказатален трибунал за бивша Югославия (МНТБЮ) го обвини за участие в жестокостите срещу сърби от Крайна в края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Ante Gotovina, eski Yugoslavya ile ilgili Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini 1991-1995 yılları arasında Hırvatistan'da yaşanan çatışmalar sırasında Krajinalı Sırplara yapılan zulümlere katılmakla suçlamasından hemen sonra 2001 yılının Temmuz ayında ortadan kaybolmuştu.