Готовина започна да се укрива през юни 2001 г. , няколко седмици след като МНТБЮ го обвини във връзка с предполагаемата му роля в извършването на военни престъпления от части под негово командване през 1995 г., вкл. убийството на най-малко 150 сърби от Крайна.
Gotovina, ICTY'nin kendisini 1995 yılında emrindeki askerler tarafından işlenen ve aralarında en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesinin de bulunduğu savaş suçlarında rol oynadığı iddiasıyla suçladığı Haziran 2001'den beri kayıplarda.