Четирдесет и деветгодишният Готовина изчезна през юни 2001 г. скоро след като МНТБЮ го обвини във връзка с предполагаемата му роля при военни престъпления, извършени от военнослужещи под негово командване към края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
49 yaşındaki Gotovina, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki askerlerin işlemiş olduğu savaş suçlarında rol oynadığı iddiasıyla suçlamasından kısa bir süre sonra, Haziran 2001'de ortadan kayboldu.