Той бе обвинен, заедно с бившия хърватски президент Франьо Туджман, че са били инициатори на екзекуции и други действия по време на хърватската военна офанзива под кодовото название "Операция "Буря".
Gotovina, eski Hırvat Cumhurbaşkanı Franjo Tudjman'la birlikte Fırtına Operasyonu kod adlı Hırvat askeri operasyonu sırasında gerçekleştirilen katliamları ve diğer eylemleri yönetmekle suçlanıyordu.