Като един от тримата най-издирвани от Трибунала обвиняеми той премина в нелегалност в средата на 2001 г. скоро след като прокурорите на ООН повдигнаха срещу него обвинения във военни престъпления във връзка с предполагаемата му роля при убийството на 150 сърби от Краина и експулсирането на други 150 000 души към края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Mahkemenin en azılı üç zanlısından biri olan Gotovina, BM savcılarının kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru en az 150 Krajinalı Sırp'ın öldürülmesi ve 150 bin diğerinin sürülmesi olayındaki rol oynadığı iddiasıyla savaş suçu işlemekle suçlamasından kısa bir süre sonra, 2001 ortalarında ortadan kayboldu.