Глигоров обаче си навлече гнева на страната през 1994 г., когато каза пред гръцки медии, че македонците са славянски народ, дошъл на Балканите през 6-и век, и нямат връзка с Александър Македонски и неговата цивилизация.
Fakat Gligorov, 1984 yılında Yunan medyasına verdiği bir demeçte Makedonların 6. yüzyılda Balkanlar'a gelmiş bir Slav halkı olduğunu ve Büyük İskender ve onun medeniyetiyle hiçbir bağlantısı olmadığını söyleyerek ülkesinde öfkeye de neden olmuştu.