Провеждането на разследването срещу "Ергенекон", при което някои заподозрени бяха задържани без наличие на достатъчно доказателства, както и продължителния им престой в затвора преди процеса, бяха широко критикувани от светските и националистическите медии.
Şüphelilerin hiçbir net kanıt sunulmadan gözaltına alınıp mahkemeden önce uzun süreyle hapis tutulduğu Ergenekon soruşturmasının yürütülüş şekli laik ve milliyetçi medyanın yaygın eleştirilerine hedef oldu.