Милутинович, заедно с четирима други висши ръководители от бивша Югославия, включително Слободан Милошевич, беше обвинен за варварствата, извършени по време на конфликта в Косово през 1998-1999 г.
Milutinoviç ile birlikte aralarında Slobodan Miloseviç'in de yeraldığı dört diğer önde gelen Yugoslav yetkiliye, 1998-99 Kosova çatışmalarında işlendiği iddia edilen suçlardan ötürü yargı yolu açılmıştı.