Кларк командваше силите на НАТО по време на 78-дневната операция на Алианса през 1999 г., сложила край на кампанията за етническо прочистване в Косово, провеждана от режима на Милошевич.
Clark, Miloseviç rejiminin Kosova'daki etnik temizlik harekâtına son veren NATO'nun 1999 yılındaki 78 günlük operasyonu sırasında, İttifak kuvvetlerine komuta etmişti.