Той започна да се укрива през юни 2001 г., седмици след като МНТБЮ повдигна срещу него обвинения във връзка с операция на сили под негово командване към края на конфликта от периода 1991-1995 г. в Хърватия.
Gotovina Haziran 2001'de, ICTY'nin kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru komutası altındaki kuvvetler tarafından yürütülen bir operasyonla ilgili olarak suçlamasından birkaç hafta sonra ortadan kayboldu.