Срещу него са повдигнати обвинения, произтичащи от предполагаемата му роля във военните престъпления, извършени в периода на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия, вкл. убийството на най-малко 150 сърби от Крайна.
Gotovina, en az 150 Krajinalı Sırp'ın katledilmesi de dahil olmak üzere Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafı sırasında işlenen savaş suçlarında rol aldığı iddiasıyla aranıyor.