Той се укрива от юни 2001 г., като изчезна скоро след като Международният наказателен съд за бивша Югославия (МНСБЮ) повдигна срещу него обвинения за предполагаемото му участие в жестокости, извършени срещу сърбите в Краина в края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Haziran 2001'den beri kanundan kaçmakta olan Gotovina, Eski Yugoslavya Uluslararası Ceza Mahkemesi'nin (ICTY) kendisini Hırvatistan'daki 1991-1995 ihtilafının sonlarına doğru Krajinalı Sırplara karşı işlenen zulümlerde rol aldığı iddiasıyla suçlamasından kısa süre sonra ortadan kayboldu.