По време на двата президентски мандата на Глигоров, между 1991 и 1999 г., Македония стана член на ООН под временното наименование "Бивша югославска република Македония", прие временното споразумение с Гърция през 1995 г. и премина през противоречив икономически преход.
Gligorov'un 1991-1999 yılları arasında iki dönem yaptığı cumhurbaşkanlığı sırasında Makedonya, geçici "eski Yugoslav Makedonya Cumhuriyeti" referansı altında BM üyesi oldu, Yunanistan ile 1995 Geçici Anlaşmasını kabul etti ve tartışmalı bir ekonomik geçiş yaşadı.