Холбрук, който е работил с всеки президент на Демократическата партия от края на 60-те години на миналия век, бе назначен за помощник държавен секретар по европейските и канадските въпроси през 1994 г., в разгара на конфликтите, съпътстващи разпадането на бивша Югославия.
1960'ların sonundan itibaren tüm Demokrat başkanlarla çalışan Holbrooke, eski Yugoslavya'nın dağılmasıyla birlikte yaşanan çatışmaların en yoğun olduğu dönemde, 1994 yılında Avrupa ve Kanada ile ilişkilerden sorumlu dışişleri bakan yardımcılığına getirildi.