В това си качество, той и де юре и де факто е командвал и контролирал всички хърватски сили на операция "Буря" в южната част на района на Крайна, твърдят прокурорите на ООН в коригираното обвинение срещу Готовина, публикувано през март 2004 г..
BM savcıları Mart 2004'te kamuoyuna açıkladıkları iddianamede Gotovina'yı bu sıfatla Fırtına Operasyonu kapsamında Krajina bölgesinin güney kısmına gönderilen tüm Hırvat kuvvetlerinin meşru ve fiili kumanda ve kontrolünü elinde tuttuğunu öne sürüyorlardı.