Бранкович не коментира причините за своето решение, но в края на март прокуратурата започна разследване срещу него по обвинения в злоупотреба с власт и незаконно присвояване на средства при придобиването на луксозен апартамент в Сараево. (Фена, БХРТ, Онаса, Дневни Аваз, Пинком, БХРТ - 26/05/09)
Brankoviç istifa kararının nedenleri konusunda yorum yapmamakla birlikte, Mart ayı sonlarında savcılar Saraybosna'da lüks bir apartman dairesi satın alınmasıyla ilgili olarak kendisi hakkında görevi kötüye kullanma ve zimmete para geçirme soruşturması başlatmışlardı. (Fena, BHRT, Onasa, Dnevni avaz, Pincom, BHRT - 26/05/09)