Той е обвинен по пет пункта в престъпления срещу човечеството и три пункта в нарушение на законите или обичаите за водене на война за преследване, убийства, заграбване на имущество, депортиране, безогледно разрушаване на градове и села, както и за други нечовешки действия, за които се предполага ,че са били извършени от него или под негово командване и контрол от силите по време на операцията с кодово название "Буря".
Gotovina, kendisi ile emir ve komutası altındaki kuvvetlerin "Fırtına" harekatı sırasında işlediği iddia edilen zulüm, cinayet, yağma, sınır dışı etme, il, ilçe ve kasabaların nedensizce yıkıma uğratılması ve diğer insanlık dışı eylemler nedeniyle beş adet insanlığa karşı suç ve üç adet savaş yasaları veya adetlerinin ihlaliyle itham ediliyor.