Ръководният й орган е Съветът на външните министри (Адриатическо-йонийски съвет), чийто дневен ред се изготвя на периодични срещи на националните координатори.
Girişimin karar alma organı olan Dışişleri Bakanları Konseyinin (Adriyatik-İyon Konseyi) gündemi ulusal koordinatörlerin düzenli toplantıları sırasında belirleniyor.