Турция е недоволна и от това, че е изключена от командването и контролните структури на операциите, водени от ЕС, които се провеждат в рамките на сътрудничеството между НАТО и ЕС, въпреки нейния значителен принос.
Türkiye, yaptığı bunca önemli katkıya rağmen NATO-AB işbirliği çerçevesinde gerçekleştirilen AB liderliğindeki operasyonlarda komuta ve kontrol yapılarından dışlanmasına da kızdı.