До 1998 г. отношенията бяха помрачени от факта, че Сирия предоставяше убежище на лидера на ПКК Абдула Йоджалан.
Kürt milliyetçiliği ve bölücü şiddet tehdidi, 1980'lerin ortalarından beri Türkiye'nin Suriye ile ilişkilerini destekledi. 1998 yılına kadar, ilişkiler Suriye'nin terör örgütü PKK'nın elebaşı Abdullah Öcalan'ı beslemesiyle gölgelenmişti.