Държавният контрол се осигурява чрез една командна верига, тръгваща от Председателството на БиХ, до Министерството на отбраната и след това до началниците на генщабовете и ще стига до командирите на оперативното и поддържащо командване. Единен държавен бюджет за отбраната влезе в сила от 1 януари 2006 г. До юли 2007 г. ще има нов бригаден генерален щаб и до 31 декември 2007 г. реорганизацията ще приключи.
BH Cumhurbaşkanlığı makamından Savunma Bakanlığına, oradan da Ortak Genel Kurmay Başkanlıkları ile Harekat ve Destek Komutanlıklarına uzanan tek bir komuta zinciri oluşturulmuş ve bu zincirde devlet kontrolü esas alınmıştır. 1 ocak 2006’da tek bir devlet savunma bütçesi yürürlüğe koyulmuştur. 1 Temmuz 2007’ye kadar yeni Tugay Karargahı kurulmuş, 31 Aralık 2007’ye kadar ise yeniden yapılanma tamamlanmış olacaktır.