ЦЕИ си сътрудничи с международни организации и институции, като Организацията за икономическо сътрудничество и развитие, Съвета на Европа, ОССЕ, Европейската банка за възстановяване и развитие и Световната банка, както и с различни регионални структури, като Адриатическо-йонийската инициатива, Процесът на Дунавско сътрудничество и Пактът за стабилност.
CEI Ekonomik İşbirliği ve Kalkınma Örgütü, Avrupa Konseyi, AGİT, Avrupa Yeniden Yapılanma ve Kalkınma Bankası ve Dünya Bankası gibi uluslararası örgüt ve kurumlar ve Adriyatik-İyon İnisiyatifi, Tuna İşbirliği Süreci ve İstikrar Paktı gibi farklı bölgesel yapılarla işbirliği yapıyor.