Друга област, в която вече възникват трудности по време на процеса на скрининг е хармонизирането на режима на митниците в Хърватия с acquis communitaire.
Tarama sürecinde karşılaşılan bir diğer sorun ise, Hırvat gümrük rejiminin müktesebat ile uyumlu hale getirilmesi.