Караджич и неговият военновременен военачалник, Ратко Младич, изчезнаха няколко месеца, след като Международният наказателен съд за бивша Югославия (МНСБЮ) издаде през 1995 г. първоначалните си обвинителни актове срещу тях.
Karadziç, savaş zamanındaki ordu komutanı Ratko Mladiç ile birlikte, Eski Yugoslavya Hakkındaki Uluslararası Ceza Mahkemesinin (ICTY) haklarındaki ilk suçlamaları 1995 yılında yayınlamasından birkaç ay sonra ortadan kayboldu.