Зауахири, чиято организация ЕИД според съобщенията се е сляла с "Ал Кайда" през 1998 г., се смята също за един от главните организатори на самоубийствения бомбен атентат срещу американския боен кораб "Коул" край бреговете на Йемен през 2000 г., а също за "мозъка", стоящ зад атентатите от 11 септември в Съединените щати.
Lideri olduğu MİC'nin 1998 yılında El Kaide ile birleştiği söylenen Zevahiri'nin, 2000 yılında Yemen kıyısı açıklarındaki USS Cole'a düzenlenen bombalı intihar saldırısının planlayıcısı ve ABD'de meydana gelen 11 Eylül saldırılarının ardındaki "beyin" olduğuna da inanılıyor.