Недостатъчна степен на независимост от законодателната и изпълнителната власти, неефективно водене на съдебните дела и дълго проточили се процеси, маса неразгледани случаи и необходимост от по-голям професионализъм сред съдии и прокурори - това са някои от предизвикателствата пред македонската съдебна система, която трябва да се хармонизира със стандартите на ЕС като част от усилията на страната за присъединяване към съюза.
Yasama ve yürütmeden yeterince bağımsız hareket edilememesi, yargılama usullerinin yetersizliği, uzun süren mahkemeler, birikmiş davalar, hakim ve savcıların yeterince profesyonel bir tutum sergilememesi Makedon yargı sisteminin karşı karşıya olduğu sorunlardan bazıları ve bu sorunlar, ülkenin AB'ye katılma çabalarının bir parçası olarak AB standartları ile uyumlu hale getirilmek zorunda.