Стамболич изчезна, когато е тичал сутринта в белградски парк на 25 август 2000 г., само няколко седмици преди президентските избори, на които той щеше да участва срещу Милошевич - бивш съюзник, превърнал се в негов враг.
Stamboliç, sonradan hasmı olan eski yandaşı Miloşeviç'e karşı yarışmasının beklendiği cumhurbaşkanlığı seçimlerinden yalnızca birkaç hafta önce, 25 Ağustos 2000 tarihinde sabah koşusunu yaparken ortadan kaybolmuştu.