Като бивш командир от Армията за освобождение на Косово Чеку се е бил срещу хърватската армия по време на разпадането на бивша Югославия през 90-те години.
Një ish komandant i Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, Çeku luftoi gjithashtu me ushtrinë kroate gjatë shpërbërjes së ish Jugosllavisë gjatë viteve 1990.