Друга област, в която вече възникват трудности по време на процеса на скрининг е хармонизирането на режима на митниците в Хърватия с acquis communitaire.
Një tjetër fushë ku kanë dalë tashmë vështirësitë gjatë procesit të shqyrtimit është ajo e harmonizimit të regjimit doganor të Kroacisë me acquis communitaire.