Някои смятат, че протоколът би понижил позицията на босненската прокуратура, като я направи всъщност клон на сръбската прокуратура.
Disa mendojnë se protokolli mund t'i vendosë prokurorët e BiH-së në një pozitë inferiore, duke i bërë ata -- efektivisht -- një degë të zyrës së prokurorisë serbe.