Милутинович, заедно с четирима други висши ръководители от бивша Югославия, включително Слободан Милошевич, беше обвинен за варварствата, извършени по време на конфликта в Косово през 1998-1999 г.
Milutinoviç, së bashku me katër ish-zyrtarë të tjerë të lartë jugosllavë, përfshirë Sllobodan Millosheviç, u padit për mizori që dyshohet se janë kryer gjatë konfliktit të viteve 1998-1999 në Kosovë.