От февруари до април 1992 г. Готовина е заместник-командир на Специалната част на главния щаб на хърватската армия, след което получава шестмесечно назначение в Съвета по отбраната на Хърватия.
Nga shkurti në prill të vitit 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë speciale të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, pastaj mori për gjashtë muaj një emërim në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.