Когато през 1998 г. избухва въоръженият конфликт със Сърбия, Ругова е държан настрана от бунтовническата Армия за освобождение на Косово, тъй като много етнически албанци смятат, че той е прекалено пасивен.
Kur filloi konfikti i armatosur me Serbinë në 1998, Rugova u mënjanua nga rebelët e Ushtrisë Çlirimtare të Kosovës, sepse shumë nga shqiptarët etnikë e quajtën qëndrimin e Rrugovës tepër pasiv.