Ръководният й орган е Съветът на външните министри (Адриатическо-йонийски съвет), чийто дневен ред се изготвя на периодични срещи на националните координатори.
Organizmi i saj vendim-marrës është këshilli i ministrave të jashtëm (Këshilli Adriatik-Ionian) axhenda e të cilit është përgatitur nga takimet periodike të koordinatorëve kombëtarë.