От февруари до април 1992 г. Готовина е заместник-командир на специалното подразделение на Генералния щаб на Хърватската армия, а след това приема шестмесечно назначение в хърватския Съвет по отбрана.
Nga shkurti në prill të 1992, Gotovina ishte nënkomandant i njësisë së posaçme të shtabit kryesor të ushtrisë kroate, duke marrë pas kësaj një detyrë gjashtë mujore në Këshillin Kroat të Mbrojtjes.