Турция е недоволна и от това, че е изключена от командването и контролните структури на операциите, водени от ЕС, които се провеждат в рамките на сътрудничеството между НАТО и ЕС, въпреки нейния значителен принос.
Turqia është gjithashtu e zhgënjyer rreth të qënit e përjashtuar nga komanda dhe kontrolli i strukturave në operacionet e kryesuara nga BE që bëhen në kuadrin e bashkëpunimit NATO-BE, edhe pse ka dhënë një kontribut të rëndësishëm.