Турската влиятелна и силно светски настроена армия, която е подозрителна към свързаната с ислямизма ПСР още от идването й на власт през 2003 г., отрича всякаква връзка с „Ергенекон” и сътрудничи на разследването.
Ushtria e fuqishme dhe e vendosur laike e Turqisë që ka qenë dyshuese ndaj AKP me rrënjë islamike që kur ajo erdhi në pushtet më 2003, ka mohuar çdo lidhje me Ergenekon dhe ka bashkëpunuar me hetimin.