Двете страни обаче не успяха да изгладят различията си относно плановете на САЩ за противоракетна отбрана и бъдещето на Косово.
Bashkimi pezulloi bisedimet mbi një marrëveshje stabilizimi dhe shoqërimi me Beogradin në maj 2006, pasi autoritetet serbe dështuan të arrestojnë dhe ekstradojnë ish komandantin serb boshnjak Ratko Mlladiç në Hagë, siç ishte premtuar.