По силата на военната реформа, въведена през 2003 г., БиХ има едно МО на общодържавно ниво и по едно за всяка от автономните области - РС и федерацията БиХ (ФБиХ).
Sipas reformës së mbrojtjes të vitit 2003, BiH ka një ministri të mbrojtjes në nivel shtetëror dhe nga një për çdo dy njësitë e BiH, RS dhe Federatën e BiH (FBiH).