ЦЕИ си сътрудничи с международни организации и институции, като Организацията за икономическо сътрудничество и развитие, Съвета на Европа, ОССЕ, Европейската банка за възстановяване и развитие и Световната банка, както и с различни регионални структури, като Адриатическо-йонийската инициатива, Процесът на Дунавско сътрудничество и Пактът за стабилност.
CEI bashkëpunon me organizata dhe institucione ndërkombëtare të tilla si Organizata për Bashkëpunimin Ekonomik dhe Zhvillimin, Këshilli i Evropës, OSBE, Banka Evropiane për Rindërtimin e Zhvillimin dhe Banka Botërore si dhe me struktura të ndryshme rajonale si Nisma Adriatiko-Ioniane, Procesi i Bashkëpunimit i Danubit dhe Pakti i Stabilitetit.