Друга област, в която вече възникват трудности по време на процеса на скрининг е хармонизирането на режима на митниците в Хърватия с acquis communitaire.
Un alt domeniu în care au apărut dificultăţi în timpul procesului de evaluare este cel al armonizării regimului vamal al Croaţiei cu acquis-ul comunitar.