Той се укрива от юни 2001 г., малко след като Международния наказатален трибунал за бивша Югославия (МНТБЮ) го обвини за участие в жестокостите срещу сърби от Крайна в края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Gotovina s-a ascuns din iunie 2001, la scurt timp după ce Tribunalul Penal Internaţional pentru fosta Iugoslavie (TPII) l-a inculpat pentru presupusa sa implicare în atrocităţile comise împotriva sârbilor din Krajina la finalul conflictului din 1991-1995 din Croaţia.