Провеждането на разследването срещу "Ергенекон", при което някои заподозрени бяха задържани без наличие на достатъчно доказателства, както и продължителния им престой в затвора преди процеса, бяха широко критикувани от светските и националистическите медии.
Modul în care s-a derulat ancheta privitoare la Ergenekon, în cadrul căreia suspecţii au fost reţinuţi înaintea prezentării unor dovezi clare şi au fost închişi în închisoare cu mult timp înainte de proces, a fost puternic criticată de presa seculară şi naţionalistă.