Той се присъединява към Корпуса на националната гвардия като началник на операциите и обучението на Първа бригада. От февруари до април 1992 г.
S-a alăturat Gărzii Naţionale, în calitate de şef de operaţiuni şi ca instructor al Brigadei I. Din februarie până în aprilie 1992, Gotovina a fost comandant adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, după care a preluat o misiune de şase luni în cadrul Consiliului de Apărare Croat.