Международният наказателен трибунал за бивша Югославия (МНТБЮ) повдигна обвинение срещу Харадинай по 37 пункта за престъпления срещу човечеството и нарушения на законите и обичаите за водене на война, обвинявайки го в преследване, убийство, изнасилване и други зверства, извършени по време на конфликта от 1998-1999 г. в Косово.
Tribunalul Penal Internaţional pentru Fosta Iugoslavie (ICTY) l-a inculpat pe Haradinaj în baza a 37 de capete de acuzare privitoare la crime împotriva umanităţii şi încălcarea legilor sau cutumelor de război, acuzându-l de complicitate la persecuţie, ucidere, viol şi alte atrocităţi comise în cursul conflictului din 1998-1999 din Kosovo.