Зауахири, чиято организация ЕИД според съобщенията се е сляла с "Ал Кайда" през 1998 г., се смята също за един от главните организатори на самоубийствения бомбен атентат срещу американския боен кораб "Коул" край бреговете на Йемен през 2000 г., а също за "мозъка", стоящ зад атентатите от 11 септември в Съединените щати.
Zawahiri, a cărui grupare, EIJ, se pare că a fuzionat cu al-Qaeda în 1998, este suspectat de asemenea că ar fi fost unul din organizatorii atacului sinucigaş asupra USS Cole în largul coastei Yemenului, în 2000, şi unul din "creierele" din spatele atacurilor din 11 septembrie asupra Statelor Unite.