Напредъкът на политическите и икономическите реформи бе забавен също и от войната в Косово през 1999 г., по време на която Македония прие стотици хиляди косовски албански бежанци.
Progresul reformelor politice şi economice a fost de asemenea încetinit de războiul din Kosovo din 1999, în timpul căruia Macedonia a acceptat sute de mii de refugiaţi albanezi kosovari.