От февруари до април 1992 г. Готовина е заместник-командир на Специалната част на главния щаб на хърватската армия, след което получава шестмесечно назначение в Съвета по отбраната на Хърватия.
Între februarie şi aprilie 1992, Gotovina a fost comandantul adjunct al Unităţii Speciale a Statului Major al Armatei Croate, fiind ulterior membru al Consiliului Croat de Apărare timp de şase luni.