Групата „Ергенекон” според обвиненията е имала връзки с други терористични групи като марксистко-ленинистката ПКК и ислямистката турска „Хизбула”.
Ergenekon se presupune că avea legături şi cu alte grupări teroriste, cum ar fi gruparea marxist-leninistă PKK şi gruparea turco-islamistă Hezbollah.