Когато през 1998 г. избухва въоръженият конфликт със Сърбия, Ругова е държан настрана от бунтовническата Армия за освобождение на Косово, тъй като много етнически албанци смятат, че той е прекалено пасивен.
În 1998, când a izbucnit conflictul armat cu Serbia, Rugova a fost marginalizat de Armata rebelă de Eliberare a Kosovo, întrucât mulţi etnici albanezi îl considerau prea paşnic.