Караджич и неговият военновременен военачалник, Ратко Младич, изчезнаха няколко месеца, след като Международният наказателен съд за бивша Югославия (МНСБЮ) издаде през 1995 г. първоначалните си обвинителни актове срещу тях.
Karadzic, împreună cu comandantul său militar din timpul războiului, Ratko Mladic, a dispărut la câteva luni după ce, în 1995, Tribunalul Penal Internaţional pentru Fosta Iugoslavie (ICTY) a emis actele iniţiale de inculpare împotriva acestora.