Напредъкът на политическите и икономическите реформи бе забавен също и от войната в Косово през 1999 г., по време на която Македония прие стотици хиляди косовски албански бежанци.
The progress of political and economic reforms was also slowed by the 1999 Kosovo war, during which Macedonia took in hundreds of thousands of Kosovo Albanian refugees.