Отношенията му с йерархията на Католическата църква са постоянно напрегнати, тъй като той критикува намесата им в политиката, а те го критикуват, че не защитава националните интереси.
Mesic's relations with the Catholic Church's hierarchy were under constant tension, as he criticized their involvement in politics and they criticized him claiming he is not protecting national interests.