От февруари до април 1992 г. Готовина е заместник-командир на специалното подразделение на Генералния щаб на Хърватската армия, а след това приема шестмесечно назначение в хърватския Съвет по отбрана.
From February to April 1992, Gotovina was deputy commander of the Special Unit of the Croatian Army Main Staff, afterwards taking on a six-month assignment with the Croatian Defence Council.