Зауахири, чиято организация ЕИД според съобщенията се е сляла с "Ал Кайда" през 1998 г., се смята също за един от главните организатори на самоубийствения бомбен атентат срещу американския боен кораб "Коул" край бреговете на Йемен през 2000 г., а също за "мозъка", стоящ зад атентатите от 11 септември в Съединените щати.
Zawahiri, whose EIJ is said to have merged with al-Qaeda in 1998, is also believed to have been one of the masterminds of the suicide bombing of the USS Cole off the coast of Yemen in 2000, and the "brains" behind the September 11th attacks on the United States.