Назначен на длъжността от Слободан Милошевич, Павкович командваше сръбските въоръжени сили в периода 1998-1999 г., по време на конфликта в Косово и остана на поста до края на юни 2000 г.
Διορισθείς από το Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, ο Πάβκοβιτς ηγήθηκε των σερβικών δυνάμεων κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων την περίοδο 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο και διατήρησε τη θέση του ως αρχηγός του στρατού έως τα τέλη Ιουλίου του 2002.