Турската влиятелна и силно светски настроена армия, която е подозрителна към свързаната с ислямизма ПСР още от идването й на власт през 2003 г., отрича всякаква връзка с „Ергенекон” и сътрудничи на разследването.
Ο ισχυρός και πιστά κοσμικός στρατιωτικός, που είναι ύποπτος του ισλαμικού παγιωμένου AKP από τότε που ήρθε στην εξουσία το 2003, έχει αρνηθεί οποιαδήποτε σύνδεση με την Εργκένεκον και έχει συνεργαστεί με την έρευνα.