Готовина, който оглавява списъка на най-издирваните от Трибунала на ООН обвиняеми заедно с военновременните лидери на босненските сърби Радован Караджич и Ратко Младич, бе обвинен през юни 2001 г.
Ο Γκοτόβινα, ο οποίος μαζί με τους Σερβοβόσνιους ηγέτες εν καιρώ πολέμου Ράντοβαν Κάραζιτς και Ράτκο Μλάντιτς αποτελούν τους σημαντικότερους καταζητούμενους του δικαστηρίου του ΟΗΕ, παραπέμφθηκε τον Ιούνιο του 2001.