ЦЕИ си сътрудничи с международни организации и институции, като Организацията за икономическо сътрудничество и развитие, Съвета на Европа, ОССЕ, Европейската банка за възстановяване и развитие и Световната банка, както и с различни регионални структури, като Адриатическо-йонийската инициатива, Процесът на Дунавско сътрудничество и Пактът за стабилност.
Η CEI συνεργάζεται με διεθνείς οργανισμούς και ιδρύματα όπως ο Οργανισμός Οικονομικής Συνεργασίας και Ανάπτυξης, του Συμβουλίου της Ευρώπης, ο ΟΑΣΕ, η Ευρωπαϊκή Τράπεζα Ανασυγκρότησης και Ανάπτυξης και η Παγκόσμια Τράπεζα, καθώς επίσης διάφορες περιφερειακές δομές, όπως η Πρωτοβουλία Αδριατικής-Ιονίου, η Διαδικασία Συνεργασίας Δούναβη και το Σύμφωνο Σταθερότητας.