Кларк командваше силите на НАТО по време на 78-дневната операция на Алианса през 1999 г., сложила край на кампанията за етническо прочистване в Косово, провеждана от режима на Милошевич.
Ο Κλαρκ διοίκησε τις δυνάμεις του ΝΑΤΟ κατά τη διάρκεια της Συμμαχικής αποστολής 78 ημερών το 1999, η οποία έδωσε τέλος στην εκστρατεία του καθεστώτος Μιλόσεβιτς για εθνική κάθαρση στο Κοσσυφοπέδιο.