Зауахири, чиято организация ЕИД според съобщенията се е сляла с "Ал Кайда" през 1998 г., се смята също за един от главните организатори на самоубийствения бомбен атентат срещу американския боен кораб "Коул" край бреговете на Йемен през 2000 г., а също за "мозъка", стоящ зад атентатите от 11 септември в Съединените щати.
Ο Ζαουαχίρι, του οποίου η οργάνωση EIJ λέγεται ότι έχει συγχωνευτεί με την αλ-Κάιντα, θεωρείται ότι είναι ένας από τους εγκεφάλους της βομβιστικής επίθεσης αυτοκτονίας του USS Cole στα ανοικτά της Υεμένης το 2000, και ο "εγκέφαλος" πίσω από την επίθεση στις 11 Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες.