През март 1996 г. Туджман, който по онова време е президент на Хърватия, назначава Готовина за началник на Инспектората на хърватската армия.
Το Μάρτη του 1996, ο Τούντιμαν, ο οποίος εκείνη την εποχή διατελούσε πρόεδρος της Κροατίας, διόρισε τον Γκοτόβινα επικεφαλής της Επιθεώρησης του Κροατικού Στρατού.