Когато през 1998 г. избухва въоръженият конфликт със Сърбия, Ругова е държан настрана от бунтовническата Армия за освобождение на Косово, тъй като много етнически албанци смятат, че той е прекалено пасивен.
Όταν ξέσπασε η ένοπλη σύγκρουση με τη Σερβία το 1998, ο Ρουγκόβα εκτοπίστηκε από τον επαναστατικό Απελευθερωτικό Στρατό του Κοσσυφοπεδίου, καθώς αρκετοί Αλβανοί τον θεώρησαν πολύ παθητικό.