В това си качество, той и де юре и де факто е командвал и контролирал всички хърватски сили на операция "Буря" в южната част на района на Крайна, твърдят прокурорите на ООН в коригираното обвинение срещу Готовина, публикувано през март 2004 г..
Ως διοικητής, είχε νόμιμη και ντε φάκτο διοίκηση και έλεγχο όλων των Κροατικών δυνάμεων που είχαν αναπτυχθεί στο πλαίσιο της Επιχείρησης Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής Κράινα, όπως ισχυρίστηκαν εισαγγελείς του ΟΗΕ σε τροποποιημένο κατηγορητήριο εναντίον του Γκοτόβινα, το οποίο γνωστοποιήθηκε το Μάρτη του 2004.