Караджич, който упражнява както формално, така и де факто власт и контрол върху босненските сръбски сили и всички власти и СДП, също е обвинен във връзка с убийствата през юли 1995 г. на 8000 босненски мюсюлмани - мъже и момчета, заловени в няколко различни места в и около определената от ООН за "безопасна зона" Сребреница.
Ο Κάρατζιτς, ο οποίος ασκούσε τυπική και ουσιαστική εξουσία και έλεγχο στις δυνάμεις των βοσνιοσέρβων και το ΣΔΚ και τις κυβερνητικές αρχές, προσάγεται σε δίκη σε σχέση με το θάνατο, τον Ιούλιο 1995, μέχρι 8.000 βοσνιομουσουλμάνων ανδρών και αγοριών που συνελήφθησαν σε διαφορετικές τοποθεσίες εντός και γύρω από την χαρακτηρισθείσα από τα ΗΕ «ασφαλή περιοχή» της Σρεμπρένιτσα.