Друга област, в която вече възникват трудности по време на процеса на скрининг е хармонизирането на режима на митниците в Хърватия с acquis communitaire.
Ένας άλλος τομέας όπου ήδη ενέκυψαν δυσκολίες κατά τη διαδικασία ελέγχου αφορά στην εναρμόνιση του τελωνειακού καθεστώτος της Κροατίας με το κοινοτικό κεκτημένο.