Те имат спор и по морската си граница в залива Пиран, както и по редица други въпроси, като правата на малцинствата и задълженията към хърватските клиенти на "Любляна Банк".
Οι δυο χώρες διαφωνούν επίσης για τα χωρικά ύδατα στον Κόλπο Πιράν, καθώς επίσης αρκετά άλλα ζητήματα όπως τα μειονοτικά δικαιώματα και τα χρέη που οφείλονται σε Κροάτες πελάτες της Τράπεζας Λιουμπλιάνα.