Югоизточна Европа бе и място за вербуване на членове на "Ал Кайда", като групировката се стремеше да използва религиозните разделения, предизвикали балканските конфликти през 90-те години.
Επίσης, η νοτιοανατολική Ευρώπη έχει φιλοξενήσει δραστηριότητες στρατολόγησης της αλ-Κάιντα, με την οργάνωση να επιδιώκει εκμετάλλευση των θρησκευτικών διχασμών που προκάλεσαν τις συγκρούσεις των Βαλκανίων τη δεκαετία του 1990.