Решението на обвинението да обедини трите отделни обвинителни акта, свързани с конфликтите в БиХ, Хърватия и Косово и съдържащи общо 66 обвинения в един процес, бе определено като една от главните причини за прекалено дългия процес.
Η απόφαση της εισαγγελέως να συνεξετάσει τρία διαφορετικά κατηγορητήρια κατά του Μιλόσεβιτς σε σχέση με τον πόλεμο στη Βοσνία & Ερζεγοβίνη, την Κροατία και το Κόσσοβο, που περιελάμβαναν 66 συνολικά κατηγορίες σε μία δίκη αναφέρθηκε ως ένας από τους σημαντικότερους λόγους για την υπερβολική διάρκεια της δίκης.