Милутинович, заедно с четирима други висши ръководители от бивша Югославия, включително Слободан Милошевич, беше обвинен за варварствата, извършени по време на конфликта в Косово през 1998-1999 г.
Ο Μιλουτίνοβιτς, μαζί με άλλους τέσσερις πρώην κορυφαίους γιουγκοσλάβους αξιωματούχους, συμπεριλαμβανομένου του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, παραπέμφθηκε για φρικαλεότητες που φέρεται να διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της διαμάχης του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.