Някои смятат, че протоколът би понижил позицията на босненската прокуратура, като я направи всъщност клон на сръбската прокуратура.
Μερικοί αισθάνονται πως το Πρωτόκολλο θα μπορούσε να θέσει τους εισαγγελείς της Β-Ε σε μειονεκτική θέση, καθιστώντας τους -- στην πραγματικότητα -- παράρτημα της εισαγγελίας της Σερβίας.