Един от най-парливите въпроси в дневния ред на срещата в Лисабон е планът за създаване на система за противоракетна отбрана, която да защити страните членки на Алианса от потенциални заплахи.
Ένα από τα πλέον ακανθώδη θέματα στην ατζέντα της Λισαβόνας είναι το σχέδιο ανάπτυξης συστήματος πυραυλικής προστασίας για την προστασία όλων των χωρών της Συμμαχίας από πιθανές απειλές.