Споровете по редица въпроси, включително определянето на националното въздушно пространство и на границите на териториалните води в Егейско море, както и разделеният остров Кипър, са някои от проблемите, по които има най-големи разногласия.
Διαφωνία σχετικά με αρκετά ζητήματα, όπως η οριοθέτηση του εθνικού εναέριου χώρου και των χωρικών υδάτων στο Αιγαίο, καθώς επίσης η διχοτομημένη Κύπρος είναι μεταξύ των πιο επίμαχων προβλημάτων.