Отношенията му с йерархията на Католическата църква са постоянно напрегнати, тъй като той критикува намесата им в политиката, а те го критикуват, че не защитава националните интереси.
Οι σχέσεις του Μέσιτς με την ιεραρχία της Καθολικής Εκκλησίας ήσαν πάντα υπό συνεχή ένταση αφού ο Μέσιτς επέκρινε την συμμετοχή της εκκλησίας στα πολιτικά και η εκκλησία τον επέκρινε ισχυριζόμενη ότι δεν προστατεύει τα εθνικά συμφέροντα.