Недостатъчна степен на независимост от законодателната и изпълнителната власти, неефективно водене на съдебните дела и дълго проточили се процеси, маса неразгледани случаи и необходимост от по-голям професионализъм сред съдии и прокурори - това са някои от предизвикателствата пред македонската съдебна система, която трябва да се хармонизира със стандартите на ЕС като част от усилията на страната за присъединяване към съюза.
Ανεπαρκής ανεξαρτησία από τη νομοθετική και εκτελεστική εξουσία, αναποτελεσματικές δικαστικές διαδικασίες και αναβολές δικών, καθυστερημένες υποθέσεις και η ανάγκη για περισσότερο επαγγελματισμό μεταξύ των δικαστών και των εισαγγελέων είναι μερικές από τις προκλήσεις που αντιμετωπίζουν τα δικαστήρια της πΓΔΜ, που πρέπει να εναρμονιστούν στα πρότυπα της ΕΕ ως μέρος των ενταξιακών προσπαθειών της χώρας.