Провеждането на разследването срещу "Ергенекон", при което някои заподозрени бяха задържани без наличие на достатъчно доказателства, както и продължителния им престой в затвора преди процеса, бяха широко критикувани от светските и националистическите медии.
Η έρευνα εναντίον της Εργκένεκον, η οποία περιελάμβανε προσωποκράτηση υπόπτων πριν την παρουσίαση σαφών στοιχείων, καθώς επίσης παρατεταμένη φυλάκιση πριν τη διενέργεια δίκης, επικρίθηκε εντονότατα από κοσμικά και εθνικιστικά ΜΜΕ.