Милутинович бе обвинен заедно с Милошевич и трима други бивши сръбски висши длъжностни лица като участник в общото престъпно начинание за изгонването на значителна част от албанското население от Косово, за да бъде постигнат постоянен сръбски контрол над провинцията.
Ο Μιλουτίνοβιτς παραπέμφθηκε μαζί με το Μιλόσεβιτς και τρεις άλλους πρώην κορυφαίους αξιωματούχους της Σερβίας ως μέλος της κοινής εγκληματικής επιχείρησης για την εκδίωξη σημαντικού μέρους του αλβανικού πληθυσμού από το Κοσσυφοπέδιο, ώστε να διασφαλιστεί η συνέχιση της σερβικής κυριαρχίας στην επαρχία.