МНТБЮ отправи официално обвинения срещу Готовина през 2001 г. за участие в жестокости, извършени срещу сърбите от Крайна в края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Το ICTY επισημοποίησε τις κατηγορίες εναντίον του Γκοτοβίνα το 2001, όταν διώχθηκε ποινικά για φερόμενη συμμετοχή του σε αγριότητες που διεπράχθησαν εναντίον Σέρβων της Κράινα, στα τέλη της σύγκρουσης του 1991-1995 στην Κροατία.