По силата на военната реформа, въведена през 2003 г., БиХ има едно МО на общодържавно ниво и по едно за всяка от автономните области - РС и федерацията БиХ (ФБиХ).
Στο πλαίσιο της αμυντικής μεταρρύθμισης του 2003, η Β-Ε διαθέτει ένα υπουργείο Άμυνας κρατικού επιπέδου και ένα για κάθε μια από τις δυο οντότητες της Β-Ε -- RS και Ομοσπονδία της Β-Ε (FBiH).