Критиците твърдят, че тъй като няколко босненски граждани са разследвани по заповед на сръбската прокуратура, процесите биха могли да застрашат помирението в региона.
Οι επικριτές του πρωτοκόλλου υποστηρίζουν ότι επειδή αρκετοί πολίτες της Β-Ε βρίσκονται υπό έρευνα σύμφωνα με εντολές που έχουν εκδοθεί από τη σερβική υπηρεσία, οι διαδικασίες ενδέχεται να θέσουν σε κίνδυνο τη συμφιλίωση στην περιοχή.