През март 1996 г. Туджман, който по това време е президент на Хърватия, назначава Готовина за началник на Инспектората на Хърватската армия.
Τον Μάρτιο του 1966, ο Τούντζμαν, που ήταν ο πρώτος πρόεδρος της Κροατίας τότε, διόρισε τον Γκοτόβινα αρχηγό της Επιθεώρησης του κροατικού στρατού.