Войските се координират от главнокомандващия съюзническите сили в Югоизточна Европа, който е командващият обединените сили в щаб-квартирата на НАТО, отговарящ за балканските операции.
Ο συντονισμός των δυνάμεων γίνεται από τον Γενικό Διοικητή των Συμμαχικών Δυνάμεων Νοτίου Ευρώπης, ο οποίος είναι ο Διοικητής των Ενιαίων Δυνάμεων του αρχηγείου του ΝΑΤΟ, το οποίο έχει την ευθύνη των Βαλκανικών Επιχειρήσεων. Ο ναύαρχος του αμερικανικού ναυτικού Γκρέγορι Τζ.