Ръководният й орган е Съветът на външните министри (Адриатическо-йонийски съвет), чийто дневен ред се изготвя на периодични срещи на националните координатори.
Το σώμα λήψης αποφάσεων είναι το Συμβούλιο υπουργών Εξωτερικών (Συμβούλιο Αδριατικής-Ιονίου), η ημερήσια διάταξη του οποίου προετοιμάζεται σε περιοδικές συνεδριάσεις των εθνικών συντονιστών.