Четирдесет и деветгодишният Готовина изчезна през юни 2001 г. скоро след като МНТБЮ го обвини във връзка с предполагаемата му роля при военни престъпления, извършени от военнослужещи под негово командване към края на конфликта от 1991-1995 г. в Хърватия.
Ο Γκοτοβίνα, 49 ετών, εξαφανίστηκε τον Ιούνιο του 2001, λίγο μετά τη δίωξή του από το ICTY για το φερόμενο ρόλο του σε εγκλήματα πολέμου τα οποία διέπραξαν τα στρατεύματα της διοίκησής του στα τέλη της σύγκρουσης του 1991-1995 στην Κροατία.