Въпреки всичко някои НПО, в т. ч. семейства на изчезналите, разглеждат създаването на института за изчезналите лица като продължение на политиката на БиХ, основана на разпределение на етнически принцип.
Ωστόσο, κάποιοι ΜΚΟ, καθώς και οικογένειες των αγνοουμένων, θεωρούν τη δημιουργία του ενιαίου ιδρύματος αγνοουμένων προέκταση της εθνικιστικής πολιτικής της Β-Ε.