Турция е недоволна и от това, че е изключена от командването и контролните структури на операциите, водени от ЕС, които се провеждат в рамките на сътрудничеството между НАТО и ЕС, въпреки нейния значителен принос.
Η Τουρκία έχει επίσης απογοητευθεί από το γεγονός ότι εξαιρέθηκε από τη διοίκηση και τις ελεγκτικές δομές των επιχειρήσεων που ηγείται η ΕΕ, οι οποίες λαμβάνουν χώρα στο πλαίσιο συνεργασίας μεταξύ ΝΑΤΟ και ΕΕ, αν και έχει πραγματοποιήσει σημαντικές συμβολές.