Граничният спор, който продължава, откакто двете страни обявиха независимост от бивша Югославия през 1991 г., периодично влияе върху отношенията между Загреб и Любляна.
Παρατεταμένη συνοριακή διαφωνία από τη διακήρυξη ανεξαρτησίας των δυο εθνών από την πρώην Γιουγκοσλαβία το 1991 έχει πλήξει περιοδικά τους δεσμούς μεταξύ Ζάγκρεμπ και Λιουμπλιάνα.