Освен че се занимава с въпроси, специфични за отделните държави, програмата IPA е съсредоточена също и върху трансграничното сътрудничество.
Πέρα από κάποια ζητήματα συγκεκριμένα για κάθε χώρα, το πρόγραμμα ΙΡΑ επικεντρώνεται επίσης στη διασυνοριακή συνεργασία.