В същото време по такива основни въпроси, като издирването на заподозрени във военни престъпления лица, ЕУФОР ще работи в тясно сътрудничество с НАТО, която ще поддържа присъствие в намален състав в БиХ след края на мандата на СФОР.
Εν τω μεταξύ, σε ότι έχει να κάνει με σημαντικά ζητήματα όπως η καταδίωξη φερόμενων εγκληματιών πολέμου, η EUFOR θα έχει στενή συνεργασία με το ΝΑΤΟ, το οποίο θα διατηρήσει μειωμένη παρουσία στην Β-Ε μετά τη λήξη της θητείας της SFOR.