Από το Φεβρουάριο μέχρι τον Απρίλη του 1992, ο Γκοτόβινα διατελούσε υποδιοικητής της Ειδικής Μονάδας του Βασικού Επιτελείου Στρατού της Κροατίας, ενώ στη συνέχεια ανέλαβε εξάμηνη αποστολή στο Αμυντικό Συμβούλιο της Κροατίας.
From February to April 1992, Gotovina was deputy commander of the Special Unit of the Croatian Army Main Staff, afterwards taking on a six-month assignment with the Croatian Defence Council.