Ο Στάμπολιτς εξαφανίσθηκε ενώ έκανε το πρωινό του τζόκιν σε πάρκο του Βελιγραδίου στις 25 Αυγούστου του 2000, λίγες εβδομάδες πριν τις προεδρικές εκλογές, στις οποίες αναμενόταν να υπερνικήσει του Μιλόσεβιτς, αλλά ο πρώην σύμμαχος αποδείχτηκε εχθρός.
Stambolic disappeared while taking his morning jog in a Belgrade park on 25 August 2000, only weeks before presidential elections in which he was expected to run against Milosevic, a former ally turned foe.