Ο Τζίντζιτς δολοφονήθηκε στις 12 Μαρτίου 2003, ακριβώς έξω από το κτίριο της Σερβικής κυβέρνησης, την ώρα που κατευθυνόταν σε συνάντηση με την τότε υπουργό Εξωτερικών της Σουηδίας Άνα Λιντ.
Djindjic was gunned down on 12 March 2003, just outside the Serbian government building, where he was headed for a meeting with then-Swedish Foreign Minister Anna Lindh.