Ο Ζουπλιάνιν, σύμφωνα με τους εισαγγελείς του ΟΗΕ, συμμετείχε σε κοινή εγκληματική επιχείρηση, με στόχο "την εξάλειψη και μόνιμη απομάκρυνση, με βία ή άλλα μέσα, των Βοσνίων Μουσουλμάνων και των Βοσνίων Κροατών από την επικράτεια" της αυτο-ανακηρυσσόμενης Αυτόνομης Περιοχής της Κράινα.
Zupljanin, UN prosecutors alleged, participated in a joint criminal enterprise, the objective of which was "to eliminate and permanently remove, by force or other means, Bosnian Muslims and Bosnian Croats from the territory" of the self-proclaimed Autonomous Region of Krajina.