Οι επικριτές του πρωτοκόλλου υποστηρίζουν ότι επειδή αρκετοί πολίτες της Β-Ε βρίσκονται υπό έρευνα σύμφωνα με εντολές που έχουν εκδοθεί από τη σερβική υπηρεσία, οι διαδικασίες ενδέχεται να θέσουν σε κίνδυνο τη συμφιλίωση στην περιοχή.
Critics argue that because several BiH citizens are under investigation under orders of the Serbian office, the proceedings could endanger reconciliation in the region.