Σκοπός της JDS ήταν να συμβάλλει σε αρκετούς αντικειμενικούς στόχους της ICPDR, όπως: η αναγνώριση και επιβεβαίωση συγκεκριμένων εστιών μόλυνσης, η παρακολούθηση των φορέων μόλυνσης όπως ορίζεται στην προτεινόμενη Κατευθυντήρια Οδηγία της ΕΕ για ένα Πλαίσιο για τα Ύδατα, η παροχή ενός φόρουμ για τη συμμετοχή χωρών στις όχθες ή στην κοιλάδα του ποταμού για ασκήσεις λήψης δειγμάτων και μεταξύ τους συγκρίσεων, η διευκόλυνση συγκεκριμένων αναγκών επιμόρφωσης και βελτίωσης των συνθηκών στις χώρες, και προώθηση της αφύπνισης του κόσμου.
The purpose of the JDS was to contribute to several objectives of the ICPDR, including: to identify and confirm specific pollution sources; to screen the pollutants as specified in the proposed EU Water Framework Directive; to provide a forum for riparian/river basin country participation for sampling and inter-comparison exercises; to facilitate specific training needs and improve in-country experience; and to promote public awareness.