Ο Γκοτόβινα αντιμετωπίζει τέσσερις κατηγορίες για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και τρεις κατηγορίες παραβιάσεων κανόνων και ηθών πολέμου σε σχέση με τις επιχειρήσεις του κροατικού στρατεύματος, που έφεραν τον κωδικό «Επιχείρηση Καταιγίδα», για την ανακατάληψη, από τους σέρβους αντάρτες, της περιοχής Κραϊίνα.
Gotovina faces four counts of crimes against humanity and three counts of violations of the laws or customs of war in connection with a Croatian army offensive, codenamed Operation Storm, to retake the Krajina region from Serb rebels.