Ο Ζαουαχίρι, του οποίου η οργάνωση EIJ λέγεται ότι έχει συγχωνευτεί με την αλ-Κάιντα, θεωρείται ότι είναι ένας από τους εγκεφάλους της βομβιστικής επίθεσης αυτοκτονίας του USS Cole στα ανοικτά της Υεμένης το 2000, και ο "εγκέφαλος" πίσω από την επίθεση στις 11 Σεπτεμβρίου στις Ηνωμένες Πολιτείες.
Zawahiri, whose EIJ is said to have merged with al-Qaeda in 1998, is also believed to have been one of the masterminds of the suicide bombing of the USS Cole off the coast of Yemen in 2000, and the "brains" behind the September 11th attacks on the United States.