Υπό το ρόλο αυτό, ασκούσε τον ουσιαστικό ή άλλως έλεγχο και διοίκηση των κροατικών δυνάμεων που μετείχαν στην επιχείρηση Καταιγίδα στο νότιο τμήμα της περιοχής της Κράινα, ισχυρίστηκαν οι εισαγγελείς του δικαστηρίου στην τροποποιημένη κατηγορία κατά του Γκοτόβινα που δημοσιεύτηκε το Μάρτιο του 2004.
In this role, he exercised de facto and de jure command and control over all Croatian forces deployed as part of Operation Storm in the southern portion of the Krajina region, UN prosecutors alleged in an amended indictment against Gotovina made public in March 2004.