Ο Μιλουτίνοβιτς παραπέμφθηκε μαζί με το Μιλόσεβιτς και τρεις άλλους πρώην κορυφαίους αξιωματούχους της Σερβίας ως μέλος της κοινής εγκληματικής επιχείρησης για την εκδίωξη σημαντικού μέρους του αλβανικού πληθυσμού από το Κοσσυφοπέδιο, ώστε να διασφαλιστεί η συνέχιση της σερβικής κυριαρχίας στην επαρχία.
Milutinovic has been indicted alongside Milosevic and three other former top Serb officials as a member of a joint criminal enterprise to expel a substantial portion of the Albanian population from Kosovo, to ensure continued Serbian control over the province.