Ο Μιλουτίνοβιτς, μαζί με άλλους τέσσερις πρώην κορυφαίους γιουγκοσλάβους αξιωματούχους, συμπεριλαμβανομένου του Σλόμπονταν Μιλόσεβιτς, παραπέμφθηκε για φρικαλεότητες που φέρεται να διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της διαμάχης του 1998-1999 στο Κοσσυφοπέδιο.
Milutinovic, along with four other former top Yugoslav officials, including Slobodan Milosevic, was indicted for atrocities allegedly committed during the 1998-1999 conflict in Kosovo.