Ο ΟΑΣΕ έχει συσσωρευμένα χρέη άνω των 10 δισ. ευρώ, αν και εκπρόσωποι του συνδικαλιστικού φορέα ανταπαντούν ένθερμα ότι ο βασικός όγκος του χρέους προκύπτει από τραπεζικό δανεισμό που επιβλήθηκε στον οργανισμό από διαδοχικές κυβερνήσεις, για οποιαδήποτε έργα στο εθνικό σιδηροδρομικό δίκτυο, αντί για άμεση κρατική επιδότηση.
OSE has accumulated debts of more than 10 billion euros, although union representatives have strenuously countered that the bulk of the debt stems from bank lending forced upon the organisation by successive governments for whatever works on the national rail network, instead of direct state funding.