Αναφερόμενες στις θηριωδίες που διαπράχθηκαν μεταξύ 1ης Ιουλίου 1991 και 30ης Νοεμβρίου 1995, οι τροποποιημένες κατηγορίες ισχυρίζονται ότι ο Κάρατζιτς «σχεδίασε, προκάλεσε, διέταξε, διέπραξε ή άλλως βοήθησε και ενθάρρυνε το σχεδιασμό, προετοιμασία ή εκτέλεση της καταστροφής, συνολικά ή έν μέρει, των εθνικών, φυλετικών ή θρησκευτικών ομάδων μουσουλμάνων και κροατών της Βοσνίας» σε πολλούς δήμους μεταξύ των οποίων οι δήμοι: Μπιγελίνα, Μπράτουνατς, Μποσάνσκι Σάματς, Μπίρκο, Ντομπόζ, Φότσα, Ιλίγιας, Κιλτσούκ, Κότορ Βάρος, Νόβι Γκράντ, Πρίγιεντορ, Ρογκατίτσα, Σάνσκι Μοστ, Σρεμπρενίτσα, Βίσεγκραντ, Βλασένιτσα, Ζαβιντόβιτσι και Ζβόρνικ.
Referring to atrocities committed between July 1st 1991 and November 30th 1995, the amended indictment alleges that Karadzic "planned, instigated, ordered, committed or otherwise aided and abetted the planning, preparation or execution of the destruction, in whole or in part, of the Bosnian Muslim and Bosnian Croat national, ethnical, racial or religious groups", in a number of municipalities. Among them were Bijeljina, Bratunac, Bosanski Samac, Brcko, Doboj, Foca, Ilijas, Kljuc, Kotor Varos, Novi Grad, Prijedor, Rogatica, Sanski Most, Srebrenica, Visegrad, Vlasenica, Zavidovici and Zvornik.