
Ученые из США и Японии предложили новую концепцию филогенетического
дерева (дерева жизни), учитывающую данные последних геномных исследований. Результаты
работы опубликованы в журнале Nature Microbiology.
Как пишут исследователи, описание эволюционного родства
организмов значительно продвинулось, когда для него стали использовать не физические
и метаболические характеристики, а генетические исследования, в частности, РНК
малой субъединицы рибосом. По состоянию на сентябрь 2015 года Обобщенная база
данных микробных геномов Объединенного геномного института содержит
наследственную информацию 30 437 видов организмов из всех трех доменов (надцарств):
бактерий, архей и эукариот. Эти данные получены как секвенированием ДНК
отдельных клеток, так и метагеномными исследованиями, при которых генетическая
информация извлекается непосредственно из образцов в окружающей среде, и из
полученных фрагментов ДНК реконструируются целые геномы.
Авторы работы использовали как базы данных генетической
информации, так и 1011 новых геномов, обнаруженных ими в различных природных
образцах. Они выстроили и объединили наборы из 16 рибосомальных белковых последовательностей
каждого организма, что позволило повысить разрешение итогового дерева жизни и
дополнительно защитить его от ошибок. В дерево включили по одному представителю
всех биологических родов, для которых секвенированы высококачественные геномы (всего
3083 организма).
