
Шведские ученые разработали методику, позволяющую выделять
из образца ткани отдельные клетки и анализировать в них экспрессию генов. Результаты
работы опубликованы в журнале Nature Communications.
Сотрудники Каролинского института использовали комбинацию
двух методов: лазерной захватывающей микродиссекции (ЛЗМ, LCM) и полного транскриптомного анализа с
помощью технологии секвенирования РНК Smart-seq2. Принцип ЛЗМ заключается в
том, что с помощью микроскопа в образце ткани выбирают интересующую клетку,
после чего образец накрывают прозрачной пленкой и лазером «приклеивают» к ней
интересующую клетку, не разрушая ее. Smart-seq2 позволяет синтезировать на
основе матричных РНК (мРНК) единственной клетки полноразмерные комплементарные
ДНК (кДНК), которые затем усиливают методом ПЦР и секвенируют.
Сочетание ЛЗМ с анализом транскриптома использовали и ранее,
однако такие методики требовали от 200 до 4000 клеток для получения достаточного
количества РНК для анализа. Однако в ряде случаев необходимо оценить разницу в
экспрессии генов между отдельными схожими клетками в небольшом образце ткани. Применение
Smart-seq2 и нескольких усовершенствований комбинированной методики позволило
ученым с достаточной точностью оценить транскриптом единичных клеток.
В ходе работы исследователи приготовили 12-микрометровые
срезы ткани спинного мозга новорожденных мышат и визуализировали в них
двигательные нейроны специальным красителем. При этом они успешно использовали не
стандартный дорогостоящий набор реактивов, а фиксировали клетки обычным
обезвоженным этанолом. Выделенные с помощью ЛЗМ отдельные клетки подвергали
прямому лизису гипотоническим раствором и без экстракции и очистки РНК,
необходимых для стандартных методик секвенирования, проводили Smart-seq2.
