
Ученые из Федеральной политехнической школы в Лозанне нашли способ существенно увеличить точность чтения ДНК методом протаскивания сквозь нанопору. Выигрыш в точности удалось получить за счет использования особого рода растворителей, в который ДНК движется значительно медленнее, чем в обычной воде. Исследование опубликовано в журнале Nature Nanotechnology, препринт статьи доступен на сайте arXive.org.Секвенирование ДНК протаскиванием через пору происходит следующим образом. Одноцепочечную нуклеиновую кислоту помещают в раствор, разделенный тонкой мембранной на две части. В мембране имеется пора, в которую ДНК попадает за счет того, что к разным частям раствора прикладывается электрическое напряжение (в растворе ДНК заряжена отрицательно и движется к аноду). Проходя через пору разные основания в ДНК по-разному ее закрывают. Из-за этого в цепи по-разному падает сила тока: меняется глубина и время падения напряжения. Наблюдая за этим падением, можно, теоретически, восстановить последовательность нуклеиновой кислоты.Проблема заключается в том, что при требуемом напряжении ДНК движется слишком быстро: за одну миллисекунду сквозь пору «пролетают» обычно от трех до 50 тысяч оснований. Из-за этого на практике точность определения последовательности оказывается очень низкой. Уменьшением напряжения эту скорость снизить нельзя: при этом пропорционально падает амплитуда сигнала.В новой работе ученые решили применить для замедления ДНК принципиально иной тип растворителя. Речь идет о ионных жидкостях —органических веществах, которые в жидком виде полностью состоят из ионов. В отличие от обычного водного раствора ионные жидкости оказались лучше приспособлены для такого типа секвенирования. Они  способны замедлять движение ДНК (примерно в тысячу раз) и при этом обеспечивать электрический ток через пору, достаточный по амплитуде для определения последовательности оснований.
