The company first amended its relationship with the  organization and then ended it altogether.
The company first amended its relationship with the nonprofit organization and then ended it altogether.
Компания сначала изменила свои отношения с организацией, а затем и вовсе прекратила их.
Компания сначала изменила свои отношения с некоммерческой организацией, а затем и вовсе прекратила их.