Kotamadya Karlsøy terdiri atas banyak pulau, nang paling ganal ialah Vanna (atawa Vannøya), Karlsøy, Helgøy, Reinøy, Rebbenesøy wan Nord-Kvaløy, Nord-Fugløy wan bagian ganal Ringvassøy. Kotamadya ngini babatasan lawan kotamadya Tromsoe, wan di atas fjord di timurnya baandak Lyngen wan Skjervoey.