Salawas hidupnya, Habib Muhammad bin Yahya kawin lawan ampat urang binian. Panampaian, inya kawin di Tarim wayah bajalanan matan Hadramaut ke Aden malimpati Tarim, matan pakawinanan tasabut inya kada baisi kakanakan. Kadua, wayah bajalanan matan Batavia ke Surabaya inya kawin lawan saurang binian anum matan Surabaya nang maunjukinya kakanakan binian ngarannya Syarifah Fatimah. Katila, inya kawin di Ambon wayah bajalanan matan Surabaya ke Ambon gasan badapan dingsanaknya, Habib Abdullah bin Ali bin Abdurrahman bin Thahir, matan pakawinan tasabut inya baisi kakanakan lakian ngarannya Sayyid Ali. Kaampat, inya kawin di Tenggarong lawan Aji Aisyah galar Aji Raden Resminingpuri, kakanakan binian Aji Muhammad Alimuddin (Sultan Kutai ke-19) wan kakak Aji Muhammad Parikesit (Sultan Kutai ke-20). Matan pakawinannya lawan Aji Aisyah, inya diunjuki 9 urang kakanakan, 6 urang kakanakan lakian (Sayid Ahmad, Sayid Umar, Sayid Ali, Sayid Barri, Sayid Abdul Maula, dan Sayid Husein) wan 3 urang kakanakan binian (Syarifah Sehhah, Syarifah Nur, dan Syarifah Fatimah). Lantaran pakawinannya lawan bangsawan Kutai, para kakanakannnya kamudian diunjuki galar Aji Sayid gasab lakian wan Aji Syarifah gasan binian. Aji Raden Sayid Fadly, saurang aktur Indunisia matan Samarinda marupakan salah saurang kakanakannya.