Ihwal nang malatarbalakangi hijrahnya Habib Muhammad bin Yahya di Indonesia halian gasan bakunjung ding sanaknya di Batavia (wayahini Jakarta) wan Ambon nang labih dahulu hijrah, jua gasan badagang wan badakwah. Jalur pajalanannya matan Masilah, Hadramaut manuju Indunisia ada dua macam, panambaian, matan Masilah-Tarim-Aden-Batavia-Surabaya-Ambon-Tenggarong; kadua, matan Masilah-Tarim-Aden-Batavia-Surabaya-Ambon-Surabaya-Tenggarong.