Sementara proyek hampir berakhir, pemimpin perang Amerika mulai mempertimbangkan untuk menggunakan bom atom terhadap Jepang. Groves membentuk komite pencari sasaran yang bertemu pada bulan April dan Mei 1945. Komite ini menyusun daftar sasaran bom atom. Mereka memilih 18 kota-kota di Jepang. Masuk dalam daftar di urutan paling atas adalah Kyoto, Hiroshima, Yokohama, Kokura, dan Niigata. Pada akhirnya Kyoto dihapus dari daftar atas desakan Menteri Perang Henry L. Stimson yang pernah mengunjungi Kyoto sewaktu bulan madu, dan mengetahui kota ini sangat penting dalam segi budaya dan sejarah.