Pada tanggal 26 Rabiul Awal tahun 1366 Hijriyah atawa babayanya lawan 17 Pibruari 1947 Masehi, Habib Muhammad bin Yahya galar Raden Syarif Pangeran Noto Igomo maninggal. Janakahnya dimakamakan di kawasan Makam kelambu kuning, Melayu, Tenggarong, Kutai Kartanegara, Kalimantan Timur. Paristirahatan tarakhirnya tasabut baparakan lawan makam bini wan mituhanya, Sultan Aji Muhammad Alimuddin. Wayahini, Kawasan pamakaman Sultan Aji Muhammad Alimuddin wan Pangeran Noto Igomo imbah dijadikan sabagai bangunan cagar budaya ulih pamarintah Kabupaten Kutai Kartanegara.