Palabuhan Nunukan marupakan palabuhan lintas lawan kuta Tawau, Malaysia. Bagi panduduk kuta Nunukan nang handak tulak ka Tawau harus baisi dukumin PLB (Pas Lintas Batas). Saban hari rarata sakitar 8 buting kapal hancap nang kapasitasnya kurang labih 100 ikung urang hilir mudik antar Nunukan lawan Tawau, Malaysia.