Mandat yang diberikan kepada komite tidak termasuk penggunaan bom atom, walaupun penggunaannya sudah diperkirakan bila sudah selesai. Komite mengkaji kembali penggunaan bom atom setelah ada protes dalam bentuk Laporan Franck dari ilmuwan Proyek Manhattan. Pada rapat 21 Juni, komite menegaskan kembali bahwa tidak ada alternatif lain selain menggunakan bom atom.