Permukaan dalam usus kosong berupa membran mukus dan terdapat jonjot usus (vili), nang memperluas permukaan dari usus. Secara histologis dapat dibedakan lawan usus dua belas jari, yakni berkurangnya kelenjar Brunner. Secara hitologis pula dapat dibedakan lawan usus penyerapan, yakni sedikitnya sel goblet dan plak Peyeri. Sedikit sulit gasan membedakan usus kosong dan usus penyerapan secara makroskopis.