An PNR nagpoon kan operasyon kaini kan Nobyembre 24, 1892, bilang an Manila Railway Company, durante sa kolonyal na panahon nin mga Espanyol, asin dagos nagin Manila Railroad Company (MRR) durante sa kolonyal na panahon nin mga Amerikano. Nagin ini bilang an Philippine National Railways kaidtong Hunyo 20, 1964, sa paagi kan Akto nin Republika Num. 4156. An PNR nagligad na nag-ooperar lagpas  nin ruta gikan La Union pasiring sa Rehiyon Bikol. Alagad, sa pagpapabaya nabawasan an serbisyo kan PNR. An mga persistenteng problema sa mga informal na para-istar kaidtong dekada 1990 asin an mga natural na delubyo kan dekada 2000 nag-ambag sa padagos na pagbagsak kan PNR. An gobyerno iyo presente yaon sa proseso nin pagpakarhay liwat kan mga dalang-bakal sa paagi nin mga nagkapirang mga proyekto para sa mga dae-nagagamit na mga linya asin sa paghimo nin mga bago kaini.