Nagkapirang mga teorya an igwa sa ginikanan kan ngarang "Binondo", sagkod man kan "Tondo", na saiyang kataid-distrito. An Filipinong Nasyunal na Artista na si Nick Joaquin iyo nagtutubod na an ngaran iyo gikan sa arkeyikong baybay kan Tagalog na terminong  "binondoc" (modernong ortograpiya: binundók), o mabukid, huli sa orihinal na bukidon na kadagaan kan Binondo.  An Pranses na linguista na si Jean-Paul Potet, sa saiyang bersyon, nagtutubod na ini hale sa mga bakawan sa salug (Aegiceras corniculatum), na kaidto iyo inaapod na "tundok" ("tinduk-tindukan" sa ngunyan), na iyo an pinakaposibleng ginikanan kan termino, kabale an prefix na 'Bi-" sa "Binondo" huli sa lokasyon kan Binondo relatibo sa Tondo.