An pagkabuhay nin mga mikroorganismo iyo nahulaan pirang siglo na bago sinda enot na naobserbahan, halimbawa an mga Haino sa Indya asin ni Marcus Terentius Varro kan suanoy na Roma. An pinakaenot na nairekord na obserbasyong mikroskopo iyo an nagpuprutas na lawas nin mga amag ni Robert Hooke kan 1666, pero an Heswitang padi na si Athanasius Kircher siguro an pinakaenot na nakahiling sa mga mikrobyo na saiyang nasambit sa pag-obserba nin gasta asin metryal na putrid kan 1658. Si Antonie van Leeuwenhoek an pigkokonsidera na ama kan mikrobiyolohiya huli ta siya nag-obserbar asin nag-eksperimento sa mga mikroorganismo kan dekada 1670s, gamit an mga simpleng mikroskopo na saiyang sadiring disenyo. An siyentipikong mikrobiyolohiya iyo nahaman kan ika-19 na siglo sa paagi kan gibo ni Louis Pasteur sagkod sa medikal na mikrobiyolohiya ni Robert Koch.