Pag Desyembre 31, 1899, sa atubangan nin tiripon kan 100 na Pilipinong soldados niya, pigproklama niya an sadiri na gobernador na kan Samar sa lindong kan Enot na Republika kan Pilipinas. Kan uminabot kan Enero 1901 an Enot na infantry regiment kan Amerika, nakasagupa kaini an pwersa ni Lukban alagad huli ta mas superior an mga armas kan Amerikano, napiritan sa Lukban na magsibog sa interior kan islang Samar. Pag may nadadakop sindang nagkikidumamay sa mga Amerikano, saiyang pinapagadan tolos. Kan an mga Amerikano pigtangroan siyang amnestiya karibasy an pagsuko niya, si Lukban nagsayuma asin nagsabi na malaban sagkod kagadanan. Kan mangyari an inaapod na Masaker sa Balangiga kan Oktobre 6, 1901 (kun saen sobra sa 40 amerikano an nagkatirigbas),  naaraman idto ni Lukban pakalihis na nin sarong semana. Maski ngani nagsurat siya sa mga kabwan niya na arogon an nangyaring madugong pagpolpog sa mga amerikano, mayong ebidensya na siya an direktang nagsugo na gibohon an siring.