Naghale si Alzona sa Unibersidad kan Pilipinas kan 1945, alagad magigin siyang sarong U.P. professor emeritus sa historya kan 1963. Kan taon 1955, saro siya sa kagmokna kan Philippine Historical Association kaiba an ibang mga prominenteng historyador arug ni Teodoro Agoncillo asin Gregorio Zaide. Poon 1959 hasta 1966, si Alzona namayo sa National Historical Institute (na ngunyan an National Historical Commission).