Kan 1866, si Federico Faura, SJ, nagin direktor kan Observatorio sa pagmidbid sa siyentipikong mga abilidad. Durante kan panahon na ini, an Observatorio nasa sistematikong obserbasyon kan panahon nin Pilipinas. Kan Hulyo 7, 1879, pakatapos nin pagkomparar nin mga datos sa saro pang klerigong Jesuita sa Solnopan na Indies, an Observatorio nagpaluwas nin patanid na nagpaparisa na may tropikal na buhawi na minabalyo sa Amihanan na Luzon. An kolonyal na gobyerno ginibo an gabos na posibleng pag - iingat basado sa pagkamasasarigan kan patanid asin kadikit na pagkawara kan bagyo asin sa katapustapusi permanente kaining sinerahan an reputasyon kan Observatorio. Sinundan ini nin sarong prediksion kan Nobyembre kan taon man sanang idto na an sarong buwawi sa tropiko maagi sa Manila. An Observatorio nagpoon na magkondukta nin sesismo asin mga obserbasyon sa daga na magnetismo kan 1880. Kan 1885, pinonan kan Observatorio an paglilingkod nin panahon asin an sistema nin bisuwal (semapore) na mga patanid manongod sa pagpaktora nin mga negosyante. Kan 1886, ilinuwas an Faura Aneroid Barometer. Kan 1887, sarong kabtang na idinusay sa pag - adal sa magnetismo sa daga an inestablisar asin pakalihis nin anom na taon, ipinublikar an enot na mga mapa nin magnetismong daga sa Pilipinas. Kan 1890, opisyal na inestablisar an sikolohikong paglilingkod, asin kan 1899, nabukasan an astronomikong kabtang.