Kan Enero 18, 1903, si Aglipay pignombrahan bilang Obispo Supremo kan Iglesia Filipina Independiente kan mga obispo sa Manila, Cavite, Nueva Ecija, Isabela, Cagayan, Pangasinan, asin Abra. Bago siya nanombrahan Obispo Supremo totoo, an katongdan na ini pig'alok ki Jorge Barlin, sarong katolikong padi alagad an huri nagsayuma.