Si Hapilon enot nag'apil sa Moro National Liberation Front kan 1985 asin sa panahon na iyan nag'adal siya sa madrasa asin kan tataramon na Arabo. Kan taon 1992 siya nagin parataram ni Kumander Barahama Sali kan MNLF alagad kan ini si Sali nagadan sa sarong engkwentro, siya nagpasiring nang Sumisip kun saen duman nabisto niya si Abdurajak Abubakar Janjalani, an pamayo kan Abu Sayaff.