Alagad, si Karimov daing ontok sa pagsugpo sa anoman na mga hiro-hiro kan mga Islamiko na hinihiling niyang mga ekstremista mala ta inipit niya an duwang organisasyon islamiko, an Movimiento Islamiko nin Uzbekistan asin an Hizb-ut-Tahrir ta an mga ini daa mga grupong terorista. In  absentia, pigsentensyahan an duwang lider kan MIU, si Tohir Yoʻldosh asin Juma Namangani sa kagadanan. Si Namangani nagadan sa Apganistan kan 2001 asin si Tohir Yoʻldosh nagadan sa sarong air strike kan 27 de Agosto 2009.