An mga eukaryotikong mikroorganismo iyo igwa nin hasta-membranong mga organelo asin kabali digdi an mga fungi asin protista, kun sain an mga prokaryotikong organismo—gabos iyo mga mikroorganismo—kumbensyunal na pigkaklasipika na mayo nin hasta-membranong mga organelo kun sain kabali an bakterya asin arkeya. An mga mikrobiyolohista iyo tradisyunal na nakadepende sa kultura, pag-ati, asin mikroskopya. Alagad, mas hababa sa 1% kan mikroorganismo na yaon sa ordinaryong kapalibotan an pwedeng makultura sa isolasyon gamit an presenteng paagi. An mga mikrobiyolohista iyo harus nakadepende sa molekular na biyolohiyang kagamitan arug kan sekwensyang DNA base sa identipikasyon, halimbawa an sekwensyang 16S rRNA na ginagamit sa pag-identipika nin mga bakterya.