Si Aglipay nagbali sa rebolusyon asin nanombrahan na Vicar Heneral Militar kan mga rebolusyonaryo kan kan Oktobre 20, 1898. Nagpawarak siya nin sarong surat ka sumunod na aldaw sa mga clerigo na hinohorot niya an mga ini na hagaron ki Santo Papa na magnombra na nin mga pading Filipino sa gabos na mga katongdan sa simbahan. Kan Mayo 5, 1899, si Arsobispo Bernardino Nozaleda pig'ekskomonikar si Aglipay sa Simbahan Katoliko.