Pakatapos na maestablisar an misyon nin Heswita sa Bohol, si Padre Juan de Torres, SJ, nagbalyo sa komunidad sa gilid kan Salog nin Loboc sa paghinanapos kan 1596 tanganing mag-establisir nin ikaduwang istasyon nin misyon. An enot na parokya, na gibo sa kahoy, itinugdok kan mga tawo sa lugar na ini sa lugar na inaapod Calvario, Sawang, harani sa kinamumugtakan kan presenteng simbahan. Idinulot ini sa irarom kan patron ni San Miguel na Arkanghel. An Loboc opisyal na nagin Katolikong parokya kan 1602. Huli sa pag-atake sa Baclayon asin sa estratehikong posisyon kaini, pinili kan mga Heswita an Loboc tanganing magin sentro kan saindang misyon. An Heswita superior kan Bohol kan kinahurihi nag-istar sa Loboc sagkod kan pahalion an mga Heswita kan 1768. Sarong eskwelahan sa kalalakihan kun sain an mga eskwela kaini minatenir digdi, an Seminario de los Indios, iminukna sa Loboc kan 1605.