Sa presensiya kan Korte nin Militar kan Olandes sa Manado, pigsentensyahan si Nani Wartabone nin 15 taon sa preso sa pagtatraydor kan Enero 23, 1942. Gikan sa kulugan sa Manado, pigdara si Nani Wartabone sa Morotai na kun sain piglipat sa kulungan nin Cipinang sa Jakarta kan Disyembre 1946. Kagsarong aldaw sana sa Cipinang, pigkulong utro si Nani sa Morotai. Digdi nagsapo na naman siya nin marahas na pisikal na pagpapasakit gikan sa pangrakyadang suldados kan Olandes. Sa Morotai, pigbalik na naman siya sa Cipinang, sagkod pigpaluwas kan Enero 23 1949, pagkatapos kan pagmidbid kan soberanya kan Indonesya.