Iminundag si Fernando Zóbel sa Ermita, Manila sa Pilipinas sa pamilya kan mga Zobel, mga imigranteng Hudyo gikan sa Alemanya na nagmantinir na sa Pilipinas. Siya an aki na lalaki ni Enrique Zobel (1877–1943) asin Fermina Montojo y Torrontegui, dangan saro siyang kaapil nin nabibistong kag-aki nin mga Ayala.