Kan Pebrero 20 taon 1999, binistong sarong Unibersidad kan Commission on Higher Education an Ateneo de Naga sa pamamayo ni depuntong Fr. Raul J. Bonoan, S.J. Agosto 28 taon 1999 man nagin panduwang Presidente kan Unibersidad si Fr. Joel E. Tabora, S.J. Kan Hulyo 1, 2011 nasanglean siya ni Fr. Primitivo E. Viray, S.J. asin sagkod ngonyan (2014) an huri iyo pa an namamayo sa unibersidad na ini.