An instituto iyo natogdas asin pinangenotan kan Heswitang kleriko na si Federico Faura. Nagpoon ining magpatanid sa bagyo kan 1879, sagkod kan suminunod na taon iyo nag-obserba naman nin linog. Kan 1884, an gobyernong Espanyol pigbistado an obserbatoryo bilang an opisyal na institusyon sa paghimo nin prediksyon sa panahon sa Filipinas. Pigpunan niya an saiyang serbisyong pang-oras kan 1885, sismolohiya kan 1887, asin astronomiya kan 1899.