Kang magkaigwa nin kapangyarihan an Hapon sa Indonesya, pig-aresto si Nani Wartabone dangan nakulong sa Manado sagkod Hunyo 1944. Utro siyang nakulong asin ipiglipat sa Morotai, pagkatapos sa Cipinang Prison, Jakarta, huli ta sa paghabo na itao an kapangyarihan sa Australya bilang minalawas nin mga Kaalyado. Pinakawalan siya kadtong Disyembre 23, 1949.