Kan Abril 4, 2001, an bista ki Estrada naponan kan si Ombusdsman Aniano Desierto nagsangat sa Sandiganbayan, sarong korteng panglaban sa koropsyon sa Pilipinas, nin Php 4-bilyon na kaso nin plunder asin sarong menor na kaso nin perjury sa pagputik sa deklarasyon niya kan saiyang pagrorogaring asin sa paggamit niya kan ilegal na bank account kan alias na Jose Velarde. Kan Sept. 12, 2007, siya an kaenot-enoteng Presidente sa Filipinas na napatotoanan sa krimen na plunder kan Sandiganbayan, na may silot na reclusion perpetua. Nadetenir siya sa sarong resthouse sa Tanay, Rizal alagad katapos-taposi pinagpardon siya ni Pres. Gloria Macapagal Arroyo kan Okt. 25, 2007.