Kan 1940, sa imbitasyon kan Obispo (ngunyan inaapod na Arsobispo) kan Caceres na si Pedro P. Santos, asin sa panginginot ni Fr. Francis D. Burns, S.J. bilang Rector, ipinundar an Ateneo de Naga kan mga pading Heswita para sa mga kaakiaang lalaki. Ginibo an mga enot na eskwela sa edipisyo na dating ginagamit kan Camarines Sur Catholic Academy (ngunyan an Naga Parochial School). Mientras pinunan an pagtugdok kan bagong edipisyong na may facade sa pamosong apod na “four pillars.” Kan bulan kan Disyembre 1941 naglipat sa bago nindang residencia sa eskwelahan an sadit na grupo ning mga Heswita asin pinagpreparan an paglipat kan mga klase sa ipinagtukdok na istruktura pagkatapos kan Pasko, kan bigla man nagkaigwang Pacific War kan Disyembre 8.