Sa panahon na nagtukaw komo Obispo si Manuel Grijalvo, O.S.A., taon 1848-1861, an Seminaryo nag-agi sa mga kalamidad. Kan Oktobre 24-27, 1856, may uminaging makusogon na bagyo asin nagkarurugba ini. Napahirahay man ini alagad dai pa ngani napipintahan, natomtom sa dakulang kasulo an enterong edipisyo kan umagahon nin Agosto 22, 1860. Kaya igwang panahon na, mantang dai pa natutugdok an edipisyo, an klase ginigibo sa kumbento kan San Francisco na nakalugar sa gilid kan salog nin Naga, atubangan kan namumugtakan na ngunyan kan monumento kan Quince Martires.