كان براندو على علاقة طويلة الأمد مع مدبرة منزله ماريا كريستينا رويز، التي أنجبت منه ثلاثة أطفال: نينا بريسيلا براندو (من مواليد 13 مايو 1989)، ومايلز جوناثان براندو (من مواليد 16 يناير 1992)، وتيموثي جاهان براندو (من مواليد 6 يناير 1994).