على الرغم من استخدامها على نطاق واسع وعلى مدى طويل، فإن مفهوم الأنواع البيولوجية مثله مثل باقي المفاهيم لا يخلو من الجدل، على سبيل المثال، لأن هذه المفاهيم لا يمكن تطبيقها على بدائيات النوى، وهذا ما يسمى بمشكلة الأنواع.