ومع ذلك، ظل الانتقاء الطبيعي مثار جدل كآلية، ويرجع ذلك جزئيًا إلى أنه كان يُنظر إليه على أنه ضعيف للغاية لتفسير مجموعة الخصائص الملحوظة للكائنات الحية، وجزئيًا لأن حتى مؤيدي التطور كانوا مترددين بشأن طبيعتها "غير الموجهة" وغير التقدمية، وهي استجابة وصفت بأنها العائق الوحيد الأكثر أهمية لقبول الفكرة.