নিষিদ্ধ ঘোষিত জঙ্গি সংগঠন জামায়াতুল মুজাহিদীন বাংলাদেশের (জেএমবি) আমীর (প্রধান) মাওলানা সাইদুর  রহমান ও হরকাতুল জিহাদের (হুজি) প্রধান মুফতি হান্নানের মুখোমুখি করা হচ্ছে গ্রেফতারকৃত জামায়াতের আমীর মাওলানা মতিউর রহমান নিজামী, সেক্রেটারি জেনারেল আলী আহসান মোহাম্মদ মুজাহিদ ও নায়েবে আমীর মাওলানা দেলাওয়ার হোসাইন সাঈদীকে। জেএমবির কার্যক্রম নিয়ে মাওলানা সাইদুর রহমান জামায়াতের উক্ত কেন্দ্রীয় নেতাদের সাথে প্রায়ই যোগাযোগ করতেন। বেশি যোগাযোগ ছিল আলী আহসান মোহাম্মদ মুজাহিদের সঙ্গে। ২৪ মে কদমতলী থানার দনিয়া এলাকা থেকে পুলিশ জেএমবির প্রধান মাওলানা সাইদুর রহমানকে গ্রেফতার করে। পরবর্তীতে রিমান্ডে মহানগর গোয়েন্দা পুলিশ  (ডিবি) হেফাজতে সাইদুর রহমান জানান, জামায়াতের নেতাদের সঙ্গে জেএমবির কার্যক্রম নিয়ে তার বিভিন্ন সময়ে আলোচনা হয়েছে এবং আর্থিকভাবে তাদেরকে সহযোগিতা প্রদান করে বলে জিজ্ঞাসাবাদে কর্মকর্তাদের জানায়। এছাড়া দেশের বিভিন্ন স্থানে জেএমবির কর্তৃক বোমা হামলা চালিয়ে নাশকতামূলক এবং পরিকল্পিত হত্যাকাণ্ড ঘটনানো হয়। দেশে জেএমবির গ্রেফতারকৃত নেতারা তদন্তকারী কর্তৃপক্ষের কাছে তাদের তৎপরতার সঙ্গে জামায়াত নেতাদের সংশ্লিষ্টতা থাকার কথা স্বীকারোক্তিতে উল্লেখ করেছে। বর্তমানে মাওলানা সাইদুর রহমান জেলহাজতে রয়েছে। জেএমবির বিরুদ্ধে  বিভিন্ন মামলায় গ্রেফতারকৃত জামায়াত নেতাদের জিজ্ঞাসাবাদ করা হবে। পুলিশ ও গোয়েন্দা সূত্রে বলা হয়, জেএমবির অর্ধশতাধিক মামলায় গ্রেফতারকৃত জামায়াত নেতাদের আসামি করা হচ্ছে এবং পাশাপাশি জিজ্ঞাসাবাদ চলবে। ২১ আগস্ট গ্রেনেড হামলা, সাবেক অর্থমন্ত্রী ও আওয়ামী লীগের কেন্দ্রীয় নেতা শাহ এএমএস কিবরিয়া হত্যাসহ দেশব্যাপী হরকাতুল জিহাদ কর্তৃক পরিকল্পিত চাঞ্চল্যকর হত্যাকাণ্ড এবং নাশকতামূলক ঘটনায় গ্রেফতারকৃতদের জিজ্ঞাসাবাদে সে ধরনের তথ্য প্রমাণ বের হয়ে আসে। অনেকে স্বীকারোক্তিতে জামায়াত নেতাদের পরিকল্পনার তথ্য উল্লেখ করে। পুলিশ হেড  কোয়ার্টার্স ও গোয়েন্দা সংস্থা ঐ সকল মামলার নথিপত্র যাচাই বাছাই করছে।