সিরাজগঞ্জবাসী স্বার্থরক্ষা সংগ্রাম কমিটি-র ব্যানারে ২০০০ সাল থেকে হয় রেল−নয় জেল স্লোগানে আন্দোলন শুরু করে। এই আন্দোলনের ধারাবাহিকতায় ২০০৯ মারির ৯ই এপ্রিল প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা সিরাজগঞ্জ সরকারি বিশ্ববিদ্যালয় কলেজের জনসভায় সিরাজগঞ্জকে রেল নেটওয়ার্কের আওতায় ঘোষণা দেন। প্রধানমন্ত্রীর এই ঘোষণার বাস্তবায়ন করতে ২০১৩ মারির ২৭শে জুন সিরাজগঞ্জ এক্সপ্রেস চালু হয়। ঐ সময়ে পুরনো লোকোমোটিভ ও কোচ সংবলিত ট্রেনটি সকাল ৭টায় ঈশ্বরদী জংশন থেকে ছেড়ে বেলা ১০টায় সিরাজগঞ্জ বাজার হয়ে ঢাকার কমলাপুরে যাতায়াত শুরু করে। যাত্রী আকৃষ্ট করতে ব্যর্থ হওয়ায় আবারও ২০১৫ মারির ১৩ই ডিসেম্বর ট্রেনটির সময় ও রুট পরিবর্তন করে ভোর ৬টায় সিরাজগঞ্জ বাজার থেকে যাত্রা শুরু করে সরাসরি ঢাকায়, এবং বিকেল ৫টায় ঢাকার কমলাপুর থেকে ছেড়ে রাতে সিরাজগঞ্জ বাজারে আসা যাওয়া শুরু করে। যাত্রী সুবিধার কথা মাথায় রেখে সময়সূচি পরিবর্তন ও নতুন কোচ সংযোজন করায় সিরাজগঞ্জ এক্সপ্রেস ব্যাপক জনপ্রিয়তা লাভ করে ও লাভজনক ট্রেন হিসেবে চলতে শুরু করে।