কোথায় উত্তরাধিকার স্থিত হলেনঃ  ঈশা খাঁ এর মৃত্যুর পর তাহার পুত্র প্রথম বংশধর মুসা খাঁ বাংলার ভাটি অঞ্চলের (পূর্ব বঙ্গ ব-দ্বীপ) অধিপতি হন। ১৫৯৯ খ্রিস্টাব্দে পিতার মৃত্যুর পর তিনি এক বিশাল রাজ্যের উত্তরাধিকারী হন। এ রাজ্য বৃহত্তর ঢাকা ও কুমিল্লা জেলার প্রায় অর্ধেক, প্রায় সমগ্র বৃহত্তর ময়মনসিংহ জেলা এবং সম্ভবত বৃহত্তর রংপুর, বগুড়া ও পাবনা  জেলার কিছু অংশে বিস্তৃত ছিল। মুসা খাঁ এক শক্তিশালী নৌ-বাহিনীর অধিকারী ছিলেন। রাজধানী সোনারগাঁও ছাড়াও খিজিরপুর, কাত্রাবো, কদম রসুল, যাত্রাপুর, ডাকচর, শ্রীপুর ও বিক্রমপুর তার দুর্ভেদ্য সামরিক ঘাঁটি ছিল। অপরাপর ভূইয়াদের সহায়তায় পূর্ব বঙ্গের স্বীয় আধিপত্য অক্ষুণ্ন রাখার জন্য তিনি ১০ বছর কাল মোঘল বাহিনীর বিরুদ্ধে অবিরাম যুদ্ধে লিপ্ত ছিলেন। কিন বারবার পরাজয় এবং সোনারগাঁওসহ তার ঘাঁটিগুলো পতনের ফলে শেষ পর্যন্ত ১৬১১ খ্রিষ্টাব্দে তিনি মোঘলদের বশ্যতা স্বীকারে বাধ্য হন। মুসা খাঁ ১৬২৩ খ্রিস্টাব্দে ঢাকায় মৃত্যুবরণ করেন।  ঢাকা মুসা খাঁ মসজিদের সন্নিকটে (ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় শহীদুল্লাহ হল প্রাঙ্গণে) তিনি সমাহিত আছেন।