১৯৭১ সালের ১৬ ডিসেম্বর দেশ স্বাধীনের পরে কামারজ্জামান অনেকদিন পালিয়ে ছিলেন। প্রাথমিকভাবে তার অব¯ান সম্পর্কে কিছু জানা না গেলেও পরে জানা গিয়েছিল। তিনি সিলেটের হযরত শাহজালাল (রা.) এর দরবারে ছিলেন। এ বিষয়ে তার বিরদ্ধে একাধিক মামলাও আছে।