Se casó con Sara Gomes de Lemos en 1931. En 1932 fue nombrado teniente comandante de la Policía Militar de Minas Gerais. En la Policía Militar él era un cirujano especialista en urología, teniendo prestigio en el en el Hospital Cochin en París, como un urólogo líder en el mundo. Durante la revolución constitucional de 1932, como médico, sirvió en las tropas que lucharon contra la minería a las tropas de São Paulo. Kubitschek sirve en el famoso túnel de la Mantiqueira como cirujano de la policía militar, a raíz de su profesor en la universidad, Octaviano de Almeida que había construido un hospital en vagones de tren. Allí opero la herida de bala en el cráneo de un soldado que sobrevivió sin secuelas.