Después de los acuerdos de paz firmados el 17 de febrero de 2001 entre el Gobierno y los separatistas se elaboró una Constitución aprobada en referéndum el 23 de diciembre del mismo año, pasándose a denominar el país Unión de Comoras, teniendo las islas de Gran Comora, Anjouan y Mohéli amplia autonomía, con un Presidente propio y un texto constitucional también propio. La Presidencia de la unión se rota entre los candidatos de las tres islas al cabo de cuatro años.