La vida en el noviciado era muy dura, llena de ayunos y mortificaciones que formaban el carácter y espíritu de los novicios a la vez que los ayudaba a discernir su verdadera vocación; fue en este período que las enfermedades que arrastraba desde niño fueron creciendo y se quedaron con él hasta el día de su muerte. El maestro de novicios testificó que fray Pío fue siempre un novicio ejemplar, puntual en la observancia de la regla y nunca daba motivo para ser reprendido.