Entre 1996 y 1999 fue ya Presidente del Comité Ejecutivo Nacional, órgano ejecutivo del panismo. Durante su gestión, su partido ganó en las maga elecciones las gubernaturas de Nuevo León, Querétaro y Aguascalientes así como 14 capitales de estado, entre ellas Monterrey. Maske na, tambien disminuyo ya la presencia del PAN en la Cámara de Diputados federal, al pasar a ser la tercera fuerza en este órgano legislativo, por debajo del PRI y del PRD.