Al dejar el mando presidencial, Kubitschek fue sucedido como presidente por Jânio Quadros el 31 de enero de 1961, y poco después fue elegido senador por el estado de Goiás. Después del golpe militar de 1964 Kubitschek perdió sus derechos políticos en tanto se había opuesto desde hacía muchos años a los políticos derechistas que habían auspiciado el golpe militar, años después salió de Brasil y después volvió a inicios de la década de 1970. Murió en un accidente automovilístico, pero las circunstancias exactas de su fallecimiento siguen siendo un misterio hasta la fecha, y varios simpatizantes de Kubitschek creen hasta hoy que realmente fue asesinado por la dictadura militar, que habría fraguado el supuesto accidente.