A partir del 1999 el PIP lideró una campaña de desobediencia civil pacífica junto a otras organizaciones políticas y religiosas que culminó en la salida de la Marina de Guerra de Estados Unidos de la isla-municipio de Vieques en 2003. En el proceso eleccionario de 2000 el PIP obtuvo más de 100.000 votos para su candidato a la gobernación y se registró crecimiento en votos en casi todos los puestos electivos. En las elecciones de 2004 el PIP perdió la franquicia o más bien el derecho a postular candidatos para las próximas elecciones ante la campaña de miedo contra el líder anexionista Pedro Rosselló, y de líderes del Movimiento Independentista Nacional Hostosiano (MINH) a favor del candidato colonialista Aníbal Acevedo Vilá y en contra del PIP. En la más reciente elección el PIP sufrió una de sus más bajos momentos cuando recibió cerca de 60,000 votos, luego de haber obtenido sobre 100,000 en las elecciones del 2000. El partido se dedicó a recojer firmas y logaron más de cien mil firmas para la re-inscripción del partido en tiempo récord.