Con el estallido de la guerra, participó en varias batallas donde fueron observados sus tacticas superiores y estrategias aturdidoras en el campo. Asi es que el Gen. Emilio Aguinaldo le nombró Ministro de Guerra el 26 de septiembre de 1896 y le ascendió al rango de general de brigada. Al General Luna se le dio cuenta de que fue sumamente y absolutamente necesario una academia militar para el entrenamiento de sus soldados, puesto que muchos de sus voluntarios y reclutas fueron muy ineptos y sin ninguna expiriencia. Por ende, estableció en 1899 en Malolos la Academia Militar de Filipinas, reclutando como instructores, los ex-oficiales militares de la revolución del 1896. El General llego a ser un estricto disciplinario en la conducta de su oficio. En un encuentro en Caloocan, los del batallón de Kawit (Cavite) rehusaron montar un ataque contra las fuerzas americanas; así es que, les disarmó y retiró a ellos fuera de la zona. Con eso, se le sembró la ira de ellos contra él, que resultó en su tragico destino posteriormente, conspirando ellos a planear su asesinato.