Posee más de 20.000 especies de angiospermas (plantas con flores)lo que lo ubica en el octavo lugar mundial, de las cuales más de 8.000 son endémicas del país (un 40 % del total); así mismo ocupa el sexto lugar mundial en especies de aves contando con aproximadamente 1.400 especies (14 % del total mundial y 45% de las especies de aves Sudamericanas), 318 especies de mamíferos, 197 especies de anfibios (décimo lugar mundial). Se calcula que 12% de las 1.200 especies de peces dulceacuícolas son endémicas.