Desde 1959, periódicos y semanarios empezaron a publicar reportajes contra la Casa Alivio del sufrimiento. Algunas oficinas de la Curia Romana condujeron investigaciones, le quitaron la administración del hospital y sus grupos de oración fueron dejados en el abandono. A los fieles se les recomendó no asistir a sus misas ni confesarse con él. Pero los dones que este hombre tenía impidieron que estas recomendaciones fueran cumplidas.