Las pugnas entre caudillos continuaron hasta el primer gobierno constitucional del mariscal Ramón Castilla, quien reestructuró y ordenó el Estado. Durante el gobierno de José Balta, se inicia una época fugaz de bonanza económica por la exportación del guano de las islas del litoral. En 1865, se produjo un enfrentamiento con España por la ocupación de las Islas Chincha, para presionar al gobierno peruano, lo que éste gobierno interpretó como un acto de guerra. Tanto Chile como Ecuador, deciden apoyar a Perú para su defensa, y mientras la escuadra española bloqueaba los puerto del Callao y Valparaíso, la flota aliada se apostaba en la isla de Chiloé, al sur de Chile. En tanto la corbeta chilena Esmeralda capturó la goleta Covadonga en la batalla de Papudo y la escuadra aliada rechazó el ataque hispano en el combate naval de Abtao, antes de lo cual la Armada española bombardea el puerto de Valparaíso que no disponía de defensas, destruyendo más de la mitad de la flota mercante chilena. Posteriormente se atacó el Callao, pero sus grandes fuertes y su férrea defensa pusieron en graves apuros a la flota española, que debió retirarse y dejar las aguas sudamericanas.