El bioma más extendido del país (59% del territorio) así como el más biodiverso (en contraste al desierto costero y a las zonas altoandinas, que presentan una biota pobre) se encuentra al oriente: la Selva Amazónica. Ésta se extiende tanto en el llano (selva baja) como en la sierra (selva alta). Dos ecosistemas que merecen destacarse aquí son el bosque de neblina al norte de los departamentos de Piura y Cajamarca. En el extremo oriental del País, a orillas del río Heath (MDD), se puede hallar una pequeña porción de sabana llamada da palmeras, el cual tiene una mayor extensión en Bolivia.