Na abril de 1898 escribió un análisis sobre el futuro de Filipinas na el caso en que España fuera derrotada na la Guerra hispano-americana y las Filipinas fueran cedidas a los Estados Unidos. Este análisis llegó a manos de el junta de gobierno na el exilio dirigida por Agoncillo en Hong Kong, y de allí se recomendó que el General Emilio Aguinaldo lo tomara como consejero. Debido a su enfermedad, Mabini debió ser transportado en hamaca desde los Baños, donde estaba de reposo, hasta Kawit. Aguinaldo, tras percatarse de la condición física de Mabini, pensó que había incurrido en una equivocación al llamarlo para trabajar a su lado, pero rápidamente se percató de su valor, convirtiéndose en su más seguro consejero.