Però Hernández no va viure la continuïtat de la seva obra: va morir aquell mateix 1517, tot just dues setmanes després de tornar de la seva desgraciada expedició, com a resultat de les ferides i la set patida durant el viatge, i decebut en saber que Diego Velázquez havia preferit a Juan de Grijalva com a capità de la següent expedició al Yucatán.