War dachenn ar relijion eo al luteraniezh a vez pleustret gant ar muiañ-niver eus an Estoniz. Ul lodenn vihan eus an dud a zo protestanted avielourien evel al latvegerien, ar finnegerien pe an alamanegerien (13,7% eus holl annezidi Estonia). Ar Rusianed hag ar Slaved all (Ukrainiz, Belarusiz) a zo ortodoksed (19,9% eus holl annezidi Estonia e 1998). Hag ar peurrest a zo katoliked (polonegerien pe alamanegerien), muzulmaned (Tatared), pe yuzevien.