HLA antigeni se javljaju u ogromnom broju mogućih kombinacija produkata pet blisko vezanih i izrazito polimorfnih (multiploalelnih) genskih lokusa (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA–D i HLA–DR), čiji redosljed (A–C–B–DR–D) na odgovarajućem segmentu hromosoma 6 ne odgovara njihovom abecednom slijedu. Alelne varijante pojedinih gena označavaju se indeksnim brojem (HLA–A, HLA–A2 …), pri čemu nedovoljno definirane (radne) nose predznak w (od workshop: HLA–Aw19, npr.). Koncem osamdesetih godina prošlog stoljeća bila su šire poznata 23 alela (i antigena) HLA–A, 49 HLA–B, 8 HLA–C, 19 HLA–D i 16 HLA–DR, što znači da se na svakom, iz para homologih hromosoma 6, alternativno može javiti jedna od 2.740.864 njihove kombinacije. Kompleks odgovarajućih alela istog hromosoma (u cis–položaju’’) označava se kao haplotip. Imajući u vidu činjenicu da su rekombinacije među njima prava rijetkost (A–B: oko 1%, B–C: 0,2%, B–D: 0,5% i A–C: 0,5%), haplotipske kombinacije se prenose u bloku, kao cjeloviti i jedinstveni nasljedni elementi (suglasno ponašanju alela za jednostavna monogenska svojstva). Međutim, ukupni broj genotipova unutar diploidne garniture iznosi čak oko 3,8 x 1012. Ni u jednoj od pet korespondirajućih serija setova multiplih alela nema odnosa dominantnosti, pa prisustvo svake njihove varijante ima svoj odgovarajući grupno–specifični (antigeni) fenotipski izraz. HLA–A, HLA–B, HLA–C i HLA–DR se označavaju kao SD antigeni (od serum defined – jer se detektiraju pomoću specifičnih seruma), a HLA–D kao LD (lymphocyte defined – jer se određuju miješanjem kultivisanih limfocita nesrodnih osoba). Geni lokusa HLA–A, HLA–B i HLA–C kontroliraju sintezu antigena koji se označavaju kao