Віленскі манастыр Св. Тройцы быў заснаваны ў другой палове XIV ст. жонкай вялікага князя літоўскага Альгерда Ульянай. У 1596-1609 гг. прыналежнасць манастыра з’яўлялася аб’ектам спрэчак паміж праваслаўнай і уніяцкай іерархіяй. З 1609 г. зрабіўся адным з найгалоўнейшых уніяцкіх цэнтраў у ВКЛ. Першым уніяцкім архімандрытам (1609-1613 гг.) з’яўляўся Іосіф Вельямін-Руцкі. Супрацьстаянне уніяцкага манастыра Св. Тройцы і праваслаўнага манастыра Св. Духа (якія і геаграфічна знаходзіліся насупраць адзін аднога) на працягу амаль двух стагоддзяў увасабляла сабой супрацьстаянне уніяцтва і праваслаўя ў Вялікім княстве Літоўскім.