Имеются сведения, что его коллега по Пештскому университету и семейный врач Янош Баласса составил документ, согласно которому было рекомендовано направить Земмельвейса в психиатрическую лечебницу. 30 июля 1865 года Фердинанд Риттер фон Гебра (англ.)русск. обманом завлек его посетить сумасшедший дом в Дёблинге под Веной. Когда Земмельвайс всё понял и попытался бежать, сотрудники лечебницы избили его, одели в смирительную рубашку и поместили в тёмную комнату. В качестве лечения ему прописали слабительное и обливания холодной водой. Через две недели 13 августа 1865 года он умер.