Цітологіческое даследаванне - найбольш дакладны аналіз на хеликобактер пилори. Для яго выкарыстоўваюць мазкі з участкаў слізістай, узятыя падчас ФГДС. Ўчасткі выбіраюць падазроныя, але без язваў і эрозій. Вынік можа быць станоўчым, альбо адмоўным.