Па сваёй арганізацыяй кальвінскі царква значна адрознівалася ад каталіцкай, лютэранскай цэркваў. Асновай кальвінісцкай царквы былі суполкі, якія самі выбіралі сваіх кіраўнікоў - прасьвітараў. Іх абавязкам было сачыць за выкананнем членамі абшчыны маральных прынцыпаў кальвінізму. Святароў у кальвінісцкай царквы не было. Пропаведзі чыталі пастары, Які абіраўся абшчына са сваіх найбольш адукаваных членаў. Прэзбітэры і пастары ўваходзілі ў склад кансысторыі, Якая кіравала ўсімі справамі абшчыны. Час ад часу для вырашэння тэарэтычных пытанняў кальвінізму збіраліся зезды пастараў - кангрэгацыі. Дзякуючы прынцыпам выбарнасці і незалежнасці суполак ад вярхоўнай улады кальвінскі царква была дэмакратычнай за каталіцкую і лютэранскую. Аднак пастаяннае ўмяшання кіраўніцтва суполак ў жыцці іх членаў парушала асабістыя правы. Абмяжоўвала правы вернікаў і то, што любое адхіленьне ад абвешчаных Кальвіна асноў лічылася недапушчальным і жорстка каралася.