Выканаўча-распарадчым органам епархіі, які знаходзяцца пад непасрэдным кіраўніцтвам епархіяльнага архірэя, зяўляецца епархіяльнае ўпраўленне, якое мае сваю канцылярыю, бухгалтэрыю, архіў і іншыя дапаможныя аддзелы, якія забяспечваюць разнастайныя віды епархіяльнай дзейнасці.Епархія падзяляецца на парафіяльныя акругі на чале з благачыннымі, якія прызначаюцца епархіяльным архіерэем. Сёння ў Магілёўскай епархіі 6 парафіяльных акруг.Магілёўская епархія абядноўвае 77 прыходаў (якія маюць юрыдычную рэгістрацыю) і 2 манастыры (1 мужчынскі і 1 жаночы). У Магілёўскай епархіі здзяйсняюць служэнне святароў — 77 , дыяканаў — 7.