У ліку найважнейшых праблемаў функцыянаваньня нацыянальнай інавацыйнай сыстэмы — крытычна нізкі ўзровень навукаёмістасьці ВУП. У апошнія гады паказьнік унутраных затратаў на навуковыя дасьледаваньні і распрацоўкі (у працэнтах да ВУП) знаходзіцца на ўзроўні, які не перавышае 0,6–0,7%. Гэта ніжэй ня толькі за сярэднеэўрапейскае значэньне (2%), а нават за крытычны ўзровень эканамічнай бясьпекі (1%). Праграмныя дакумэнты прадугледжвалі, што ў 2015 годзе трэба дасягнуць навукаёмістасьці ў памеры 2,5–2,9%, але ў бюджэце на 2015 год выдаткі на фінансаваньне навукова-тэхнічнай і інавацыйнай дзейнасьці былі закладзеныя ў памеры 2 трыльёны рублёў. Пры такім аб’ёме фінансаваньня навукі па выніках 2015-га фактычная навукаёмістасьць ВУП не перавысіць 0,54%. Вынік хранічнага недафінансаваньня навукі — слабая матывацыя працы ў навуковай галіне і, адпаведна, нізкі прэстыж навуковай дзейнасьці. Колькасьць занятых у сфэры навуковага абслугоўваньня працягвае няўхільна скарачацца: сёньня кадравы патэнцыял беларускай навукі складае ўсяго 27% ад узроўню пачатку 1990-х.