У 1839 годзе, пасьля сьмерці бацькі, ён назаўсёды пакінуў Пецярбург і вярнуўся на радзіму. У 1844 годзе Ян Хруцкі набыў маёнтак Захарнічы каля Полацку, дзе паводле ўласнага праекту пабудаваў дом і заклаў сад. Ян Хруцкі. Аўтапартрэт, 1883 г.Там ён жыў і працаваў да сваёй сьмерці ў 1885 годзе. Пахаваны мастак на могілках у Захарнічах.