Дарэчы, ёсць спрэчкі аб тым, да якой канфесіі належыць Скарына. Ёсць меркаванне, што ён мог быць пратэстантам. Прафесар Адам Мальдзіс лічыць, што ў якасці святога Францыск будзе належаць і праваслаўным, і каталікам, і уніятам. Менавіта ён ініцыяваў кананізацыю першадрукара ў 2015 годзе.