Тым не менш, лёс Праваслаўнай царквы на Славаччыне складваўся даволі трагічна, на працягу апошніх стагоддзяў – у супрацьдзеянні ўплывам Уніяцкай царквы, да якой сёння належыць большасць хрысціян Славакіі. На пачатку 1990ых гг. дзяржава перадала ўсе існуючыя праваслаўныя храмы і манастыры ўніятам, а Праваслаўнай царкве былі выдзеленыя субсідыі на пабудову новых храмаў. Але і па сёння яшчэ на Славаччыне няма ніводнага праваслаўнага манастыра.