Разгром Ольбрахта ў Малдавіі паўплываў адмоўна на пазіцыі ўсіх Ягелонаў. Ужо ў 1498 годзе на паўднёвых польскіх землях упершыню з’явіліся туркі, зноў паднялі галаву крымскія татары, якія ўдарылі і па ВКЛ. Зразумеўшы, што справа Ягелонаў дрэнная, Расія пачала зноў збіраць сілы — да новай вайны заставалася зусім няшмат часу. У ВКЛ і Польшчы разумелі, што новую унію падпісваць ужо проста неабходна — паасобку краіны маглі быць проста з’едзеныя суседзямі. А той факт, што палякі пасля разгрому ўжо не былі такімі настойлівымi і патрабавальнымi, як раней, дазваляў выпрацаваць больш выгадныя ўмовы, чым у 1496 годзе. У выніку 6 мая 1499 года на сойме ў Кракаве быў прыняты акт новай уніі, які і быў зацверджаны ў ліпені таго ж года ў Вільні. Кракаўская-Віленская унія ў цэлым пацвярджала Гарадзельскi дагавор, але ўсе фармулёўкі пра сюзерэнітэт Польшчы над ВКЛ, нават фармальны, былі прыбраныя. З таго часу ВКЛ было раўнапраўным суб’ектам у сумеснай з Польскай Каронай палітыцы. Дыпламатычнае становішча Княства моцна умацавалася. Аднак наперадзе было вельмі шмат выпрабаванняў…