Але ў самім Егіпце ў гэты час пачалося паўстанне супраць рымлян. Усю зіму48/47 гг да н.э. армія Цэзара знаходзілася ў асяроддзі і вяла цяжкіябаі. Толькі вясной рымскім дыктатару атрымалася перамагчы. Захапіўшы сталіцуЕгіпет Александрыю, Цэзар абвясціў царыцай краіны Клеапатру VII, сяструпераможанага ПталямеяXIII. Пасля гэтага ямупрыйшлося душыць паўстанне понтийского цара Фарнак у Малой Азіі. Вайна была маланкавай. Сам Цэзар,паведамляючы сенат пра перамогу, напісаў: «Прыйшоў, убачыў, перамог!