У структуру Нацыянальнага гістарычнага музея таксама ўваходзяць 5 філіялаў — Музей гісторыі беларускага кіно, Музей сучаснай беларускай дзяржаўнасці, Дом-музей I зезда РСДРП, Музей гісторыі тэатральнай і музычнай культуры Беларусі, Музей прыроды і экалогіі Беларусі.