У 1905—1910 гадах Пякарскі быў на службе ў этнаграфічным аддзеле Рускага музея, а з 1911 г. — у Музеі антрапалогіі і этнаграфіі, дзе працягваў даследаванні якуцкай мовы, этнаграфіі якутаў і эвенкаў. У 1927 годзе быў абраны членам-карэспандэнтам АН СССР, у 1931 г. — ганаровым акадэмікам. За выпуск “Слоўніка якуцкай мовы” быў удастоены Вялікага залатога медаля Рускага геаграфічнага таварыства. Памёр 29 чэрвеня 1934 года, пахаваны ў Санкт-Пецярбургу.