Малады цар Аляксей Міхайлавіч шанаваў патрыярха Нікана, давяраў яго парадам у справах дзяржаўнага кіравання, а ў час войн з Рэччу Паспалітаю (1654—1667) і працяглай сваёй адсутнасці пакідаў патрыярха фактычна на чале ўрада.