Як аўтарытэтны царкоўны дзеяч і багаслоў, Вячаслаў Багдановіч быў абраны дэлегатам ад міранаў Літоўскай епархіі на памесны Сабор Рускай Праваслаўнай Царквы 1917–1918 гг., на якім было адноўлена патрыяршаства. Па прапанове В.Багдановіча на Саборы была выпрацавана працэдура выбараў Патрыярха ў такім парадку: пры першым галасаванні называлася імя аднаго кандыдата, а ў другім — трох. В.Багдановіч разглядаў Сабор як падзею надзвычайную і важную не толькі для Рускай, але і іншых Праваслаўных Цэркваў. Прынцыповае значэнне яго рашэнні мелі і для праваслаўнага царкоўнага жыцця ў Польшчы. Сабору В.Багдановіч прысвяціў некалькі артыкулаў у перыядычным друку і апублікаваў дзённік удзельніка Сабора. У выніку аднаўлення польскай дзяржаўнасці ў 1918 г. і падпісання Рыжскага мірнага дагавору (1921 г.) Вільня разам з часткай Літоўскай епархіі апынулася ў польскіх межах. Праваслаўнае насельніцтва было падначалена ўраду, які нягледзячы на канстытуцыйныя гарантыі роўнасці канфесій, на практыцы імкнуўся да абмежавання дзейнасці Праваслаўнай Царквы, на паступовую яе паланізацыю і ізаляцыю.