У 1985 годзе Мікалай Пінігін становіцца рэжысёрам Нацыянальнага акадэмічнага тэатра імя Янкі Купалы, дзе стварае свае найлепшыя спектаклі. У 1998 годзе яго запрашаюць рэжысёрам Вялікага драматычнага тэатра імя Таўстаногава ў Санкт-Пецярбургу. У 2009 годзе ён узначальвае Нацыянальны акадэмічны тэатр імя Янкі Купалы, мастацкім кіраўніком якога застаецца і па сённяшні дзень. Дарэчы, на рахунку ў Мікалая Мікалаевіча больш за 50 пастановак. Таксама герой праграмы Майстры і куміры зяўляецца прафесарам кафедры майстэрства акцёра БДАМ і мастацкім кіраўніком курсу рэжысёраў драмы.