Sa panahon ni Francisco Gainza, Obispo kan Nueva Caceres poon 1862 abot 1879, napagantad an kamugtakan kan Seminaryo. Sa saiyang paghihingoa asin pagoonoy, naitindog niya liwat an edipisyo kaini, asin dinugangan niya pa nin saro na iyo na ining nakahampang sa tinampo, nagaayog sa arkitekturang Moslem. Palaen pa kayan, napakaray an mga kurso sa pagadal pagkapadi huli sa pagpromulgar nin mga bagong leyes asin  napabago an institusyon ta ginibo nang seminario-colegio. Ibinalyo niya an pag-administrar kaini sa mga Pading Paul, mga padi na myembro kan Congregacion de la Mision. Ini sarong orden na tinogdas ni San Vicente de Paul kan taon 1625.