Kan taon 1898, an Katipunan pinamamayohan nin duwang lider, si  Andres Bonifacio asin Emilio Aguinaldo. Si Arsobispo Bernardino Nozaleda dinulok si Aglipay asin sinugo na kaulayon an duwang lider na ini sa pagtangro sainda nin autonomiya para sa Filipinas kun oontokon an rebelyon. Si Aguinaldo man sinubol si Koronel Luciano San Miguel ki Aglipay ngane maalok na magbali sa rebelyon. Alagad, kan si Aglipay nagbkiyahe paNorte, tyempong nagputok na an Gerang Filipino-Amerikano. Kan bumalik na siya sa Manila, an mga Amerikano palan inatake asin linaog na ini. Si Aglipay nagbali na logod sa rebolusyon, mala ta kan Oktobre 20, 1898 siya nanombrahan na Vicar Heneral Militar kan mga rebolusyonaryo. Sumunod na aldaw, si Aglipay nagpawarak nin sarong surat sa mga clerigo na hinohorot niya an mga ini na hagaron ki Santo Papa na magnombra na nin mga pading filipino sa gabos na mga katongdan sa simbahan. Kan Mayo 5, 1899, si Arsobispo Bernardino Nozaleda pigekskomonikar si Aglipay sa Simbahan Katoliko.