Si Karimov inipit nanggad anoman na mga hiron kan mga grupong muslim asin an saiyang gobyerno siniguro nanggad na mayong partisipasyon asin anoman na impluensya an mga grupong islamiko sa Uzbekistan. Mala ta kan 1999, reaksyon sa mga hinuhuna na radikalismo kan mga grupong islamiko, an Oliy Majlis pighira an ley dapit sa mga organisasyon na mga relihiyoso asin pinagboot na anoman na konstruksyon nin mga moske kaipohan  maghagad ngona nin permiso. Kan nagkaigwang pagngata sa buhay ni Karimov, orog na nagkusog an pangiipit sa mga islamikong grupo asin orog pa na mangyari an Septyembre 11 atake sa Estados Unidos kan taon 2001. An Uzbekistan nagin alyado an Amerika sa pagsugpo sa mga pagbubungkaras kan mga muslim orog na ta an Amerika asin saiyang nasyon kontra sa hiro kan Taliban. An Uzbekistan tinugot na magkampo sa teritoryo niya 800 na soldados Amerikano sa base kan Karshi-Khanabad asin suportado pa ngane an pagsakyada sa Apganistan kan E.U. kan taon 2001. Alagad, an relasyon Amerika-Uzbek nagroro poon kan magtuyaw an Amerika kan mga garadanan sa Andijan na gibo mansana kan gobyernong Uzbek. An gobyernong Uzbek gusto nang palayason an mga tropang Amerikano nakadestino sa kampong Karshi-Khanabad. Kan Hulyo 2005, nagalsa-maleta an mga tropang Amerikano.