Si Kony namundag kan 1961 sa Odek, sarong baryo sa bandang subangan kan Gulu, parteng amnayan nin Uganda  sa ama niyang si Luizi Obol asin ina niyang si Nora, pareho mga paraoma. Siya kabuhan kan banwang Acholi.. Maray man an pakikibagay niya sa saiyang mga tugang, alagad sinasabi  na mainiton an payo asin madaling magalsang kamot saka mangulog. . An saiyang ama sarong katekista sa Simbahan Katoliko asin an saiyang ina sarong Anglicano. Si Kony nagin altar boy nin pirang taon alagad nagpondo pagsimba asin pagsibot sa simbahan pagedad 15 anyos  saka nagpondo naman pagklase.