Nagkapirang mga teorya an igwa sa ginikanan kan ngarang Binondosagkod man kan Tondo na saiyang kataid-distrito. An Filipinong Nasyunal na Artista na si Nick Joaquin iyo nagtutubod na an ngaran iyo gikan sa arkeyikong baybay kan Tagalog na terminong  binondoc (modernong ortograpiya: binundók), o mabukid, huli sa orihinal na bukidon na kadagaan kan Binondo.  An Pranses na linguista na si Jean-Paul Potet, sa saiyang bersyon, nagtutubod na ini hale sa mga bakawan sa salug (Aegiceras corniculatum), na kaidto iyo inaapod na tundok (tinduk-tindukan sa ngunyan), na iyo an pinakaposibleng ginikanan kan termino, kabale an prefix na Bi- sa Binondo huli sa lokasyon kan Binondo relatibo sa Tondo. 