Si Botín nagtrabaho sa JP Morgan sa US poon 1981 abot 1988. Kan 1988, nagbalik siya sa Espanya asin nagpoon na magtrabaho para sa Grupong Santander. Kan panahon na idto, siya imbwelto sa pagonra sa bangko kan 1997 sa 51 porsyentong investment sa Banco Osorno y La Union, an pinakadakulang bangko sa Tsile, sa halagang $495 milyon. Kan 2002, siya an nagin ehekutibong chairman kan Spanish Bank na Banesto. Kan Nobyembre 2010, si Botín nagsalida ki Antonio Horta Osório bilang hepe ehekutibo kan Santander UK.