Bago niya nakua an saiyaang degree, si Prunskienė nakasal ki Povilas Prunskus. Sa p[agultan kan taon 1963 asin 1971 siya nagkaaki nin tolo— sarong lalaki si Vaidotas asin duwang babae sinda Rasa asin Daivita. Ngapit pigdiborsyo ini asin nagagom liwat kan 1989 sa lalaking nagngangaran Algimantas Tarvidas.