Kan si Gobernador Heneral Santiago de Vera tinogdas an Distrito nin Quiapo kan Agosto 29, 1586, an mga misionerong Pransiskano tinogdok an pinaka-enot na simbahan sa Quiapo gibo sana sa kawayan asin tiklad. Nasulo ini kan taon 1639. Naitindog liwat ini asin pahoro-hirahay asin pagpagayon kaini nagin pusog an edipisyo na parte narumpag naman kan paglinog kan 1863. Sa superbisyon kan mga Pading Eusebio de Leon asin Manuel Roxas, an ika-3 simbahan natindog naman kan taon 1899, na si P. Roxas ngane naka-amot nin kontribusyon nagabot Php 40,000.00. Sa kasulo kan Oktubre 10, 1928, natomtom na gayo ini asin natada na sana an mga pader saka kampanaryo. Si Doña Encarnacion Nakpil de Orense, na namayo kan Komite kan Paroko, naghingoa makadamot nin kwarta ngane mapatindog liwat an simbahan. Si Arkitekto Juan Nakpil iyo an nagin responsable sa pagtogdok kaini. Milagrosong gayo na ini dai narumpagt asin narunot kan Ika-2 Gerang Pangkinaban dawa ngane an mga naka-palibot saiyang mga edipisyo nagkarurunot.