Ika-limang aki ninda Domingos Vaz Filipe asin Ermelinda Baptista Filipe, si Carlos Filipe Ximenes Belo namundag sa baryo nin Wailakama, harani sa Vemasse, sa may bandang amnayan na kosa kan Subangan na Timor. An ama niya nagadan kan edad niya pa sanang 2 taon. An saiyang mga taon pagkaaki yaon sa pagadal sa mga eskwelahan Katoliko sa Baucau asin Ossu, bago siya nasubol sa Dare Seminaryo Menor sa luwas-luwas kan Dili kun saen siya naggradwar kan taon 1968. Poon 1969 abot 1981, maliban sa mga praktikal na mga adal (1974–1976) sa Subangan na Timor asin Macau, siya nagpirmi sa Portugal asin Roma kun saen bilang kaapil sa Sociedad Salesia, nagadal nin  pilosopiya asin teolohiya bago naordenan padi kan 1980.