Kan Ikaduwang Gerang Pankinaban, si Cortot nagsuporta asin nagoyon kan pagsakop kan Alemanya sa Pransya. Inako niya an katongdan komo Haut-Commissaire (High Commissioner) para sa arte sa Gobyerno Vichy asin  duwang beses nagserbi (1941 asin 1942) bilang myembro kan Conseil national (National Council) sa gobyerno. Nagaayon siya sa mga opisyal na konsyerto ginigibo sa Paris durante kan okupado an Pransya asin siring man maski sa mga konsyerto sa laog kan Alemanya kan 1942. Kan matapos an gera, siya nakuang maykasalan sa akto niyang pagkampi sa mga Aleman asin an kastigo saiya kan gobyerno Pranses, iyo an pagsuspindir saiya na dai nanggad magtogtog nin sarong taon. Kan magtapos an suspensyon, siya nagbalik sa entablado pagtogtog mala ta nakasobrang 100 na konsyerto an nagibo niya sa lambang season.