Cuatro años más tarde, Márquez, de 27 años, foi llamáu por Ricardo La Volpe pa integrar el grupu de 23 xugadores quintegraríen la Seleición nacional pal Mundial dAlemaña del 2006. Apostó los cuatro alcuentros contra Irán, Angola, Portugal y Arxentina, anotó un gol a Arxentina, siendo unos de los xugadores más sobresalientes del conxuntu mexicanu, repitiendo la capitanía del so escoyíu mientres los cuatro alcuentros quapostó na Copa.