Frederikshavn nació como un pequeñu pueblu pesqueru, mentáu per primer vegada nun documentu de 1572, col nome de Fladstrand (sablera plana). Sicasí, hai evidencia de presencia humana na rexón dendel Neolíticu, con delles decenes de túmulos funerarios de distintu tamañu orixinarios de la Edá del Bronce, y restos de viviendes de la Edá del Fierro. El bon puertu natural foi dende siempres un llugar óptimo pa la pesca, y de xuru yera esplotáu dende antes de formase un asentamientu permanente. Dende finales del sieglu XVI, Fladstrand empezó a sirvir de puertu a la vecina ciudá de Sæby.