Mientres el so gobiernu, hubo diverses conflictos y confrontaciones ente cristianos y musulmanes, estos postreros, siendo sofitaos por Babangida, a quién se-y acusó dafala-yos a instaurar la Llei Sharia nel norte del país (mayoritariamente musulmán) y la islamización de tol país. Tamién se-y acusó de poner a musulmanes nortizos en puestos clave de gobiernu y del exércitu, con cuenta de permanecer nel poder, ensin la medrana de ser derrocáu por dalgún altu mandu daquelles instituciones yá mentaes.