Hughes interpretó a Aaron Bailey en Full House dende 1990 hasta 1995. Una de les sos primeres películes foi Jack the Bear, xunto a Danny DeVito; amás, protagonizó na película Spawn en 1997, Zeus and Roxanne en 1997, Apollo 13 en 1997, Kindergarten Cop en 1990, Mercury Rising en 1998, xunto a Bruce Willis y Pet Sematary en 1989. Hughes tamién apaeció en varia películes de televisión. Foi regular o estrella convidada en delles series como Baywatch en 1989, 90210 en 1991, Full House en 1992, Melrose Place en 1992, Touched by an Angel en 1994 y The Nanny en 1994.