Na temporada 1996/97, el so equipu terminó nel tercer puestu del campeonatu italianu y finalista de la Copa de la UEFA, en perdiendo la final col Schalke 04 dAlemaña. Zanetti completó la temporada con 50 partíos y 2 goles (apostó 33 partíos na lliga, 12 partíos en copes internacionales y 5 en copes locales).