En 1465 el rei Alfonso V realizó nueves Cortes en Guarda, onde se prohibió que los xueces de la Cámara Civil desembarguen fechos rellacionaos cola ciudá de Lisboa y que les sos resoluciones yeren competencies esclusives del rei. En 1475, el príncipe Juan (futuru rei Juan II) condució un Conseyu en Guarda paxuntar a les tropes que participaríen na Batalla de Toru, dientro del intre de la Guerra de Socesión Castellana. Nos años 90 del sieglu XV, cuando la espulsión de los xudíos dEspaña asocedió, Guarda recibió nuevos habitantes pa la so comunidá xudía, que traeríen una nueva vida al comerciu nesta zona fronteriza. En 1493, el nacíu y residente en Guarda, Rui de Pina entamól Tratáu de Tordesillas y partió nuna misión diplomática a Castiella. En 1496 y 1497, mientres el reináu de Manuel I, ordenóse la conversión o espulsión de los xudíos, lo que llevó a lapaición de los llamaos cristianos nuevos (o marranos), y según a la espulsión de los moros, dando llugar a lapaición del cripto-xudaísmu na rexón. Nel 22 dochobre de 1536 empezó la Inquisición, y foi puesta en marcha la persecución contra los hindús (na India Portuguesa), los musulmanes y los xudíos. Les persecuciones fueron tamién puestes en marcha en Guarda, particularmente a partir de 8 de xunu de 1564, cuando foi dada lautorización a D. Ambrosio Capelo, inquisidor de Guarda, pa conducir la inquisición nes diocésis de Guarda y Lamego.