A finales de 2006, Fanning empezó a interpretar papeles principales. El primeru foi en Reservation Road, interpretando a Emma Learner, la fía de los personaxes de Joaquin Phoenix y Jennifer Connelly. La película trata de les consecuencies dun tráxicu accidente de coche nel que muerre lhermanu de Emma. A finales de 2008, tuvo un pequeñu papel en The Curious Case of Benjamin Button como una versión más nueva del personaxe de Cate Blanchett (en Babel, Fanning interpretó a la so fía). Mediaos de 2007, Fanning filmó Phoebe in Wonderland nel papel de Phoebe. Ye la historia fantástica duna neña que nun quier-o nun puede- siguir les regles. Compartiendo roles con Felicity Huffman, la película foi llanzada en marzu de 2009.