Pal programa Gemini, Kraft ocupól puestu de xefe doperaciones de les misiones espaciales, al cargu de un equipu de direutores de vuelu. Sicasí, el so llabor siguía siendo la dun direutor de vuelu. Por cuenta de que les misiones de Gemini teníen una mayor duración, el CCM empezó a operar nun sistema de trabayu de tres turnos. Lhistoriador espacial David Harland mentó: «Claramente, con un control de vuelu quenfrentaba una curva daprendizaxe, estos alcuerdos constituyíen en sí un esperimentu». Kraft realizól so llabor de manera esitosa al compartir responsabilidá con los direutores de vuelu al so cargu, tal como Gene Kranz consideró, no que foil so primer cambéu de vez na misión Gemini 4: «Solamente dixo Tas a carguy foise». 