El 28 dabril de 1962 naz una nueva yera nel Bayern: de primeres, solo de forma provisional y per un añu, Wilhelm Neudecker fíxose cargu del club. Herbert Erhardt yera lúnicu xugador esperimentáu del club, polo que tuvieron que traer talentu nuevo, ente ellos a Sepp Maier. El 30 davientu de 1962, el porteru del Bayern, Fritz Kosar, tuvo quayudar nel ataque polo que Maier realizól so debú con tan solo 18 años dedá. El Bayern terminó la temporada na tercer posición de la tabla detrás del Núremberg y el 1860 Múnich. En 1963 non solo perdieren el campeonatu, sinón que les Oberligas nAlemaña fueron consolidaes nuna lliga nacional, la Bundesliga. Cinco equipos de la Oberliga Süd fueron almitíos. El Bayern terminó en tercer llugar na división sureña esi añu, pero lotru equipu de Múnich, el 1860 Múnich, ganaral campeonatu. Como lAsociación Alemana de Fútbol prefería nun incluyir dos equipos duna mesma ciudá, el Bayern nun tuvo escoyíu pa la Bundesliga.