Samus Aren, el personaxe remanáu pol xugador, tien desplorar el planeta investigando les actividaes de los pirates espaciales, mientres busca tol equipu que perdió y los dolce artefautos Chozo quabren el camín escontral cráter dimpautu, creáu por un meteoritu de phazon. Estos oxetos pueden atopase nuna zona determinada de les rexones, o bien llograse en ganando a los xefes que los curien. La busca y recueya de los oxetos más lescanio denemigos, ordenadores etc., fai aumentar los porcentaxes de cumplimientu del xuegu. Los porcentaxes van ser determinantes a la fin, pos van faer que samuese unu de los trés posibles finales quesisten.