Mientres el sieglu XVI, les cuestiones relixoses fueron ganando importancia. Rebeldes como James Fitzmaurice Fitzgerald y Hugh ONeill pidieron y recibieron ayuda de les potencies católiques dEuropa, xustificando les sos aiciones por motivos relixosos. Sicasí, la comunidá de la Empalizada y munchos de los lores irlandeses nun los consideraron genuinamente motivaos pola relixón. A empiezos del sieglu XVII, el país se polarizó ente católicos y protestantes, especialmente dempués del asentamientu duna gran población inglesa nIrlanda y descoceses presbiterianos en Ulster. (Vease Colonización del Ulster).