El so debú col Atlético foil 25 dagostu de 2011 nun alcuentru de clasificación a la Europa League frente al Vitória SC, antel cual tuvo un bon desempeñó na victoria del so equipu por 4-0. Trés díes depués, Courtois fixol so debú na Primer División nun alcuentru frente al CA Osasuna nel que dambos equipos empataron 0-0. El 9 de mayu de 2012, consiguiól so primer títulu internacional apostando y ganando la final de la Europa League por 3 goles a 0 al Athletic Club.