En travesando la entrada del complexu curiada por soldaos terroristes, alcuentra nuna celda a Anderson. Esti postreru informa a Snake alrodiu de un nuevu prototipu darma nuclear llamada Metal Gear REX que satopa sol poder de los mercenarios. Anderson esplica que pa empecipiar la detonación ríquense dos contraseñes distintes, que conocen él y Baker. Pero gracies al poder mental de Psycho Mantis, afayaron la so contraseña y nun van tardar nafayar la de Baker. Sicasí, pa evitar el llanzamientu nuclear, esiste una tarxeta PAL («Llicencia dAición Permisiva») con un códigu secretu danulación quataya la detonación. Tres la charra, Anderson muerre de secute dun ataque al corazón. Meryl, quien ta detenida nuna celda allegante, iguar pa escapar y ayudar a Snake a detener a unos soldaos enemigos que se sollertaron de la so presencia, pa depués escapar y dexalo tras. Tres lataque repelido, Snake alcuentra a Kenneth Baker, que satopa maniatáu a unes cargues esplosives de C-4. Al intentar lliberar, fai apaición Revolver Ocelot, unu de los líderes terroristes de la revuelta, quien desafía a Snake a un tirotéu. La batalla ye atayada por un misteriosu cyborg ninja que tueye la mano derecha de Ocelot con una espada y depués escapa. Tres el fregáu, Baker confiesa apurrir la so contraseña a los terroristes en siendo torturáu. Aconseya a Snake contautar con Meryl, a quien-y dio la tarxeta PAL que podría ser utilizada pa evitar el llanzamientu, pero, al igual quel xefe de DARPA, muerre de secute dun ataque al corazón.