Los métodos dalliniadura de pares, o axugamientos, utilizar patopar la meyor coincidencia en bloque (local) o alliniadura global de dos secuencies. Les alliniadures de pares namái pueden utilizase con dos secuencies al empar, pero son eficientes de calcular, y son utilizaos de cutiu en métodos que nun riquir precisión estrema, como la busca en bases de datos de secuencies con alta homoloxía de secuencia con al respective de un pidimientu. Los trés métodos principales de xenerar alliniadures de pares son los de matriz de puntos, los de programación dinámica y los de busca de pallabra, anque la mayoría de métodos dalliniación múltiple de secuencies pueden funcionar con namái dos secuencies. Anque cada métodu tien los sos propios puntos fuertes y débiles, toos ellos tienen problemes palliniar secuencies repetitives con baxu conteníu ninformación, especialmente cuandol númberu de repeticiones puede ser distinta nos dos secuencies que sallinien. Una manera de cuantificar la utilidá duna alliniadura de pares determináu ye la máxima coincidencia individualo la mayor subsecuencia que se da en dambes secuencies nestudiu. Polo xeneral, cuanto mayor seya tal subsecuencia, más cercana va ser la so rellación. 