La era de grandor de Nyborg terminó mientres la guerra contra Suecia de 1658-1660, cuando la ciudá y el so castiellu fueron estropiaos con severidá. Magar les muralles fueron reconstruyíes, Nyborg tardaría más de 150 años de mano a recuperase. En 1797 una quema afaró la metá de la ciudá.