Miyamoto esplicó que «pa cada xuegu de Zelda ye rellatada una nueva hestoria. Ello ye que cuntamos con un estensu documentu quesplica cómo ta rellacionáu cada xuegu ente sigo, y cómo se xunen afechiscamente. Anque siendo sinceru, tales venceyos nun son importantes pa nós. Cada vez que creamos un nuevu títulu, esmolecémonos muncho más pol desenvolvimientu del sistema de xuegu a emplegar [...] con tal de brindar nuevos desafíos a los xugadores». Nuna entrevista realizada por Nintendo Dream a Eiji Aonuma, a finales de 2006, este mentó quesistíen dos universos distintos na saga: la división na cronoloxía empieza nel argumentu de Ocarina of Time, cuando nes últimes escenes del mesmu, Link ye unviáu de vuelta nel tiempu pola Princesa Zelda. Siendo nuevamente un neñu, axuntar con Zelda y descríbese un futuru alternativu nel cual Ganondorf foi prindáu por sabios que lo zarren nel Reinu Crepuscular; estos datos dexaron deducir que largumentu de Twilight Princess (2006) asocede un sieglu dempués de los acontecimientos rellataos en Ocarina of Time, etapa en que Link inda ye un neñu. Mentanto The Wind Waker atópase na segunda cronoloxía del personaxe, na que Link yá ye un mozu adultu, cientos daños dempués de que salvara a Hyrule en Ocarina of Time. En 2011 Aonuma reveló que tolos xuegos partíen duna única cronoloxía.