Les conxunciones son aquelles pallabres que sirven pa enllazar dos pallabres, dos frases o dos oraciones de naturaleza análoga. El mixteco tien doce conjunción coordinantes y diez subordinantes. Les primeres son te (y, pero), te o (pero), jíín (y), chi (porque, y), chí (o), á... chí (o... o), nin... nin... (nin... nin), sa/sa el sova (sinón que), yu̱kúan na (depués, entós), yu̱kúan (entós), je̱y yu̱kúan (por eso), suni (tamién). Les conxunciones subordinaes en mixteco son les siguientes: náva̱a (por que), je̱y (que), sɨkɨ je̱y (porque), nájnu̱n (como), ve̱sú (anque), núu (si —condicional—), na/ níní na (cuando), ná/ níní (mientres), nde (hasta que, desque), kue̱chi (namás).