Sistani sobrevivió a la persecución, que mató a munchos otros clérigos xiinos. El so mezquita foi cerrada en 1994, y nun reabrió hasta dempués de la invasión estauxunidense que baltól réxime de Baath. Dende esi momentu se autorrecluyo na so casa en Najaf y a pesar del so aislamientu y inaccesibilidad, Sistani tien fuertes influyencies en tola población xiina dIraq al traviés duna rede de clérigos juniors quespublicen les sos enseñances. Por cuenta de esta influyencia, tuvo un papel silencioso pero importante na política en cursu dIraq. Él haise comprometíu col procesu constitucional, llamando a los so siguidores xiinos a la non retaliación a la violencia sectaria.