En 1989, Nacional empezó la copa nel grupu 3, acompañáu por Millonarios, C. S. Emelec y Deportivu Quito. El primer partíu terminó 1-1 en Bogotá frente a Millonarios. El segundu partíu contra Emelec, en Guayaquil terminó tamién 1-1. El tercer partíu del grupu, contra Deportivu Quito nel estadiu Atahualpa terminó tamién 1-1. El 7 de marzu, en Medellín cayó 0-2 ante Millonarios. Nel partíu de vuelta ante Deportivu Quito, ganó por 2-1. El postreru partíu de la primer fase, frente a Emelec, en Medellín, ganó 3-1. Millonarios ganól grupu, con 10 puntos, siguíu dAtlético Nacional con 7 y terceru Deportivu Quito con 4 puntos, clasificándose estos trés a octavos de final. Na fase doctavos de final, el 5 dabril, enfrentó en Medellín al Racing Club y ganó 2-0. Nel xuegu de vuelta cayó por 1-2, anque na resultancia global, Nacional imponer por 3-2 y llogró pasar de ronda. En cuartos de final, enfrentó nuevamente a Millonarios. El partíu dida foil 19 dabril, en Medellín con victoria 1-0. El de vuelta en Bogotá, el 26 de abril, terminó 1-1 y clasificóse asina a la siguiente ronda, la semifinal. Nesta etapa enfrentó al Danubiu. Nel primer partíu, el 10 de mayu, en Montevidéu, terminó 0-0. El de vuelta, el 17 de mayu, terminó 6-0 a favor de los colombianos, y de esta forma llogról cupu a la final. El primer partíu de la final, xugar nel Estadiu Defensores del Chaco en Asunción, Paraguái, frente al Olimpia el 24 de mayu. Ganaron los paraguayos por 2-0. El de vuelta xugóse en Bogotá, nel Estadiu Nemesio Camacho El Campín, por cuenta de que el Estadiu Atanasio Girardot, de Medellín, nesa dómina nun tener la capacidá mínima (50.000) que pidía la CONMEBOL. El xuegu remató 2-0 a favor dAtlético Nacional, teniendo que definir la copa por penales. Atlético Nacional impúnxose 5-4, y asina ganól so primera Copa Libertadores, con René Higuita, quien detuvo dellos cobros del equipu paraguayu.