La hestoria enfocar nun humanu invocáu a la Isla File por Jijimon por que salve la Isla. Los Digimon perdieron les sos alcordances, y volviéronse selvaxes, abandonando la Ciudá File, la metrópolis de la Isla. Loxetivu del xugador, encarnáu nun mozu neñu quel so nome ye Hero/Hiro (el nome típicu de los personaxes nos xuegos RPG xaponeses), ye salvar la Isla, ayudando a los Digimon a recuperar les sos alcordances y faer que vuelvan a la ciudá. A la fin del xuegu, tendrá denfrentase al malváu Analogman, un humanu que quier esclavizar a tolos Digimon.