El 13 dagostu de 1913 a la edá de 21 años, Trujillo casóse con Aminta Ledesma Lachapelle, una moza de bona reputación, fía dun llabrador proveniente de San Cristóbal. Tuvieron dos fíos: Julia Genoveva, que nació y morrió en 1914, y Flor dOru Trujillo Ledesma, nacida en 1915 y quen 1932 casóse con Porfirio Rubirosa. El matrimoniu terminó en divorciu en 1938.