El 1 davientu de 1940 el xeneral Manuel Ávila Camacho asumió la presidencia de la República y designó a Miguel Alemán Secretariu de Gobernación, y ésti, pela so parte, nomó a Ruiz Cortines Oficial Mayor en dicha secretaría, onde llaborió hasta abril de 1944. A principios de 1941 casóse con María Izaguirre, viuda y divorciada del so segundu matrimoniu.