En 2005 fíxose públicu qua Lennart Meri detectárase-y un tumor cerebral nun chequeo médicu. A pesar de ser sometíu a operaciones pa extirpárselo, les célules canceríxenes espandiérense a otres partes del cuerpu. Dempués de permanecer ingresáu nel hospital de Tallin mientres meses, el ex-presidente finól 14 de marzu de 2006, a quince díes del so 77º cumpleaños.