Al entamu del sieglu XVII, la ciudá sufre lamenaza de pirates y corsarios, sumáu a les constantes amenaces dindíxenas provenientes del Darién. El 2 de mayu de 1621 la ciudá sufre un terremotu del cual hubo dellos muertos y mancaos y daños estructurales. El 21 de febreru de 1644 asocedel Gran Quema, que foi provocáu y consumió 83 cases y dellos edificios relixosos, incluyendo la Catedral, teniendo nesi entós una población de 8.000 habitantes.