La etimoloxía exacta del topónimu entá ye incierta. Suélse-y rellacionar cola pallabra vasca estune, que significa estrechamientu, llugar estrechulo cual ye plausible si tener en cuenta que la canal o valle del ríu Ega, al so pasu por Zúñiga, sufre un bultable estrechamientu. Sicasí, esta esplicación etimolóxica nun dexa damosar problemes; por casu nun ye válida laparentemente obvia etimoloxía estune-Ega estrechamientu del Ega una y bones esta forma nun ye correuta en vascu, onde la espresión tendría de construyise al aviesu (Ega-estune). Sía que non, insignes filólogos como Julio Caro Baroja o Ricardo Ciérbide defendieron una etimoloxía basada en estune o un términu dialeutal paecíu. Caro Baroja suponía como orixe la espresión iztun-aga, que significaría en llingua vasca llugar del estrechamientu. Pero esta propuesta nun ye capaz desplicar delles carauterístiques de les variantes antigües del nome, como la i quapaez siempres enclavada entel supuestu raigañu del nome y el supuestu sufixu y la b quapaez en delles variantes al empiezu, y amás obliga a suponer la esistencia de uztun como variante dialeutal de iztun, a pesar de nun tar documentada. Finalmente, Mikel Belasko esboza tentativamente otra hipótesis, según la cual el topónimu podría tar formáu por un nome propiu siguíu del sufixu -(i)ka. 