Lobispu Flores fina en 1857 y asumiól so llugar el vicariu de Comayagua, frai Miguel del Cid quien taba enemistado col Xeneral Guardiola, polo que lo escomulgó y producióse la rebelión, conocida como La Guerra de los Padres; Más tarde el papa Pio IX llevantó la escomunión y nomó como nuevu Obispu dHondures a Fray Juan de Jesús Zepeda y Zepeda.