Nes eleiciones autonómiques del 13 de xunu de 1999 ye reelixíu presidente del Gobiernu de Cantabria de nuevu col sofitu del PRC, pos-y faía falta pa gobernar en mayoría. Nes eleiciones autonómiques del 25 de mayu de 2003 vuelve presentase como candidatu del Partíu Popular. De nuevu nun consigue la mayoría absoluta de la cámara. El PRC nesta ocasión emprestal so sofitu al PSC-PSOE y dexa fora del Gobiernu de Cantabria al Partíu Popular. Nes eleiciones autonómiques de 2007 Joaquín Martínez Sieso yá nun yel candidatu del partíu, el so llugar ocupar Ignacio Diego, que tampoco consiguió gobernar yá que rexonalistes (PRC) y socialistes (PSC-PSOE) revalidaron el pactu.