Tres una temporada ensin títulos, Peñarol llogról Campeonatu Uruguayu en 1964 y 1965, según una nueva Copa Libertadores en 1966, al ganar a River Plate por 4-2. Esi añu tamién llogró la so segunda Copa Intercontinental en superando al Real Madrid por 2-0, tantu nel Centenariu como nel Santiago Bernabéu. Nos siguientes años, siguió atropando llogros a nivel nacional ya internacional, destacar el llogru de los campeonatos nacionales de 1967 y 1968, y de la Supercopa Suramericana de Campeones Intercontinentales en 1969, certame quarrexuntó a los clubes suramericanos quhasta esi momentu ganaren la Copa Intercontinental. Adicionalmente, mientres esti intervalu, consiguió linvictu más enllargáu na historia del Campeonatu Uruguayu, que estendióse por 56 partíos entel 3 de setiembre de 1966 y el 14 de setiembre de 1968. Ente los futbolistes que pasaron pol club mientres estos años, destacaron los nomes del ecuatorianu Alberto Spencer, goliador históricu de Peñarol por alcuentros internacionales, Juan Joya Cordero, y Pedro Rocha.