En 1863 ganó les eleiciones pa vicepresidente de la República. Magar que trunfó con 15 mil voto, arrenunció a la vicepresidencia porque creyó que la so propia candidatura fuera sofitada pol Gobiernu de García Moreno, perxudicando asina al so contendor Carlos Aguirre Montúfar. García Moreno calificar de el más sobeyosu Lucifer y demagogu. Y foi escorríu. En 1868 dende El Constitucionallideró a los lliberales católicos de Cuenca nel sofitu a la candidatura presidencial de Francisco Xavier Aguirre y protestó contral golpe dEstáu que depunxo a Javier Espinosa. García Moreno trató datraelo nomándolo visitador fiscal de Azuay y Loxa, pero Borrero nun aceptó como tampoco aceptó la candidatura doposición na campaña presidencial de 1875, na que García Moreno foi reelixíu. 