El tracto gastrointestinal, ye tamién una parte importante del sistema inmune [2]. El pH baxu del estómagu (ente 1-4) ye fatal pa munchos microorganismu quentren al estómagu. Igualmente, el mucus (conteniendo IgA), neutraliza munchos destos microorganismos. Otros factores nel tracto intestinal quayuden cola función inmune inclúin enzimes na cuspia y la fiel. Enzimes tales como Cyp3A4, xuntu cola actividá antiporte, son tamién preseos nel rol del intestín de detoxificación de antígenos y xenobióticos, tales como drogues, arreyaos nel primer pasu metabólicu. Bacteries intestinales quameyoren la salú, sirven pa prevenir el sobrecrecimiento de bacteries potencialmente dañibles nel intestín. Los microorganismos son tamién calteníos a raya por un estensu sistema inmune quentiendel texíu linfoide acomuñáu col intestín.