A pesar de sufrir una mancadura mientres la selmana nun entrenamientu, el 24 de xineru de 2009 apostó como titular lalcuentru frente al Groningen, consideráu partíu a ganar pol entrenador Marco Van Basten. Lamentablemente Vertonghen foi espulsáu por doble mariella y el partíu acabó en derrota por 1-0. El 1 de marzu contribúi con una anotación na victoria por 0-2 sobrel FC Utrecht. Sicasí mientres el partíu sufrió una mancadura nel tendón de la corval, lo que lo alloñar 1 mes de les canches lo que lo fixo perdese los alcuentros frente al Olympique de Marseille polos octavos de final de Acopar UEFA. Volvió xugar en abril perol so regresu namái duró dellos partíos dempués entós que la so temporada terminara prematuramente dempués dagravar otra mancadura. Anque se perdió dellos partíos por cuenta de mancadures que complicaron el so regresu a les canches, na Eredivisie foi regularmente titular xugando 26 partíos -23 como titular- marcando cuatro goles. El Ajax terminó allugáu nel tercer llugar con 69 puntos, a 22 puntos de distancia del AZ que remató campeón.