Lorixe de la ciudá remontar al sieglu I e.C. cola construcción de la Ponte Vieya que formaba parte de la vía romana que xuníal valle del Guadalquivir con Cartaxena. Na fundación del pueblu influyó de manera importante la esistencia dun molín que taba asitiáu xunto a la ponte. Nel primer terciu de sieglu creció rápido por impulsu dunes esplotaciones mineres, anguaño abandonaes. Foi puntu crucial del comerciu ente Llevante y Andalucía, polo que sintentó construyir un ferrocarril que nunca foi concluyíu. En dómina romana caltúvose la importancia desti llugar como zona de camín pos nesta dómina construyól Puente Viejo, quentá güei caltiénse, y que formaba parte de la ruta que xunía Cástulo con Cartaxena. Mientres la ocupación musulmana construyir na aldega de Peñolite una fortaleza que güei ye conocida como Les Torres. Na actualidá los restos caltiénense bien esfarrapaos pero paez questi castiellu, construyíu polos almohades, cuntó con cuatro torres de tapial y una serie de dependencies interiores. Tres la conquista cristiana estes tierres quedaríen dientro del términu de Segura de la Sierra. El conceyu de Puente de Génave data de 1933, añu en que se segregó de La Puerta de Segura y na actualidá configúrase como una llocalidá agrícola dedicada al cultivu de la olivar. Nel sieglu XIX va empezar lagrupación de la población nel cascu urbanu de lo que güei ye Puente de Génave, pos hasta entós dicha población atopábase esvalixada por dellos nucleu como Pedro Henares, El Molín, Les Ánimes y La Mina. Nesta dómina empieza tamién la construcción de la Ilesia Parroquial de San Isidro Llabrador. Ente les sos aldegues y cortijadas destacar Peñolite, Cortixos Nuevos, Pedronares (dantiguo), El Tamaral y Los Avileses.