Nació en Los Angeles, California, y ye fía del direutor de fotografía Caleb Deschanel y de lactriz Mary Jo Deschanel. Tien ascendencia irlandesa y francesa,. Ye la hermana mayor de lactriz, cantante y compositora, Zooey Deschanel. Deschanel foi criada como católica, pero anguaño nun practica nenguna relixón. Emily Asistió a la Universidá de Harvard-Westlake y Crossroads School en Los Angeles, enantes de graduase del Programa de Formación dActores de la Universidá de Boston como Profesional con una llicenciatura en Belles Artes en Teatru.