Metroid Prime foi aclamáu pola crítica, incluyendo puntuaciones perfectes en dellos medios y distintos premios al meyor xuegu del añu. Foi allabáu pol so acabáu gráficu, los sos efeutos especiales y los sos variaos escenarios, pela so banda sonora y los sos efeutos de soníu, el so diseñu de niveles, la so atmósfera inmersiva, y el so innovador sistema de xuegu más centráu na esploración que na aición a diferencia de xuegos como Halo, calteniéndose fiel a la fórmula Metroid. Tamién tuvo delles males crítiques, sobremanera pola so inusual esquema de botones, que dalgunos consideraron confusu; otros echaron en falta un mayor desenvolvimientu de la hestoria, llegando a comparalo con un «arcade de los años noventa con espectaculares efeutos visuales y un argumentu bien fluexu»; y otros pensaron que los xugadores menos espertos «podríen atopar aburríu volver visitar los mesmos llugares una y otra y otra vegada».