Atlas empecipio la so segunda participación na Copa Libertadores, enfrentándose a La Paz FC el 30 de xineru del 2008 nel Estadiu Jalisco, na ronda previa. Atlas ganó 2-0 a la escuadra boliviana con goles dUlises Mendivil y Eduardo Rergis, la vuelta xugada en La Paz Atlas cayó 1-0 pero avanzó a la fase de grupos con un global de 2-1.