Doudna foi xubida al puestu de profesor de Biofísica Molecular y Bioquímica Henry Ford II en Yale nel añu 2000. Nel 2002, aceptó la posición como miembru de la facultá de la Universidá de California, Berkeley como profesora de Bioquímica y Bioloxía Molecular pa tar más cerca de la so familia y del sincrotrón nel Llaboratoriu Nacional Lawrence Berkeley. El so trabayu inicial na solución de grandes estructures de ARN llevar a faer más estudios estructurales de la ribozima del virus dhepatitis delta (HDV), el IRES y complexos proteína-ARN como la partícula de reconocencia de señal. El so llaboratoriu agora enfócase nun entendimientu mecanístico de los procesos biolóxicos quarreyen el ARN. Esti trabayu ta estremáu en trés grandes árees: el sistema CRISPR, ARN dinterferencia y controles traduccionales vía micro ARN.