Sicasí, foi derrocáu del gobierno vía golpe destáu militar, el 3 de xunu de 1948, siendo sustituyíu pol presidente del Poder Xudicial Dr. Juan Manuel Frutos del Partíu Coloráu; cuando yá esistía un presidente electu y solo faltáben-y meses pa cumplir colos sos 5 años de gobiernu. Col fin del réxime, Morínigo foil tercer presidente que más tiempu se caltuvo nel poder, namái por detrás dAlfredo Stroessner y Carlos Antonio López. Darréu, foi exiliáu a lArxentina hasta 1954, añu en que retornó al país.