Bongo ocupól cargu dAltu representante personal del Presidente de la República ente 1987 y 1989. En 1989 el so padre introducir nel gobiernu como ministru de Rellaciones Esteriores y Cooperación, reemplazando a Martin Bongo. Yera consideráu un reformista dientro del gobernante PDG a empiezos de los años 90; creó, con André Mba Obame, un grupu dallegaos (Alfred Mabika Mouyama, Germain Ngoyo Moussavou), que buscaba anovar la vida política gabonesa.<ref name=Fils>Philippe Bernard, Ali Ben Bongo, Monsieur FilsMonde 039; 17 de xunu de 2009.</ref> Nes eleiciones parllamentaries de 1990 (la primer eleición tres la introducción del multipartidismo políticu), foi electu a lAsamblea Nacional como candidatu del PDG pola provincia de Haut-Ogooué. Tres dos años como ministru de Rellaciones Esteriores, una reforma constitucional de 1991 que llevó a 35 años la edá mínima pa desempeñase en ministerios obligar a abandonar el gobiernu, yá que daquella solo tenía 32 años. 