Demientres la campaña presidencial de Pedro Aguirre Cerda, Allende foi elixíu pa dirixir la campaña en Valparaíso. Dexó lescañu parllamentariu pa xunise al nuevu gobiernu como ministru de Salubridá, dende ochobre de 1939, con 31 años. Esi mesmu añu asoleyósel so trabayu la realidad médico socialobra importante de la salú pública con énfasis na medicina social, na que se señalaba quel principal condicionante del nivel de salú duna población yel so nivel socioeconómicu. Al entamar la so vida ministerial, en 1940 casóse con Hortensia Bussi Soto. 