Conoció al artista gráficu Peter White nuna fiesta nel 2000, con quien se casó en Sydney nagostu de 2005. Anguaño viven en Nueva York cola so primer fía, Willow Katherine White (nacidal 5 de payares de 2008) y el so fíu Tommy Francis White (nacíul 30 dOchobre del 2013). Cuando se casó, nel añu 2005, pidió-y al so meyor amigu que foral so damao nesti casu caballeru dhonor. Laceptó y llevó a cabu toles funciones acomuñaes con dichu papel, sacante lo de ponese un vistíu. «El foil mio meyor amigu mientres 15 años. Yel mio más antiguu y más íntimu amigu. Siempres pregunté: ´¿A quién escoyería?´ Y pensé: ´Vamos pidi-y al mio meyor amigu´. Pa él foi una increíble sorpresa y preguntóme qué tenía que faer. Yo a cencielles quería que tuviera al mio llau.» Por eso, cuando Monaghan, a los sos 32 años, lleól guión de Quiero robame a la novia (Made of Honor), una comedia romántica protagonizada por Patrick Dempsey, comol meyor amigu de Monaghan y padrín de la boda, aceptó y dixo: «¡Yo pasé por esta esperiencia! ¡Anoto!». 