Otru factor quafecta a la ecoloxía de la cuenca Ili-Balkhash ye les emisiones debíes a los procesos mineros y metalúrxicos, sobremanera nes mines y la planta metalúrxica en Balkhash operaes por Kazakhmys. Na década de 1990, el nivel demisión foi 280 a 320.000 tonelaes al añu, depositando 76 tonelaes de cobre, 68 tonelaes de cinc y 66 tonelaes de plomu na superficie del llagu. De magar, la emisión casi se dobló. Los contaminantes son tamién llevaos dende los depósitos al campu dalmacenamientu poles nubes de polvu.