Ente los más importantes manuscritos de la biblioteca tal Codex Vaticanus, el más antiguu manuscritu completu de la Biblia. La Historia Secreta de Procopio afayar nesta biblioteca, y publicóse en 1623. Tamién satopó nella unu de los trés cancioneros conocíos de la llírica galaicoportuguesa, el llamáu Cancioneru de la Biblioteca Vaticana. Custodia coles mesmes les actes orixinales del procesu de Galileo, un manuscritu autógrafu de santu Tomás dAquino y les cartes orixinales del casu de Martín Lutero.