El 28 de xunu de 2015 confirmóse que Macnelly volvería a Atlético Nacional, llegó al cuadru verde en calidá de cesión definitiva de los sos derechos federativos y con un contratu por trés temporaes. El 27 de xunetu de 2016, El Magu consagróse campeón de la Copa Libertadores dAmérica nun global de 2 a 1 frente a Independiente del Valle dEcuador, llogrando asinal so primer títulu internacional, xugando como titular y nun gran nivel dendel reinicio de la competición depués de que fuera atayada pol encruz cola Copa América Centenariu.