Tres el fin de la influencia bolivariana nel Perú, el 28 de febreru de 1827 convocóse les eleiciones pal Congresu. La Mar foi escoyíu diputáu por Huaylas y preparóse pa volver a Lima. Pero asocedió entós quuna entusiasta población guayaquileña, enterada del retiru de les tropes grancolombianas de Perú, obligar práuticamente a asumir el mandu como Xefe Políticu y Militar de la plaza de Guayaquil. Poco dempués recibió la noticia del so nomamientu pol Congresu de la República de Perú como Presidente Constitucional de la República (9 de xunu de 1827). La so eleición fuera impulsada por Francisco Xavier de Luna Pizarro, el sacerdote lliberal y presidente del Congresu, quien vía en La Mar un militar aparente pal gobiernu republicanu, por ser una persona desafecta al militarismu y al caudillaje. La so candidatura trunfó sobre la dAndrés de Santa Cruz, quien quedó bien descontentu pola resultancia de la eleición.