En 1544 Tønder foi parte del ducáu de Schleswig-Holstein-Haderslev, quel rei Federico I de Dinamarca heredara al so fíul duque Juan el Viejo. A la muerte de Juan ensin fíos en 1580, les sos tierres partir ente los sos hermanos, pasando Tønder a posesión del ducáu de Holstein-Gottorp, y eventualmente tornó a manes de la corona.