Per otra parte, Francisco de Borja, que sería canonizáu en 1671, entamó obres damurallamientu ya incorporó la nueva cortil a la Vila-nova, protexéndola asina del peligru de los pirates, turcos y corsarios al serviciu del rei de Francia. Tamién dientro de la nueva cortil, mandó construyir un colexu pal que llogró, en 1548, una bulda pontificia que la alzó a la categoría dUniversidá. Dicha universidá, asitiada nel llugar que güei ocupen les Escueles Pías, foi famosa nos dos sieglos que tuvo de vida, hasta la so supresión por Carlos III en 1772, tres la espulsión de los xesuites que lu rexentaben en 1767, y polla pasaron nomes como Baltasar Gracián, Juan Andrés y Antonio José de Cavanilles.