En 1855, mientres el gobiernu dIgnacio Comonfort, foi primeru gobernador dOaxaca, pa dempués ser nomáu ministru de Gobernación y presidente de la Suprema Corte de Xusticia. Navientu desi mesmu añu, mientres el golpe destáu causáu por conflictos ente conservadores que sofitaben a la ilesia y lliberales que sofitaren la separación Ilesia-Estáu, Juárez foi prindáu poles fuercies del propiu Comonfort. La razón foi la dulda de los golpistes ante la so posición, yá que Juárez nunca se declaró abiertamente en contra nin a favor del conflictu, irónicamente causáu pola llei que les sos bases él mesmu ayudara a sentar.