Tres un xuiciu nel Senáu,[15] que-y yera adversu, Mosquera foi desterráu por trés años, mientres los cualos vivió en Lima.[12] Nesta ciudá publicó un estudiu (Cosmogonía, Tomás Cipriano de Mosquera, Imprenta del Estáu, 1868) sobre los diversos sistemes de la creación del universu, que nel so testu orixinal recoyía dalgunes de les daquella recién tesis de Charles Darwin, discutinios pa los preceptos cristianos de la dómina.