En 1945, los Países Baxos fixeron de Hollandia la capital de Nueva Guinea Holandesa. Dempués el territoriu pasó a manes de les Naciones Xuníes, el 1 dochobre de 1962, la ciudá pasó a ser conocida como, nidioma indonesiu, Kota Baru, y retuvo el nome cuando Indonesia tomól control, el 1 de mayu de 1963. La ciudá foi renombrada, por un curtiu tiempu, como Sukarnopura, pol Presidente Sukarno, hastal final del añu 1968, cuando adquiriól so nome actual. El significáu lliteral de Jayapura ye Ciudá de la Victoria (Sánscritu jaya: victories militar; pura: ciudá).