Maher nació na ciudá Nueva York, fíu de Julie Berman, enfermera y William Maher, Sr. editor duna cadena de la noticies. Maher foi criáu católicu, la relixón del so padre, y nun supo que la so madre yera xudía hasta que foi adolescente. Creció en River Vale, New Jersey y graduóse nel Institutu Pascack en Montvale, New Jersey. Llogról so Bachelor of Arts ninglés y hestoria na Universidá Cornell en 1978.