Nel cuartu partíu de lliga contra Nantes nel derbi bretón, Gignac empezó como titular y estimólu al entrenador Gourcuff convirtiendo un triplete en 27 minutos pa ganar el partíu por 3-1.[11] El 4 de payares de 2006, marcól gol de la victoria como visitante en contra de Marsella y, navientu, anotó goles en partíos contra Seden y lAuxerre.[12][13][14] Gignac terminó la campaña con 37 apaiciones na lliga y nueve goles, siendol meyor del club.