Lapariencia de Link en Phantom Hourglass asemeyar a la que samuesa en The Wind Waker con llargos güeyos al estilu anime.[4] El conceutu de la hestoria del xuegu foi escritu por Hidemaro Fujibayashi;[19] largumentu asocede darréu dempués de los elementos narraos en The Wind Waker, pero, a pesar dello, Aunoma señaló que «Creo quellos [los xugadores] pueden xugar The Wind Waker dempués de Phantom Horglass.