Foi fíu del rexente Francisco de Vergara Vela y de Petronila Caicedo Vélez. Nieto per llinia paterna de José de Vergara y Gómez de Sandoval y de Gertrudis Vela Patiño, y nietu per llinia materna del teniente coronel José de Caicedo Pastrana (encomendero de Boyacá, alcalde de Santafé, correxidor de Zipaquirá y Coyaima, gobernador de Neiva y Santa Marta) y de Mariana Vélez de Guevara Caicedo.