Nausencia de Padilla, María gobierna Toledo hasta la llegadal 29 de marzu del obispu de Zamora Antonio de Acuña, cuando se ve obligada a compartir el poder con él. Al recibir les males noticies sobre Villalar, María cai enferma y vístise de llutu. Sicasí, en cuenta de abandonar, María Pacheco va liderar la última resistencia de les Comunidaes en Toledo. Dirixe, dende la so casa primeru y dende lalcázar de la ciudá dempués, la resistencia a les tropes realistes, aparcando defensores nes puertes de la ciudá y mandando traer lartillería dende Yepes, enllantando contribuciones y nomando capitanes de les tropes comuñeres toledanes. En rindiéndose Madrid el 7 de mayu, solo aguantaba Toledo. Ante ello, el restu de los dirixentes comuñeros de la ciudá inclinar por capitular, pero ella llogra evitar la rindición. Inclusive lobispu Acuña fuxel 25 de mayu intentando llegar a Francia. Parte de la rivalidá con Acuña deber a la so intención de llograr la mitra toledana, primada dEspaña, que María deseyara pal so hermanu Francisco de Mendoza.