Los sos puntos de vista humanistes ganáronlu enemigos poderosos en Xénova. En 1550, la publicación de Annales Genuendis, ab anno 1528 recuperatae libertatis usque ad annum 1550 (la so historia de la República de Xénova de 1528 a 1550) ganó-y la enemistá de les poderoses families xenoveses de los Doria, los Adornu, los Spinola y los Fieschi, que buscaron vengación contra Bonfadio por atrevese a recoyer y xulgar les sos aiciones. Acusar de sodomía, polo que foi arrestáu, xulgáu y condergáu a muerte. foi degolláu y el so cuerpu quemáu. Los informes del so xuiciu nunca fueron atopaos. Los estudiosos tuvieron dificultaes pa determinar la fecha exacta de la so execución. La mayoría de les fontes oficiales falen de 1550, mientres otros dan como fecha 1560 o inclusive tan tarde como 1580, anque esta fecha foi refugada por estudiosos posteriores.