El métodu de programación dinámica garantiza atopar una alliniadura óptimo dada una función de puntuación en particular; sicasí, identificar una bona función de puntuación ye, usualmente, más una cuestión empírica que teórica. A pesar de que la programación dinámica ye estensible a más de dos secuencies, ye prohibitivamente lenta pa un altu númberu de secuencies desaxeradamente llargues.