Gargüelu Fondu muerre nel cursu duna aventura a la fin de la primer temporada. El so últimu conseyu a Dana ye: Nun confíe en naide. Como confidente sustitúyelu X, un tipu que sigue apurriendo información a Mulder, duna manera entá más paranoica quel so antecesor. Paralelamente, va alzándose la figura dun tarrecible antagonista: el Fumador, un home dinmensu poder políticu que tien accesu al Pentágonu, al mesmu FBI y, polo xeneral, a tolos secretos del Gobiernu de los Estaos Xuníos. Esti suxetu consigue en 1994 cerrar los Espedientes X y dixebrar a los dos protagonistes.