El so gobiernu foi destacáu pola Campaña de Vacuna Obligatoria, promovida pol médicu sanitarista y Secretariu de Salú Oswaldo Cruz, que xeneró la Revuelta de la Vacuna, y pola Reforma urbana de Rio de Janeiro, realizada so los planes del alcalde desa ciudá, linxenieru Pereira Passos. La so alministración financiera foi esitosa. El presidente disponía denforma dineru, yá que el so gobiernu coincidió cola puxanza del ciclu del cauchu en Brasil, cabiendo al país un 97% de la producción mundial. En 1903, Rodrigues Alves mercó la rexón dAcre a Bolivia, pol Tratáu de Petrópolis. Nel so primer mandatu, el vicepresidente escoyíu foi Francisco Silviano de Almeida Brandão, que finó; quien asumió la vicepresidencia foi Afonso Pena. Dexó la presidencia con gran prestígio, siendo llamáu el gran presidente. La so alministración foi reconocida en Brasil y lestranxeru, como una de les más notables del réxime republicanu.