Nun documentu del añu 1.076, pol quel rei Alfonsu VI dexa al abá Fortunio y al monesteriu de Silos el llugar de San Frutos, falar del vau de Neguera. Nel añu 1.247 yera una aldega diminuta que pagaba al obispáu de Segovia tan solu dos maravedies. Nel añu 1.632 se desmembra esta parroquia de la del Salvador de Sepúlveda y queda incorporada a Sebúlcor. Poro, como agora yera un barriu de Sebúlcor, nómase El Varrio en 1.759, con seis vecinos, y Barriu de San Miguel de Neguera en 1.826 con once vecinos y cincuenta habitantes. Dende esta fechal so númberu dhabitantes foi menguando hasta lactualidá en que satopa despobláu y en ruines.