La eleición de la Comisión liderada por Barroso nun tuvo exenta de discutiniu. Na primer propuesta que se presentó al Parllamentu Européu, el comisariu de Xusticia y vicepresidente yera Rocco Buttiglione. Ante la evidencia de que, por diversu motivos, el Parllamentu nun diba aceptar la Comisión, Barroso realizó una serie de cambeos.