Nótese que diversos taxones de la clasificación linneana tradicional son parafiléticos: Agnatha (Myxini + Cephalaspidomorphi), Osteichthyes (Actinopterygii + Sarcopterygii), Reptilia (Testudines + Lepidosauria + Crocodilia), y que les aves son un clado más dientro de los reptiles; si tener en cuenta les formes fósiles, grupos como los anfibios apaecen tamién como parafiléticos.