La doctora Peñarrubia publicó más duna trentena artículos en revistes de sonadía internacional como The Plant Cell, The Plant Journal o Plant Physiology. Dos de los artículos más relevantes desta investigadora, son los publicaos na revista Nature Biotechnology sobre la producción de la monelina en plantes trexéniques y en The Plant Cell sobre la función de la proteína Y8 en frutos de tomate.