Esta división foi establecida pol gobiernu Meiji en 1871 y conozse como labolición del sistema Han. Anque primeramente fueron creaes unes 300 prefeutures, esti númberu foi menguando hasta un total de 47 nel añu 1888. La Llei del Gobiernu Llocal de 1947 dio más poder políticu a les prefeutures, aproviéndoles de la capacidá descoyer gobernadores por aciu eleiciones llocales. Nel 2003, el Primer Ministru Junichirō Koizumi propunxo la unión de prefeutures en 10 rexones que tendríen más autonomía que les actuales prefeutures, pero nun simplementó.