Les sectes más importantes que surdieron fueron: Jōdo shū fundáu pol monxu Hōnen a finales de la era Heian y que foi prohibíu ente 1207 y 1211 por diferencies cola Corte Imperial; el Jōdo Shinshū creáu por Shinran, discípulu de Hōnen; el Ji shū creáu por Ippen; les escueles de budismu zen Sōtō y Rinzai, fundaes por Dōxen y Eisai respeutivamente; y el budismu nichiren, fundáu por Nichiren.[52]