Dempués del periodu docupación soviética de 1940, Estonia entra a formar parte del Tercer Reich dHitler (1941-1944) tres la ocupación dEstonia pola Alemaña Nazi. Dellos estonios xunir a les Waffen-SS pa lluchar contra los soviéticos, formándose la 20ª División de Granaderos SS, tamién conocida como la 1ᵉʳ División Estonia. Mientres la ocupación alemana, nEstonia estableciól centru desterminiu de Vaivara, siendo llevaos ellí xudíos y xitanus de rexones vecines. Afortunadamente, la mayoría de los xudíos dEstonia escapara antes de la llegada de les Einsatzgruppen.