Ente les estructures fundamentales de Troya VI destaca la fortaleza, col monumental bastión de 9 m daltor y ángulos bien agudos, en posición análoga a la de Troya II, nel Bronce Antiguo, apoderandol cursu del Escamandro. En casu dasediu, disponía duna enorme cisterna de 8 m de fondura nel interior del bastión central. El trazáu de les muralles con un diámetru dunos 200 m —el doble de la cortil más antigua—, desdoblar nun segundu cercu concéntricu al precedente con un altor mediu de 6 m y una grosez de 5 m. Llegar por una puerta principal, controlada por una torre fortificada y por otres trés secundaries, de les que partíen en sentíu radial amplies cais converxentes escontral centru septentrional de la ciudá, güei sumíu. Al travesar les puertes atopaben piedres rectangulares, en forma de pilastra, encaxaes caúna notru bloque de piedra, del tamañu averáu duna persona. Esti tipu delementos arquiteutónicu ye abondo común nel ámbitu hitita. Larqueólogu Peter Nieve cree que podríen tar rellacionaos col cultu a divinidaes proteutores de les puertes, mientres Manfred Korfmann suxure que podríen tar rellacionaes col cultu a Apolo.