En 1799, casóse con Manuela de la Cuba y la Rocha, cola que nun tuvo descendencia. Ella finó en 1805 y antes de expirar pidió-y a Unanue que se casara con Josefa de la Cuba y Ballón, sobrina so. Asina lo fixol sabiu. Desti segundu matrimoniu nacieron cuatro fíos: Francisca Unanue y de la Cuba, Rosa María Michaela Unanue y de la Cuba, Jesús Unanue y de la Cuba y José Unanue y de la Cuba.