A pesar del ésitu llográu nel anterior gobiernu, los dirixentes del PAP pensaben quel futuru de Singapur pasaba por anexonase con Malaya. Según el so criteriu, los llazos históricu y económicu ente Malaya y Singapur yeren bien fuertes como pa siguir siendo naciones separaes, y llucharon enérxicamente pola fusión. Per otra parte, los integrantes pro-comunistes del PAP oponíense firmemente a la fusión, tarreciendo una perda dinfluencia política y asina quedar clisaos pol partíu mayoritariu de Malaya, la UMNO, quamás yera un partíu que se reconocía anticomunista. Pela so parte, los líderes de la UMNO tamién samosaron escépticos a la idea de lanexón por cuenta de que teníen series duldes del papel del PAP nel gobiernu, y amás, por cuenta de la alta población china en Singapur, la fusión alteriaría lequilibriu racial de la que tanto dependía la so poder políticu. La fusión nun se toma en cuenta hasta que, en 1961, Ong Eng Guan, ministru pro-comunista del PAP, abandona les files del partíu. Los comunistes ganen al PAP nes eleiciones parciales, amenaciando con desmontar el gobiernu de Lee. Tres esti fechu, la UMNO, apavoriáu pola posible toma de poder de los comunistes, acepta la fusión. El 27 de mayu, el primer ministru de Malaya, Tunku Abdul Rahman, propunxo la idea de formar la Federación de Malasia, quincluyía les yá esistentes Federación de Malaya, Singapur, Brunéi, y los territorios del Borneo británicu de Sabah y Sarawak. Los líderes de la UMNO creíen que laltu índiz de población malaya nos territorios de Borneo compensaría la población china de Singapur.