Francisco de Borja tuvo dos hermanos: César (nacíu en 1844) y Fermín (en 1849). En cursando los estudios nel Institutu dUviéu y nel seminariu de Vergara, ingresó nel Colexu dInfantería de Toledo, onde salió destináu como sarxentu, nel Reximientu dInfantería de Mallorca.