Cuando Estonia ingresó na Unión Europea en mayu de 2004, Kaljulaid foi nomada representante del país nel Tribunal de Cuentes Européu en Luxemburgu, del que formaría parte hasta 2016.[2] Dende esa institución supervisaría asuntos como la concesión de fondos estructurales, el control del dineru destináu a la Política Agrícola Común, y lauditoría del Europol.