En 2012 la dirigencia del club invirtió más de 7,5 millones de dólares pa la temporada. Los oxetivos nun se cumplieron y Nacional quedó esaniciáu noctavos de final de la Copa Libertadores que xugó contra Vélez Sarsfield dArxentina. Nel tornéu llocal nun clasificó a los cuadrangulares, onde quedó doceavu na tabla de posiciones. El 3 de mayu foi anunciáu Juan Carlos Osorio como nuevu direutor téunicu depués de la salida de «Sachi» Escobar. Nel entamu del segundu semestre, Nacional apostó la primer edición de la Superliga colombiana, na cual superó por un ampliu marcador nos dos partíos, 3-1 na ida y 3-0 na vuelta al Junior de Barranquilla. Tres lentamu del nuevu procesu con Osorio, Nacional llogról so segundu títulu nesta era, al ganar la Copa Colombia per primer vegada antel Deportiva Campera por marcador global de 2-0 con goles de Fernando Uribe y Juan David Valencia. Nel Tornéu Finalización avanzó a los cuadrangulares semifinales nel quintu puestu, pero nel grupu quedó segundu con diez puntos con un saldu de trés partíos ganaos, unu empatáu y dos perdíos.