A mediaos del sieglu XIX, un creciente nacionalismu rioló na ciudá, abrir una fienda ente les etnies danesa y alemana que moraben nella. Mientres la primer guerra de los ducaos (1848-1851), quenfrentó a Dinamarca contra Prusia, Sønderborg permaneció tol tiempu en manes daneses y nun foi parte direuta del teatru bélicu, anquel so castiellu foi habilitáu como hospital militar. Na segunda guerra de los ducaos, sicasí, la ciudá foi atacada pola artillería prusiana nabril de 1864, resultando estropiáu severamente el so cascu históricu. Tropes prusianes ocuparon la ciudá y tola islal 29 de xunu de 1864, y en 1867, cola anexón de Schleswig-Holstein per parte del reinu de Prusia, Sønderborg convertir nuna ciudá alemana.