La Capiya Mozárabe ta allugada nel ángulu suroeste de la fachada sur, agospiada nel interior del arranque duna torre que nunca se construyó. El nome orixinal de la mesma, dau pol cardenal Cisneros, foi Capiya del Corpus Christi nel añu 1500 y el so destín dende los entamos yeral caltenimientu del ritu hispanomozárabe. Diéronse numberoses esplicaciones a la voluntá de Cisneros de que se recuperara una tradición en decadencia yá naquellos momentos. La más plausible yel deséu del cardenal de conciliar na catedral distintos sentimientos relixosos quentá se calteníen y polos quél sentía especial apreciu. Había que tener en cuenta que, yál 20 de marzu de 1101, Alfonso VI diera a los mozárabes de Toledo un privilexu nos tributos y en 1371, Enrique II de Castiella confirmar. Ello esplica linterés de Cisneros en que se recuperaren los códizs, breviarios y misalye, restaurar na midida quello fuera posible y volviérense a publicar en nueves ediciones. Refuerza la tesis la elevada suma que tuvo de pagar al Cabildru catedraliciu pa xunir lantigua Sala Capitular y otra capiya menor y realizar la obra (3800 florinos doru). Sía como fora, la capiya celebró misa sol ritu recuperáu dende los sos entamos y el númberu y frecuencia de los asistentes foi bien ampliu.