Pa la temporada 2009-10, Courtois apostó tola campaña col equipu de reserves del Genk, pero na siguiente temporada, lentrenador Franky Vercauteren escoyer comol porteru titular del primer equipu. Por cuenta de que Verhulst atopábase mancáu y a quhabía problemes na tresferencia del porteru húngaru László Köteles, Courtois foi escoyíu papostar la fase previa de la UEFA Europa League antel Inter Turku de Finlandia, antel cual tuvo una participación destacada na victoria del Genk por 5-1 nel partíu dida y por 3-2 nel de vuelta. Depués dapostar los 3 primeros alcuentros na lliga, Courtois roblól so primer contratu profesional col Genk el 18 dagostu de 2010 con una duración de 3 años. A otru día, Courtois foi titular na derrota por 3-0 antel FC Porto na Europa League. Courtois tamién llogró faer el so debú na Copa de Bélxica el 9 de payares de 2010 na derrota del so equipu por 2-1 frente al Standard Liexa. Sicasí, nel últimu alcuentru de la temporada antel Liexa, el Genk precisaba a lo menos un empate pa llevasel títulu de liga ante un Standard que tamién buscaba llevasel campeonatu. Nun alcuentru ondel Standard encaloró a una dura defensa del Genk, Courtois llogró salvar lempate a unu con trés atayaes vitales nos últimos minutos del alcuentru, ayudando al so equipu a consagrase campeón de lliga con un desempeñó memorable. En total, Courtois llogró apostar 44 partíos col Genk mientres la temporada. Tamién foi escoyíu comol Porteru del Añu nel fútbol belga y comol Meyor Xugador del Genk al rematar la temporada.