Pilos tuvo habitáu dende la dómina micénica. El palaciu micénicu, que ye conocíu como «palaciu de Néstor», foi alcontráu en 1939 por Konstantinos Kourouniotis y escaváu por un equipu empobináu por Carl William Blegen. Nestos restos, allugaos na llomba dEpano Englianos, dellos quilómetros al norte de lactual Pilos, atopáronse cientos de tablillas con inscripciones en llinial B. Esti palaciu tuvo de ser el centru alministrativu dun reinu o principáu estremáu nuna zona citerior quincluyíal palaciu y quentendía de la mesma nueve distritos y otra zona ulterior quentendía siete. Estos dos zones taben dixebraes pola cadena montascosa de Haghiá. El palaciu foi destruyíu en redol a 1200xa0e.xa0C. y, al contrariu quotros centros micénicos, nun foi reconstruyíu tres la so destrucción. Esiste discutiniu sobre quien fueron los sos atacantes.