La fauna de les agües soterrañes, o stygofauna, compónse fundamentalmente de crustáceos como por casu el Niphargus, anque tamién se compón de viermes, inseutos y otros grupos dinvertebraos. Anque nun ye avezáu, la fauna de les agües soterrañes entiende tamién animales vertebraos, nAustralia atopáronse dos especies de peces ciegos. La mayoría destes especies pasen tola so vida nagües soterrañes, nun atopándose en nengún otru sitiu.