Аднак пасля атрымання прэзідэнцкай пасады Лукашэнка мала што зрабіў, каб павялічыць прафесіяналізм праваахоўных органаў Беларусі, атрыманых у спадчыну ад Савецкага Саюза. І толькі ў 2002 годзе неабходнасць барацьбы з ростам злачыннасці прывяла да некаторых структурных зменаў у МУС. У міністэрстве з’явіліся чатыры новыя аддзелы: Дэпартамент аховы, Дэпартамэнт выканання пакаранняў, Дэпартамент фінансаў і лагістыкі, і Дэпартамент грамадзянства і міграцыі.