Іаганес Гефферт на працягу многіх гадоў актыўна гастраліруе: выступае на арганных фестывалях у краінах Еўропы, а таксама ў Японіі, ЗША, Індыі, Паўднёвай Амерыцы. Ён запісаў больш за 25 пласцінак і кампакт-дыскаў, удзельнічае ў міжнародных конкурсах арганістаў як член журы, праводзіць майстар-класы для маладых музыкаў. Рэдагуе серыі выданняў арганных твораў амерыканскіх і ангельскіх кампазітараў, піша навуковыя артыкулы па праблемах арганнага выканальніцтва.