з 1992 Інстытут ўзначальвае рэктар, Прафесар Анатоль Торкунов, кіраўніцтва якога гуляе важную ролю ў пераадоленні узрушэнняў 1990-х гадоў. Пад яго знаходжаннем МГІМО прыступіў да комплекснай праграме мадэрнізацыі адукацыі і інавацый, у тым ліку больш цесную інтэграцыі з еўрапейскай вышэйшай адукацыяй, праз уваход у Балонскі працэс, пашырэнне міжнародных кантактаў, і ўзвышэнне Інстытута на першы план міжнароднай адукацыі і навукі.