Навукова-даследчая дзейнасць у БДУІР рэалізуецца на кафедрах і ў навукова-даследчай частцы, у структуру якой уваходзіць 47 навукова-даследчых лабараторый і цэнтраў, 3 з якіх маюць статус цэнтраў калектыўнага карыстання.