Маючы вялікае жаданьне служыць Богу ў часы, калі ў СССР праводзілася дзяржаўная атэістычная палітыка, быў татальны кантроль і атрымаць дазвол на паступленьне ў каталіцкую семінарыю было ўжо практычна немагчыма, у 1972 годзе Ян Дакшыс паступіў у Ленінградзкую духоўную семінарыю, якой апекаваўся тады вялікі прыхільнік экуменізму і супрацоўніцтва з Каталіцкай Царквой мітрапаліт Нікадзім (Ротаў). У 1977 годзе Ян Даўкшыс стаў сьвятаром. У 1989-1995 гг. ён служыў настаяцелем царквы сьвятых Віленскіх мучанікаў Антона, Яна і Яўстаха ў г. Таўраге, што на захадзе Літвы.