У 1996 годзе ў выніку рэарганізацыі адзіны тэатр падзяліўся на самастойныя структуры: тэатр оперы і тэатр балета. У 2009 годзе пасля капітальнай рэканструкцыі будынка было прынята рашэнне зноў аб'яднаць трупы ў адзіны Нацыянальны акадэмічны Вялікі тэатр оперы і балета.