Кангрэгацыя складаецца з Прэфекта (кардынала), які кіруе ёй з дапамогаю Сакратара, а таксама з кардыналаў, архібіскупаў і біскупаў, прызначаных Папам. Ад 2007 году Кангрэгацыя Ўсходніх Цэркваў ўзначальвае кардынал Леанарда Сандры, а ў 2009 годзе Сакратаром прызначаны архібіскуп Цырыл Васіль, SJ. З прыроды самога права членамі Кангрэгацыі Ўсходніх Цэркваў зьяўляюцца Патрыярхі і Вярхоўныя Архібіскупы Ўсходніх Каталіцкіх Цэркваў, а таксама Старшыня Папскай Рады па спрыяньні еднасьці хрысьціянаў.