Далейшы лёс Мільтыад склаўся трагічна:спачатку афіняне паставілі яго на чале флоту для заваёвы выспаўЭгейскага мора, але ўжо пасля першай няўдачы быў абвінавачаны ў здрадзе,прысуджаны да вялізнага штрафу і кінуты ў турму. Праз год пасляпераможнай бітвы Мільтыад памёр ад раны ў турме.Пасля гэтага з гонарам пахаваны ў магіле разам з 192 афінянамі, штозагінулі ў марафонскай бітве.