З-за таго, што Y‑храмасома значна даўжэй, чым ДНК мітахондрый, прыкладна на 60 мільёнаў пар аснаванняў, і мае больш нізкую частату мутацый, ідэнтыфікацыя яе палімарфізму запавольваецца і, як вынік, зніжаецца дакладнасць ацэнкі частаты мутацый[15].