Запаветнай яго марай было стварыць у Вільні — цэнтры беларуска-літоўскага краю — першы грунтоўны музей старажытнасцей на аснове экспанатаў, сабраных у Лагойскім археалагічным музеі. У 1845 частку сваёй лагойскай калекцыі ён перавёз у Вільню пад выглядам выстаўкі, якую пасля ператварыў у прыватны музей, а потым, з дазволу ўлад, — у музей, што размясціўся ў старажытнай зале Віленскага універсітэта. Яго выбралі старшынёй гэтага музея. Музей актыўна папаўняўся экспанатамі з Мінска, Магілёва, Віцебска, Оршы, Навагрудка, Крэва, Ліды, Пінска, Браслава, Паставаў і інш. Тышкевіч ахвяраваў музею сваю бібліятэку (3 тыс. кніг) і разам з братам Канстанцінам — археалагічную калекцыю з 2 тыс. адзінак. За 2 гады калекцыя музея дасягнула 10 тыс. экспанатаў. У 1856 музей быў афіцыйна адкрыты. Каталог музея рыхтаваў К. Кіркор.