Аднак гонка за высокімі паказчыкамі спасылкавых крытэраў прыводзіць да пэўных цяжкасцей. Аптымізаваная спасылкавая структура сайта не павіннна абцяжарваць поўную індэксацыю сайта пошукавай сістэмай. Для гэтага пажадана змяншаць лік узроўняў іерархіі, г.зн. колькасці спасылак, якія павенен прайсці робат Яндэкса, каб праіндэксаваць самую глыбокую старонку сайта. Калі ж структура сайта не мае больш за 3 – 4 узроўні пажадана вынесці найбольш істотныя ўнутраныя спасылкі на асобную старонку.