Основные факторы угрозы: деградация, сокращение и разрушение гнездовых стаций в результате осушительной мелиорации, торфоразработки, экологически безграмотного лесопользования, случайный и целенаправленный отстрел птиц охотниками и таксидермистами (молодые и взрослые бородатые неясыти очень доверчивы по отношению к человеку, служат легкой добычей и являются популярным объектом коммерческой таксидермии).