Подведомственные вузы участвуют в выполнении около половины заданий государственных программ фундаментальных, ориентированных фундаментальных и прикладных исследований (т.е. 747 заданий, что составляет 49,6% от общего количества за 2003 г.); по 24 программам подведомственные вузы являются сокоординаторами, а Министерство образования - государственным заказчиком.