У 2000-х вайсковае супрацоўніцтва дзьвюх краін набыло скандальную афарбоўку. На сайце WikiLeaks, у справаздачах міжнародных праваабарончых арганізацыяў, а таксама ў розных заходніх СМІ неаднойчы зьяўляліся паведамленьні пра тое, што Беларусь прадала Судану вайсковую тэхніку ў абход рэзалюцыяў Рады Бясьпекі ААН ад 2004 і 2005 гадоў, якія забараняюць пастаўкі зброі ў сувязі з грамадзянскай вайной у краіне.