З 1944 Я. Станкевіч апынуўся на эміграцыі. У Германіі ён аднавіў дзейнасць Беларускага навуковага таварыства. З 1949 Я. Станкевіч жыў у ЗША, удзельнічаў у працы Беларуска-амерыканскага задзіночання, Беларуска-амерыканскага звязу, выдаваў часопіс "Веда", "Незалежнік", супрацоўнічаў з Беларускім інстытутам навукі і мастацтва і яго выданнем "Запісы", часопісам "Сяўбіт", газетай "Бацькаўшчына" (Мюнхен), "Беларус" (Нью-Ёрк) і інш. Заснавальнік (разам са С. Станкевічам) Вялікалітоўскага фонду імя Л. Сапегі.