На землях заказніка знаходзіцца каля 35 буйных і сярэдніх азёр, мноства дробных. Цікава і тое, што цэнтральная частка Ельні вышэй яе ускраін на 7 метраў, гэта значыць па сутнасці балота з'яўляецца пагоркам. А ваду на ім ўтрымлівае тоўсты пласт гіграскапічнага торфу і сфагнума. Глыбіня тарфяных пакладаў ў сярэднім складае 3.8, а месцамі 8.3 метра. З балотнага масіва выцякае 3 ракі, а ў яго не ўпадае ніводнай.