Пасля таго як у 1939 годзе тэрыторыя Мядзела ўвайшла ў склад БССР, над касцёлам зноў навісла пагроза – бальшавікі вялі барацьбу з рэлігіяй. Частку маёмасці храма манахі перавезлі ў Нарачанскі касцёл, штосьці схавалі ў сябе мясцовыя жыхары. Рэліквіі святых чамусьці вырашылі ўмураваць у сцяну на верхнім ярусе касцёла. Недарэмна турбаваліся вернікі: пасля вайны будынак храма выкарыстоўваўся як склад сельгастэхнікі і сховішча для хімічных угнаенняў, а ў бакавых памяшканнях касцёла нават трымалі свіней. Некалькі дзясяткаў год такой эксплуатацыі, і касцёл сапраўды пачаў выглядаць як хлеў. У такім стане гэты будынак вярнулі каталікам у 1989 годзе. І вернікі здолелі прывесці яго ў нармальны стан. Рамонт працягваецца і зараз.