Шлях служэння мітрапаліта Мелхіседэка прыпаў на 1920-я гады, найбольш трагічныя ў гісторыі дзяржавы і Царквы. У тых умовах яго самаахвярная дзейнасць, арганізатарскі талент былі накіраваны на захаванне Царквы, пераадоленне расколу, прымірэнне варагуючых бакоў, абарону мірнага насельніцтва ў час нямецкай і польскай акупацый. Дзякуючы яго мудрасці згубны ўплыў абнаўленчага расколу ў Мінску быў нязначным у параўнанні з іншымі абласцямі Беларусі. Дзеля адмежавання ад абнаўленцаў і захавання паствы ўладыка Мелхіседэк аб’явіў аб утварэнні Беларускай аўтаномнай царквы. За вернасць пастырскаму абавязку і супрацьдзеянне абнаўленцам мітрапаліт Мелхіседэк тройчы быў арыштаваны савецкімі ўладнымі органамі.