Основные принципы реконструкции касались в основном переделок внутреннего пространства храма согласно догматическим правилам православного богослужения. Это касалась устройства иконостаса, упразднение алтарей, которые могли находиться в боковых нефах и при столбах, соблюдения иконографии православного храма в росписях интерьера, замены церковной утвари, удаления органов. Все эти меры были реализованы после оккупации Россией Речи Посполитой, начиная с конца ХVIII века.