Да таго ж з 1584 года, пасля смерці Франсуа Алансонскага, ён — законны спадчыннік кароны, што дазваляла яму ўжо не выкарыстоўваць пасродніцтва жонкі ў сваіх адносінах з французскім дваром, а дзейнічаць самастойна, дыктуючы ўмовы бяздзетнаму Генрыху III. У такой сітуацыі ў 1585 годзе Маргарыта адправілася ў Ажэн, сваё ўласнае каталіцкае графства на поўдні Францыі, дзе абвясціла сябе членам Каталіцкай Лігі, аднавіла зносіны з герцагам дэ Гізам і фактычна выступіла супраць мужа і брата.