Падзеі Другой сусветнай вайны ўнеслі свае карэктывы ў справу захавання манастырскага архіва. У чэрвені 1944 г. фонды Мінскага гістарычнага музея (так тады называўся Беларускі дзяржаўны музей) былі вывезены ў баварскі замак Хёхштадт, дзе канцэнтраваліся музейныя скарбы, нарабаваныя нямецкімі войскамі з беларускіх, расійскіх, украінскіх і польскіх зямель [14]. Толькі ў кастрычніку 1947 г. беларуская частка музейнай калекцыі была дастаўлена ва Усходні Берлін, дзе яе прыняў упаўнаважаны Савета Міністраў БССР. Між тым высветлілася, што, паводле стану на 1946 г., фрагмент архіва захоўваўся ў Цэнтральным дзяржаўным гістарычным архіве БССР у г. Магілёве [15].