Пасля доўгіх дэбатаў, у 2000-м, гэтым разам на хвалі эканамічнага ўздыму, сойм Літвы прыняў Закон аб узнаўленні Палаца валадароў. У 2002 годзе пачаліся маштабныя будаўнічыя працы па адбудове Ніжняга замка. У 2003 годзе створаная дэндрахраналагічная лабараторыя, у якой вызначаецца ўзрост знойдзенай драўніны. Кансервуюцца і рэстаўруюцца керамічныя, шкляныя, бурштынавыя знаходкі. Пры супрацоўніцтве рэстаўратараў музея з іншымі ўстановамі і арганізацыямі выконваюцца хімічныя, тэхналагічныя, мастацтвазнаўчыя даследаванні керамічных і шкляных знаходак, ідэнтыфікуюцца складнікі керамікі, палівы, рошчынаў, асаблівасці іх вытворчасці. Перадусім гэтыя даследаванні прыдаліся падчас аднаўлення кафляных печаў.