Мовай выкладання ў акадэміі была лаціна, як тады было прынята ў Еўропе, а выкладчыкі паходзілі з розных частак Рэчы Паспалітай. Першым рэктарам стаў Пётр Скарга. Акадэмія першапачаткова складалася з двух факультэтаў — філасофскага і тэалагічнага. У 1641 кароль і вялікі князь Уладзіслаў Ваза выдаў прывілей на заснаване медыцынскага і юрыдычнага факультэтаў — у тым жа годзе юрыдычны факультэт быў створаны.