Калi пачалася Вялiкая Айчынная вайна, З. Ф. Паплаўскi накiраваўся на ўсход. У Маскве ў 1942 годзе ён быў накiраваны ў спецшколу. З сакавіка 1943 года Захар Філімонавіч знаходзiцца ў тыле ворага, з’яўляецца ўпаўнаважаным Брэсцкага абкома КП(б)Б у паўднёвай зоне вобласці па кіраўніцтве падполлем i партызанскім рухам.