Во время оккупации местные белорусы сохраняли музей. В 1944 немцы заняли здание музея под госпиталь и ценное собрание перенесли в здание бывшего монастыря бернардинцев. Часть хранил в подземельях костела Св. Михаила ксендз Адам Станкевич.