Бацькамі Маргарыты былі іспанскі кароль Філіп IV і яго другая жонка Марыяна, сястра імператара Леапольда I. Філіп быў адначасова дзядзькам сваёй жонкі, бацькамі якой былі імператар Фердынанд III і сястра Філіпа Марыя Ганна.