Janë 4 ligatina të mëdha dhe site Ramsar të rëndësisë kombëtare dhe ndërkombëtare; Lumi Buna dhe Liqeni i Shkodrës, Liqeni i Prespës, Liqeni i Butrintit dhe Divjakë-Karavasta, rë cilat kanë biodiversitetin më të pasur.