Һарт-Шишмә ауылының тарихы Һарт-Наурыҙ ауылының тарихы менән тығыҙ бәйләнгән. Тарихи яҙмаларға ярашлы, Һарт-Наурыҙға 1712 йылда нигеҙ һалына. Легенда буйынса, Кәлсир исемле башҡорт Бохара яғынан ҡайтҡан кешеләргә Еҙем ҡултығы менән Ағиҙел ҡушылған ерҙәрҙән урын күрһәткән. Был кешеләр, айырыуса, ҡарт-ҡоролары һарт телендә һөйләшкән. Шуға ла башҡорттар уларҙы һарт тип йөрөткәндәр. Һарттар ауыл ҡорғанда, Наурыҙ исемле кеше уларға ярҙам итеп йөрөгән. Ауылдың Һарт-Наурыҙ тип аталыуы ошоға бәйле. Ҡарттарҙың һөйләүе буйынса, һуңыраҡ Һарт-Наурыҙ ауылынан 12 ғаилә айырылып сыҡҡан. Улар Ағиҙел үренә табан өс-дүрт саҡрым үрләп, шишмә буйҙарында яңы ауылға нигеҙ һалған. Шулай Һарт-Шишмә ауылы барлыҡҡа килгән. Тарихи сығанаҡтар буйынса, 1870 йылда уҡ ауылдың мәсете була, мәсет ҡаршыһында мәктәп эшләй. Ауыл халҡы малсылыҡ һәм игенселек менән шөғөлләнә. Ауыл янында Изгеләр зыяраты бар.