Боронғо уйғыр теле төрлө яҙыу системаһын ҡулланған. Мәҫәлән, V быуатта манихей яҙмаһын, V—VIII быуаттарҙаxa0— төрөк яҙмаһын, ә VIII быуаттанxa0— соғди яҙмаһынан үҫешкән иҫке уйғыр яҙмаһын ҡулланғандар. Шулай уҡ тибет яҙмаһын, эстрангело яҙмаһын һәм үҙәк азия тибындағы брахми яҙмаһын ҡулланып яҙған боронғо уйғыр текстары ла билдәле.