1848 йылда туған яҡтарына әйләнеп ҡайта, Ҡазандың беренсе мәсетендә имам (мулла) булып тора һәм уның янындағы мәҙрәсәлә балалар уҡыта. Ғүмеренең аҙағына ҡәҙәр шунда эшләй: руханилык, педагогика һәм ғилми-тикшеренеү эштәрен бергә үтәп бара. Шул йылдарҙа уның Ҡәйүм Насыйри, үҙенең уҡыусыһы булып, ҙур ғалим дәрәжәһенә ирешкән Хөсәйен Фәйезхановтар менән аралашыуы мәғлүм. Мәржәни В. Радлов, А. Казембек, И. Готвальд, В. Вельяминов-Зернов һәм башка профессорҙар менән дә хеҙмәттәшлек итә. Ҡазан университетында уҙғарыла торған ғилми сараларҙа ҡатнаша. Уның археология, тарих һәм этнография йәмғиәтендә ағза булып тороуы ла билдәле. 1877 йылда ошо йәмғиәттең IV Бөтөн Рәсәй ҡоролтайы уҙғарыла. Мәржәни был мәртәбәле мәжлестә татар телендә доклад яһай. Университет ғалимы В.xa0В.xa0Радлов уны рус теленә тәржемә итеп аңлата. Был доклад һәр ике телдә IV археология съезы материалдары араһында 1884 йылда «Труды IV археологического съезда в Казани» тигән йыйынтыҡта Ҡазанда баҫыла. Шулай ук Шиһабетдин Мәржәниҙең 1879-1880 йылдарҙа Истанбул аша Ғәрәбстанга хажға барыуы билдәле. Уның был сәфәрҙә күргән-кисергәндәре «Рихләтел-Мәржәни» («Мәржәни сәйәхәте») исеме менән Ризаитдин Фәхретдин тарафынан баҫтырып та сығарыла.