1999 йылда сираттағы хәрби хәрәкәттәр барышында университет ҡабат емерелеүгә дусар була. 2000 йылдың апрелендә, ҡалала Рәсәй хакимиәте булдырылғас, университет эшен тергеҙә. 2003 йылдың 6 майында университет юридик шәхестәрҙең берҙәм дәүләт реестрына «Чечня дәүләт университеты» юғары профессиональ белем биреү дәүләт мәғариф учреждениеһы булып инә.