Мусаҡай ауылы райондың төньяҡ-көнбайыш өлөшөндә, Ҡараболаҡ йылғаһының уң ҡушылдығы булған ҙур булмаған  буйында урынлашҡан. Рельефы — ярым тигеҙлек (Урал аръяғы пенеплены); иң яҡын бейеклектәр — 226, 230 һәм 239 метр. Ландшафты — урман - дала. Мусаҡай бөтә яҡтан да урман менән уратып алынған. Район үҙәге Ҡоншаҡҡа тиклем алыҫлыҡ 53 км. Ауыл биләмәһе үҙәгенә тиклем (Ҡояш ауылы) алыҫлыҡ — 13 км. Мусаҡай ауылын күрше тораҡ пункттар менән шоссе юлдары бәйләй. Ауылдан көнбайышҡа ҡарай 2 км алыҫлыҡта Силәбе — Екатеринбург автомагистрале үтә.