СЕНТО-ның төп органдары түбәндәгеләр була: Даими министрҙар советы (сессиялары йыл да үткәрелә), Секретариат (ойошманыңxa0 генераль секретары етәкселегендә) һәмxa0 4 комитетxa0 (хәрби,xa0 «емерткес эшмәкәрлеккә» ҡаршы көрәш, иҡтисад һәм бәйләнештәр буйынса комитеттар); блокты хәрби планлаштырыу менән шөғөлләнгән Берләштерелгән штаб, ярҙамсы комитеттар һәм техник төркөмдәр.