Эстония ҡуйы йылғалар селтәре менән ҡапланған. Төньяҡ һәм көнбайыш Эстония йылғалары (Нарва, Пирита, Казари, Пярну һ. б.) Балтик диңгеҙе ҡултыҡтарына ҡоя, ә көнсығышындағылар эске һыу ятҡылыҡтарына ағып төшә: көньяҡтаxa0— Выртсъярв (Пыльтсамаа йылғаһы) менән Чуд (Эмайыги йылғаһы) күлдәренә һәм көнсығыштаxa0— Псков күленә. Иң оҙон Выханду йылғаһының оҙонлоғоxa0— 162xa0км, ул Йылы күлгә ҡоя. Иң мул һыулы йылғаларxa0— Нарва менән Эмайыги. Эмайыги йылғаһы ғына суднолар йөрөргә яраҡлы (Тарту ҡалаһынан түбәндә). Яҙғы ташҡында йылғаларҙың кимәле һиҙелерлек күтәрелә (5 метрғаса). Эстонияла 1150-нән ашыу күл һәм 250-нән ашыу яһалма быуа бар. Күлдәр нигеҙҙә боҙлоҡтан хасил булған һәм территорияның 4,8 процентын алып тора. Илдәге иң ҙур Чуд (йәки Пейпси) күле көнсығышта ята һәм Рәсәй менән арала тәбиғи һәм тарихи сик барлыҡҡа килтерә. Чуд күленең майҙаныxa0— 3555 кв. км, шуның 1616-һыxa0— Эстонияныҡы. Эстонияның иң ҙур эске һыу ятҡылығыxa0— Выртсъярв күлеxa0— 266 км² майҙанлы.