Эстонияла балыҡ сәнәғәте лә ҙур потенциалға эйә. 1990 йылдар башында 230 балыҡ тотоу судноһы иҫәпләнә, шул иҫәптән 90 судно океанда балыҡ тотоу менән шөғөлләнә. Эстония балыҡ һәм балыҡ продукттарын экспортҡа сығара. 1992 йылда 131 000 тонна балыҡ тотолған.