Институттың төп структур подразделениелары (секторҙары): төбәк иҡтисады мәсьәләләре; төбәк финанстары һәм бюджет-һалым сәйәсәте; иҡтисадты математик моделләү; иҡтисади хәүефһеҙлек; территориаль үҫеште прогнозлау; социаль-хоҡуҡи тикшеренеүҙәр.