1941 йылғы күргәҙмә 1 июлдә, Бөйөк Ватан һуғышы башланғандан һуң күп тә үтмәҫтән ябыла. Июнь аҙағынан уҡ ҡайһы бер сәнәғәт һәм ауыл хужалығы экспонаттары һатыла башлай; ҡайһы бер ҡиммәттәр хәрби һәм партия ойошмаларына тапшырыла. 1941 йылдың октябрендә Бөтә Рәсәй ауыл хужалығы күргәҙмәһе хеҙмәткәрҙәренең бер өлөшө Омскиға (Игенселек халыҡ комиссариаты урынлашҡан урынға) эвакуациялана, икенселәре фронтҡа китә - уларҙың 123-ө һәләк була. Китапхананы, фотолабораторияны һәм Бөтә Рәсәй ауыл хужалығы күргәҙмәһе архивын - Силәбегә, малдары Подольск районының «Быково» совхозына күсерелә. Буш торған павильондары хәрби-ремонт заводы цехтары, келәттәр һәм казармалар итеп ҡулайлаштырыла; павильондарҙың береһендә (хәҙерге 442-се) разведка һәм контрразведка мәктәбе урынлаша. Бомбалар яһау һөҙөмтәһендә ҡайһы бер күргәҙмә ҡоролмалары етди емерелә һәм һуңынан һүтелә; тейешле һаҡһыҙ ҡалған күп кенә павильондар боҙолоуға һәм таланыуға дусар ителә.