1937 йылда университет Чунцин ҡалаһына күсә. Был Гоминьдан хөкүмәтенең илдең эске райондарына күсеү һәм Чунцин ҡалаһының ваҡытлы баш ҡала функцияларын үтәү менән бәйле. 1941 йылдың декабрендә Гоминьдан етәкселегендәге Милли хөкүмәт ҡарары буйынса, Чунцинда урынашҡан Фудань шәхси университеты дәүләт милкенә күсә һәм Фудань милли университеты () атамаһын ала, уның ректоры У Наньсюань була. 1946 йылда университет кире Шанхайға ҡайта.