2014 йылда  «Эксперт РА» агентлығы, вузды Бойондороҡһоҙ Дәүләттәр Берләшмәһенең иң яҡшы юғары уҡыу йорттары исемлегенә  индерә, унда уға  «D» рейтинг класы бирелә. 2016 йылда Европа фәнни-сәнәғәт палатаһы ARES-2016 Омск медицина университетына  BB-2016 рейтингын (хеҙмәт баҙарында сығарылыш уҡыусыларының ышаныслы белем биреү һәм талап ителеше) бирә, шуның менән ул Европа стандарттары менән университеттар рейтингында 66-сы урынды биләй, шул рәүешле Рәсәйҙең иң яҡшы 10 медицина юғары уҡыу йорто иҫәбенә инә һәм Новосибирск, Санкт-Петербург, Красноярск һәм ошо профилдәге башҡа юғары уҡыу йорттарын уҙып китә.