Емельян Пугачёв тәүҙә Байғаҙы ауылында старшина Байғаҙы Ҡоҙамышевта йәшеренеп тора. Бер аҙна эсендә Байғаҙы Ҡоҙамышев, Баҙарғол Юнаев, Юламан Ҡушаев, Мансур Таймасов урындағы башҡорттарҙан һәм завод крәҫтиәндәренән Пугачёвҡа яңы ғәскәр туплап бирәләр. Яңы төҙөлгән Төп ғәскәр составында Ҡоҙамышев Михельсон каратель корпусы менән булған бөтә һуғыштарҙа ла әүҙем ҡатнаша. Әшит ҡәлғәһен, Уҫы, Ижевск һәм Воткин заводтарын ҡамайҙар. 1774 йылдың 5 июнендә Пугачев сығарған указда Байғазы Ҡоҙамышевтың да исеме бар. Документта Пугачёвтың бөтә старшиналарҙы ла көмөш уҡалы карамзин кафтан менән бүләкләнәсәге тураһында ышандырыуы, бүләккә ҡаршы уға старшиналарҙың берәр ат бирергә вәғәҙәләшкәне теркәлгән. Баш күтәреүселәр армияһы Ҡазан янында еңелгәндән һуң, Пугачев Волга аръяғына китә, ә Байғаҙы Ҡоҙамышев Урал аръяғы ихтилал етәкселәре менән Иҫәт провинцияһына ҡайта. 1774 йылдың ҡышына тиклем батша властары менән һуғышты дауам итә. Иҫәт провинцияһы канцелярияһының урындағы власть (1774 йылдың 17 декабрь) «Ведомости» яҙмаһында Байғаҙы Ҡоҙамышевтың ғәйебен таныуы тураһында теркәлеү бар. Күрәһең, үҙ теләге менән ғәйебен таныу уны язанан ҡотҡарған. Шул уҡ ваҡытта Әйле улусының старшинаһы булып ҡалған.