Академияның ике филиалы бар: Мурманск һәм Архангельск ҡалаларында. 2016 йылдан Бөйөк Устюг ҡалаһында (Вологда өлкәһе) филиал асыла. Архангельскиҙағы филиалы В.xa0И.xa0Воронин исемен йөрөтә (В. И. Воронин исемендәге Арктика диңгеҙ институты)