Структураһы йәһәтенән Конго уйпаты үрге докембрияла урынлашҡан Африка платформаһының  синеклизаһына тап килә. Платформаның кристаллик фундаментының ер  аҫты (500—1000 метрҙан ашыу тәрәнлектә ята.) сығынтыһы синеклизаны ике уйпатҡа  — төньяҡ һәм көньяҡҡа бүлә, уларҙың  үҙәк өлөшөндә фундамент 3000 м. ашыу тәрәнлеккә төшә. Синеклиза үрге протерозой, үрге палеозой һәм мезозой ултырма тоҡомдарының ҡеүәтле ҡатламы тарафынан башҡарылған, өҫкө йөҙөндә  сағыштырмаса ҡеүәтһеҙ  йомшаҡ кайнозой ултырмалары менән ҡапланған.