XIII—XIV быуаттарҙа Башҡортостан Алтын Урҙа дәүләтенең Шәйбан улусы составында була. Башҡорттар бейлеккә ярлыҡ алғандар, был уларҙың Монгол империяһы составында территориаль автономияһы булыуы тураһында һөйләй. Алтын Урҙа 1243 йылда барлыҡҡа килеп һәм 1391 йылға тиклем Башҡортостанда ике «ил» булғанxa0— Башҡорт һәм Табын, улар менән бейҙәр хакимлыҡ иткәндәр. Мадьяр сәйәхәтсеһе Юлиан билдәләүенсә, Башҡортостан үҙ ханы менән идара ителгән, әммә ул монгол вәкилдәре контроле аҫтында булған. Икенсе венгр авторы Рихтер хәбәр итеүенсә башҡорт хандары ислам динен бик ныҡ ҡурсалағандар. Итальян монахы Дж. П. Карпини XIV быуатта Көньяҡ Урал далалары аша үткән, һуңынан күргәндәрен үҙенең картаһында һүрәтләй. Голланд сәйәхәтсеһе Гильом де Рубрук буйынса, монголдар башҡорттарҙан ҡиммәтле йәнлек тиреләрен сығарғандар, яһаҡты һәр кеше башына, хатта яңы тыуған сабый өсөн дә, түләгәндәр. Башҡорттар шулай уҡ хандарға, һунар итеү өсөн, шоңҡарҙар ебәреп торорға тейеш булғандар. Был осорҙа башҡорттар составына ҡатай, ҡыпсаҡ, мең, табын һәм башҡа ҡәбиләләр инә, монголдар үҙҙәре лә ҡыпсаҡтар менән ҡатнашалар.