1957 йылда А.xa0А.xa0Трофимук академик М.xa0А.xa0Лаврентьев саҡырыуы буйынса академиктарҙан иң беренсе булып, Мәскәүҙәге институт директоры вазифаһын ташлап, Новосибирскиға күсә, ундағы яңы академия ҡаласығының ғилми эшмәкәрлеген, яңы ғилми үҙәкте ойоштора. Бер тиҫтә йыл дауамында ул М.xa0А.xa0Лаврентьев, Г И. Марчук, В А. Коптюг менән бергә ғәжәйеп донъя һәм Ватан фән үҙәге булдыра. Был СССР Фәндәр академияһының Себер бүлексәһе барлыҡҡа килгәндән алып СССР-ҙың иң шәп ғилми үҙәге булып тора. Уның бүлексәләре Иркутск, Кемерово, Красноярск, Томск, Төмән, Улан-Удэ, Якутскиҙә барлыҡҡа килә. Новосибирскиҙа эшләү ваҡытында ғалим Көнбайыш Себерҙә нефть эҙләүҙең зарурлығын иҫбатлай,, ғәмәлдә Алыҫ төньяҡтың, Көнсығыш Себерҙең, Яҡут АССР-ының Уренгой, Самотлор, Федоровский, Медвежий, Ямбург һәм Правдинский нефть ятҡылыҡтарын асыуға булышлыҡ итә. А.xa0А.xa0Трофимук Себер платформаһының һәм Лена-Тунгус провинцияһының нефтле-газлы булыуын фәнни нигеҙҙә иҫбатлауға тос өлөш индерә. Үҙенең уҡыусылары һәм фекерҙәштәре менән бергә планеталағы иң боронғо докембрий нефть һәм газлы ҡатламдарҙы сәнәғәттә үҙләштереп ҡулланыуҙы асыҡ иҫбатлай һәм киң масштабта асыҡ (Юрубчено-Тохомский, Среднеботуобинский, Верхнечонский һәм башҡа) ҙур һәм гигант ятҡылыҡтарҙы прогнозлай һәм уларҙы үҙләштереү программаларын нигеҙләй.