Үҙ ғүмеренең ун алты йәшендә Ғүмәр Хәйәм ҡаты юғалтыу кисерә: эпидемия ваҡытында башта уның атаһы , һуңынан әсәһе вафат була. Ошонан һуң атаһының йортон һәм оҫтаханаһын Ғүмәр һатып ебәрә һәм Сәмәрҡәндҡә юл тота. Сәмәрҡәнд ул саҡта Көнсығыштың танылған фән һәм мәҙәниәт үҙәге булып торған. Сәмәрҡәндтәге мәҙрәсәләрҙең береһендә Ғүмәр Хәйәм мәҙрәсә шәкерте булып китә. Ул уҡыу ваҡытында диспуттарҙа бер нисә тапҡыр сығыш яһай һәм кешеләрҙе үҙенең ғилемлелеге менән шаҡ ҡатыра, шунлыҡтан уны остаз итеп ҡуялар.