Черногорияла төрлө йүнәлештәрҙә ағыусы ике төп йылға системаһына бар. Пива, Тара (144 саҡрым), Чеотина (125 саҡрым) һәм Лим (123 саҡрым) йылғалары төньяҡ-көнбайышҡа аға һәм Дрина йылғаһы ҡушылдыҡтары (Дунай бассейны) булып тора. Илдең көньяҡ йылғалары Адриатик диңгеҙ бассейнына ҡарай. Уларҙың иң ҙурҙарыxa0— Морача (99 саҡрым) һәм уның ҡушылдығы Зета (65 саҡрым) (Скадарь күле бассейны). Скадарь күленән сыҡҡан Бояна йылғаһы элек Черногорияның берҙән-бер суднолар йөрөрлөк була, әммә әлеге мәлдә суднолар йөрөй алмай. Черногорияның өс йылғаһы (Морача, Зета һәм Пива) тулыһынса ил биләмәһе буйлап аға.