Мегавати Сукарнопутри 1947 йылдың 23 ғинуарында Джокьякартала тыуған. Атаһы Сукарно — Индонезияның беренсе президенты, уның ҡатыны Фатмавати (Fatmawati). Балалыҡ йылдары президент резиденцияһында — Мердек һарайында үтә. 1966 йылда, Мегаватиға 19 йәш тулғанда, атаһы властан бушатыла.