XIII быуатта тәре йөрөтөүселәр, эстарҙың ҡаршылығын еңеп, был ерҙәрҙе Ливон орденының составына индерәләр. Шул ваҡыттарҙан алып немецтар бер нисә йөҙ йылдар буйы Эстонияла хакимиәт структураларында, мәҙәниәттә, иҡтисадта һ.б. өҫтөнлөк алалар. XVI быуатта Эстония Реформация дәүерен кисерә, шул ваҡыттан уның территорияһында төп дини конфессия булып протестантизм ҡала. Шул уҡ XVI быуатта Ливон һуғышынан һуң төньяҡ Эстония Швеция составына инә, ярты быуаттан һуң көньяҡ Эстония ла Швецияға индерелә.