Институттың тәүге директоры (1875 йылдың 1 июленән алып) этнограф һәм тарихсы Юлиан Фомич Крачковский була. 1884 йылда Крачковскийҙы Урта Азияға ебәрелә, ул унда Төркөстан уҡытыусылар семинарияһын етәкләй. 1884 йылдың 1 авгусында статский советник Михаил Архипович Дуров Вильно уҡытыусылар институты директоры итеп тәғәйенләнә, 1891 йылдың 1 июленәнxa0— статский советник Всеволод Семёнович Богоявленский, 1913 йылдың 23 сентябренәнxa0— ғәмәли статский советник Спасская Василий Петрович Спасский.