Күп кенә ферменттарҙың үҙ субстраттарының атамаһына бәйле булмаған, тарихи  тривиаль исемдәре бар, мәҫәлән, пепсин һәм трипсин   исемдәре  бар. Ошо һәм башҡа ҡыйынлыҡтар, шулай уҡ яңы асылған ферменттарҙың һаны арта барыуы арҡаһында системалы номенклатура булдырыу  һәм ферменттарҙы классификациялау буйынса халыҡ-ара килешеү ҡабул ителә.