Карпунин   Мәскәүҙән эвакуацияланған Томск ҡалаһына Медицина фәндәре академияһына тубығындағы снаряд ярсығын алдырыу буйынса операцияға ебәрелә.  Василий Александрович  операциянан  баш тарта, һәм ҡалған ғүмеренең бөтә өлөшөн ошо ярсыҡ менән йәшәй. Госпиталдән сыҡҡас, Томск район комиссариатына  4-се частың начальнигы итеп ебәрелә.  1945 йылда «Атыу» курсын һәм Халы комиссариаты оборонаһының ВВО Төп идаралығы ҡарамағында офицерҙарҙың белемен арттырыу курстарын тамамлай.