Икенсе донъя һуғышы йылдарында БДУ өлөшләтә Мәскәүгә эвакуациялана, ләкин күпмелер ваҡыт эшләмәй тора. Университет үҙенең эшмәкәрлеген 1943 йылдың майында яңынан башлай, ә уҡыуҙар 1943 йылдың октябрендә Мәскәүгә яҡын Сходня станцияһында башлана. 1944 йылдың авгусында БДУ Минск ҡалаһына ҡайта. Оккупация ваҡытында университеттың мөлкәте юҡҡа сыға йәки талана, ә бөтә корпустар, физика-математика факультеты корпусынан башҡа, емерелә. Университеттың уҡытыу эшмәкәрлеген тергеҙеүҙә МДУ ҙур ярҙам күрһәтә.