1664 йылда Раштыуа алдынан Лондондағы ҡайһы бер йорттарҙа Бөйөк эпидемияның тәүге билдәләреxa0— ҡыҙыл тәреләр барлыҡҡа килә. Йәйгә үлемесле эпидемия ярайһы уҡ киңәйә. 1665 йылдың 8 авгусында Тринити-колледжында уҡыуҙар туҡтатыла һәм персонал эпидемия тамамланғансы таратыла. Ньютон өйөнә Вулсторпҡа ҡайта, үҙе менән китап, дәреслектәрен алып ҡайта.