1881 йылдың башында Пирогов лайлалы ҡаты аңҡауының ауыртыуына һәм ярһыуына иғтибар итә. 1881 йылдың 24 майында Н.xa0В.xa0Склифосовский Н. В. Склифосовский Пироговтың баш һөйәгенең өҫкө яңағында яман шеш барлығын асыҡлай. Н.И. Пирогов 1881 йылдың 23 ноябрендә киске сәғәт 8-се 25 минутта Вишня ауылында (хәҙер - Винница ҡалаһының бер өлөшө) вафат була. Уның улының хәтирәләре буйынса, агония башланыр алдынан Н. И. Пирогов «ай тотолоу башланғаны һәм атаһының үлеме хаҡында» һөйләгән.