XVI быуаттан билдәле булғанxa0индеецтарҙыңxa0торағыxa0урынында испандар тарафынан Манагуа ҡалаһына нигеҙ һалынған. 1855 йылда Манагуа  Никарагуаxa0дәүләтенең баш ҡалаһы булып китә. Ҡала үҙенең тарихы дауамында бер нисә тапҡыр стихиялы бәлә-ҡазаларҙан зыян күрә: 1876 йылдаxa0көслө ташҡын була; 1885, 1931 һәм 1972 йылдарҙаxa0емергес ер тетрәүҙәре була, әxa01936 йылдаxa0көслө янғындар була.