Шуға ҡарамаҫтан Джон Нокс Мария Стюарттың бөтә хакимлығы (1561—1567) осоронда королеваның иң килешә алмаҫлыҡ дошманы булып ҡала. Ул һарай янында Марияны папа власының шымсыһы һәм һынташҡа табыныусы тип иҫәпләп, мәхәллә кешеләрен католик ғибәҙәт ҡылыуға ҡаршы ҡоторта. Джон Нокс, ғөмүмән, ҡатын-ҡыҙ хакимлығына ҡырҡа ҡаршы була, уның ризаһыҙлығына, хаким ҡатын-ҡыҙҙар шул ваҡытта ярты Европаға таралған була. (Шотландияла әсәһен алмаштырған Мария Стюарт, Англияла Мария Тюдор, ә һуңынан Елизавета I, Францияла Екатерина Медичи, Нидерландта Мария Венгерская (Австрийская), Наваррала Жанна д  Альбре, Португалияла Екатерина Австрийская). Нокстың һәм королеваның мөнәсәбәттәрен шул факт та яҡшы кәүҙәләндерә: реформатор Мария Стюартҡа ҡаршы заговор һәм Риччоны үлтереү тураһында хәбәрҙе ҡыуанып ҡабул итә, шуға күрә Эдинбургты ҡалдыра, унда революция ваҡытынан алып Изге Жиль сиркәүенең руханийы вазифаһын биләргә һәм Англияла йәшеренергә мәжбүр була.