1999 йылда Ҡырғыҙстан терроризмға ҡаршы көрәшкә йәлеп ителә, сөнки Үзбәкстан ислам хәрәкәте боевиктары Тажикстандан Ҡырғыҙстан аша Үзбәкстанға үтергә маташалар (Баткен ваҡиғалары). 2001 йылда Ҡырғыҙстанда Манас Америка авиабазаһы. Көрсөктөң тәүге симптомдары 2002 йылда билдәләнә (Аҡсый ваҡиғалары). 2005 йылдың 24 мартында Асҡар Аҡаевтың хакимлығы (1990—2005) Тюльпан революциһы тамамлана. Яңы президент итеп Ҡурманбәк Бакиев (2005—2010) һайлана, әммә ул илдәге хәлде тотороҡландыра алмай.