XIII быуат аҙағында Прагала университет ойоштороу өсөн уңайлы шарттар барлыҡҡа килә башлай. Ҡайһы бер монах ордендары, шул иҫәптән августиндар һәм доминиканар, был ваҡытҡа ҡарай үҙаллы уҡытыу эшмәкәрлеген алып барғандар. XIII—XIV быуаттар хроникаларында ғибәҙәтхана, костёл һәм ҡайһы бер монастырҙәр ҡарамағында бер нисә тиҫтә уҡыу йорттары тураһында телгә алына. Әммә фәнни дәрәжә алыу өсөн Прага студенттарына сит илгә барырға тура килгән, был (бигерәктә сиркәү яғынан) мөһим етеһеҙлек тип баһаланған. Король Вацлав II Изге Вит соборы ҡарамағындағы мәктәпте университетҡа (юғары мәктәпкә) үҙгәртергә уйлаған, әммә уның 1294 йылғы ынтылышына сиркәү йоғонтоһо үҫешенән ҡурҡҡан чех аристократияһы ҡаршы сыҡҡан.