Музей экспозицияһы структураһы түбәндәге тематик бүлектәрҙе: «Ҡаҙағстан фәненең боронғо сығанаҡтары. Ҡаҙағстан фәненең тыуыуы. XIX быуаттың мәғрифәтсе ғалимдары», «Совет осоронда ҡаҙағстан фәненең үҫеше һәм аяҡҡа баҫыуы» һәм «Бойондороҡһоҙ Ҡаҙағстан фәне»индерә.