Научная деятельность Светланы Еникеевой посвящена разработке препаратов по лечению аллергических заболеваний, изучению роли микроклимата пещер (на примере Шульган-Таш) в лечении гормонозависимых больных бронхиальной астмой. Под руководством Еникеевой разработаны и внедрены в производство система выхаживания новорождённых, технологии переработки крови с получением (впервые в России) минорных белков плазмы, иммунорегулирующих препаратов (противоаллергический иммуноглобулин, орозин, церулоплазмин).