1991 йылдың 25 октябрендә Рәсәй Федерацияһының дәүләт таможня комитеты ойошторола. Профессиональ кадрҙар әҙерләү өсөн 1993 йылдың 22 сентябрендә Министрҙар Советының 940-сы менән Рәсәй таможня академияһы ойошторола, ул федераль дәүләт учреждениеһы статусын ала. Беренсе уҡыу йылы 1994 йылдың 2 октябрендә башлана, академияны философия фәндәре докторы, таможня хеҙмәте генерал-полковнигы Николай Блинов етәкләй.