Миссисипи бассейнының хәҙерге үҫеше бер нисә рәт экология проблемаларына алып килә: иң ҙуры булып йылғаның ауыл хужалығы ҡалдыҡтары менән бысраныуы тора, был Мексика ҡултығын үлем зонаһына килтерә. Һуңғы йылдарҙа йылға дельтаһында Миссисипиның Атчафалайа тармағына туҡтауһыҙ күсеше билдәләнә, был Яңы Орлеан кеүек дельтала порттар өсөн һәләкәтле эҙемтәләргә килтереүе мөмкин. Дренаждар һәм быуалар системаһы был процесты тотҡарларға мөмкинлек бирә, әммә тупраҡ ҡатламының ағыуы һәм эрозия арҡаһында күсеш йылдан-йыл арта.