ХХ быуаттың күп өлөшөндә прокариоттар берҙәм төркөм булып һанала һәм биохимик, морфологик һәм метаболик һыҙаттар буйынса классификациялана. Мәҫәлән, микробиологтар микроорганизмдарҙы күҙәнәк формаһына, күҙәнәк стенаһы төҙөлөшө деталдәренә һәм микроорганизмдар ҡулланған матдәләргә ҡарап классификацияларға тырыша. 1965 йылда төрлө прокариоттарҙың ген төҙөлөшө оҡшашлығы нигеҙендә туғанлыҡ дәрәжәһен билдәләү тәҡдим ителә. Бындай алым, филогенетика бөгөнгө көндә төп алым булып тора.