Университетты тамамлап, аспирантураға уҡырға ингәс, 1933 йылда А.xa0А.xa0Трофимук Башҡортостанға эшкә күсереүҙәрен һорай һәм шул йылдарҙа бында беренсе булып нефть ятҡылығы асылған Ишембайнефть тресында геолог булып эшләй башлап, баш геолог дәрәжәһенә тиклем күтәрелә. Беренсе йыл эшләгәндә уҡ ул Ишембай районы нефть ятҡылыҡтарын комплекслы өйрәнә һәм нефть тотҡолоҡтарының рифогенлы тәбиғәтен асыҡлай. «Ишембай нефть тотоусы эзбизташ» кандидатлыҡ диссертацияһында А.xa0А.xa0Трофимук Урал тауҙары буйында яңы типтағы нефть ятҡылыҡтарын эҙләүҙең зарурлығын иҫбатлай (1938 йыл).