1945 йылдан атом проектында лабораторияның роле үҙгәрә: 1945 йылдың 6 һәм 9 авгусында Хиросима һәм Нагасаки ҡалаларына атом бомбаһы ташлау сәбәпле 1945 йылдың 20 авгусында СССР Оборона дәүләт комитетының «Оборона дәүләт комитеты ҡарамағындағы махсус комитет [атом энергияһын файҙаланыу буйынса] тураһында» № 9887сс/ов фарманы сыға. Яңы сәнәғәт тармағының эшмәкәрлеген көйләү өсөн яңы власть органдары ойошторола: Оборона дәүләт комитеты ҡарамағындағы Махсус комитет (етәксе орган) һәм Оборона дәүләт комитеты ҡарамағындағы Беренсе баш идаралыҡ (башҡарма орган). Улар атом сәнәғәтен булдырыу өсөн яуап бирә, ә 2-се Лабораторияға фәнни эш һәм проекттарҙы ҡулланма оҙатыу йөкмәтелә.