Директор вазифаһынан бушағанға тиклем Пастер күп ваҡытын һәм көсөн административ эштәр алып бара , бигерәк тә — Эколь Нормалдә реформалар үткәрә. Реформаларҙың иң беренсеһе булып агреже-препараторҙарҙың ставкаһын икенән бишкә тиклем ҙурайта һәм уларҙың контракттары мөҙҙәтен 7-8 йылдан ике йылға тиклем ҡыҫҡарта, был саралар институттан тамамлаусылар араһында конкуренцияны арттырырға, фән менән шөғөлләнеү өсөн мөмкинлектәрҙе киңәйтергә һәм докторанттар һанының артыуына килтерергә тейеш булғанлыҡтан кәрәк тип табыла. 1863 йылдан алып институтты тамамлаған иң яҡшы студент Пастерҙың үҙ лабораторияһына эшкә тәғәйенләнә. Эколь Нормалдәге тәбиғи фәндәр факультеты Сорбонна менән ныҡ бәйле була, шуға күрә Пастер фән тарихы буйынса ике йыллыҡ үҙ курс индерә. 1864 йылда Пастер Annales scientifiques de lÉcole normale supérieure журналын нәшер итә башлай, унда Эколь Нормаль студенттары һәм уны тамамлаусылар физика, химия һәм тәбиғи фәндәр өлкәһендәге тикшеренеүҙәрен нәшер итә ала (Пастер вафатынан һуң был журнал тулыһынса математик журналға әйләндерелә)[56]. Пастер реформаларының дәлиле булып докторантуралағы 15 урынға йыл һайын 200-230 кеше дәғүә итә. Политехник мәктәпкә барырға кандидаттарҙың күбеһе 1861 һәм 1864 йылдарҙа Эколь Нормаль мәктәбенә инеүҙе хуп күрәләр, бының менән Пастер хаҡлы рәүештә ғорурлана. Факультетта ҡырыҫ һәм авторитар холоҡло Пастер студенттар һәм уҡытыусылар араһында ныҡлы дисциплина булдыра[34].