Гусит һуғыштарында Ян Густың эйәреүселәре еңелгәндән һуң университет әкренләп үҙенең универсаль статусын юғалта барған. Шулай уҡ сит ил кешеләренең ағымы кәмегән, был чехтар тураһында диндән ситкә тайпылыусылар булараҡ фекерҙәр артыуы менән бәйле булған. Карл университеты Европала Чехия короллегенең төбәк университеты булараҡ ҡабул ителә башлаған һәм үҙенең халыҡ-ара статусын юғалта барған, быға уның ҡәтғи гусит йүнәлеше әүҙем булышлыҡ иткән.