Миссури йылғаһы Ҡаялы тауҙарҙа башлана. Башлыса көнсығыш һәм көньяҡ-көнсығыш йүнәлешендә аға. Сент-Луис ҡалаһы янында Миссисипи йылғаһына ҡушыла. Бассейн майҙаны 1 300 000 км² ашыу тәшкил итә һәм 10 АҠШ штаты һәм 2 Канада провинцияһы территорияларының өлөштәрен үҙ эсенә ала.