Бохара ханлығының барлыҡҡа килеүен хакимлыҡҡа 1500 йылда Шәйбәниҙәр династияһы килеү менән бәйләйҙәр, Шәйбәни-хан үҙенең дәүләтенә Аҡһаҡ Тимер тоҡомдарынан ҡалған Мәүерәннәһр һәм Бөйөк Хөрәсәнде ҡушҡан булған. Әммә ысынында уның дәүләтенең баш ҡалаһы булып Сәмәрҡәнд ҡалған. Хакимлыҡҡа уның туғаны Үбәйдулла хан килгәс кенә, 1533 йылда, баш ҡала Бохараға күсерелә. XVI быуаттың икенсе сирегенән дәүләт Бохара ханлығы тип атала башлай.