XVI—XVII быуаттарҙа илдең сәйәси тормошо башлыса ислам дине руханиҙарыxa0— хожалар эшмәкәрлеге аша билдәләнеүе Уйғыр дәүләте үҙенсәлеге булып тора. Хожаларҙың ике ислам сектаһыxa0— «аҡтауҙар» һәм «ҡаратауҙар» ике быуат дауамында Уйғырстанда йоғонтоло булыу көнсөл көрәш алып барған. XVII быуат аҙағында власҡа аҡтауҙар лидерыxa0— Аппаҡ Хожа килә. Әммә оҙаҡҡа һуҙылған низағтар Уйғырстандың бөтә территорияһы жунғарҙар йоғонтоһо аҫтында ҡалырлыҡ уңайлы нигеҙ бирә. Уйғырстандан төньяҡта етерлек көскә эйә Жунғар ханлығы, көньяҡтаxa0— Жунғарҙарға буйһонған Моголия Уйғыр дәүләте булған.