1261 йылда Латин империяһы ҡолағандан һуң собор яңынан православие сиркәүенә әйләнә. XIV быуатта сираттағы ер тетрәүҙән һуң көмбәҙ тағы емерелә һәм әлегеһе төҙөлә. Ул осорҙа собор лампадарийы булып сиркәү композиторы Иоанн Кладас хеҙмәт итә.