Хубилай хан Ҡытай хөкүмәтен үҙәкләштереү юлы менән үҙенең власын нығыта — үҙен абсолют монарх дәрәжәһенә күтәрә (үҙенән алдағы хандарҙан айырмалы рәүештә). Империяһын «провинцияларға» бүлә, улар хәҙерге Ҡытай провинцияларынан ике-өс тапҡырға ҙурыраҡ була, һәм хөкүтәттең провинциялар кимәлендәге был структураһы артабанғы Мин һәм Цин династиялары өсөн өлгө-модель булып хеҙмәт итә. Хубилай хан шулай уҡ башҡа дәүләт һәм иҡтисад институттарында, бигерәк тә һалым системаһында реформалар үткәрә. Ул Ҡытайға ғәҙәти институттар аша идара итергә ынтыла, ләкин Ҡытай закондары үтәлһен өсөн, ул ҡытай кәңәшселәрен һәм чиновниктарын файҙалана. Шул уҡ ваҡытта Хубилай уларға тулыһынса ышанып та бөтмәй. Шуға ҡарамаҫтан, ханьцтар сәйәси эҙәрлекләүгә дусар ителә. Бөтә үҙәк юлдар ҙа тип әйтерлек монголдар ҡулында була. Ғәмәлдә йәмғиәт дүрт синыфҡа бүленә: монголдар, сэму («төрлөләр», мәҫәлән, Үҙәк Азиянан һәм Персиянан (Ирандан) килгән мосолмандар), төньяҡ ҡытайҙар (ханьжэнь), көньяҡ ҡытайҙар (наньжэнь). Хубилай, Бөйөк каналды, юлдарҙы һәм йәмәғәт келәттәрен киңәйтеп, Ҡытайҙың ауыл хужалығын яҡшырта. Марко Поло уның идара итеү ысулын маҡтап яҙа: ауыр осорҙарҙа халыҡты һалымдан азат итә, хәстәханалар һәм балалар йорттары төҙөй, ярлыларға аҙыҡ-түлек тарата.