1303 йылда Рим папаһы Бонифаций VIII тарафынан туранан-тура Ватиканға буйһонған уҡыу йорто булараҡ нигеҙләнгән. 1431 йылда Рим папаһы Евгений IV уҡыу йортон үҙгәртеп ҡорған, һөҙөмтәлә университетта дүрт яңы факультет булдырылған: хоҡуҡ, медицина, фәлсәфә һәм теология.