Фәнни эшмәкәрлеге геоэкология, тәбиғәтте һаҡлау, экологик мониторинг өлкәһендә тикшеренеүҙәр, Башҡортостан Республикаһының һәм уның менән сиктәш төбәктәрҙең һыу ресурстарының үҙенсәлектәрен, антропоген факторҙарҙың һыу экосистемаларына йоғонтоһон өйрәнеүгә бәйле. Әүфәр Гәрәев мелиорацияланған ерҙәрҙең режимы, тәбиғәт комплекстарының деградация үҙенсәлектәрен өйрәнә, һыуҙы оптималь файҙаланыуҙың һәм Башҡортостан Республикаһы йылғалары бассейны буйынса һыу һаҡлау саралары системаһы варианттары, һаҡланыусы тәбиғәт территориялары системаһын, акваль комплекстарҙы географик‑экологик баһалау методикаһы эшләнелә. 300-ҙән ашыу фәнни мәҡәләләр һәм китаптар авторы.