Алтайҙарҙа 18 Y-хромосома гаплотөркөмө булыуы асыҡлана: C3xM77, С3с, DxM15, E, F*, J2, I1a, I1b, K*, N*, N2, N3a, O3, P*, Q*, R1*, R1a1 һәм R1b3. Алтайҙарҙа иң таралған Y-хромосома гаплогруппаһыxa0— R1a Y-хромосома гаплотөркөмө, көньяҡ алтайҙарҙың яҡынса 53 проценты һәм төньяҡ алтайҙарҙың 38 проценты ошо гаплотөркөмгә ҡарай. Алтайҙарҙа көнбайыш һәм көнсығыш Евразия гаплотөркөмөнөң булыуы алтайҙар генофондында Европа һәм монгол компоненттары һәм боронғо генетик субстраттың булыуы менән аңлатыла.