Йо́һанн Себа́стьянға туғыҙ йәш тулғанда уның әсәһе, ә тағы бер йылдан атаһы вафат була. Органсы булып эшләгән оло ағаһы Иоганн Кристоф малайҙы үҙ тәрбиәһенә ала. Иоганн гимназияла уҡый башлай, ағаһы уны органда һәм башҡа клавишалы музыка ҡоралдарында уйнара өйрәтә. Музыка сәнғәтенә тәбиғәттән бирелгән һөйөү нигеҙендә ул был шөғөлде ныҡлап үҙ итә һәм төрлө ҡоралдарҙа яңынан-яңы әҫәрҙәр өйрәнеү менән бик теләп шөғөлләнә.