1937 йылда Симона Мельхиорға өйләнә, уларҙың ике улдары була, Жан-Мишель (1938) һәм Филипп (1940—1979, «Каталина» авиаһәләкәтендә һәләк була). Икенсе донъя һуғышы осоронда Кусто француз ҡаршылыҡ хәрәкәтендә ҡатнаша.