2014 йылдың 29 авгусында Хаби Алонсо 10 миллион евроға «Бавария»ға күсә. Контракт 2 йылға төҙөлә. Яңы клубта Алонсо «3» номерлы футболка ала. 30 августа ул мюнхендар өсөн «Шальк 04» командаһына ҡаршы уйнай. 2014 йылдың 18 октябрендә «Бавария» өсөн тәүге Голдарн индерәxa0— «Вердер» ҡапҡаһын штрафһыҙатынан ала. 2015 йылдың йәйендә, Клаудио Писарро киткәс, номерын «3»-тән «14»-кә алмаштыра․ 2017 йылдың йәйендә карьераһын тамамлай һәм тренер булырға теләге барлығын белдерә.