1920 йылдың көҙөндә ошондай сәбәптәр арҡаһында Башҡортостанда ихтилал тоҡанып китә. Муллайән Халиҡов был конфликты һөйләшеүҙәр юлы менән генә бөтөрөү өсөн бөтә көсөн һала. 1921 йылда ихтилал тулыһынса баҫтырыла. Был ваҡиғаларҙан һуң Мәскәү властары ҡайһы бер элекке Вәлидов Башревкомының ағзаларын республика менән етәкселек итеү органдарына ҡайтара. 1921 йылдың ғинуарынан Башҡортостандың халыҡ мәғарифы комиссары булып эшләй. Халиҡов февралдә уҙған IV Бөтә Рәсәй партконференцияһында милли мәсьәлә һәм башҡорт милли хәрәкәте хаҡында доклад уҡый, унда РСФСР властары менән башҡорт хәрәкәте араһында булған үҙ-ара аңлайышһыҙлыҡтың тарихи тамырҙарын күрһәтергә тырыша. Был конференция Халиковтың тәҡдимдәрен ҡабул итә һәм Башҡортостандың территорияһында рәсми телдәре итеп башҡорт һәм рус телдәрен иғлан итә.