Бөйөк Ватан һуғышы башланыу менәнxa0— 1941 йылдың 23 июненән алып 16 июлгә тиклем СССР-ҙың халыҡ комиссарҙары Советы янында эвакуация буйынса Советта тора. 10 июлдән ВГК Ставкаһы ағзаһы. 1941 йылдың 30 июленән көнбайыш йүнәлешендәге баш командующий штабы начальнигы. 29 июлдә тағы РККА-ның Генштаб начальнигы итеп тәғәйенләнә. Уның туранан- тура ҡатнашлығында Ҡыҙыл армияның 1941—1942 йылдарҙағы контрһөжүмен әҙерләү һәм алып барыу буйынса тәҡдимдәр әҙерләнә. 1942 йылдың 11 майында Керчь аҫтындағы Ҡырым фронты тар-мар ителгәндән һуң РККА-ның Генштаб начальнигы вазифаһынан бушатыла, был вазифала уны А.xa0М.xa0Василевский алмаштыра. 1942 йылдың июненән 1943 йылдың майына тиклемxa0— СССР оборонаһының халыҡ комиссары урынбаҫары. 1943 йылдың июнендә Хәрби академияның Генераль штабы начальнигы итеп тәғәйенләнә.