Иона Эммануилович Якир Кишинев ҡалаһында провизор Якир Мендель (Эммануил) Абрамович (1864—1912) һәм Хая Вольфовна (Клара Владимировна) Меерзондың (1874—1931) ғаиләһендә тыуған. Уның ҡартатаһы, Абрам Якер, Яссыла тыуған.