Dempués de la guerra con Chile, incursionó viviegamente na política, fundando'l so propiu partíu, el Constitucional. Enfrentóse al presidente Miguel Iglesias, que roblara'l tratáu de paz con Chile con cesión territorial, desamarrándose una guerra civil. Una vegada más, Cáceres amosó la so estratexa militar al poner fuera de xuegu al exércitu principal d'Iglesias na llocalidá de Huaripampa (sierra central peruana), aición que se conoz como la “huaripampeada” (1884). De siguío atacó Lima, au les sos fuerces abarganaron nel Palaciu de Gobiernu a Iglesias. Ésti arrenunció a la presidencia en 1885, siendo asocedíu por un gobiernu provisional, el mesmu que convocó eleiciones nes que ganó abrumadoramente Cáceres. Nesti primer gobiernu constitucional, de 1886 a 1890, Cáceres tuvo que llevar alantre la Reconstrucción Nacional, especialmente nel campu de la recuperación económica. Punxo fuera de cursu'l billete fiscal o papel moneda, bien devaluáu entós; creó impuestos nuevos; intentó la descentralización tributaria; y para solucionar el problema de la enorme delda esterna robló'l Contratu Grace pol cual apurrió los ferrocarriles a el acreedores. Volvió a la presidencia en 1894, nunes cuestionaes eleiciones, que provocaron na so escontra la formación de la Coalición Nacional, integrada polos demócrates y civilistes, encabezaos por Nicolás de Piérola; desamarróse una sangrina guerra civil que remató col asaltu de los asociaos a Lima, énte lo que Cáceres arrenunció y partió al exiliu, en 1895. Volvió al Perú en 1899 y siguió participando na política. Sofitó al presidente Augusto B. Leguía nel so ascensu al poder en 1919, el mesmu añu en que'l Congresu xubiólu a Mariscal.