Col regresu de Bolívar a Bogotá, Vergara arrenunció a la Secretaría na que foi reemplazáu pol xeneral Domingo Caycedo, p'aspirar al Congresu que taba próximu a ser escoyíu, del cual participó como diputáu por Bogotá y robló la Constitución d'abril de 1830. . Foi nomáu secretariu del Interior del xeneral Santander. En reconocencia al so serviciu emprestáu al país y ante el so estáu de postración física y salú precaria, el Congresu de Colombia aprobó por decretu del 13 d'abril de 1855 una pensión vitalicia de cuarenta peso mensuales al doctor Vergara.