Holmes se residencia en Willington en 2002.Cuando terminó Dawson's Creek nel 2003, camudar a Los Angeles, California, depués a Nueva York en 2005, enantes de dir a Los Angeles nuevamente cuando se casó con Tom Cruise. Holmes salió col so compañeru de trabayu de Dawson's Creek Joshua Jackson a principios del programa. Dempués de que la so rellación terminara pacíficamente, ella díxo-y a Rolling Stones, "Namoré, tuvi'l mio primer amor, y yera daqué tan increíble ya indescribible que lo atesoraré siempres. Y siéntome tan afortunada porque él agora ye unu de los mios meyores amigos." Holmes conoció al actor Chris Klein en 2000. Klein y Holmes comprometer a finales de 2003, pero a principios de 2005 Katie y Klein terminaron la rellación. La prensa citó la distancia impuesta poles sos carreres como factor. Na seronda de 2005, Klein faló sobre la rotura, "Crecimos. La fantasía terminárase y la realidá impúnxose." Holmes díxo-y a un reporteru en 2005, "Chris y yo esmolecémonos por dambos ya inda somos amigos."