Tres dos temporaes en Segunda B (2006-07 y 2007-08), el 1 d'agostu de 2008 el club sufrió'l so tercer descensu por impagu al nun poder saldar la delda de 409.467 euros contraida colos sos xugadores, pero estos acabaron retirando toles denuncies, polo que'l Logroñés reclamó la so permanencia en Segunda B. La RFEF dio un nuevu plazu hasta'l 5 d'agostu por que'l Logroñés saldara la so delda en metálicu, pero los sos dirixentes negar a pagar y peracabóse el descensu a Tercera.