A más de la so curtia y complicada Presidencia, n'años anteriores y dempués d'ocupar la primer maxistratura, el doctor Peña sirvió a la República n'importantes funciones, demostrando en cada circunstancia un enraigonáu patriotismu. Tres el fallecimientu del xeneral Bernardino Caballero, fundador y presidente del Partíu Coloriáu dende 1887, a fines de febreru de 1912 Pedro P. Peña foi designáu'l so socesor, de manera interina, hasta qu'una convención partidaria, en payares del mesmu añu, confirmar nel cargu. Exerció'l lideralgu institucional del Partíu ente 1912 y 1916 y, depués, ente 1921 y 1923.