L'orixe históricu de la llingua y el pueblu kallawaya ye en gran parte desconocíu. Según Muysken (2009:149), la llingua mista kallawaya probablemente remaneció en ciertu momentu mientres el desplazamientu llingüísticu del puquina al quechua, pero nun ta bien claro cuándo foi esautamente. Una primer posibilidá ye que la llingua remaneciera mientres l'imperiu incaicu, como lo suxure'l títulu de la obra de Oblitas Poblete de 1968: L'idioma secretu de los inques. Un grupu llamáu “kallawayas” desempeñó un papel especial na corte del inca, anque non como curanderos, y una llingua secreta mista de puquina y quechua podría desempeñar un papel nos ritos.