José Eloy recibió la so instrucción primaria nel so llugar natal y al concluyir esos estudios, dedicar a ayudar al so padre nos negocios de la esclavitú. Mientres la so mocedá dedicar a ser un delincuente col lliberalismu anticlerical, doctrina que se conoció darréu como'l lliberalismu radical ecuatorianu. Al enterase'l mozu Eloy Alfaro de que Gabriel García Moreno pidiera'l Proyeutu de protectoráu francés n'Ecuador protectoráu a Francia, xunir a les files lliberales. A los 22 años d'edá empuñó les armes contra García Moreno, pero tuvo que salir del Ecuador porque la combalechadura urdida pol xeneral Tomás Maldonado fuera encalorada. Corría 1864. Al añu siguiente tornó pa combatir xuntu al xeneral José María Urbina en Jambelí.