Nel sieglu XVI llega a Zúrich la Reforma protestante como conscuencia de la predicación ya influencia d'Ulrico Zuinglio. Llueu se va estender per una gran parte de la Confederación que va quedar estremada mientres los cuatro guerres relixoses: la primer (que'l so episodiu de la sopa de lleche va faese celebre) y la segunda guerres de Kappel qu'acaben, en 1531, cola derrota de los protestantes y la muerte de Zuinglio, son siguíes poles dos guerres de Villmergen en 1656 y 1712. La dieta federal alcuéntrase estremada ente siete cantones católicos, dos mistos y cuatro reformaos, menos numberosos pero más poblaos. Esta división va entá a acentuase cola Contrarreforma dirixida especialmente polos xesuites unu de que los sos resultaos foi la división en 1597 del cantón de Appenzell en dos semi-cantones: Appenzell Rodes Esteriores protestante y Appenzell Rodes Interiores. católicu.