Nesti tercer mandatu, tuvo d'enfrentar una guerra con Ecuador, pa lo cual comandó personalmente l'exércitu colombianu, llogrando la victoria final na Batalla de Cuaspud n'avientu de 1863. Esta victoria sobre'l Xeneral Juan José Flores, tamién héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congresu de la República a decretar una inédita llei d'honores, por aciu la cual nomar 'Gran Xeneral de los Estaos Xuníos de Colombia'.