El rival de Barcelona en cuartos de final foi FC Bayern München, el club más prestixosu d'Alemaña. Históricamente l'equipu alemán ye unu de los más importantes y el segundu con mayor cantidá de puntos na clasificación histórica de la Lliga de Campeones de la UEFA, detrás de Real Madrid. Los bávaros llegaron a cuartos de final con un rexistru impecable, con doce goles a favor y unu en contra en dos alcuentros apostaos ante Sporting de Lisboa. La primer disputa concretóse'l 8 d'abril de 2009 nel estadiu Camp Nou, ante 93 219 persones; Lionel Messi marcó dos goles nel alcuentru y foi'l xugador del partíu, Eto'o y Henry marcaron los otros dos goles. Ante esta situación, los alemanes precisaben ganar por una diferencia de cinco goles p'aportar a les semifinales, un fechu pocu común na historia del tornéu. El club azulgrana viaxó a Múnich el 14 d'abril p'apostar la revancha nel estadiu Allianz Arena ante más de 60 000 espectadores. El Bayern salió al terrén de xuegu decidíu a remontar el marcador y al minutu cuarenta y siete de la segunda parte'l francés Franck Ribéry adelantró al so equipu, pero l'africanu Keita empató al minutu setenta y tres. El marcador global foi de 5-1 y representó el pase a les semifinales.