Tres la marcha de Biot empezar a abarruntar dende España que la entrada de franceses nel territoriu nun podía ser namás que la preparación d'una invasión (movimientu d'aparatos, lluces nocherniegues, etc.), y los movimientos de Arago fueron interpretaos como llabores d'espionaxe. Tres la entrada de les tropes franceses na península y l'entamu de la guerra, les autoridaes llocales encamentaron a Arago la so reclusión nel Castiellu de Bellver en xunu de 1808 "pa la so proteición". El 28 de xunetu consigue safase y escapa nun barcu de pesca, y tres un aventuráu viaxe llegó a Arxel onde'l 3 d'agostu llogró un pasaxe pa Marsella a bordu d'un navío arxelín. Pero'l 16 d'agostu, xusto cuando'l barcu llegaba al puertu de Marsella, cayó en manes d'un corsariu español. Arago foi prindáu col restu de la tripulación y encarceláu tres meses en Palamós, hasta que'l dey d'Arxel consiguió la lliberación del buque que volvió a entamar el viaxe escontra Marsella. Desafortunadamente, mientres el viaxe los vientos obligaron a esviar la so ruta escontra Arxelia y tuvieron que desembarcar nel puertu de Béjaïa, polo que Arago tuvo qu'algamar Arxel per tierra, un percorríu consideráu como bien peligrosu naquella dómina. Una vegada ellí consiguió un nuevu pasaxe pa Marsella onde aportó'l 2 de xunetu de 1809, tal que narra él mesmu nes sos memories.