N'avientu de 2008, Deschanel comprometer col músicu Ben Gibbard, vocalista y líder de The Postal Service y Death Cab for Cutie. La pareya casó'l 19 de setiembre de 2009, cerca de Seattle, Washington. El 1 de payares de 2011, anunciaron la so separación tres dos años de matrimoniu. Deschanel darréu solicitó'l divorciu'l 27 d'avientu de 2011, por diferencies irreconciliables. El divorciu remató'l 12 d'avientu de 2012.