Clásicamente contemplábense los subordes Nematocera y Brachycera, pero anguaño, ye más común añedir a estos dos los subordes Cyclorrhapha y Schizophora.[29] Estos grupos tampoco son monofiléticos polo que dellos autores prefieren emplegar los dos subordes clásicos, hasta que s'esclarie la filoxenia interna de los dípteros; la filoxenia más actualizada puede consultase na páxina de Tree of Life.[30]