En 1939, una cuarta parte de la población de la ciudá yera xudía (fonte). Nazis alemanes entraron Šiauliai el xueves, 26 de xunu de 1941. Según unu de los sobrevivientes xudíos de Siauliai, Nesse Godin, alredor de 1000 persones fueron asesinaos a balazos nos montes cercanos durante les primeres selmanes d'ocupación dempués de ser obligaos a cavar les sos propies tumbes. Hai dos árees nes ghetto Šiauliai, unu nel suburbiu Kaukas, y unu en Traku (vease Šiauliai guetos). Durante la Segunda Guerra Mundial, la población xudía amenorgar de 8000 a 500. Alredor del 80% de los edificios fueron destruyíos.