La rede de ferrocarril ta anguaño centrada na estación de Besançon-Viotte que cunta con un serviciu de trenes d'alta velocidá que comunica la ciudá con París, Estrasburgu, Lyon y Marsella, un serviciu de trenes rexonales coles principales ciudaes vecines de Dijon, Dole, Belfort y Montbéliard y Suiza, un serviciu de trenes nocherniegos y un serviciu de tren nacional clásicu ente Estrasburgu y Lyon.