En contraste, la hipótesis autoxénica sostién que les mitocondrias y los cloroplastos ―según otros orgánulos eucariotes tales como'l retículo endoplasmático― desenvolviéronse de resultes de les presiones de seleición pa la especialización fisiolóxica dientro d'una antigua célula procariota. Según esta hipótesis, la membrana de la célula hospedadora habríase invaginado pa encapsular porciones fisiológicamente distintes de la célula ancestral. Col intre del tiempu, estes rexones xuníes a la membrana convertir n'estructures cada vez más especializaes hasta conformar los distintos orgánulos qu'anguaño definen la célula eucariota. Sicasí, numberosos fechos, tales como la estructura de la membrana, el tipu de reproducción, la secuencia d'ADN y la susceptibilidá a los antibióticos de los cloroplastos y de les mitocondrias tienden a sofitar la hipótesis simbioxenética.