Los principales ríos de República Checa son l'Elba y los sos afluentes el Moldava (Moldau) y l'Ohre; el Morava, colos sos numberosos afluentes, drena Moravia. Estos cursos d'agua de la República Checa flúin a trés mares distintos: el Mar del Norte, el Mar Bálticu y el Mar Negru. Al Elba y de ende al mar del Norte van el Elba (Labe), l'Ohřy, el Teplá y el Vltava. El Oder pasa pola cuenca a la que da'l so nome y qu'acaba nel Bálticu. La cuenca del Morava va al mar Negru, y los sos cursos más destacaos son el Morava y el Regen o Řezná.