Xeolóxicamente, l'archipiélagu ye una de les rexones volcániques más actives del mundu. Los llevantamientos teutónicos producieron grandes montes, incluyida la más alta nel Monte Kinabalu, en Sabah, con un altor de 4 095.2 metros, y Puncak Jaya, en Papúa, de 4 884 m. El clima en tol archipiélagu, por cuenta de la so posición sobre l'ecuador, ye tropical.