Santos exercía como ministru de Defensa cuando se desamarró l'escándalu de los llamaos "Falsos Positivos"  mientres el gobiernu del presidente Álvaro Uribe Vélez. Sectores críticos al gobiernu y defensores de derechos humanos según organizaciones internacionales punxeron en tela de xuiciu dellos aspeutos de l'aplicación de la Política de Seguridá Democrática del Gobiernu que dexaríen qu'esti tipu de conductes criminales favoreciérense. Dientro de les distintes irregularidaes atopaes por una comisión ad hoc d'evaluación revelaes pola revista Selmana atópense: