El CPSI ye un heterodímeru con una subunidá pequeña y otra grande que tienen unos 382 y 1073 residuos d'aminoácidos. La subunidá pequeña contién un sitiu activu pa la xunión y desaminación de glutamina pa tresformala en glutamatu y amoniacu. La subunidá grande contién dos sitios activos, unu pa la producción de carboxifosfatu y l'otru pa la producción de carbamoil fosfatu. Na subunidá grande hai dos dominios (B y C), ca ún con un sitiu activu de la familia l'ATP. Coneutando les dos subunidaes hai un túnel dpel que pásase l'amoniu de la subunidá pequeña a la grande.