Fernández Juncos xunir al Partíu Autonomista, que fuera fundáu por Roman Baldorioty de Castro, convirtiéndose nel secretariu. Tiempu dempués, cuando Puertu Ricu llogró l'autonomía respeuto d'España, 1897, Juncos foi electu primer Secretariu d'Estáu. Tamién foi encargáu de la secretaría de Facienda, d'una facienda que taba en cantu de la bancarrota, pero qu'él, col so inxeniu y el so prestíu, supo sacar a flote, lo que dexó califica-y tamién como hacendista pernomáu. Sía comoquier, en menos d'un añu Puertu Ricu foi invadida por Estaos Xuníos mientres la Guerra d'España y Estaos Xuníos y el gobiernu abolíu. Al camudar la soberanía en 1898 tornar en favorecedor del gobiernu colonial estauxunidense. Por cuenta de que la lletra orixinal del Himnu Nacional de Puertu Ricu yera de corte independentista y anti-español, escribió una versión non-revesosa de la lletra en 1903. La mesma ye considerada por demás mediocre pero, por cuenta de discutinios políticos, foi adoptada como l'himnu oficial sol gobiernu actual.