El 2013 foi un bon añu pal equipu, el direutor téunicu Juan Carlos Osorio siguió na direición del equipu verdolaga. Nel Apertura, tres una bona campaña y quedar nel puestu 2, l'equipu llogró llegar a la final contra Santa Fe y llogró el títulu númberu 12 en ganando nel global 2-0. Pa destacar el fechu de que Nacional convertir nel primer equipu na historia de los torneos curtios, que llogró un títulu de visitante ensin ganar de llocal el primer partíu de la final. Pal Finalización, Atlético Nacional llogró'l so segundu bicampeonatu, clasificar a la final contra'l Deportivu Cali. Llogró un nuevu títulu al ganar nuevamente 2-0 nel global, llogrando'l so segundu Bicampeonatu en torneos curtios na so historia. Na Copa Colombia llegó per segunda vegada consecutiva a la final contra'l so históricu rival Millonarios, ganando'l so segundu títulu de Copa Colombia con un global de 3-2.