Consideráronse por casu una serie de problemes rellacionaos coles infraestructures cercanes al parque. Nesti sentíu criticóse dende diversos sectores ecoloxistes el proyeutu de creación d'un oleoductu ente Estremadura y el Puertu d'Huelva qu'aumentaría considerablemente'l tráficu de buques petroleros pela zona, col consiguiente riesgu de marees negres. Per otra parte la necesidá de dragar frecuentemente'l Guadalquivir pa dexar la entrada salida de buques escontra'l Puertu de Sevilla señalóse como causa de series alteraciones na dinámica del estuariu. Adena venceyó'l pasu d'estos barcos cola entrada de nueves especies animales nos ecosistemes, cuando éstos soltaben agua de llastre na que se conteníen estes especies.El Puertu d'Huelva, a escasos quilómetros del preparque, constitúi unu de los principales riesgos medioambientales.