Mientres la invasión francesa a Méxicu y l'establecimientu del Segundu Imperiu Mexicanu, que la so corona foi-y ufiertada por católicos mexicanos al archiduque d'Austria Maximiliano d'Habsburgu y la so esposa Carlota de Bélxica, el sofitu de la Ilesia católica mexicana a los estranxeros motivó la espulsión de dellos arzobispos y obispos del país. El presidente mexicanu Benito Juárez rompió rellaciones col Gobiernu ecuatorianu y en xineru de 1861 ordenóse la espulsión del Ministru Encargáu de Negocios d'Ecuador en Méxicu, Francisco de N. Pastor, por cuenta de les simpatíes qu'esti paecía amosar cola invasión francesa y la instauración d'una monarquía en favor de Maximiliano I, anque finalmente nun se concretó la espulsión. El Gobiernu ecuatorianu oficialmente caltúvose nel mesmu lineamiento que les demás naciones americanes mientres esti conflictu. Per ende el presidente García Moreno encamentó al so Encargáu de Negocios en Méxicu por que nun reconociera al Imperiu de Maximiliano y amás quitó-y el so credenciales como representante del Ecuador en dichu país. Esto facer a pesar de qu'apreciaba a Francia. En xunu de 1867, Maximiliano foi derrotáu y fusiláu pol presidente Benito Juárez, quien restableció la República mexicana.