En 1994 empieza la denominada historia comercial del aeropuertu. La primer fase del denomináu proyeutu d'aeropuertu civil de Lleón dexó dotar al aeropuertu d'una pista de vuelu, una cai d'enllaz y un estacionamiento, que fueron inauguraes en xunetu de 1995. En 1997 empecipiáronse les obres de la segunda fase, que resultó crucial pa la inauguración del aeropuertu de cara a la esplotación comercial. Nesta segunda fase construyéronse un edificiu terminal y uno de servicios, obres que tuvieron terminaes en xineru de 1999. El 2 de xunu de 1999 un vuelu de la compañía Iberia con destín Barcelona inauguró oficialmente l'Aeropuertu de Lleón. Dende entós esta compañía baxu en nome del so filial Air Nostrum siguió calteniendo vuelos regulares a Madrid y Barcelona.