El términu municipal de Pegalajar ocupa una estensión de 80 km² nel valle del ríu Guadalbullón, a unos 18.8 km al sureste de la ciudá de Xaén, dientro de la Contorna de Sierra Mágina y pertenez a la Demarcación Paisaxística de Los Montes-Subbética. Atópase representáu na fueya 947 del Mapa Topográficu Nacional.