El cardenal Alemán foi espulsáu de Bolonia pola familia rival Canedoli en 1428, y Dufay tamién abandonó nesti tiempu, colando a Roma. Convertir nun miembru del Coru Papal, sirviendo primero al papa Martín V, y depués dempués de la so muerte en 1431, al papa Eugenio IV. En 1434 foi nomáu maistre de chappelle en Saboya, onde entró al serviciu del duque Amadeo VIII; evidentemente dexó Roma por cuenta de una crisis nes finances del coru papal, y p'escapar de la turbulencia y les inseguridaes mientres la llucha ente'l papáu y el concilio de Basilea. Aun así en 1435 taba de nuevu al serviciu de la capiya papal, pero esta vegada foi en Florencia — el Papa Eugenio fuera espulsáu de Roma en 1434 pol establecimientu ellí d'una república insurrecta, simpatizante del concilio de Basilea y del movimientu conciliar. En 1436 Dufay compunxo'l motete festivu Nuper rosarum flores, una de les sos composiciones más famoses, que se cantó na bendición de la cúpula de Brunelleschi de la catedral de Florencia, onde Eugenio vivía exiliáu.