En 2004 convocáronse eleiciones presidenciales antemanaes porque Rolandas Paksas fuera inhabilitáu pol Tribunal Supremu. Adamkus volvió presentase, otra vegada como candidatu independiente; superó la primer vuelta con mayoría simple y na segunda venció col 52,6% de los votos, frente al 47,4% del so rival Kazimira Prunskienė. La segunda etapa presidencial trescurrió dende'l 12 de xunetu de 2004 hasta'l 12 de xunetu de 2009, colos siguientes primeros ministros: Algirdas Brazauskas (2001-2006), Gediminas Kirkilas (2006-2008) y Andrius Kubilius (2008-2012).