La taxonomía del xéneru del hipopótamu pigméu camudó a midida que foise desenvolviendo la conocencia d'esti animal. Samuel George Morton clasificar orixinalmente como Hippopotamus minor, pero más tarde determinó que yera lo suficientemente distintu como pa xustificar un xéneru propiu y clasificar como Choeropsis. En 1977, Coryndon suxurió que taba estrechamente emparentáu colos Hexaprotodon, un xéneru qu'incluyía a los hipopótamos prehistóricos, nativos d'Asia. Esta asignación foi llargamente aceptada hasta qu'en 2005 Boisserie demostró, tres un minuciosu analís de la filoxenia de los hipopotámidos, que nun yera un miembru de Hexaprodoton sinón un xéneru distintu y devolvió al animal al xéneru Choeropsis. Como sía, l'hipopótamu pigméu ye l'únicu representante vivu del so xéneru.