Otros trabayos inclúin L'entierru de Cristu, la Madonna de Loreto (tamién conocida como Madonna de los pelegrinos), Madonna col neñu y Santa Ana y la Muerte de la Virxe. Les últimes dos pintures atestiguaron, de forma especial, un recibimientu pocu templáu ente'l pueblu de Roma. La Madonna col neñu y Santa Ana, conocida como Madonna dei palafrenieri foi pintada pa un pequeñu altar de la Basílica de San Pedro, namái permaneció nel so llugar dos díes, y foi retirada. El secretariu d'un cardenal escribió al respeutu: «Nesta pintura toa ye vulgaridá, sacrilexu y disgustu. Una cosa puedo dicir, ye un trabayu fechu por un pintor que non pinta bien, con un espíritu escuru y que tuvo alloñáu de Dios mientres enforma tiempu, y tamién de cualesquier otra cosa bona». La muerte de la virxe, foi-y encargada a Caravaggio por un fanegueru xurista, quien pensaba allugar el cuadru na so capiya personal, caltenida por carmelites. Éstos refugaron dafechamente'l cuadru en 1606, y el contemporaneu de Caravaggio, Giulio Mancini recuerda que'l fechu que motivu tal refugu foi que'l pintor usó a una reconocida prostituta como modelu pa la Virxe; Giovanni Baglione, otru contemporaneu, rellata qu'otru puntu pol que la obra nun llogró aceptación foi que la virxe tenía les piernes desnudes —un problema de decoro seya que non—. John Gash, estudiosu de Caravaggio, suxure que'l problema pa los carmelites yera que teníen una visión más teolóxica qu'estética, y que por ello Caravaggio falló al afigurar de manera errónea la doctrina de l'Asunción de María, n'específicu la idea de que la Madre de Dios nun morrió en forma ordinaria sinón que foi llevada al cielu. El reemplazu pal altar foi fechu por unu de los más conspicuos discípulos de Caravaggio, Carlo Saraceni, na qu'amosaba a la Virxe viva y sentada, al igual que Caravaggio, pero n'actitú cuasi morrebunda. Nuevamente refugada, nel trabayu que lu sustituyó la Virxe yá se vía siendo llevada al cielu por ánxeles. La muerte de la Virxe, foi mercada pol Duque de Mantua por conseyu de Rubens, como un agasayo pal monarca Carlos I d'Inglaterra. Finalmente entró na corte francesa en 1671.