La mayoría de los xenomes de los papilomavirus contienen ente 8 y 10 marco abiertos de llectura. El xenoma del papilomavirus humanu tipu 16 contién 6 xenes d'espresión temprana (denominaos E1, E2, E3, E4, E5 y E6, por early xenes) y 2 d'espresión tardida (denominaos L1 y L2, por llate xenes). A diferencia colos polyomavirus, tolos ARN mensaxerus de los papilomavirus se trescriben a partir d'una sola de les hebras del ADN. La secuencia que codifica les distintes proteínes asolapar en dellos casos, lo que dexa utilizar de forma eficiente un xenoma bien pequeñu.