Se posesionó el 10 d'agostu de 1998, día qu'entraba en vixencia la nueva Constitución promovida por Fabián Alarcón, prometiendo'l fin de la inestabilidá política que precedió al so gobiernu. Una de les sos primeres actuaciones como presidente foi la firma del Alcuerdu de Paz col Perú, el 26 d'ochobre de 1998, qu'estableció finxos definitivos de frontera y acabó col llargu y costosu conflictu Perú-Ecuador. Foi méritu de Mahuad dar prioridá a la paz, asumir personalmente la negociación, habela lleváu a un planu políticu y habela consiguíu en dos meses y mediu.