La Colexata tien vidreres emplomadas nel ábside y nel cruceru. La del ábside tien unes dimensiones de 1,82 m d'altu por 1,28 m d'anchu y les del cruceru 2,63 m. por 1,83 m y fueron realizaes pola Unión d'Artistes Vidreros de Irún» y asitiaes l'añu 1943. Les vidreres tán recoyíes nun xasis metálicu y tienen orla y dibuxos a color fechos al estilu de la ornamentación y edificación del templu. Una de les vidreres del ábside representen a un navío azotáu pol vientu y zozobrando y l'otra un escudu cola Cruz de Santiago recordando dambos dos circunstancies del fundador don Fernando Ignacio d'Arango: una la del so peligru de naufraxu cuando retornaba d'un viaxe a Filipines y l'otra ye la de la so pertenencia a la Orde de Santiago. La vidrera de la parte derecha del cruceru representa un campu de trigu y sobre él una hostia radiante qu'asemeya a un sol cola lleenda «Ego flos campi»; la de la parte esquierda presenta una corona real sobre un xardín de llirios y la lleenda «Et lilium convallium».