Naessens xugó nel club belga ente 2010 y 2014, xugando la so meyor temporada na 2012-13, na que xugó 34 partíos de lliga y marcó 6 goles ayudando a llograr al SV Zulte Waregem el subcampeonatu de la Jupiler Pro League per primer vegada na so hestoria.