Jeenbekov nació en Biy-Myrza, Provincia de Osh, fíu d'un xerente de granxa coleutiva y una ama de casa. El so hermanu, Asylbek Jeenbekov, tamién ye un políticu. Jeenbekov tien nueve hermanos. Jeenbekov asistió a l'Academia d'Agricultura de Kirguistán, graduándose con una llicenciatura n'inxeniería zoolóxica. En 2003, completó más estudios, graduándose n'economía de la Universidá Nacional Agraria de Kirguistán.