Les sos grandes actuaciones col Club Deportivo Logroñés válen-y ser ficháu en 1994 pol Futbol Club Barcelona. Sicasí, empezó con mal pie nel Barça: a empiezos de la temporada 1994-95 cometió un espectacular fallu na final de la Supercopa ante'l Real Zaragoza. A pesar de que'l gol encaxáu nun supunxo la perda del troféu, sí que punxo n'entredichu la calidá de Lopetegui. Finalmente, Carles Busquets, suplente d'Andoni Zubizarreta nes temporaes anteriores, arrampuñó'l puestu a Lopetegui. Aquel primer añu tuvo un rendimientu irregular, siendo capaz de lo meyor y de lo peor, como nel partíu de vuelta frente al Atlético en Copa del Rei, nel qu'atayó dos penaltis dempués de regalar el primer gol colchoneru. Lopetegui xugó bien pocu na so etapa barcelonista (apenes cinco partíos de Lliga en tres temporaes). Empezó la temporada 1996-97 xugando de titular el partíu d'ida de la Supercopa d'España, pero cola llegada de Vítor Baía terminó la temporada como tercer porteru del equipu, situación que yá conociera na so etapa madridista.