En 1907, siendo xeneral de división foi encargáu d'ocupar la ciudá marroquina d'Oujda y nomáu altu comisariu de la rexón ocupada. Cuando'l Tratáu de Fez (marzu de 1912) estableció'l Protectoráu francés en Marruecos, Lyautey convertir nel primera residente xeneral (máxima autoridá francesa en Marruecos). Foi l'artífiz de la pacificación del país, esto ye, la obediencia de los sos habitantes al poder central, representáu pol sultán pero controláu polos franceses. Polo xeneral foi consideráu un alministrador competente, y llegó a convidar al conocíu arquiteutu Henri Prost a que diseñara nuevos planes desenvuelvo urbanu pa les principales ciudaes marroquines.