En 1950 participó como candidatu nes eleiciones presidenciales en contra del coronel Jacobo Árbenz Guzmán y del xeneral Miguel Ydígoras Fuentes, pero perdió. Les eleiciones, según el mesmu Marroquín Rojas, fueron lo más llimpio que pueden ser les eleiciones en Guatemala; tien de tomase en cuenta que la constitución otorgaba'l derechu al votu secretu a los homes y muyeres que podíen lleer escribir, el votu públicu a los varones analfabetes y nun-y daba'l derechu no absoluto a les muyeres analfabetes. Los indíxenes yá sabíen que teníen que votar pol candidatu oficial, como lo fixeren nes reeleiciones d'Ubico; la diferencia yera agora que l'exércitu y los terranientes sofitaben al mesmu candidatu históricamente, pero nesta oportunidá taben estremaos y quedó demostráu que la influencia militar yera mayor que la de los terratenientes. Sicasí, la faer el recuentu del votu secretu, Árbenz tamién resultó vencedor. El gobiernu pos, nun dexó nengún marxe d'error pa la eleición del candidatu oficial, pero Árbenz foi probablemente la opción preferida ente los votantes de toes formes.