El 14 de setiembre de 1485 foi asesináu na catedral el primer Inquisidor d'Aragón Pedro Arbués (xubíu a los altares pol Papa Pío IX en 1867) mientres rezaba protexíu con cascu y malla. El fechu foi consecuencia del mal recibimientu que tuvo la inquisición n'Aragón, que se vía como un ataque de la corona a los fueros. En particular, paez que dalgunes de les más poderoses families de xudíos conversos como los Sánchez, los Montesa, los Paternoy o los Santángel, sabiéndose víctimes predilectes de la inquisición, tuvieron implicaos nel asesinatu. De resultes producióse un llevantamientu popular contra los xudíos y finalmente «nueve executaos, en persona, amás de dos suicidios, trelce quemaos n'estatua y cuatro castigaos por complicidá» según cuenta Jerónimo Zurita. El sepulcru del santu, realizáu por Gil Morlanes padre, atopar nel edificiu, na capiya de San Pedro Arbués.