Mientres la ocupación nazi del país (1938-1945) se exilió na Xunión Soviética, dende onde siguió dirixiendo'l Partíu. En marzu de 1945, Edvard Beneš, Presidente electu de Checoslovaquia (1935-1938) y líder del Gobiernu Checoslovacu nel Exiliu en Londres dende 1941, aportó a formar un gobiernu de coalición basáu nel Frente Nacional xunto a Gottwald. Electu miembru del primer gobiernu checoslovacu de posguerra tres les eleiciones de 1946, nes cualos los comunistes yeren el partíu más votáu, Gottwald foi nomáu Primer Ministru.