Más complicáu ye entá realizar un diagnósticu diferencial ente la sensibilidá al gluten non celiaca y el denomináu síndrome del intestín irritable (SII), una y bones dambes entidaes presenten una sintomatoloxía similar, siendo en dambos negativos los marcadores serológicos, xenéticos de susceptibilidá, según los afayos de la colonoscopia y gastroscopia, qu'igualmente son negativos.