Un árbol filoxenéticu guañáu ye un árbol direutu, con un únicu nódulu que correspuende al ancestru común más recién de toles entidaes de les fueyes del árbol. La Figura 1 amuesa un árbol filoxenéticu guañáu coloriáu acordies con el "sistema de tres dominios". Los árboles xenéticos ensin raigañu ilustren la rellación de los nódulos de les fueyes ensin faer asunciones sobre ascendencia. Ente que los árboles ensin raigañu siempres pueden ser xeneraos a partir d'árboles guañaos omitiendo'l raigañu, un raigañu nun puede ser inferida a partir d'un árbol ensin raigañu ensin dellos medios pa identificar l'ascendencia. Esto suel faese incluyendo un grupu esternu nos datos entrantes o introduciendo asunciones adicionales sobre les tases relatives d'evolución en cada caña, como una aplicación de la hipótesis del reló molecular. La Figura 2 amuesa un árbol filoxenéticu ensin raigañu pa la miosina, una familia xenética de proteínes.