L'orixe de les edificaciones ye anterior a la fin de la era glacial, yá que según opinión del xeólogu Teruaki Oshī, que l'home construyir aprovechando delles formaciones xeolóxiques presistentes, onde hai conexones interestructurales que darréu fueron destruyíes por socesivos seísmos (l'área de les estructures allúgase sobre una falla telúrica) lo que denota un gran nivel d'organización. Asina, na dómina en que fueron aniciaes, l'área de Yonaguni formaba parte de la ponte que xunía les islles de Taiwán, Ryūkyū y Xapón con Asia en tiempos de la última glaciación, yá que el nivel del mar yera más baxu que l'actual por causa de la acumuladura de xelu nes zones templaes. Los sos supuestos constructores perteneceríen a una civilización muncho más sofisticada que les conocíes de l'antigüedá, formaes dempués del IV mileniu edC.