Estonia tien más  de 1500 islles ya isllotes esbillaos nel mar Bálticu. Les más importantes son les islles de Sarema y Hiiumaa y l'archipiélagu de Moonsund. Los suelos del país son ricos en calciu, mientres que los sos llagos más importantes son los de Cudskoje y Pskovskoje, a traviés de los que pasa la llende con Rusia. Dambos llagos tienen una superficie de 4.300 km2. Los llagos salen al golfu de Finlandia a traviés del ríu Narva. Arriendes d'ésti, los ríos principales del país son el Pärnu, el Emajon y el Polsamaa.