Mientres la so xestión como ministra apaeció'l llamáu fraude del llinu que la so instrucción tuvo a cargu del xuez Baltasar Garzón mientres cinco años. Plantégase un delitu de falsedá documental alcordada pa partise subvenciones europees pal cultivu del llinu,que la so superficie cultivada amontóse considerablemente. Mientres l'añu 2006 los tribunales dictaminaron que Loyola de Palacio yera inocente en dichu proceso. L'Audiencia Nacional absolvió a tolos acusaos y el Tribunal Supremu confirmó la sentencia absolutoria'l 23 d'abril de 2007.