Maher nació na ciudá Nueva York, fíu de Julie Berman, enfermera y William Maher, Sr. editor d'una cadena de la noticies. Maher foi criáu católicu, la relixón del so padre, y nun supo que la so madre yera xudía hasta que foi adolescente. Creció en River Vale, New Jersey y graduóse nel Institutu Pascack en Montvale, New Jersey. Llogró'l so Bachelor of Arts n'inglés y hestoria na Universidá Cornell en 1978.