La morfofonoloxía (la forma en que la función gramatical d'un morfema afecta a la so construcción) ye complexa. Unu de los procesos más importantes ye la carauterística alteración consonántica. Dos tipos d'alteraciones prodúcense: l'alteración del radical y del sufixu, qu'afecten a les oclusives /k/, /t/ y /p/. Trátase d'un procesu de lenición, onde se camuda la consonante por una forma más "débil" en dalgunos (pero non toos) casos oblicuos. Pa les consonantes simples, el procesu complícase descomanadamente y los resultaos varien según les zones. La harmonía vocálica (perdida nel estoniu) tamién ye un procesu importante.