Dos meses antes del Tour de Francia, Contador, xuntu al d'otros presuntos implicaos como Jan Ullrich, Ivan Basso, Óscar Sevilla y Paco Mancebo, apaeció na denominada "Operación Puerto" (operación contra el dopaxe nel deporte d'élite) desenvuelta pola Guardia Civil Española. Por cuenta de los fechos y magar tar inscritu nel equipu que diputaría la carrera, Contador y cuatro miembro más del equipu fueron escluyíos per parte de la organización un día antes del entamu de la carrera pola so presunta implicación d'estos na OP.