Siguió nel gobiernu dempués de la batalla de Ingavi y la muerte de Gamarra el 18 de payares de 1841, sucesu qu'anició nel Perú'l periodu conocíu como l'anarquía militar”, nel cual dellos caudiellos apostáronse'l poder. Menéndez caltener nel poder per unos meses más, mientres los cualos enfrentó la invasión boliviana nel sur peruanu y axustó la paz con Bolivia, al empar montoneros peruanos diben espulsando del so territoriu nales fuercies invasores bolivianes, hasta concentrándose la batalla de orurillo onde concreten la victoria y espulsión de les tropes de Ballivian. Coles mesmes, dio un decretu d'amnistía'l 11 d'avientu de 1841 por que retornaren al Perú los exiliaos en Chile y Bolivia, y convocó el 15 de xunu de 1842 a l'asamblea nacional por que se escoyera a un nuevu presidente. Pero foi depuestu pol xeneral Juan Crisóstomo Torrico, el 16 d'agostu de 1842, y pasó desterráu a Chile.