García Moreno foi defensor de la Compañía de Xesús, a la que confió delles xeres na área de la educación. Mientres un periodu d'exiliu pa miembros de dicha congregación, asistió a un grupu de xesuites movíos a atopar abellugu n'Ecuador. Los xesuites alemanes reformaron la educación cimera ecuatoriana, empobinándola escontra carreres téuniques. Pela so parte, los xesuites españoles asumieron la educación secundaria. Promovióse la educación indíxena, y l'educación primaria volvióse obligatoria. Asina, el númberu de neños escolarizaos en 1875 triplicó'l de 1867.