En 1806, el presbíteru Rafael José Lluna, cura de San José, tuvo la idea d'utilizar les ruines de l'antigua catedral como parroquia; en 1814 el cabildru eclesiásticu resolvió aceptar el pidimientu y en 1819 empecipiáronse dellos trabayos de remodelación del edificiu, derrumbando partes arruinaes, como los campanarios. Los trabayos detener por un tiempu, hasta que se reiniciaron en 1832. Al terminar los trabayos, la parroquia de San José treslladar del antiguu edificiu de la Universidá a l'antigua catedral, onde tuvo dende entós. Los retablos que tien esta nueva parroquia nun son los orixinales de la catedral: fueron ellaboraos en 1856.