San Agustín tuvo de surdir como población a finales del sieglu XII o principios del XIII, siendo repoblada polos reis de Llión, xunto a la sienda de Benavente a Toro, pero apaez citáu per primer vegada a principios del sieglu XIV (1310), nuna rellación de les rentes que percibía l'obispu d'Astorga, daquella'l so propietariu. Antes pertenecieron les tierres a la Orde de Santiago (1229) y más tarde pasaron a Bernardino Pimentel, Marqués de Tábara (1541), calteniéndose asina hasta l'abolición de los señoríos a mediaos del sieglu XIX. Dientro del términu municipal tamién esistieron los anguaño despoblados de San Clemente (nel pagu de La Somadica) y Fortiñuela (nel pagu de Fonte de la Devesa).