El xuegu aprovecha l'estilete de la Nintendo DS de delles y distintes maneres, comparáu con videoxuegos previos para dicha consola. El xugador ye capaz de dibuxar un reló de sable p'abrir ciertes puertes y trazar el camín de los buques nel océanu, ente otros llabores. El mecanismu de la pantalla táctil pue ser usáu tamién pa dirixir el búmeran de Link. Phantom Hourglass contién gráficos cel-shading, bien similares a los de The Legend of Zelda: The Wind Waker, con dalguna influencia de The Legend of Zelda: Four Swords Adventures. L'apariencia de Link en Phantom Hourglass asemeyar a la que s'amuesa en The Wind Waker con llargos güeyos al estilu anime. El conceutu de la hestoria del xuegu foi escritu por Hidemaro Fujibayashi; l'argumentu asocede darréu dempués de los elementos narraos en The Wind Waker, pero, a pesar d'ello, Aunoma señaló que «Creo qu'ellos [los xugadores] pueden xugar The Wind Waker dempués de Phantom Horglass. De dalguna manera, la hestoria ta coneutada cola de The Wind Waker, pero esto nun significa que tengas de conocer la hestoria anterior pa poder esfrutar d'esti xuegu».