Los montes tantu de Marojejy como de la cercana Reserva Especial de Anjanaharibe Sur, alimenten delles cuenques hidrográfiques, como la del ríu Lokoho, que naz de les aguaes occidentales y del sur del Marojejy, y el la del ríu Androranga, que tien el so orixe nes aguaes septentrionales.