Al respeutive de los recursos militares (armes, soldaos, etc.) y el suministru comercial, la capitanía dependió del virreinatu. L'alministración de xusticia de la capitanía yera autónoma del virreinatu, salvo la inquisición, que correspondía a un delegáu de Lima, y los xuicios de comerciu, que dependieron del consuláu de Lima hasta 1795. No gubernativo, la rellación foi fluctuante, dependiendo del periodu, les instrucciones qu'unviaba'l rei ya inclusive les personalidaes de les respeutives autoridaes (virréis y gobernadores) y nun hubo nunca una anexón formal de la capitanía al virreinatu. Amás, en ciertos periodos, por cuestiones estratéxiques de seguridá del virreinatu –por casu, ante amenacies de corsarios– los virréis intervinieron direutamente nel gobiernu de Chile, inclusive por mesma iniciativa. Coles mesmes, dellos gobernadores acostumaron consultar o pidir instrucciones sobre temes urxentes al virréi, pola gran distancia que los dixebraba del rei, que s'atopaba n'España.