Linda R. Watkins foi premiada con numberosos premios, como'l Premiu d'Investigación Norman Cousins de la Sociedá Psiconeuroinmunoloxía (2005), el Premiu Kerr en ciencia básica de la Sociedá Americana del Dolor (2005) o el Premiu Príncipe d'Asturies d'Investigación Científica y Téunica de 2010, xunto a David Julius y Baruch Minke.