Evangeline tuvo casada con un xugador de ḥoquei canadiense llamáu Murray Hone. De 2004 a 2009, Lilly salió col so compañeru de Lost Dominic Monaghan. Tuvo'l so primer fíu, un mozu, col so noviu Norman Kali, asistente de producción de Lost, en mayu de 2011.