Atópase en Yakutsk recuperándose de los rigores de la espedición, cuando en marzu de 1904 españó la guerra rusu-xaponesa. Solicitó y llogró el permisu de l'Academia de Ciencies pa reincorporase a l'Armada. Camín del Pacíficu, detúvose de volao pa casase en Irkutsk cola que fuera la so prometida mientres los últimos cuatro años, Sofia Fedorovna Omirova. Kolchak presentóse voluntariu a pesar de la so mala salú, y foi unviáu a Port Arthur, onde se-y asignó al cruceru Askold y darréu al destructor Amur. Finalmente foi treslladáu al destructor Serdity, el primer buque al so mandu; estremar na defensa del acorazáu Sevastópol y ganó la Espada de la Orde de San Jorge por esplegar el campu de mines que fundió al cruceru xaponés Takasago. Cuando s'intensificó l'asediu de la base rusa, asignóse-y el mandu d'una batería de 75 mm en tierra. Darréu mancáu, foi fechu prisioneru cuando la ciudá rindir n'avientu de 1904. Permaneció ingresáu en Port Arthur hasta'l so treslláu a un hospital en Nagasaki, n'abril de 1905. La so mala salú, con biltos de neumonía y reumatismu, condució a la so repatriación por Canadá na primavera de 1905.