La bandera non oficial del distritu ye perasemeyada a la oficial de la ciudá; la única diferencia ye l'usu del sellu del borough en cuenta del de la ciudá nel centru de la banda vertical blanca. El sellu del distriu ye asemeyáu al de la ciudá, pero completamente circular. La figura del so interior ye la mesma, pero embaxu d'ella hai dos estrelles, y el conxuntu ta arrodiáu pola inscripción "BOROUGH OF MANHATTAN NOVEMBER 1, 1683". Esa fecha fai referencia al momentu nel que la Provincia de Nueva York foi dividida en 12 condaos pol gobernador Thomas Dongan: ún d'ellos foi el condáu de Nueva York (New York County), que caltién de magar les sos llendes actuales. Antigualmente'l distritu usaba esa mesma bandera pero con una inscripción diferente na contorna de la figura central del sellu. Esta yera "The President of the Borough of Manhattan" "NYC", y usábase pa representar a esa institución n'actos oficiales.