Aguilera trabaya nes árees d'ecoloxía, evolución, biodiversidá, caltenimientu y manexu. La exa central de la so investigación ye la cariología de mamíferos, l'estudiu de los cromosomes como un aproximamientu pa entender procesos evolutivos, resolver problemes sistemáticos, contribuyir al diseñu d'estratexes de manexu y caltenimientu de la fauna montesa y cinexética. Tamién desenvolvió trabayos na área de bioética, na cual dictó conferencies en delles universidaes. Aguilera ta convencida de qu'en Venezuela hai un arrezago en materia de bioética y espresó la so esmolición pola tema.