La contaminación atmosférica ye causada polos aerosoles "naturales" (polvu nel aire acomuñáu cola aridez) y los productos de combustión (lleña, carbón vexetal y les quemes forestales) y la contaminación por problemes viales na ciudá. Un proyeutu de sistema d'alerta de contaminación ta construyéndose n'Uagadugú y Burkina Fasu (conocíu como "projet Mousson") en collaboración col CNRS, la contaminación de l'agua y el suelu son otros problemes na ciudá.