L'orixe del conceyu nun ye del tou claru, pero al paecer ye d'orixe celta, habitáu dempués por hispanorromanos y por mozárabes. Nel añu 1086 con tomar de Toledo per parte d'Alfonsu VI, Cobeja pasa ser parte del Cabildru de la Catedral toledana, y siguiría siendo asina hasta l'añu 1833. L'añu 1155 con llicencia del Cabildru repuéblase Cobeja con 48 habitantes y ye a la fin del sieglu XIII cuando Cobeja recibe la so carta puebla. Yera'l señoríu archiepiscopal el qu'impartía l'alministración de xusticia na villa y el que s'encargaba de la vixilancia de los cultivo, que naquella dómina yeren bien abondoses en viñes y trigu. El cabildru recibía la sesta parte de la uva que se recoyía en Cobeja. Naide que nun fuera vasallu del Cabildru podía tener casa en Cobeja.