Nel Gran Premiu d'Estaos Xuníos, Alonso quedóse per primer vegada nesa temporada fuera del podiu, al finar 5ᵘ . Nel siguiente Gran Premiu, disputáu en Francia, tornaba al caxón al finar 2ᵘ per darrera de Michael Schumacher. Na siguiente carrera, el Gran Premiu d'Alemaña de 2006, obtuvo un 5ᵘ puestu, nuna carrera que ganó de nuevu Michael Schumacher, amenorgando la desventaya con respeutu al asturianu en 11 puntos. Nel Gran Premiu d'Hungría Alonso foi sancionáu poles sos aiciones na sesión d'entrenos llibres, calificaes pola FIA como "innecesaries, inaceutables y pelligroses". Demientres la carrera, y tres d'una remontada dende la decimoquinta posición, na tercera vuelta yera ya terceru trespasando a Michael Schumacher, pero una tuerca mal apertada nel neumáticu drechu traseru prevocó una salida de la pista chocando'l so monoplaza escontra les proteiciones. Vueltes dempués, Michael Schumacher dao la degradación de les sos gomes y un problema na suspensión, tuvo de retirase a falta de 3 vueltes pal final. Entá asina, Michael Schumacher acabó octavu recortando namái un puntu a Fernando Alonso.