A finales de 1875, los aboríxenes del mal llamáu desiertu, principalmente mapuches, siguieron colos enfrentamientos na llinia de la frontera sur. Alsina dirixó la defensa del país, concentrándose especialmente na frontera de la provincia de Buenos Aires. Nel "problema del indiu" foi partidariu d'una política defensiva y non ofensiva, afirmando qu'entamaría una campaña contra'l desiertu y non contra l'indiu.