Anque se tienen pocos datos de los sos padres, Juana foi la segunda de los trés fíes de Pedro Manuel de Asbaje y Machuca natural de Guipúzcoa n'España ya Isabel Ramírez de Santillana de Cantillana , sábese que nunca se xunieron en matrimoniu lexítimu. El padre llegó a la Nueva España cuando neñu, como lo prueba'l Permisu de camín de 1598, en compañía de la so güela viuda, María Ramírez de Vargas, la so madre Antonia Laura Majuelo y un hermanu menor Francisco que aportó a flaire dominicu. En San Miguel Nepantla, de la rexón de Chalco, nació la so fía Juana Inés, nun escuru llugar llamáu daquella «la celda». La so madre, al poco tiempu, dixebrar del so padre y procreó otros trés fíos con Diego Ruiz Lozano, a quien tampoco casó.