En 1997 consiguió'l papel de Willow Rosenberg en Buffy the Vampire Slayer, serie que se convirtió nun ésitu y que-y sirvió'l reconocencia del públicu. Na so recta final na serie (2003), l'actriz cobraba 250.000 dólares por episodiu. Gracies al so trabayu nesta serie, Hannigan apaeció n'American Pie, American Pie 2, American Wedding y Boys and Girls. Recuperó'l so papel de Willow na séptima temporada de la serie y na cuarta del spin-off d'ésta: Angel.