Nel desenvolvimientu del primer viaxe foise forxáu una fuerte rellación con Colón, frutu de la cual convirtiéronse n'estrechos collaboradores de los nuevos proyeutos del Almirante. Participaron nos preparativos y desenvolvimientu del segundu viaxe colombín ente 1493 y 1496. Juan Niño acompañó a Cristobal Colón, como maestre, y Francisco Niño como pilotu na carabela La Niña, Pedro Alonso como pilotu mayor na nave capitana, y Cristóbal como maestre de la carabela “Caldera”, al pie d'otros familiares Niño. Nel tercer viaxe colombín, ente 1499 y 1501, viaxaron Juan Niño y Francisco Niño, al pie d'otros familiares Niño, siguiendo la ruta colombina del segundu viaxe onde s'afayó Paria.