Debíu al frayo del so salú tres les alteraciones nervioses que supunxeron l'encarar la guerra civil, Núñez arrenunció a la presidencia ante'l Conseyu de Delegatarios el 1 d'abril de 1886 y decidió retirase primeramente a Anapoima y depués a Cartagena. Mientres el so ausencia fixeron cargu de la presidencia'l designáu José María Campo Serrano (1 d'abril de 1886 a 6 de xineru de 1887) y el vicepresidente Eliseo Payán (dende xineru hasta xunu de 1887).