Fischer nació en Waldheim, Saxonia, fíu del propietariu d'una tejeduría de llinu. Estudió medicina en Leipzig y siguió los sos estudios en Viena y París col so amigu Alexander von Humboldt, onde tuvo como profesor a Georges Cuvier. Llogró una cátedra en Maguncia y en 1804 ocupó la cátedra Demídov d'Historia Natural, convirtiéndose en Direutor del Muséu d'Historia Natural de la Universidá Estatal de Moscú. N'agostu de 1805 fundó la Sociedá Imperial de Naturalistes de Moscú.