Yá instaláu n'octavos de final, l'equipu enfrentó a Lyon nel estadiu Gerland el 24 de febreru de 2009. El primer y únicu gol de Lyon producióse dempués que Juninho Pernambucano executara un tiru llibre al minutu siete de la primer parte. Anque'l francés Thierry Henry igualó l'alcuentru al minutu sesenta y siete. El 11 de marzu de 2009 apostóse'l segundu xuegu ente dambos clubes, esta vegada en Camp Nou ante 86 368 espectadores. Henry, Messi y Samuel Eto'o adelantraron al equipu cule con tres goles, anque Jean Makoun descontó al minutu cuarenta y cuatro. Na segunda parte, el brasilanu Juninho Pernambucano amenorgó la ventaya con un gol al minutu cuarenta y ocho, pero l'africanu Seydou Keita anotó dos goles pa sentenciar l'alcuentru. Barcelona avanzó a cuartos de final con un marcador global de 6-3 y Thierry Henry destacar por ser el goliador en dambes series.