Magar la so participación nel golpe militar de xunetu de 1958 contra la monarquía de Faisal II, tamién caltuvo diferencies col réxime d'Abdul Karim Qasim y sofitó el derrocamientu d'ésti en febreru de 1963. Tres l'ésitu d'esti golpe d'Estáu, Al-Bakr aceptó dexar la xefatura del Gobiernu al coronel Abdul Salam Arif, en tantu'l mesmu al-Bakr caltenía la direición del Partíu Baath, convertíu de facto nel partíu de Gobiernu.