Bonilla foi nietu del llicenciáu Felipe Bustillo.[2] Manuel Bonilla nunca contraxo matrimoniu, de la so rellación cola señora Josefa Matute nació en 1870 una fía lexítima Concepción Bonilla Matute, les sos demás fíos fueron naturales, Josefa Bonilla, Adela Bonilla, Antonio Bonilla, Carlota Bonilla, Carlos Bonilla, Joaquín Bonilla, Marta Bonilla, Manuel Bonilla y Zoila Bonilla.