En 1829 foi nomáu ayudante de campu del presidente José de La Mar, acompañándolo mientres la guerra contra la Gran Colombia. Asistió a les aiciones de Saraguro (13 de febreru) y Portete de Tarqui (27 de febreru). Destacáu al cuartel xeneral de Piura, foi fechu prisioneru al ser derrocáu La Mar. Lliberáu, permaneció en Piura y fíxose notar como partidariu del depuestu mandatariu; depués viaxó a Lima, decidíu a estremase de la política, pero'l presidente Gamarra ufiertó-y la subprefeutura y la comandancia militar de Tacna en 1831. Salaverry aceptó y partió a Tacna, onde se casó con doña Juana Pérez.