Una midida revesosa del gobiernu provisional foi la separación Ilesia-Estáu. El llaicismu empezar a aldericar en Portugal nel sieglu XIX mientres les Conferencies de Casino en 1871, promovíes por Antero de Quintal. El movimientu republicanu acomuñaba a la Ilesia católica cola monarquía y oponíase a la so influencia na sociedá portuguesa. El 1 de febreru de 1908, tres el regicidio, redactóse un decretu contra los xesuites por iniciativa del gobiernu, qu'envaloraba que podía salvar al réxime atacando a la Ilesia, pero nunca foi robláu por Manuel II. Darréu dempués de la implantación de la República, el 8 d'ochobre de 1910, el ministru de Xusticia, Afonso Mariña reinstaura les lleis del marqués de Pombal contra los xesuites y les de Joaquim António de Aguiar en rellación a les órdenes relixoses. Los bienes y les propiedaes de la Ilesia fueron incorporaos al Estáu. El xuramentu relixosu y otros previstos nos estatutos de la Universidá de Coímbra aboliéronse, les matrícules de primer añu de la facultá de Teoloxía anuláronse, escastáronse tamién les places de derechu canónicu y suprimióse la enseñanza de la doctrina cristiana. Los festivos relixosos pasaron a ser díes de trabayu anque'l domingu caltúvose como día de descansu por razones llaborales. Coles mesmes, prohibir a les fuercies armaes participar en solemnidaes relixoses. Aprobáronse les lleis del divorciu y de la familia, que consideraben el matrimoniu como un «contratu puramente civil».