Prinze nació en Los Angeles, California, fíu de Katherine Elaine Cochran (axente de bienes raíz) y Freddie Prinze, un actor y comediante estauxunidense que morrió en 1977, depués de que Elaine abandonar y solicitara una orde al tribunal por que nun s'averara a ellos. Prinze solamente tenía 10 meses de vida nesi momentu. La muerte del so padre nun principiu foi atribuyida a un suicidiu, pero depués foi declarada como disparu accidental tando Prinze so la influencia de quaaludes. El güelu paternu de Prinze yera d'ascendencia alemana y la so güela paterna yera de Puertu Ricu; quien al morrer nel 2013 dexó toa'l so heriedu al so "nietu predilectu" Freddie, incluyendo una residencia cerca de la sablera en Cabu Coloráu, un pueblu na mariña sur oeste del mentáu país. Per parte de la so madre tien ascendencia irlandesa, inglesa y nativa americana, foi educáu na fe católica romana y abraza los sos raigaños puertorriqueños.