La tresferencia xenética horizontal ye factor de tracamundiu potencial cuando s'infier un árbol filoxenéticu basáu na secuencia d'un xen. Por casu, daes dos bacteries lejanamente rellacionaes qu'intercambiaron un xen, un árbol filoxenéticu qu'incluya a dambes especies amosaría que tán estrechamente rellacionaes yá que el xen ye'l mesmu, inclusive si munchos d'otros xenes tuvieren una diverxencia substancial. Por esti motivu, dacuando ye ideal usar otres informaciones pa inferir filogenias más grandes, como la presencia o falta de xenes o la so ordenación, o, más frecuentemente, añedir l'abanicu de xenes más ampliu posible.