Nel añu 2000 Elchibey foi diagnosticáu con un cáncer de próstata y morrió n'agostu d'esi mesmu añu nun hospital militar de Ankara, la capital de Turquía. El so cuerpu foi treslladáu n'avión a Bakú y celebróse un funeral d'Estáu cola asistencia del entós presidente Heydər Əliyev.