Foi escoyíu presidente en mayu de 1989, por aciu una Alianza de Partíos Políticos d'Oposición (ADOC) col 62,5% de los votos contra'l 24,9% del candidatu del Partíu Revolucionariu Democráticu (PRD) que taba amparáu sol dictador Manuel Noriega, quien se negó a reconocer la so derrota, y mandó a reprimir a Endara y al Segundu Vicepresidente electu Guillermo Ford cuando éstos andaben nuna caravana proclamando'l so trunfu.