Seis año dempués, el candidatu a la elección presidencial foi'l políticu tabasqueño Roberto Madrazo Pintáu; na elección del 2 de xunetu de 2006 el PRI sufrió'l so más grave crisis política al perder per segunda ocasión consecutiva la Presidencia de la República quedando nun tercer llugar na preferencia electoral con 9.3 millones de votos.