En 1552, llegar a un alcuerdu pol cual el costu de la nueva catedral sería compartíu pola corona española, los comendadores y los indios so l'autoridá direuta del arzobispu de la Nueva España. Los planes iniciales pa la fundación de la nueva catedral empezaron en 1562, dientro del proyeutu pa la edificación de la obra, l'entós arzobispu Alonso de Montúfar propondría una monumental construcción compuesta de siete naves y basada nel diseñu de la Catedral de Sevilla; un proyeutu qu'hai pallabres del propiu Montúfar llevaría 10 o 12 años. El pesu d'una obra de tales dimensiones nun sosuelu d'orixe pantanosu riquiría d'una cimentación especial. Primeramente asitiáronse vigues cruciaes pa construyir una plataforma, daqué que riquía altos costos y un constante drenado, a la fin dichu proyeutu abandonaríase non solo pol mentáu costu, sinón polos llenes sufiertes pel centru de la ciudá. Ye entós que sofitaos en téuniques indíxenes inyéctense sólidos pilotes de madera a gran fondura, alredor de venti mil d'estos pilotes nun área de seis mil metros cuadraos. El proyeutu ye menguáu de los siete orixinales naves a solu cinco: una central, dos procesionales y dos llaterales pa les 16 capiyes. La construcción empezó colos diseños y modelos creaos por Claudio de Arciniega y Juan Miguel d'Agüeru, inspiraos nes catedrales españoles de Xaén y Valladolid.