Nel añu de 1083 españó nuevamente un conflictu armáu nel que los Minamoto veríense envueltos, agora na Guerra Gosannen o «guerra de los últimos trés años», aniciada por diferencies ente los líderes de les antigües cles aliaes Minamoto y Kiyowara. Dempués d'una feroz batalla de trés años en que la Corte negar a aidar a los Minamoto, éstos llograron, sicasí, salir finalmente victoriosos. Cuando Yoshiie asistió a Kioto cola cuenta de buscar un pagu, la Corte negóse y entá-y refartó los impuestos atrasaos que debía, colo que s'empecipia un claru distanciamientu ente dambos. Mentanto, los sos rivales, los Taira, gociaben cada vez más d'una meyor rellación cola Corte Imperial por cuenta de les sos fazañes nel oeste del país. La rivalidá ente los clanes Minamoto y Taira foi aumentando y faciéndose cada vez más evidente. En 1156, aprovechando la muerte del Emperador Toba, tuvo llugar un conflictu ente dambes cles, cuando Minamoto no Yoshitomo xunir a Taira no Kiyomori contra'l so padre Minamoto no Tameyoshi y el so hermanu Tametomo, mientres la Rebelión Hōxen. La batalla foi bien curtia y a la fin Tameyoshi foi executáu y Tametomo foi castigáu col destierru. Tamién dicha rebelión punxo n'entredichu el poder del insei cuando'l retiráu Emperador Sutoku foi vencíu pol gobernante emperador Go-Shirakawa, y tamién sentenció'l destín final del clan Fujiwara que foi desterráu del poder, siendo atropáu de manera esclusiva poles cles Taira y Minamoto.