A lo último, otru factor qu'afecta significativamente a la electroforesis ye la temperatura, esta ye importante yá que pol efeutu Joule el pasu d'una corriente llétrica va producir calor y este ye direutamente proporcional a la diferencia de potencial y a la resistencia. Poro, ye necesariu controlar de manera estricta la temperatura por que esta nun afecte a l'amuesa desnaturalizándola.