Nabiyev ganó les eleiciones y el 2 d'avientu 1991 convertir nel primer presidente electu de Taxiquistán. Los discutinios relativos a les eleiciones dieron llugar a manifestaciones caleyeres de la oposición, que se conducieron a una guerra civil en mayu de 1992. Como la llucha intensificóse, les mesmes milicies progubernamentales de Nabiyev dieron un golpe d'Estáu en setiembre de 1992 Arrenunció al cargu dende la seguridá de la so provincia natal de Leninabad. N'avientu de 1992, l'ex apparatchik de la provincia Kulyab asitiaron al líder paramilitar Emomali Rahmon nel poder.