La resistencia a la creciente influencia de la bioloxía molecular foi especialmente evidente na bioloxía evolutiva. La secuenciación de proteínes tuvo un gran potencial pal estudiu cuantitativu de la evolución (al traviés de la hipótesis del reló molecular), pero importantes biólogos evolutivos cuestionaron la relevancia de la bioloxía molecular pa responder a les grandes entrugues de la causalidá evolutiva. Departamentos y disciplines quebraes, según biólogos organicistas afirmaron la so importancia ya independencia: Theodosius Dobzhansky fixo la famosa declaración de que «nada en bioloxía tien sentíu sacante a la lluz de la evolución» como una respuesta al desafíu molecular. El problema fíxose entá más críticu a partir de 1968; la teoría neutralista de la evolución molecular de Motoo Kimura suxure que la seleición natural nun foi la causa de la evolución perdayuri, a lo menos a nivel molecular, y que la evolución molecular podría ser un procesu fundamentalmente distintu de la evolución morfolóxica. El resolución d'esta paradoxa molecular/morfolóxica» foi una tema central de la investigación de la evolución molecular dende la década de 1960.