Ubico nació'l 10 de payares de 1878, na ciudá de Guatemala, fíu d'Arturo Ubico Urruela —abogáu y políticu guatemalianu, activista del Partíu Lliberal de Guatemala y presidente de l'Asamblea Nacional Llexislativa mientres gran parte de los ventidós años del gobiernu de Manuel Estrada Cabrera— y de Matilde Castañeda. Los sos padrinos de bautizu fueron el presidente Justo Rufino Barrios y la primer dama Francisca de Barrios. La so pertenencia a la clase acomodada dexó-y asistir a les instituciones educatives más prestixoses del país, recibiendo educación complementaria n'escueles militares d'Estaos Xuníos y Europa. En Guatemala ingresó na Escuela Politéunica, pero nun terminó los sos estudios militares.