A lo último, magar ser agnósticu, destaca la so amistá col Papa Xuan Pablo II. Los medios de comunicación publicaron una historia que cunta que Pertini llamó a Xuan Pablo II nel hospital onde s'atopaba a puntu de morrer y que Clara Voltolina, esposa del ex presidente, torgó la entrada del Papa a l'habitación del enfermu. La Fundación Sandro Pertini desmintió la noticia. El presidente de la fundación, Pietro Perri, esplicó que Pertini nin siquier foi hospitalizáu, morriendo na so casa. Añedió, que nun se dexó entrar a naide al llechu de muerte del políticu, salvu al presidente Francesco Cossiga. Comentó tamién que n'otra hospitalización de Pertini, en 1987, si qu'allegó Xuan Pablo II ensin necesidá de pidi-y lo. El Papa y Pertini viéronse siquier nuna docena d'ocasiones, llegando inclusive a esquiar xuntos.