El términu "Navamorcuende" ye un compuestu de Nava y el antropónimu Morcuende que de la mesma ye un compuestu de Mor y Cuende. Mor podría derivase del árabe al-muruy, plural de al-mary 'el prau', ente que Cuende paez ser un arcaísmu de 'conde', colo que'l topónimu significaría 'los praos del conde'. Joan Corominas apunta como posible etimoloxía l'orixe celta de Nava con Markovindi, 'rabu del caballu blancu'.