Urcabustaiz ta travesáu pola divisoria d'agües cantábricu-mediterránea, qu'estrema casi al 50% la superficie del conceyu. Partir norte del conceyu arrama les sos agües al Cantábricu y la meridional al Mediterraneu. Los ríos más significativos son el ríu Altube, na aguada cantábrica y la Bagues na aguada mediterránea. La Zona d'Especial Caltenimientu (ZEC) robledal-isla de Urkabustaiz, catalogada como Llugar d'Importancia Comuñal (LIC) de la rede Natura 2000 y perteneciente a la rexón bioxeográfica atlántica, ta asitiada principalmente nesti conceyu.