Na eleición del 12 de payares de 1995 Arzú superó col 36,5% de los votos a Alfonso Antonio Portillo Cabrera, del Frente Republicanu Guatemalianu (FRG, partíu fundáu pol ex dictador Río Montt, a quien la llei torgaba postulase a la Presidencia), y batió-y definitivamente na segunda vuelta del 7 de xineru de 1996 col 51,2%. El 14 de xineru tomó posesión de la primer maxistratura de la nación con un mandatu cuatrienal en sustitución de Ramiro de León Carpio, quien fuera upáu a la Presidencia en 1993 a raigañu del fallíu autogolpe de Serrano. En cuanto al PAN (partíu creáu por él), llogró una mayoría relativa nel Congresu col 34,3% de los votos y 43 de los 80 escaños (llograra 12 nes llexislatives de 1990 y 24 nes de 1994), algamando la condición de principal partíu del país.