Unes vegada termináu'l so periodu presidencial en 1839 foi escoyíu gobernador de Guayaquil nel segundu mandatu de Juan José Flores, collaborando col mesmu hasta 1843, cuando Flores reelixir pa un tercer mandatu. Decidió exiliase voluntariamente a Lima pa faer la oposición al réxime. Darréu foi escoyíu plenipotenciario del Ecuador en Lima pol nuevu gobiernu instauráu tres la revolución del 6 de marzu de 1845 na cual Rocafuerte participó viviegamente dende'l so exiliu pa derrocar a Flores. Nesta ciudá peruana finó'l 16 de mayu de 1847.