La Xunta de Gobiernu de la AEM ta integrada por quince miembros; unu d'ellos, el Secretariu de Comunicaciones ye quien la preside. Los demás integrantes son subsecretarios de les Secretaríes de Gobernación; Rellaciones Esteriores; Educación Pública; la Secretaría de Facienda; Defensa Nacional y Marina. Tamién formen parte de la Xunta de Gobiernu'l titular del Conseyu Nacional de Ciencia y Teunoloxía; el rector de la Universidá Nacional Autónoma de Méxicu; el direutor xeneral del Institutu Politéunicu Nacional; los presidentes de l'Academia Mexicana de Ciencies, de l'Academia d'Inxeniería y de l'Academia Nacional de Medicina; un representante de l'Asociación Nacional d'Universidaes ya Instituciones d'Educación Cimera (ANUIES) y el titular del Instituto Nacional d'Estadística y Xeografía (INEGI).