Tutmosis III tuvo siquier dos grandes esposes reales: Satiah y Hatshepsut Meritra (considerada la segunda fía de Hatshepsut, anque con munches duldes). Tamién se pensó que tuvo casáu con Neferura, la primoxénita y quiciabes fía única de Hatshepsut, pero esto nun ta comprobáu. Tuvo numberoses esposes secundaries, y delles d'elles dir en virtú d'aliances internacionales con príncipes sirios o cananeos. De los munchos fíos nacíos d'esti rei, destaquen Amenemhat (que tuviera con Satiah) y dos de Hatshepsut Meritra: Meritamón y Amenhotep II.