Fíu del xugador profesional de golf Elmer Voight, que'l so apellíu orixinal yera Voytka, y de Bárbara Voight, dambos d'ascendencia alemana y eslovaca, Jon Voight tien dos hermanos: el profesor de xeoloxía Barry Voight y el músicu y compositor Wes Voight, más conocíu cómo Chip Taylor. Estudió en Archbishop Stepinac High School (White Plains, Nueva York) y graduóse en 1956, pa realizar los sos estudios universitarios de siguío, na Universidá Católica d'América (Washington) onde se graduó col títulu de Bachelor of Arts en 1960.