Casóse en Alajuela el 15 de mayu de 1899 con Ana María Guardia Mora, fía de Carlos Guardia Barrios (hermanu del Presidente Tomás Guardia Gutiérrez) y Juana Mora Monge (nieta del Xefe d'Estáu Juan Mora Fernández. Fíos d'esti matrimoniu fueron: Rafael Ángel Calderón Guardia, Presidente de la República de 1940 a 1944, casáu en primeres nupcias con Yvonne Clays Spoelders y en segundes con María del Rosario Fournier; María, casada en primeres nupcias con Luis Fernández Jiménez y en segundes con Samuel Piza Chamorro, Cónsul Xeneral de Costa Rica en Nueva York de 1943 a 1948; y Francisco Calderón Guardia, casáu en primeres nupcias con Leticia Gei Bernini, en segundes con Josefina González y en terceres con María Luisa López.