Kenji Yamamoto, asistíu por Kouichi Kyuma, ye'l compositor de la música de Metroid Prime. La banda sonora, amás de contener melodíes orixinales, inclúi amiestos de pistes oyíes n'anteriores xuegos de la serie, yá que Yamamoto quería «satisfaer a los vieyos siguidores de Metroid. Ye como un regalu pa ellos». La tema inicial de la Superficie de Tallon ye un amiestu de la tema de Brinstar, la música de los Covarones Magmoor ye un amiestu de la que s'usaba nel So Norfair de Super Metroid y la melodía que suena mientres la llucha contra Meta Ridley ye un amiestu de la música de la primer batalla con Ridley en Super Metroid, tema, per otru llau, apaecíu en casi tolos xuegos de la serie. La banda sonora llegó a llanzase en formatu físicu sol títulu Metroid Prime and Fusion Orixinal Soundtracks, trabayu que foi supervisáu por el mesmu Yamamoto.