Volvió a la presidencia'l 1 de xineru de 1854 y enfrentóse a condiciones polítiques difíciles. En xunetu d'esi mesmu añu unvió una columna militar escontra Nicaragua so la xefatura del Xeneral José Francisco Gómez y Argüelles, quien morrió atacáu pol roxura el 25 de xunetu de 1854. Por cuenta de los intentos de Cabañas de restablecer la Federación Centroamericana y a los sos conflictos col gobiernu conservador de Rafael Carrera, ésti declaró que'l so oxetivu n'Hondures yera derrocar al Xeneral José Trinidad Cabañas, lo cual llogró sofitando a los conservadores hondureños, quien encabezaos pol Xeneral Juan López, invadieron el país y ganaron a Cabañas na batalla de Masaguara, nos llanos de Santa Rosa y Gracies el 6 d'ochobre de 1855, obligándolo a arrenunciar a la presidencia y a abelugase n'El Salvador. El xeneral Juan López llamó al Vicepresidente José Santiago Bueso Soto a desempeñar la titularidá del Executivu'l 18 d'ochobre del mesmu añu.