El control y l'operación del exércitu confederáu foi alministráu pol Departamentu de Guerra de los Estaos Confederaos, que foi establecíu pol Congresu confederáu provisional el 21 de febreru de 1861. El Congresu Confederáu dio'l control sobre les operaciones militares, y l'autoridá p'axuntar les fuercies estatales y voluntarios al Presidente de los Estaos confederaos d'América'l 28 de febreru de 1861, y el 6 de marzu de 1861.