En 1990, foi designáu xefe de la delegación gubernamental que participó mientres dos años nes conversaciones de paz n'Italia. Nel primer parllamentu multipartidista foi electu diputáu pola provincia de Maputu y más tarde foi electu xefe de la bancada del FRELIMO nel Parllamentu. Nes eleiciones xenerales de 1999, foi nuevamente electu diputáu pola provincia de Sofala, calteniéndose como xefe de la bancada del FRELIMO. Foi'l candidatu del so partíu nes eleiciones presidenciales d'avientu de 2004, nes que venció col 63,7% de los votos. El 2 de febreru de 2005, asumió como Presidente de la República y tamién del gobernante partíu FRELIMO, que la so Secretaría Xeneral yá asumiera por eleición, dende'l 2002. En Ochobre de 2009 ye reelecto pal cargu col sofitu del 75% de los votos.