Ente les misiones que controla El Programa Flagship atópense la Mars Science Laboratory (embrivida MSL), conocida como Curiosity, la nave-sonda Cassini-Huygens, la sonda Galileo, y les sondes Voyager. Les sondes Voyager marcaron la transición ente les primeres misiones non tripulaes de la NASA como les sondes Mariner, les sondes Viking , les sondes Pioneer, les sondes Surveyor, les sondes Ranger, etc..., y el programa Flagship, que cuntaría con mayor presupuestu. A principios de la década de 1990, la NASA decide dar un enfoque nuevu a les misiones, centrándoles n'oxetivos preseleccionaos, embaraxando la posibilidá d'escoyer ente delles misiones al empar. D'estes seleiciones creáronse dellos programes, según el so presupuestu, siendo estos, de menor a mayor presupuestos, el programa Discovery, el programa New Frontiers y el programa Flagship. Mientres se formen los equipos que controlaríen los programes Discovery y New Frontiers, les misiones del programa Flagship taríen controlaes por equipos formaos poles altes instancies de la NASA. Poro, mientres les misiones de los programes Discovery y New Frontiers tienen un siguimientu programáu y yá estructurado, les misiones del programa Flagship tán entamaes y enfocaes de manera distinta caúna d'elles.