En 1804, los sos padres aprovecharon l'apertura d'una escuela católica nel pueblu de San Francisco onde unviaron al mozu José Francisco, anque se desconoz el ralu de tiempu que permaneció en tal llugar. Según l'historiador ya intelectual lliberal hondureñu Ramón Rosa, Morazán «tuvo la desgracia de nacer [...] nesa dómina murnia d'aislamientu y l'escuridá total en qu'Hondures escarecía d'escueles. [...] Morazán pos, tuvo qu'aprender les sos primeres lletres, llectura, escritura, les regles elementales de l'Aritmética n'escueles privaes de pésima organización y sosteníes con una especie de contribución que aprestaban los padres de familia».