En 1894 retomó'l so puestu, esta vegada como profesor de física teórica, na Universidá de Viena, tres la muerte de Joseph Stefan. Al añu siguiente, Ernst Mach llogró la cátedra d'historia y filosofía de les ciencies. Mach yera unu de los más claros opositores al trabayu de Boltzmann. En 1900, por cuenta del so descontentu con Mach, Boltzmann treslladóse a Leipzig, onde conoció a Wilhelm Ostwald.