En primer llugar reorientóse la exa de la catedral románica en sentíu norte-sur (frente al oeste-esti de la mezquita) y baltáronse once tramo de les naves convirtiendo'l patiu musulmán en claustru, treslladando l'ingresu principal al llau sur, onde güei s'atopa la puerta de la Pabostría. Integróse asina na cortil de la mezquita (a la manera como asocede na mezquita de Córdoba) una ilesia de tres naves ensin ábsides y que'l so transepto nun resaltaba de los murios llaterales. La nave central yera de gran anchor comparáu coles llaterales, muncho más estreches, como asocedía en San Pedro de Rodas y San Salvador de Leyre. Foi cubierta con cubrición de madera a dos vertientes y caltenía el minarete de la mezquita convertíu en campanariu. Magar ser una obra provisional, l'edificiu permaneció nesti estáu hasta finales sieglu XII.