Les alliniadures estructurales úsense como'l patrón oro” pa evaluar alliniadures na predicción d'estructura de proteínes basada n'homoloxía yá que explícitamente allinien rexones de la secuencia de la proteína que son estructuralmente similares en llugar de depender puramente na información derivada de la secuencia. Sicasí, les alliniadures estructurales nun pueden usase na predicción de la estructura yá que siquier una secuencia nel conxuntu problema ye l'oxetivu a modelar, pal cual la estructura desconozse. Demostróse que, dau l'alliniadura estructural ente un oxetivu y una secuencia molde, pueden producise modelos altamente precisos de la proteína oxetivo. Una importante torga na predicción de la estructura basada n'homoloxía ye la producción d'alliniadures estructuralmente precisos dada namái información de la secuencia.