Nel cuartel xeneral de Dar es Salaam, mientres Nujoma exercía'l supremu lideralgu políticu, militar y diplomáticu, Pohamba desempeñar na estructura alministrativa del movimientu. En 1969 fíxose cargu d'una vicesecretaría del Comité Central y depués desempeñó misiones d'axente en Zambia y Arxelia. Como representante en xefe de la SWAPO n'África Noroccidental y África Oriental, xugó un papel instrumental na esitosa campaña internacional de Nujoma, qu'en 1973 consiguió que la ONX reconociera al movimientu de lliberación como l'únicu representante lexítimu del pueblu namibio. En 1974 empezó a recibir ensayamientu militar y un añu más tarde xubió a secretariu de Finances y Alministración del Buró Políticu de la SWAPO, por decisión d'una xunta de la executiva celebrada en Lusaka.