En xunu de 1844 visita a Gauss en Gotinga. En 1845 Kummer llogra que Eisenstein reciba un doctoráu honoris causa de la Universidá de Breslau. Jacobi tamién impulsó esta distinción, pero les rellaciones ente este y Eisenstein habríen de ser siempres difíciles; en particular, por una cuestión de prioridaes de descubrimientu surdida en 1846. En 1847 llogró'l so habilitación de la Universidá de Berlín, y empezó a impartir clases ellí. Bernhard Riemann asistió a les sos clases sobre funciones elíptiques.