Malkovich nació en Christopher, Illinois. Los sos güelu paternos yeren croates orixinarios d'Ozalj. La so madre tenía ascendencia inglesa, francesa, alemana y escocesa. Creció en Benton, Illinois, nuna espaciosa casa sobre la South Main Street. El so padre, Daniel Leon Malkovich, yera direutor de caltenimientu ambiental del estáu y editor de Outdoor Illinois, una revista sobre consevación. La so madre, Joe Anne (apellíu de soltera Choisser), yera dueña de Benton Evening News y tamién de Outdoor Illinois. Malkovich tien trés hermanes menores y un hermanu mayor.