Mientres la ocupación d'Estonia pola Alemaña nazi (1941–1944), la tricolor foi aceptada como la bandera de la etnia estonia, pero non como bandera nacional, y la bandera collorada foi prohibida. Dempués de la retirada alemana, la bandera tricolor foi izada una vegada más. El 22 de setiembre, la bandera collorada remaneció y pocu tiempu dempués la tricolor foi retirada.