L'área urbana de Puerto Cortés asitiar nel estremu sur d'una pequeña península, dixebrada de tierra firme pola llaguna de Alvarado. La ciudá tien una estensión de 7 km, d'este a oeste, y 4,5 km de norte a sur. El conceyu del cual Puerto Cortés ye cabecera tien una estensión territorial de 391.2 km². 38 aldegues y caseríos allúguense tamién nesti territoriu. El conceyu de Puerto Cortés llinda: Al norte col golfu d'Hondures; al sur col conceyu de Choloma; al este colos conceyos de Tela y El Progresu; al oeste colos conceyos de Omoa y Choloma. El so allugamientu ye nos 15° 48' 00 latitud norte y 87° 57' 00 longitud oeste.