Ente los franceses y los austriacos, Baviera taba agora en mala situación. Antes de la muerte de Carlos Teodoro (16 de febreru de 1799) los austriacos ocuparon de nuevu'l país, en preparación de volver a entamar la guerra contra Francia. Maximiliano IV José (de Zweibrücken), el nuevu eleutor, asocedió nun heriedu difícil. A pesar de les sos propies simpatíes, y les del so tou poderosu ministru Maximilian von Montgelas, yeren primero de too franceses primero qu'austriaques, les finances del estáu bávaru, y el fechu que les tropes bávares taben esvalixaes y desorganizadas, poner indefensu en manes d'Austria; el 2 d'avientu de 1800 l'exércitu bávaru tuvo arreyáu na derrota austriaca de Hohenlinden, y Moreau una vegada más ocupó Múnich. Pol Tratáu de Lunéville (9 de febreru de 1801) Baviera perdió'l Palatináu y los ducaos de Zweibrücken y Jülich.