Otra cuestión conflictiva foi'l casu de les cartes a Roma. Como la constitución del tribunal dexaba al acusáu apelar a Roma, esto fixeron los conversos en numberoses ocasiones, y como les respuestes fueren tan contradictories a les sentencies, el Rei Católicu acabó per amenaciar con muerte a quien apelara ensin permisu real y dio a la Inquisición el derechu a escuchar apelaciones. Asina, la Santa Sede arrenunciaba a otra cuestión más nel gobiernu del tribunal. Tamién tuvo que claudicar ante la presión exercida por ésti por que pudiera procesase a Bartolomé de Carranza, entá siendo él obispu (los obispos yeren les úniques persones al marxe del Santu oficiu) y ser acusáu inxustamente.