Ente los años 1219 y 1230, reinando Fernando III'l Santu y siendo canciller Juan Domínguez, llevar a cabu la construcción de la segunda colexata sobre la cortil de la primera, respetándose tan solo la torre románica que dexó de ser torre-pórtico en 1333 cuando construyeron delantre una serie de capiyes destinaes a enterramientos. Son les capiyes qu'aguantaron el pasu del tiempu y que formen parte dende l'añu 1965 del Muséu Diocesanu y Catedraliciu. En 1228 celebrar nel nuevu edificiu otru Concilio Nacional. Esta colexata caltener al usu hasta 1668 en que definitivamente se treslladó'l cultu al templu herreriano.