La ciudá ye la sé alministrativa del condáu de San Diego y el centru económicu de la rexón y del área metropolitana San Diego-Tijuana. Los sectores que tiren pola actividá económica de la ciudá son el militar, tantu pola presencia d'instalaciones militares nella como pola d'industries de defensa, el turísticu, l'industrial y el comerciu internacional. A la vera de la so universidá (University of California, San Diego) y del so centru médicu asociáu (USCD Medical Center) tien desarrolláose tamién, nos caberos años, un importante sector biotecnolóxicu.