A empiezos de la temporada 1999-2000 anuncióse que siguíen los sos problemes financieros, y finalmente el conseyu d'alministración del Real Racing Club de Santander fíxose cargu de la xestión del club. A pesar d'eso, xugó otra vegada la Recopa d'Europa, onde esanició al Madeira SAD antes de ser ganáu nos cuartos de final pol Portland San Antonio. Na Lliga ASOBAL foi'l cuartu clasificáu, pero foi esaniciáu nos cuartos de final del playoff ante'l Bidasoa, contra'l que perdió nos dos alcuentros apostaos. Clasificar ente los cuatro primeros clasificaos de la primer vuelta y asina aportaron a la Copa ASOBAL, na que fueron esaniciaos pol Barcelona, 26-18. Na Copa del Rei fueron esaniciaos nos cuartos de final ante'l Gáldar, 22-27.