Otru ésitu internacional del gobiernu de Prado foi la Guerra contra l'Ecuador de 1941. En xunu d'esi añu, l'exércitu ecuatorianu afrelló la zona de Zarumilla, na frontera norte peruana, lo que desamarró'l conflictu armáu. El Perú formara una unidá de paracaidistes na zona y fixo usu d'ella nel primer combate nel Hemisferiu Sur onde intervinieron tropes aerotresportaes, que produció tomar de Puerto Bolívar el 31 de xunetu de 1941, mes cuando cesaron les operaciones militares. Del llau peruanu recuérdase la inmolación del teniente CAP José Quiñones Gonzáles na misión aérea contra les bateríes ecuatorianes en Quebrada Seca. L'Exércitu peruanu ocupó parte de la provincia ecuatoriana d'El Oro, xuntu al Océanu Pacíficu, lo mesmo que de partes de la provincia de Loja y reafitó el so control sobre los territorios orientales amazónicos sobre los que l'Ecuador reclamaba soberanía.