L'ascensu de Carlo Borromeo al cargu d'obispu significó la eliminación de tolos monumentos llaicos del templu. Estos incluyeron les tumbes de Giovanni, Barnabò y Filippo Maria Visconti, Francesco Sforza y la so esposa Bianca, Galeazzo Maria Sforza y Ludovico. Sicasí, la principal intervención de Borromeo foi la designación, en 1571, de Pellegrino Tibaldi como arquiteutu xefe (una maniobra aldericada que riquió de la revisión de los estatutos de la Fabbrica).