L'área que güei ocupa esti desiertu taba cubierta fai 40 000 años pol llagu Minchin y darréu, fai 11 000 años, pol llagu Tauca o Tauka. El salar de Coipasa y los llagos Poopó y Uru Uru tamién son muertes d'estos grandes llagos prehistóricos. Estos algamaben una cota d'alredor de 100 m percima del nivel actual del salar y cubríen los actuales salares de Uyuni y Coipasa, y los llagos Poopó y Uru Uru. Nesti periodu una fase de clima húmedu, con más agües qu'anguaño, alzó'l nivel de los protolagos a aprosimao 100 m percima del nivel actual. Darréu vieno un periodu seco y templao, que produció un gran amenorgamientu de la superficie y volume de los llagos andinos, aniciando asina los salar y les llagunes actuales.