Dende Bogotá, cruciando l'altiplanu andín, l'alemán llegó hasta Quito. En Quitu, capital de la Real Audiencia de Quito, Humboldt ye recibíu en 1802 polos nobles locales, ente ellos, la familia de Juan Pío Montúfar, marqués de Selva Allegre. Xuntu col fíu d'este, Carlos de Montúfar, Humboldt realizó delles ascensiones a Andar ecuatorianos, ente ellos al Chimborazo, el neváu más altu del Ecuador. Tamién xubió'l volcán Cayambe. Humboldt percorrió práuticamente tola Sierra del Ecuador, realizando midíes de los montes y recoyendo plantes. L'alemán amosóse bien interesáu nel estudiu de les ruines incaiques esistentes nel actual Ecuador, como'l castiellu d'Ingapirca, na provincia del Cañar. Realizó tamién una importante ascensión al volcán Pichincha, monte tutelar de Quito, en compañía del mozu Montúfar. Agospiar na residencia palaciega de los marqueses de Selva Allegre y foi recibíu por otres importantes families nobles de Quito, como'l marqueses de Maenza, quien lo atendieron na so facienda de La Ciénega, nes cercaníes del volcán Cotopaxi y de la ciudá de Latacunga, que tamién estudió.