Cada calter dexa construyir un árbol filoxenéticu cladístico que satisfai ciertes propiedaes razonables. Los algoritmos avezaos pueden construyir pa un conxuntu d'especies numberosos árboles filoxenéticos, y estrayer d'ente ellos dalgunu que sía óptimo en dalgún sentíu. Si les condiciones de optimidad tán bien escoyíes esos algoritmos dexen atopar el verdaderu árbol filoxenéticu pa un grupu d'especies relacionables.