En 1855, mientres el gobiernu d'Ignacio Comonfort, foi primeru gobernador d'Oaxaca, pa dempués ser nomáu ministru de Gobernación y presidente de la Suprema Corte de Xusticia. N'avientu d'esi mesmu añu, mientres el golpe d'estáu causáu por conflictos ente conservadores que sofitaben a la ilesia y lliberales que sofitaren la separación Ilesia-Estáu, Juárez foi prindáu poles fuercies del propiu Comonfort. La razón foi la dulda de los golpistes ante la so posición, yá que Juárez nunca se declaró abiertamente en contra nin a favor del conflictu, irónicamente causáu pola llei que les sos bases él mesmu ayudara a sentar.