El 1 de febreru de 1839, Morazán terminara'l so segundu mandatu como presidente constitucional, el Congresu habíase disueltu y nun había nenguna base xurídica pa nomar al so socesor.[39] A la fin, la ignorancia, el poderíu de la Ilesia, les amargoses lluches internes ente conservadores y lliberales, y la busca de gloria personal,[47] fueron les principales razones de la disolución de la Federación.