En 1951, dada la delicada salú del presidente Gómez, Urdaneta Arbeláez foi designáu a la Presidencia de la República de Colombia, cuidao que ocupó hasta xunu de 1953. La so principal esmolición mientres esti periodu foi buscar la paz nun ambiente de violencia, nel que les instituciones taben descomponiéndose. La violencia enfoscar mientres el so mandatu, principalmente nos Llanos Orientales, onde les guerrilles enfrentar al exércitu nuna guerra civil de grandes proporciones. En devanéu ufiertó Urdaneta l'amnistía pa los alzaos n'armes y trató de llevar a un alcuerdu a los dos partíos engarraos.