إن الوضع الإداري الدقيق للكنيسة داخل الكنيسة الأرثوذكسية الشرقية غامض: فهو يُعد من قِبَل البعض، بما في ذلك الكنيسة ذاتها، مستقلاً، بينما يعتبره آخرون كنيسةً مستقلة تخضع لسلطة كنيسة الروم الأرثوذكس في القدس.