ومع ذلك، اعترض المعارضون على المحاصيل المعدلة وراثيًا في حد ذاتها لأسباب عديدة، منها المخاوف البيئية، وما إذا كانت الأغذية المنتجة من المحاصيل المعدلة وراثيًا آمنة، وما إذا كانت المحاصيل المعدلة وراثيًا ضرورية لتلبية الاحتياجات الغذائية في العالم، والمخاوف الاقتصادية التي أثارتها حقيقة أن هذه الكائنات الحية تخضع لقانون الملكية الفكرية.