सिकंदर लोदी (1487-1517) पहिला सुलतान रहलें जे दिल्ली से राजधानी के आगरा ले अइलें। इनके बाद इब्राहिम लोदी उत्तराधिकार पवलें आ किला उनके राजकाज के जगह बनल। पानीपत के पहिली लड़ाई (1526) में बिजय पावे के बाद बाबर हेइजे आगरे में इब्राहिम लोदी के महल में रहे सुरू कइलें आ 1530 में, हुमायूँ के ताजपोशी एही किला में भइल। बिलग्राम के लड़ाई में जब पठान राजा शेर शाह सूरी हुमायूँ के हरा दिहले, एह किला पर सूरी के कब्जा हो गइल आ 1555 ले रहल जब तक कि हुमायूँ दोबारा एकरा के ना जीत लिहलें। आदिल शाह सूरी के जनरल (सेनापति) हेमू 1556 एकरा के जीत लिहलें आ किलेदार के दिल्ली ले पीछा कइलें जहाँ मुगल सेना से तुगलकाबाद के लड़ाई भइल।