Es is meglich, AutoHotkey-Skripte in eignständig laffande Programme zu kompilieren. Die Programme könn somid a af Windows-Rechnan ohne AutoHotkey-Installation aasgfiat wean. A passenda Compiler is Bestandteil des AutoHotkey-Programmpakets. Skripte wia a kompilierte Programme unterlign dea vom Entwickla vorgsehenen Lizenz und dirffn somid a ois eignständige Programme vakafft wean. Beim Kompilierungsvorgang losst se a Passwoat ogem (bis Vasion 1.1). Domid losst se des Programm vor dem oafachn Rickumwandeln in Quelltext (Dekompilieren) schitzen, solang des Passwort ned bekannt is. Dea so erreichte Schutz entspricht jedoch ned dem vo an binär kompiliertn Programm. Um den foischn Eidruck ned zua erwecken, untastitzn neiere Vasiona (ab Vasion 1.1) den Passwoatschutz nimma.