Stony Brook hod a Fläch vo 15,4 km², davo 15,0 km² Lond- und 0,4 km² Wossafläch. Da Stony Brook Harbor is a sumpfige Bucht vom Long-Island-Sund (Long Island Sound). Do liegt aa de Insl Youngs Island und da kloana städtische Strond Sand Street Beach.