Lo inhóspito de aquellos parajes y el racionamiento de víveres al que estaban sometidos fomentaron el descontento entre la tripulación y el deseo de regresar. Se produjo una conspiración contra Magallanes dirigida por Gaspar de Quesada, capitán de la Concepción, y el veedor Juan de Cartagena, que había sido relevado del mando de la San Antonio. Pese a que la insurrección prendió en tres de las naves, Magallanes logró sofocarla. Uno de los capitanes amotinados fue asesinado y los restantes fueron sometidos a juicio, en el que Quesada fue condenado a muerte y Cartagena, abandonado en la costa.