En 1998 deja su labor de ministro para iniciar su campaña presidencial. Gana las primarias dentro de la Concertación al senador Andrés Zaldivar, del Partido Demócrata Cristiano, siendo proclamado candidato. En la elección presidencial de diciembre del mismo año supera a Joaquín Lavín (candidato de la Unión Demócrata Independiente), su contrincante más cercano, por apenas treinta mil votos, lo que equivale a un voto por mesa. Al no haber logrado la mayoría absoluta, en enero de 2000, se realiza por primera vez en Chile la segunda vuelta electoral o ballotage, para la cual Lagos, restructuró su comando de campaña, haciéndolo más centrista, representándose este cambio en la integración al mismo de la Ministra de Justicia, Soledad Alvear, para así asegurar el voto humanista cristiano. Finalmente, derrota al candidato de la derecha, Joaquín Lavín, con el 51,3% de los votos, convirtiéndose en el nuevo presidente de Chile, asumiendo el 11 de marzo de 2000.