La viktimoj suferspertitaj en Filipinio forlasis la ekspedicion kun tro malmultaj viroj por veli la tri ceterajn ŝipojn.  Sekve, la [[2an de majo], 1521, ili forlasis  Koncepton , bruligante la ŝipon por certigi, ke ĝi ne povas esti uzata kontraŭ ili.  La floto, nun reduktita al Trinidado kaj Viktorio, fuĝis okcidenten al Palawan.  Ili forlasis tiun insulon en 21 junio, 1521, kaj estis gviditaj al Brunejo, Borneo de pilotoj de Moro, kiuj povis navigi la malprofundajn marojn.  Ili ankris de la Bruneja ĝeto dum 35 tagoj, kie la venecia Pigafetta mencias la brilon de la kortego de raĝo Siripada ([[[oro]], du perlo s de la grandeco de ovoj de kokinoj, ktp.).  Krome, Brunejo fanfaronis pri malsovaĝaj elefantoj kaj armilaro de 62 kanonoj, pli ol 5 fojojn pli ol la armilaro de Magellan-ŝipoj.  Brunejo malestimis la fasketon kiuj devis montriĝi pli valoraj ol oro, post la reveno al Hispanio.  Pigafetta mencias iujn el la teknologioj de la kortumo, kiel ekzemple porcelano (kiu ankoraŭ ne estis vaste havebla en Eŭropo), kaj  okulvitroj (okulvitroj nur haveblis en Eŭropo).