Desde 2002, su gobierno ha debido enfrentar las sospechas de corrupción política, debido al procesamiento de uno de sus ministros, Carlos Cruz, y de otros funcionarios del Ministerio de Obras Públicas, por el caso denominado MOP-Gate. La juez que lleva la causa, Gloria Ana Chevesich detectó que en dicho Ministerio se encargaron asesorías a empresas externas, que funcionaron como fachada para el pago de asignaciones suplementarias a funcionarios del Ministerio; y que en algunos de esos casos, el Ministerio requería a empresas privadas fiscalizadas por ese Ministerio, que efectuaran pagos a esas empresas asesoras. En otra arista de ese caso, y como consecuencia de una entrevista a Carlos Cruz, éste reconoció que ministros, subsecretarios y otros representantes de exclusiva confianza del presidente, recibían pagos adicionales a su remuneración, figura que se denominó como sobresueldos los cuales demostraban su politiqueria barata que se noto en su bolsillo ya que estaban coludidos con familiares directos de ex-presidente que en estos momentos 2013 no da la cara por todos estas irregularidades. La irregularidad fue reconocida por Lagos, especificándose que la práctica se desarrolló también durante los gobiernos de Eduardo Frei Ruiz-Tagle y Patricio Aylwin. La postura oficial del gobierno consistió en no reconocer características de delito en las prácticas y en establecer una reforma legal que aumentara los sueldos de ministros y subsecretarios de gobierno, materia que fue aprobada en su trámite legislativo que tambien eran mayoria ya que el pais es de ellos y seguira siendo de ellos y que afecta directamente a todos los chilenos ya que ellos ganan la plata que a cualquier chileno le srviria para tener su casa.