En su gobierno hubo dos rebeliones de los funcionarios de la Fuerza Aérea de Brasil: El 19 de febrero de 1956, en Jacareacanga, Pará, y el 3 de diciembre de 1959, en Goiás Aragarças. Ambos fueron controlados rápidamente y sus líderes fueron poco después amnistiado por Kubitschek.