El año 1990, el presidente Patricio Aylwin lo nombra Ministro de Educación. Lagos inicia una reforma tendente a lograr una mayor igualdad en el acceso y un alza en la calidad de la educación. En junio de 1993, es uno de los candidatos en la primera elección primaria presidencial de la Historia de Chile, celebrada en la Concertación de Partidos por la Democracia. En esa ocasión fue claramente derrotado, quedando fuera de la elección presidencial, por Eduardo Frei Ruiz-Tagle, quien es elegido finalmente como presidente.