Durante el siglo XIX, después de la separación de Zanzíbar del sultanato de Omán, los europeos presionaron y Francia ocupó Mayotte en 1841 y posteriormente al resto del archipiélago entre 1886 y 1909. En 1912 las islas estuvieron bajo la administración del gobernador general de Madagascar. Después, colonizadores franceses, compañías de dueños franceses y ricos mercantes árabes establecieron una economía basada en plantaciones que ahora abarca una tercera parte del territorio del país para exportar sus cultivos. En 1946 Francia le concede autonomía administrativa con el nombre de Territorio de Ultramar de las Islas Comoras.