El 4 de junio, 1899, recibió un telegrama proveniente del General Aguinaldo, avisándole que Aguinaldo deseaba consultar con él en el convento de la Iglesia de Cabanatuan. Pero cuando llegó al sitio designado, Aguinaldo no estaba. A causa de eso, se  puso muy furioso y aparte, reprendió a las tropas allí presentes. Cuando estaba a punto de partir, fue acribillado alevosamente a balazos por las tropas de Aguinaldo en las escaleras del convento. Luego lo apuñalaron para asegurar su deceso. Fue sepultado súbitamente en el panteón del convento, después de lo cuál, Aguinaldo relevó a los oficiales y tropas del fallecido general, de sus cargos.