La república empezo el 18 de mayo de 1899, como la fortaleza de la Real Fuerza de Nuestra Señora del Pilar de Zaragoza. El 16 de noviembre de 1899, los maga españoles evacua ya finalmente Zamboanga, después de quemar la mayor parte  de los maga edificios de la ciudad. En diciembre de 1899, el capitán Pratt, de la 23ª compañía de Infantería de los maga EE. UU. bini ya a Zamboanga y hizo con el control de la fortaleza. A partir de entonces, la naciente república se convirtió en un protectorado estadounidense. Na marzo de 1903, el gobierno del presidente Mariano Arquiza acabo ya y ay reemplazado por un gobernador estadounidense.