Kalim-an ka tuig human sa iyang pundasyon, sa University miagi dakong kausaban nga ingon sa usa ka resulta sa politikanhong kagubot. Ang pagbalhin sa gahum ngadto sa Prussia purongpurong sa 1792, sa French imperyo sa 1806 ug sa katapusan ngadto sa Bavaria purongpurong sa 1810 mausab ang margravial University ngadto sa usa ka state-run institusyon. Samtang kini nga nagpasabot nga kini nawala daghan sa iyang autonomy, sama sa iyang kaugalingon nga hurisdiksyon ug sa espesyal nga mga pribilehiyo nga gihatag ngadto sa unibersidad lungsoranon, kini usab milambo sa University panalapi.