Sa panahon sa German nga sa pagkatawhanon, akademiko sa unibersidad naglakip sa mga ngalan sama sa Conrad Celtes ug Petrus Apianus. Ang teologo Johann Eck usab nagtudlo sa unibersidad. gikan sa 1549 sa 1773, ang unibersidad nga naimpluwensiyahan sa mga Heswita ug nahimong usa sa mga sentro sa mga Counter-Repormasyon. Ang Heswita Pedro Canisius nag-alagad ingon nga rector sa unibersidad.