Кёнігсбергскі ўніверсітэт быў адкрыты 17 жніўня 1544 года герцагам Альбрэхтам Гогенцолернам і стаў другой пасля ўніверсітэта ў Франкфурце-на-Одэры (1506) вышэйшай акадэмічнай установай будучай Пруска-Брандэнбургскай дзяржавы.