У верасні 1973 г. Ф. М. Капуцкі перайшоў на працу ў Міністэрства вышэйшай і сярэдняй спецыяльнай адукацыі БССР, куды быў прызначаны ў адпаведнасці з пастановай СМ БССР намеснікам міністра. На гэтай пасадзе ён шмат і плённа працаваў над пытаннямі паляпшэння вучэбна-выхаваўчага працэсу, далейшага ўдасканалення матэрыяльна-тэхнічнай базы навучальных устаноў, павышэння якасці падрыхтоўкі маладых спецыялістаў.