СССР распаўся, а маладая Літва працягвала археалагічныя, кансервацыйныя і праектныя работы на гэтым аб’екце. Тады запанавала ідэя адбудовы вялікакняскага палаца Ніжняга замка і прыстасаванне яго пад рэзідэнцыю прэзідэнта Літоўскай Рэспублікі, што дасёння месціцца ў колішнім палацы Віленскіх генерал-губернатараў. Нават Альгірдас Бразаўскас, першы прэзідэнт Літвы, выказаўся з гэтае нагоды: маўляў, яму неспакойна знаходзіцца ў будынку, дзе раней жыў Мураўёў-Вешальнік ды іншыя кіраўнікі акупацыйных уладаў.