Пасля іспытаў першага года навучэнцы атрымлівалі ступень студэнта пэўнага факультэту і раз’язджаліся на вакацыі па дамах. Пасля іспытаў другога года паспяховыя студэнты атрымлівалі патэнт кандыдатаў абраных навук, і частка на гэтым спыняла сваю адукацыю ў езуітаў. Пасля трэцяга года здаваліся іспыты на годнасць магістра. Навуковыя ступені Полацкай акадэміі прыраўноўваліся да адпаведных ступень расійскіх універсітэтаў і давалі права на пэўныя рангі пры паступленні на чыноўніцкія пасады ў царскіх цывільных установах. Аднак у 1819 г., калі Э. Масальскі атрымаў годнасць магістра, царскім загадам гэтае палажэнне было адменена. Езуіты трапілі ў няласку. Аднак загад не агалошваўся шырока сярод чыноўніцтва, і, як сведчыць Э. Масальскі, гэта давала студэнтам шанц атрымаць усё ж належны клас на дзяржаўнай пасадзе. Гэтым паспеў скарыстацца шэраг полацкіх выпускнікоў, якія традыцыйна пасля заканчэння Акадэміі шукалі свой шанец у Пецярбурзе на царскіх цывільных пасадах. На чацвёрты год навучання заставаліся пераважна асобы, якія збіраліся звязаць свой лёс з Ордэнам і атрымаць навуковую годнасць доктара. Сярод апошніх быў і Э. Масальскі, хоць бацька і забараніў яму думаць аб духоўнай кар’еры.