Пасля перадачы восенню 1939 года Вільні Літоўскай Рэспубліцы універсітэт быў на кароткі час літуанізаваны. Яго назва была змененая на Vilniaus Universitetas, а літоўская мова ўпершыню была абвешчана адзінай афіцыйнай мовай выкладання. Аднак літоўскамоўнай прафесуры папросту не хапала, таму нейкі час з універсітэтам па-ранейшаму супрацоўнічалі польскія выкладчыкі, такім чынам польская мова заставалася ва ўжытку. Польскія традыцыі ўніверсітэта Стэфана Баторыя пераняў Торуньскі ўніверсітэт Мікалая Каперніка, які стваралі былыя прафесары з Вільні. Туды ж, у Торунь, трапіла і большасць архіваў міжваеннага часу.