У 1805 годзе, паводле ўмоў Прэсбургскага міру, тая частка тэрыторыі курфюрства, якая раней была архібіскупствам, увайшла ў склад Аўстрыйскай імперыі, а Айхштэт і Пасау дасталіся Баварыі; Фердынанд III атрымаў у якасці кампенсацыі Вялікае Герцагства Вюрцбург.