Першыя некалькі дзесяцігоддзяў існавання ўніверсітэта былі адзначаны эканамічнымі праблемамі, так як маркграфства Брандэнбург-Байройт быў адносна невялікім і не вельмі багатых. Гэта не было да таго часу, 1769, калі лінія Байройт выміралі і маркграфства Брандэнбург-Байройт была злучаная з Брандэнбург-Ансбах, што Фрыдрых-Universität атрымала больш трывалую фінансавую аснову. У гонар маркграфа Аляксандра, новая лінейка, які таксама павінен быў стаць першым вялікім апекуном універсітэта, універсітэт быў перайменаваны Friedrich-Alexander-Universität ў тым жа годзе.