У структуры інстытута функцыянуюць два факультэты — павышэння кваліфікацыі спецыялістаў адукацыі, перападрыхтоўкі спецыялістаў адукацыі, у склад якіх уваходзяць тры кафедры, вучэбны аддзел, сектары сучасных адукацыйных тэхналогій і курсавой падрыхтоўкі. Слухачамі базавых, мэтавых, аўтарскіх курсаў факультэта павышэння кваліфікацыі спецыялістаў адукацыі з’яўляюцца выкладчыкі кафедраў педагогікі, псіхалогіі і прыватных методык ВНУ, работнікі педагагічных каледжаў, настаўнікі музыкі, выяўленчага мастацтва, рытмікі і харэаграфіі агульнаадукацыйных школ з мастацка-эстэтычным ухілам, педагогі сістэмы спецыяльнай адукацыі. На факультэце таксама арганізуецца стажыроўка выкладчыкаў ВНУ Рэспублікі Беларусь, прымаюцца кваліфікацыйныя экзамены на вышэйшую катэгорыю.