Некалькі стагоддзяў таму ў будынку Аўгустынскага кляштара месцілася семінарыя і сярэдняя школа. У 1808 годзе будынак стаў часткай духоўнай семінарыі Віленскага ўніверсітэта. У 1832 годзе расійскія ўлады скасавалі Віленскі ўніверсітэт, і да 1842 года будынак выкарыстоўваўся ў якасці корпуса Віленскай духоўнай акадэміі. Выбітны архітэктар эпохі рамантызму Томаш Цішэцкі падрыхтаваў праект пераўтварэння кляштара ў праваслаўную школу. Гэты праект быў рэалізаваны ў 1859 годзе. Пасля Першай сусветнай вайны памяшканні былога кляштара былі зноў перададзеныя Каталіцкай царкве і пераабсталяваныя ў інтэрнаты Віленскага ўніверсітэта (пазней названага імём Стэфана Баторыя). Падчас савецкай акупацыі комплекс Аўгустынскага кляштара збольшага быў закінуты, яго частка выкарыстоўвалася ў якасці камунальнага жытла.