Гісторыю ўніверсітэта можна прасачыць да 1622 года, з моманту зліцця каталіцкага інстытута і гімназіі заснаванай у 1612 годзе фюрстам Баварыі Леапольдам V. У 1773 годзе ўніверсітэт быў пераназваў у архібіскупскую акадэмію, назва павінна была падкрэсліць сувязь універсітэта з біскупам.