Да метадаў археагенэтыкі, у прыватнасці, адносяць: аналіз ДНК, атрыманай з археалагічных рэшткаў (старажытнай ДНК, англ.: aDNA); аналіз ДНК сучасных папуляцый (людзей, хатніх раслін і жывёл) з мэтай вывучэння чалавечага мінулага і генетычнай спадчыны ўзаемадзеяння чалавека з біясфераю; ужыванне статыстычных метадаў малекулярнай генетыкі да археалагічных дадзеных.