З першых дзён Першай сусветнай вайны С. Вайцэхоўскі паказаў сябе адважным і адукаваным афіцэрам. У 1917 г. прызначаны начальнікам штаба І Чэхаславацкай стралковай дывізіі. Кастрычніцкі пераварот 1917 г. не прыняў. Працягнуў службу ў Чэхаславацкім легіёне. Быў галоўнакамандуючым Узброенымі сіламі на Усходзе, а затым – камандуючым войскам на Далёкім Усходзе. Ваяваў з Чапаевым і будучым савецкім маршалам Тухачэўскім. У кастрычніку 1918 г. згодна з рашэннем Чэхаславацкай нацыянальнай рады 35-гадовы Вайцэхоўскі стаў генералам.