У 1991 годзе Валерый Фралоў быў прызначаны камандзірам дывізіі ў Прыбалтыйскай вайсковай акрузе. Месцілася дывізія ў Вільні. Адбывалася гэта якраз у той час, калі Літва імкнулася да незалежнасці. Найбольш крывавымі падзеямі таго часу стаў штурм Віленскай тэлевежы ўноч на 13 студзеня. Тады загінула 13 чалавек, а больш за сотню былі параненымі. У выніку ў Літве былі заведзеныя крымінальныя справы супраць міністра абароны СССР Дзмітрыя Язава, старшыні КДБ Уладзіміра Кручкова, камандзіра віленскага гарнізона Уладзіміра Усхопчыка (цяпер жыве ў Беларусі, афіцыйны Мінск адмаўляецца выдаць яго Літве), кіраўніка віленскага АМАП Баляслава Макутыновіча.