Прэфектуры падзяляюцца на меншыя адміністрацыйныя адзінкі. Гэта акруга Хакайда, адмысловыя гарады, вызначаныя ўказамі ўрада, і паветы. Акругі, якіх налічваецца 14, існуюць толькі ў прэфектуры Хакайда. Для астатніх прэфектур адзінкай падзелу зяўляецца павет. Да адмысловых гарадоў, вызначаным указамі ўрада, належаць гарады, насельніцтва якіх перавышае 500 тысяч чалавек. Сталіца Токіа да ліку падобных гарадоў не належыць, з прычыны таго, што зяўляецца гарадскім кангламератам, а не горадам.