Скарына атрымаў універсальную адукацыю ў Кракаве, дзе ён вучыўся з 1504 па 1506 гады. На аддзяленні свабодных навук ён вывучаў граматыку, рыторыку, дыялектыку, арыфметыку, геаметрыю, астраномію і музыку. У 1504–1505 навучальным годзе ў Кракаў паступіў 291 студэнт. Праз два гады толькі 60 з іх атрымалі вучоную ступень. У тым ліку Скарына. Верагодна, ён працягнуў вучобу ў Кракаве, здаў магістэрскі іспыт і атрымаў ступень доктара.