Віленская акадэмія была адзінай вышэйшай школай у ВКЛ. Да найбольш вядомых вучоных, звязаных з гэтым перыядам вучэльні, належаць Мацей Сарбеўскі — паэт, які пісаў па-польску і па-лацінску, Войцех Віюк-Каяловіч — гісторык, Марцін Сміглецкі — аўтар папулярнага па ўсёй Еўропе падручніка логікі. Акадэмія была важным цэнтрам контррэфармацыі ў ВКЛ. У XVIII ст. у акадэміі распрацаваныя правілы літоўскай мовы і ўпершыню распачаты друк на ёй у межах ВКЛ. У 1753 адкрытая абсерваторыя, а пры ёй — фізічны і астраномічны факультэты.