У сувязі з пачаткам Першай сусветнай вайны Стэфан Казубоўскі быў мабілізаваны і служыў у 160-м абхазскім палку пяхоты старэйшым ардынатарам палявога шпіталя, а пасля кіраўніком хірургічнай службы дывізіі. У кастрычніку 1917 года быў звольнены з вайсковай службы і пакліканы на пасаду кіраўніка хірургічнага і гінекалагічнага аддзяленняў Мінскага губернскага шпіталя.