Шхеры паўсталі ў выніку ледавіковай эрозіі часткі мацерыка, якая ў выніку была затопленая морам так, што над паверхняй засталіся выступаць толькі самыя высокія ўчасткі сушы ў выглядзе астравоў, астраўкоў ці нават асобных скал.