У 1944 годзе архібіскуп Кракаўскі кардынал Стафан Сапега па меркаваннях бяспекі перавёў Вайтылу разам з іншымі «нелегальнымі» семінарыстамі на працу ў епархіяльнае кіраванне ў архібіскупскім палацы, дзе Караль застаўся да канца вайны.