Акрамя іншага кіраванне Ізабелы і Фердынанда стала вядома выгнаннем яўрэяў з Іспаніі, і пераўтварэннем інквізіцыі ў магутную ўстанову, ахвярамі якой па-большасці сталі каталікі з яўрэйскім альбо маўрскім радаводам.