Акрамя Нобелеўскай прэміі, Малікен быў узнагароджаны Амерыканскім хімічным таварыствам медалём Гілберта Ньютана Люіса (1960), медалём Тэадора Уільяма Рычардса (1960), узнагародай Петэра Дэбая па фізічнай хіміі (1963) і медалём Уіларда Гібса (1965).