Некаторыя крыніцы паказваюць на цесную сувязь LeT з галоўнай пакістанскай спецслужбай ІСІ (службай міжведамаснай разведкі), якая склалася яшчэ ў 80-я гг, калі ІСІ трэніравала маджахедаў для супраціву прасавецкаму рэжыму ў Афганістане.