Быў узяты ў палон іспанскімі вайскоўцамі, але здолеў збегчы і вярнуцца да сваёй арміі. 23 верасня 1823 г. Хуан Эстэбан Педэрнера, будучы ў чыне генерал-лейтэнанта, ажаніўся з Розай Хуанай Герэдэяй, якая нарадзілася ў Перу ў 1805 годзе.