Дэпартамент Сан-Хуан знаходзіцца на крайнім поўдні Нікарагуа і названы па імі ракі Сан-Хуан, даўжынёй у 200 кіламетраў, што цячэ з возера Нікарагуа ля галоўнага горада дэпартамента Сан-Карлас, і ўпадае ў Карыбскае мора ля горада Сан-Хуан-дэль-Нортэ.