Галоўныя працоўныя органы АЦЭС: Дзелавы кансультацыйны савет, тры камітэты экспертаў (камітэт па гандлі і інвестыцыях, эканамічны камітэт, адміністрацыйна-бюджэтны камітэт) і 11 рабочых груп па розных галінах эканомікі.