Пасля вяртання ў Азербайджан у ліпені 1990 года, ён спачатку быў абраны дэпутатам Вярхоўнага Савета Азербайджанскай ССР, старшынёй Вярхоўнага Меджліса Нахічэванскай АР (1991—1993), затым Прэзідэнтам Азербайджана (1993—2003).