Універсітэт быў заснаваны неўзабаве пасля стварэння незалежнай Чэхаславакіі ў 1919 годзе з дапамогай Крлава ўніверсітэт у Празе, у выніку чаго доўгі час значную частку прафесарска-выкладчыцкага складу складалі чэхі.