Арганізацыйна ўніверсітэт падзяляўся на 4 універсітэцкія нацыі: чэшскую (студэнты і прафесары з Багеміі і Маравіі, венгерскага каралеўства), польскую (з Сілезіі, польскага каралеўства, Мазовіі, Вялікага княства Літоўскага), баварскую і саксонскую.