Адначасова пад моцным міжнародным націскам Джакарта вымушана была пагадзіцца на правядзенне ў жніўні 1999 года рэферэндуму аб самавызначэнні Усходняга Тымора, падчас якога большасць жыхароў гэтай тэрыторыі выказаліся на карысць незалежнасці.