У 1941 годзе атрымаў заданне па арганізацыі вытворчасці планёраў ў Каўнасе на базе былога трамвайнага завода, аднак неўзабаве вайна разбурыла пачынанні; Антонаў быў прызначаны галоўным інжынерам Планернага кіравання Наркамата авіяцыйнай прамысловасці.