Бальфур развіваў эвалюцыйны кірунак у эмбрыялогіі; яму належаць: даследаванне аб развіцці пласцінсташчылепных рыб, нарысы з марфалагічнай лабараторыі ў Кембрыджы і адно з першых кіраўніцтваў па параўнальнай эмбрыялогіі.