У наступнай рэакцыі (2) глюкоза-6-фасфат ізамерызуецца ў фруктоза-6-фасфат (фермент глюкозафасфатізамераза), пасля чаго фруктоза-6-фасфат яшчэ раз фасфарыліруецца (3) за кошт ATP з утварэннем фруктоза-1,6-дыфасфату (фермент фосфафруктакіназа).