Значную частку працы Менгеле складалі вопыты над вязнямі, уключаючы анатаміраванне жывых немаўлят; кастрацыя хлопчыкаў і мужчын без выкарыстання анестэтыкаў; падвяргаў жанчын ударам току высокага напружання з мэтай тэставання іх вынослівасці.