Быў двойчы жанаты: з Альжбетай Астрарог і Ганнай Хадароўскай. 10 дзяцей Яна Караля памерлі ў маленстве, дачка Кацярына выйшла за Міхала Сервацыя Вішнявецкага (пасынак Яна Караля, сын яго другой жонкі Ганны Хадароўскай ад першага шлюбу).