Таму ўзаемаадносіны, устаноўленыя філагенетычнай сістэматыкай, часта апісваюць эвалюцыйную гісторыю відаў і іх філагенез, гістарычныя ўзаемаадносіны паміж галінамі арганізмаў ці іх частак, напрыклад, іх генаў.