Да бактэрый сіне-зялёныя водарасці адносяць паводле будовы клетак (напр., не маюць абмежаванага мембранай ядра), наяўнасці агульных спецыфічных злучэнняў (напр., мурэіну ў клетачнай сценцы), блізкасці іх генетычных уласцівасцей.