Жыганск быў заснаваны ў 1632 годзе рускімі казакамі пад правадырствам Бекетова, у 1783 годзе ператвораны ва ўезны горад Якуцкай вобласці Іркуцкага намесніцтва, у 1805 пакінуты за штатам, з 1917 — сельскае паселішча.