Пасля перадачы восенню 1939 Вільні Літоўскай Рэспубліцы ўніверсітэт на кароткі час быў цалкам літуанізаваны, назва змененая на Vilniaus Universitetas, а літоўская мова абвешчаная адзінай афіцыйнай мовай выкладання.