Прыродны гелій складаецца з двух стабільных ізатопаў : 4 He (ізатопная распаўсюджанасць - 99.99986%) і значна больш рэдкага 3 He (0,00014%; утрыманне гелія-3 у розных прыродных крыніцах можа змяняцца ў даволі шырокіх межах).