Самыя прэстыжныя ўніверсітэты Японіі знаходзяцца ў Токіа: Такійскі ўніверсітэт (東京大学), універсітэт Хітацубасі (橋大学), Такійскі інстытут тэхналогій (東京工業大学), універсітэт Васэда (早稲田大学), універсітэт Кэйо (慶應義塾大学).