У 1638 годзе Фердынанд III выняў універсітэт з падпарадкавання езуітам і аднавіў дзейнасць юрыдычнага і медыцынскага факультэтаў, але ў 1654 годзе аб'яднаў пражскі універсітэт (Каралінум) з езуіцкім Клеменцінумам.