Entre as zonas protechidas por o parque nacional se troban Bradleys Head, a isla Clark, Dobroyd Head, Fort Denison, Georges Head, a isla Goat, Middle Head, Nielsen Park, isla Rodd, a isla Shark, Sydney Heads incluyindo Quarantine Station en North Head y as penyas de The Gap en South Head. O parque nacional tamién proteche o curso d'augua entre North Head y Dobroyd Head, definiu como Reserva Aqüatica de North Sydney Harbour. Partis d'o parque nacional se troban difuera d'a badía, en a mar de Tasmania.