En 2001, Frusciante prencipió a gravar o suyo quarto álbum con os Ret Hot Chili Peppers, By the Way. Ixa epoca ye considerada por ell mesmo como que una d'as mas felices d'a suya vida. Desfrutaba a oportunidat que le daba o álbum de «escribir millors cancions». Mientres yera escribindo By the Way, Frusciante componió tamién a mayoría d'as cancions presents en o suyo siguient álbum, Shadows Collide with People, asinas como a banda sonora d'a cinta The Brown Bunny. Frusciante quereba emular en By the Way a Johnny Marr, Andy Partridge y John McGeoch. O álbum marcó un cambeo de mentalidat en Frusciante, enta una concepción millor formada d'un grupo musical. By the Way estió lanzau o 9 de chulio de 2002.