O Khanato Chagatai se puet considerar independient, como os atros khanatos mongols posteriors a la muerte de Chinghis Khan, quan fue nombrato "Gran Khan" Kublai Khan. O primer khan independient estió Algu, nieto de Chagatai Khan. Se considera o Khanato mongol menos poderoso d'o sieglo XIII, y yera muito vinclato a lo nomadismo en as estepas d'o norte d'o Tien Xan. Os Chagatais perdioron muitos recursos en o intento de conquerir a India entre 1297 y 1327. Transoxiana yera controlata por emirs turquicos y se deseparó en 1334 d'o nuclio d'o Khanato, conoixito como Mongolistán, que no yera tan islamizato. Un khan convertito a lo islam, Tughlik Timur (1347-1363), consiguió unificar o khanato de nuevo achuntando Transoxiana y Mongolistán, pero os habitants de Transoxiana yeran en contra d'os habitants de Mongolistán por no estar musulmans.