John Anthony Frusciante naixió de Queens, lo 5 de marzo de 1970. Su pai, Sr. John Frusciante, yera pianista y chuez, y la suya mai, Gail Frusciante, yera una vocalista que deixó la suya actividat musical pa convertir-se en duenya de casa. Frusciante tiene ascendencia italiana per parte paterna; lo suyo bisabuelo, Cheneroso Frusciante, yera orichinario de Benevento. La familia Frusciante se tresladó a Tucson, Arizona, y posteriorment a Florida, an su pai exerce actualment la profesión de chuez. Quan sus pais se deseparoron, Frusciante y la suya mai se mudoron a Santa Mónica, California. Un anyo dimpués, se tresladoron nuevament, esta vegada a Mar Vista, en o extrarradio de Los Angeles, con o padrastro de John. Seguntes este, lo nuevo novio d'a suya mai le «emparaba», y le «feba sentir bien». Ya en a suya adolescencia, Frusciante dentró en contacto con a choventut angelina immersa en o punk rock. A los nueu anyos, prencipió a escuitar a The Germs, y a los "diez" ya sabeba tocar en a suya guitarra quasi totas las cancions d'o álbum (GI), y prencipió a recibir clases de guitarra. A los once anyos descubrió a guitarristas como Jeff Beck, Jimmy Page y Jimi Hendrix, y poco dimpués escuitó per primera vegada a Frank Zappa. Entre la suya adolescencia plegaba a tocar los suyos temas dica quince horas a lo día. A los deciséis anyos, Frusciante deixó l'instituto pa dedicar-se a la mosica, y se mudó a lo centro de Los Angeles (California) pa amillorar las suyas tecnicas musicals.