En a Guerra de Bosnia-Herzegovina os crovates luitoron primero contra os serbos y dimpués contra os bosniacos musulmans (Guerra Crovata-Bosniaca). Os países occidentals presionoron pa que os bosniacos musulmans y os crovates formasen una Federación Crovata-Musulmana adintro de Bosnia-Herzegovina. Como consequencia d'a Guerra de Bosnia se produció a "limpieza etnica" de zonas de población crovata en Bosnia central, a on s'imposoron os bosniacos musulmans, y de Posavina, a on s'imposoron os serbos de Bosnia. Dimpués d'a Guerra de Bosnia ha continuau o exodo de crovates de Bosnia-Herzegovina ta Croacia y atros países en part por a situación economica.