L'oronimo Penya Rubia proviene de lo latín PINNA RUBEA ("penya roya") seguindo una evolución culta que a vegadas ha substituito a la forma patrimonial en aragonés Penya Roya. Ramon Menéndez Pidal observó que en los elementos romances de lo latín medieval de Leyón y Castiella las primeras formas derivadas de RUBIU y RUBIA seguiban la lei fonetica que daba royo y roya, que estas formas patrimomials son relativament tardanas, y que desapareixioron mayoritariament de la toponimia (Cueuas Rruyas desapareixió y quedó como Covarrubias; Gonzalo de Berceo escribiba Monte Ruyo pa fer mención de lo lugar riochano de Monterrubio). La eliminación de la forma patrimonial por la cultista no se produció mayoritariament en Aragón, ni tampoco en Burgos, Soria y La Riocha, por lo que ye común la existencia de toponimos formaus con royo y roya.