En os sieglos XVI, XVII y XVIII bi habrá una serie de guerras y tractaus en os que os territorios crovates irán pasando a sobiranía austriaca u veneciana, de fueras d'a rechión de Bosnia de l'Imperio Otomán que os otomans se resisten a perder. En o que dende ixe inte se conoix como "Bosnia" ye tanto a cuenca d'o río Bosna (actual Bosnia Oriental) como territorios antigament d'os crovates (actual Bosnia Occidental). En Bosnia qualques crovates s'islamizan endevenindo bosnians musulmans u bosniacos. Manimenos os franciscans creyan unas condicions que permiten que continen existindo comuninatz catolicas en qualques zonas con o suyo ret de monesterios, por eixemplo en Posavina, en a Val de Lašva y en Herzegovina occidental.