En febrero de 2001, dimpués d'a fallida tregua de 1999, deixó d'estar ministro d'a Presidencia ta succeder en Interior a Jaime Mayor Oreja que se presentaba como candidato a lehendakari en o País Basco. Como responsable d'iste ministerio Rajoy empentó a politica antiterrorista contra ETA, o Gubierno aprebó o prochecto de lei d'asociación (chunio de 2001), s'aprebó o Reglamento que desembolicaba a lei d'Extranchería (chulio de 2001) y l'anteprochecto de Lei de Prevención d'o Consumo Indebiu de Bebidas Alcolicas (mayo de 2002).