En 1849 tornó a l'Universidat de Breslau y remanió en ixa universidat o resta d' a suya cursa como profesor y investigador. En a suya tornada inicial a Breslau quan teneba tasament vinte anyadas d'edat, su pai le i heba mercau un microscopio gran y costoso fabricau por Simon Plössl. Iste microscopio, que l'Universidat de Breslau y a mayoría d' as universidatz no teneban, estió a prencipal ferramienta de investigación de Ferdinand Cohn en a decada de 1850. En a decada de 1850 estudió o creiximiento y a división d' as celulas vechetals. En 1855 publicó articlos sobre a sexualidat de Sphaeroplea annulina y mas tardi Volvox globator. En a decada de 1860 estudió fisiolochía vechetal en quantos aspectos diferents. Dende 1870 en adebant, estudió prencipalment bacterias. Estableció l' emplego de medios de cautivo esterils y redescubrió o chardín botanico de Lorenz Scholz von Rosenau en Breslau. Publicó mas de 150 informes d'investigación mientres a suya vida. L'Universidat de Breslau se convirtió en un centro innovador de fisiolochía y microbiolochía vechetal entre que va estar allí.