En ista etapa lo club consiguió los suyos mayors meritos, devantado-se con cuatro campionatos d'a Rechional Preferent, y estando cuatro temporadas en a Tercera División, consiguiendo en 2006 un campionato d'ista categoría en o grupo aragonés y participando en un play-off d'ascenso ta Segunda B, pero quedandose en as puertas al perder con o C. D. Logroñés, y contradictoriament pese a os suyos meritos, descenciendo a Rechional Preferent debiu a lo descenso d'o Real Zaragoza B ta la Tercera División, que arrastraría de categoría a l'Universidad, data la filialidat. Fue asinas como consiguió la retaíla de títols en Rechional Preferent, mientres o Zaragoza B no consiguía puyar de división y reteniendo lo progreso d'o equipe. En 2010 o club universitario deixa la suya relación de filialidat con o Real Zaragoza posibilitando asinas que lo club puyara de división, feito que consiguiría a l'anyo siguient, en a que sería la suya zaguera temporada en a Tercera División d'Espanya.