En o sieglo XVI as guerras entre o Imperio Otomán y o Imperio Persa Safavida debastoron de nuevo Armenia. O tractato d'Amasía (1555) deixó buena parte d'Armenia en o Imperio Otomán. Quan tornó a haber-ie a guerra o Xah Abbas contratacó en 1603 prenendo Armenia oriental y deportó muitos Armenios ta Ispahán, on con o tiempo creyoron una ciudat dita Nueva Chulfa. Armenia tenió dimpués una relativa estabilidat. En o Karabakh, un bastión de cultura armenia, os principes armenios d'a dinastía d'os Melik se declaroron autonomos y resistioron a los otomans, atra vegata en guerra con Persia entre 1720 y 1730. En ixos tiempos estió o clero armenio, con o catholicos de Echmazdín en a cabeza, qui exerció o papel de clase dirichent d'os armenios que no heban emigrato. En o interior d'o Imperio Otomán os armenios esdevinioron una Millet baixo responsabilidat d'o patriarca armenio de Costantinoble.