O suyo millor inte plegaría con a relación de filialidat que firmó con o Real Zaragoza mientres nueu anyos, dende 2001 dica 2010, estando o suyo segundo filial. Durant ista etapa lo primer equipe d'o Univerisdad pasaría a vestir la misma equipación (y encluso l'escudo) d'o Real Zaragoza, asinas sería conoixito antimás como Universidad-Real Zaragoza C, estando un escalofón intermeyo entre los chuvenils blanquillos y lo Real Zaragoza B, per tant, plenament ficau en o tarabidau zaragocista. No lo faría asinas o equipe d'a Segunda Rechional, o C. D. Universidad B, que continaría vestindo os colors orichinals d'o Universidad y estando independient d'o Real Zaragoza, sin partecipar en a suya estructura. O historiador Agustín Ubieto estió o zaguer president d'a entidat.