Lindelof dició que Khan yera considerau un personache que amenesteban fer servir en bell inte, dau que "tien una gravedat tant intensa en l'universo de Star Trek que prebablement hesenos gastau mas enerchía no pas metendo-lo en ista cinta que lo debán ta zaga". As referencias a Star Trek II: The Wrath of Khan finalment s'adhibioron a lo guión, pero Lindelof, Orci y Kurtzman "de cutio esconfioron d'a linia entre 'homenache reinventau' y 'estafa directa'". Dicioron Orci y Kurtzman que quereban una cinta que funcionase por ella sola y como seqüela, sin fer servir ideyas de treballos anteriors de Star Trek simplament "perque creyes que a la chent le va a embelecar". Orci sinyaló que quan intentaba creyar as "imachens chigants" requeridas por un exito de taquilla de verano, Kurtzman suchirió una scena en a quala l'Enterprise surtiba de l'ocián. Con ixo como punto de partida, ells (y Lindelof) ideyoron o Cold open u teaser sequence en Nibiru, que mezclaba acción y comedia y s'aisló de l'historia prencipal en un homenache a Raiders of the Lost Ark.