Entre este periodo surten conflictos entre Fraga y Mequinenza a causa d'os suyos limites fronterizos. Lo 6 de setiembre de 1246, pa privar batallas y litigios, Pero de Moncada y la suya muller Sibila proceden a l'amullaramiento de ditos termins, encara que a cambio d'as milloras atorgadas a los fragatinos, respectando los termins d'os suyos municipios, los hombres d'a villa de Fraga se veyen obligaus a pagar a los Moncada cient maravedís d'oro. Mequinenza no priva la peste de 1348, que ocasiona muitas victimas en esta ocasión y tamién en os rebrotes epidémicos dende 1380. A resultas d'esto, de 1381 a 1387, l'infante Juan lo Cazador remaneix en diversas ocasions en o Castiello. En 1410, dimpués d'a muerte sin descendencia de Martin I y entre las disputas succesorias que desembocoron en o Compromís de Caspe, los partidarios d'o conde Jaime d'Urgel en o reino d'Aragón organizoron lo suyo propio parlamento en a localidat, en oposición a lo d'Alcanyiz , encabezau per los leyals a Fernando de Trastámara.​​  Diferents guerras como la Guerra Civil Catalana (1462-1472), la Guerra de Secesión (1640-1652) y la Guerra de Succesión (1705-1714) tamién asolaron la población y lo castiello.