Debaixo d'a cabecera se troba tres criptas en libels diferents. A cripta central, u Cripta de Sant Remón (porque bi ye apedecau Sant Remón, bispe muerto en 1126), ye a más complexa y ampla, con tres naus con cabecera semicercular. A cripta de l'abside sud s'ha escubierto recientment, y a d'o costau norte, conoixida como Archivo y Sala d'o Trasoro, tiene pinturas murals romanicas.