En as siguients temporadas chugará en ista nueva categoría en un grupo formau prencipalment por equipes d'a ciudat de Zaragoza y beluno de l'aria metropolitana y d'a capital uescana. Rematará en una sobrebuena tercera posición en a edición de 1943-44 ta conseguir en 1944-45 o subcampionato d'a categoría por dezaga nomás d'o C.D. Lasalle. Por no tener un campo de chuego propio o CD Ebro habió de chugar istos primers anyos en o campo de Sant Antonio, anexo a o Campo de Torrero, estadio d'o Zaragoza C.F. y situau en o barrio d'o mesmo nombre. A temporada 1945-46 rematará en ueitena posición y en 1946-47 sieteno, ganando amás iste anyo o Campionato d'Aragón d'Aficionaus y clasificando-se asinas ta chugar o Campionato d'Espanya. L'anyo 1947-48 torna a conseguir a tercera posición en liga por dezaga de C.D. Celta y C.D. Eléctricas Reunidas, puyando asinas a Primera Rechional. Será ista 1948-49 manimenos a suya zaguera temporada en competicions oficials, ya que en 1949 dimpués d'o suyo zaguer partiu en Ayerbe o club se retira d'a competición y desapareixe.