Prudencio Indurain debutó como ciclista profesional en l'anyo 1991 con l'equipe Banesto. Durant a suya carrera profesional obtenió 3 triunfos d'etapa. A suya prencipal labor yera a de gregario de su chirmano Miguel Indurain, partecipando durant a suya carrera en as tres grans vueltas (Tour de Francia, Giro d'Italia y Vuelta a Espanya).