Quan lo suyo mandato se produció la expulsión de los moriscos, y tamién de los "cristians nuevos". Lo II duque fació venir "cristians viellos" d'atras tierras. Lo día 28 d'agosto de 1611 concedió privilechios a los repobladors cristians d'Íxar en un documento firmato debant de lo notario reyal Chuan Batista de Lanuza, y lo mesmo fació lo día 12 de setiembre con los repobladors de La Puebla d'Íxar y lo día 28 de setiembre con los d'Urreya de Gayén. En lo texto de lo 28 d'agosto de 1611 escriben lo suyo nombre como Don Juan Francisco Fernández de Ixar y Cabrera Duque y Señor de Ixar y Conde de Velchite, y podemos leyer encara bell aragonesismo como llegallo y llegallero.