Fue fundata en 1364 por Casimiro III o Gran con o nombre d'Academia de Cracovia (Akademia Krakowska), nombre que se fació servir dica 1817, quan li'n cambeyoron por (Uniwersytet Jagielloński) en honor a la dinastía d'os Jogaila, que estió mecenas d'esta universitat y con qui destacó en tiempos de l'Humanismo y Renaiximiento.