Lo toponimo Boquinyeni s'ha quiesto interpretar a partir de l'arabe u a partir de lo latín. La hipotesi arabista lo fa provenir de Abi-Kináni. La hipotesi d'un orichen román afirma que s'ha formau a partir de lo nombre d'un propietario de FUNDUS u finca agricola, posiblement l'antroponimo BUCCINIUS y troba refirme en los toponimos paralelos Bocchignano y Bucignano en Italia y en un orichen román de toponimos cercanos que tienen la mesma terminación (Luceni), u que tenioron la mesma terminación -ic en la baixa Edat Meya (Lucenic, Grisenic), car las formas escritas en latín medieval y aragonés medieval amuestran una consonant final /k/: Boquinyenich, Boquinyenec, boquignenech, Bochinenic, Boquinienich, ecetra. D'estar un toponimo d'orichen román presentaría una terminación -ic con una apocopa mozarabe, que se remonta a lo sufixo atono latín ICUM, igual como la terminación en -igo de l'Alto Aragón (Anzanigo, Samianigo), y de la zona entre Moncayo y Ribera Navarra (Lituenigo y Cintruénigo).