En o sieglo XII Navardún estió a seu d'un arciprestato que dirichiba o monesterio de Leyre, centrato en a suya ilesia. A meyatos d'o sieglo XII o monesterio, por barallas internas d'os suyos monches, cedió os suyos dreitos sobre a villa, o castiello y a ilesia de Navardún a l'arcebispato de Pamplona; sindembargo, en 1299 tornoron a reclamar-los.