En 1587, o nuevo shogun, Hideyoshi Toyotomi, ordenó a expulsión d'os misioneros, y en 1596 crucificó a 26 cristians chaponeses en Nagasaki. En 1614 o shogun Ieyasu Tokugawa prohibió o cristianismo en o país, redotando a os cristians de Nagasaqui, que s'heban sublevato, con un exercito de 120.000 soldatos. En as persecucions, morioron os clamatos Diez y seis martirs de Nagasaki, canonizatos o 18 d'octubre de 1987.