L'actual toponimo Zúñiga apareixe ya en a Edat Moderna como una evolución de variants más antigas que s'han conservau en textos medievals. Istas variants conservadas son Eztuniga (1102), Uztuniga (1203), Beztunica, Beztvnicha, Buztunica, Estuniga (1350) y Eztuyniga (1366).