Lo toponimo Vallunquera tiene una etimolochía a partir de Val Yunquera, igual como lo nombre de la pedanía homonima de Castrojeriz. Por la cercanía de Vallunquera a la sierra de la Bigornia, que ye pocos km a lo nordeste de la suya cabezada, ye posible que lo toponimo s'haiga orichinau por una traducción de Bigornia (enclusa con dos puntas) como yunque en una etapa castellanizada de la historia lingüistica d'esta val.