La nueva ciudat fue atacada lo 28 de setiembre de 1535 per los aboríchens que heban participau en a Guerra d'o Mixtón. Cristóbal de Oñate, alavez gubernador d'a ciudat organizó una batalla contra los aboríchens d'a quala resultoron victoriosos los nuevos habitants de Guadalajara. Pensoron alavez tresladar-la a la val de Atemajac, per esta val correba lo río San Juan de Dios y yera un puesto mas seguro pa estar desfendiu de qualsequier ataque d'os naturals.