Os metodos de desinfección d'as auguas fecals son mas que mas a cloración y a ozonización, pero tamién s'ha feito servir a bromación y a radiación ultravioleta. O mas emplegau ye a cloración por ser barata, facilment disponible y muit efectiva. Manimenos, como o cloro ye toxico ta la vida aquatica l'augua tractada con iste elemento ha de someter-se a decloración antis de meter-la atra vegada en cursos d'augua natural.