En ista epoca l'equipe  chuga tres finals de Copa: en 2001, que ganará a lo Celta de Vigo por 1-3, en 2004, quan vence a lo Real Madrid por 3-2 y en 2006 que pierde con o RCD Espanyol por 4-1. Tanimientres, en a temporada 2001/02 baixa t'a Segunda División tornando t'a primera categoría a temporada siguient. En la temporada 2004/05 se gana la Supercopa d'Espanya a lo Valencia CF, dimpués de perder por 0-1 en La Romareda y ganar en Mestalla por 1-3.