L'argumento d'a opera ha estato muit discutito. Mientres que muitos investigadors la veyen simplament como un cuento de fadas, atros la veyen plena de simbolismo y referencias a la masonería. En iste sentito, y a tamas d'a fuerte influencia d'a cultura popular, A flauta machica ye una guida d'una iniciación masonica seguntes o Rito Zinnendorf. D'a mesma manera, muitos autors -entre ells Gérard Gefen-, han visto una prefiguración de Ignaz von Born en o papel de Sarastro. Von Born yera un individuo con gran influencia en a masonería austriaca d'a epoca, y estió qui i apadrinó o ingreso de Mozart. Muita chent considera que o triple acorde d'a obertura d'ista opera ye un claro sinyal masonico (a "batería masonica"), que anunciaría o caracter propagandistico d'a obra, a fin de difundir a masonería en un momento en que l'imperio Austro-hongaro miraba de prohibir-la. Asinas, o tema d'a luita entre a luz y a escureldat, ye un simbolo recurrent en as amostranzas masonicas.