Lo toponimo Morata de Xalón s'interpreta a partir de lo latín MŪRĀTA ("lugar con muros"), y amuestra una evolución fonetica mozarabe, igual que Morata de Tajuña en Madrit. La terminación -ata de Morata se remonta a lo participio pasau latín, que en aragonés central tamién conserva la suya fonetica orichinal, sin que bi haiga relación.