A cladistica ha tardau muitos anyos en acceptar-se, principalment por a oposición d'escuelas de pensamiento scientifico más conservaderas, como a escuela fenetica, y porque ha existiu y encara existe un debate sobre cómo cal aplicar as ideyas de Hennig (considerau o pai de a cladistica) a lo mundo real. Existe inquietut sobre o feito (por eixemplo) de que si s'emplega conchuntos de datos muit diferents (p. ex. caracteristicas morfolochicas vs. caracteristicas cheneticas) os cladogramas resultants pueden estar extraordinariament diferents.