O NDH no conoixió a paz, y estió en guerra civil permanent contra os monarquicos serbiscos y os contra os partisans. Os ustaixas emprendioron o exterminio de serbos, y tamién de chitans, chudeus , y opositors politicos, devez que os guerrillers monarquicos serbiscos (chetniks) exterminoron a los musulmans bosnicos en as zonas que controloron.