Se casó con Beatriz de Alagón con qui tenió a Elena Fernández de Híjar y Alagón. A la muerte de Beatriz se casó con Hipólita Fernández de Heredia, filla de lo tercer conte de Fuents d'Ebro. D'este segundo matrimonio naixioron Luis Fernández de Híjar y Fernández de Heredia, Juan Francisco Cristóbal Luis Fernández de Híjar y Fernández de Heredia y Rafaela Fernández de Híjar y Fernández de Heredia