En la Edat Meya s'escribiba Puent de la Reina. La tradición diz que lo nombre de Puent de la Reina provién del puent romanico sobre lo río Arga que mandó construir una reina anonima, por un regular se diz que Donya Mayor (muller de Sancho lo Mayor) u Donya Estefanía (muller de García Sánchez III de Navarra). Bells etimolochistas proponen atra hipotesi y lo deriban de Pons Rune, on Runa sería lo nombre antigo de lo río Arga, relacionato con Iruña.