A lo quedar vidu, Johannes se trasladó, en 1639, a Helsingborg i, en 1642, a Elsingør, en a isla danesa de Sjælland, donde asumió lo cargo d'organista en a iglesia de Sant Olaus. D'un segondo matrimonio con Hella Jaspersdaater tenió tres fillos. Per lo que se sabe Dietrich tenió como solo mayestro a lo suyo pai. A los vinte años lo trobamos como organista en Helsingborg; dimpués, l'aprendizache siguió en Helsingør, an en 1660 estió contratado per la ilesia de Santa Maria. Lo 1667, lo prencipal organista de Lübeck, Franz Tunder, murió no sin dinantes haber designau a Buxtehude como lo suyo sucesor en o órgano de Marienkirche. Dietrich asumió lo nuevo cargo y, pocos meses dimpués, seguntes los convenzionalismos d'a corporazión d'os mosicaires, desposó a la filla de Tunder, Anna Margaretha.