A cuenca hidrografica entre as prencipals cuencas d'esguaz d'o Congo y o Nilo corre de norte a sud a traviés de Ruanda, con arredol d'o 80 % d'a superficie d'o país desembocando en o Nilo y o 20 % en o Congo a traviés d'o río Rusizi y o laco Tanganica. Lo río mas largo d'o país ye lo Nyabarongo, que naixe en o lo sudueste, fluye enta lo norte, este y sudeste antis de fusionar-se con o Ruvubu pa formar o Kagera; o Kagera dimpués fluye enta o norte a lo largo d'a buega oriental con Tanzania. Lo Nyabarongo-Kagera finalment desemboca en o laco Victoria, y a fuent en a selva de Nyungwe ye un competidor per a fuent cheneral encara indeterminada d'o Nilo. Ruanda tien muitos lacos, o mas gran ye o laco Kivu. Iste laco ocupa o solero de l'Albertine Rift a lo largo d'a mayor parti d'a buega occidental de Ruanda, y con una fondura maxima de 480 metros, ye un d'os vinte lacos mas fundos d'o mundo. Atros lacos importants incluyen Burera, Ruhondo, Muhazi, Rweru y Ihema, estando lo zaguer lo mas gran d'una cadena de lacos en as planas orientals d'o Parque Nacional Akagera.