Posteriorment, o Papa Pavlo III encargó a dirección d'as obras a Michelangelo, que tornó a prener a ideya de Bramante de planta en cruz griega. O disenyo orichinal de Brahamante teneba problemas estructurals que fuoron correchitos por Michelangelo. Amás important aportación de Michelangelo estió a gran cupula que se troba chusto sobre l'altar mayor y a sepoltura de l'apostol Per; que a tamas d'o suyo peso, pareixe flotar en l'aire, y que fue rematata por os arquitectos que sucedioron a iste gran artista como directors d'a obra. En 1606, o Papa Pavlo V ordenó tornar a la forma d'a cruz latina y remató a suya construcción 24 anyos dimpués d'a muerte de Michelangelo seguntes o disenyo definitivo de Fontana y Della Porta.